一个实用的群体遗传学分析软件包——GENEPOP 3.1版

ＧＥＮＥＰＯＰ是一个非常实用的群体遗传学分析软件包,适用于对大量的群体遗传学数据进行分析。它主要有以下３个方面的用途：１）进行正合检验,如对哈迪－温伯格平衡、种群差异和位点间的连锁不平衡进行检验;２）估算经典的群体遗传学参数,如Ｆｓｔ和其它相关指数及基因频率等;３）可把ＧＥＮＥＰＯＰ的文件转换为常用的群体遗传学分析软件包（如ＢＩＳＹＳ、ＦＳＴＡＴ和ＬＩＮＫＤＯＳ）所要求的输入文件格式。与软件ＢＩＯ     

基于数据非依赖采集的蛋白质组质谱数据解析方法研究进展

数据非依赖采集（DIA）是蛋白质组学领域近年来快速发展的质谱采集技术，其通过无偏碎裂隔离窗口内的所有母离子采集二级谱图，理论上可实现蛋白质样品的深度覆盖，同时具有高通量、高重现性和高灵敏度的优点。现有的DIA数据采集方法可以分为全窗口碎裂方法、隔离窗口序列碎裂方法和四维DIA数据采集方法（4D-DIA）3大类。针对DIA数据的不同特点，主要数据解析方法包括谱库搜索方法、蛋白质序列库直接搜索方法、伪二级谱图鉴定方法和从头测序方法4大类。解析得到的肽段鉴定结果需要进行可信度评估，包括使用机器学习方法的重排序和对报告结果集合的假发现率估计两个步骤，实现对数据解析结果的质控。本文对DIA数据的采集方法、数据解析方法及软件和鉴定结果可信度评估方法进行了整理和综述，并展望了未来的发展方向。