基于BERT与Text-CNN的抗菌肽识别方法

抗菌肽(antimicrobial peptides,AMPs)广泛存在于生命体中,是一种具有广谱抗菌活性、免疫调节功能的小分子多肽。抗菌肽不易产生耐药性,适用范围广,具有极大的临床价值,是传统抗生素的有力竞争者。识别抗菌肽是抗菌肽研究领域中的重要研究方向,湿实验法在进行大规模抗菌肽识别时存在成本高、效率低、周期长等难点,计算机辅助识别法是抗菌肽识别手段的重要补充,如何提升准确率是其中的关键问题。蛋白质序列可以被近似地看作是由氨基酸组成的语言,运用自然语言处理(natural language processing,NLP)技术可能提取到丰富的特征。本文将自然语言处理领域中的预训练模型BERT和微调结构Text-CNN结合,对蛋白质语言进行建模,提供了开源可用的抗菌肽识别工具,并与已发表的5种抗菌肽识别工具进行了比较。结果表明,优化“预训练-微调”策略带来了准确率、敏感度、特异性和马修相关系数的整体提升,为进一步研究抗菌肽识别算法提供了新思路。     

细胞辐射敏感性与核骨架系统

哺乳动物细胞辐射敏感性的分子学基础,是放射生物学及肿瘤生物学研究中的关键问题之一,本文以核骨架系统及其功能为基础,阐述了核骨架系统、染色质结构与细胞辐射敏感性三者间的重要相关性。     

氯化镁增强鸡胚细胞对森林脑炎病毒减毒株敏感性的研究

减毒活疫苗的免疫效果与病毒滴度有直接关系,如何提高病毒的滴度,增强其稳定性,是提高减毒活疫苗免疫效果的重要途径之一。本文报告,在鸡胚单层细胞培养森林脑炎(以下简称森脑)病毒减毒株,加有10mM氯化镁可提高     

云南东部云南鳅属二新种记述(鲤形目：鳅科)

描述采于云南东部南盘江水系的云南鳅属鱼类２新种,以其形态特征分别命名为大鳞云南鳅Ｙｕｎｎａｎｉｌｕｓ ｍａｃｒｏｌｅｐｉｓ Ｌｉ,Ｔａｏ ｅｔ Ｍａｏ,ｓｐ．ｎｏｖ．和长背云南鳅Ｙｕｎｎａｎｉｌｕｓ ｌｏｎｇｉｄｏｒｓａｌｉｓ Ｌｉ,Ｔａｏｅｔ Ｌｕ,ｓｐ．ｎｏｖ．。     

乳糖作为诱导剂对重组目的蛋白表达的影响

将重组粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子/白细胞介素3(GM-CSF/IL-3)融合蛋白表达菌BL21(DE3)(pFu)作为研究对象,对于以乳糖作为诱导剂时重组目的产物的诱导表达规律进行了深入的研究。分析比较了不同培养基中,不同生长阶段进行诱导对于产物表达的影响。对诱导所需的乳糖浓度、诱导持续时间长短等因素亦进行了研究。实验结果表明,在对诱导条件进行优化控制的前提下,利用乳糖作为诱导剂可以达到与IPTG类似的诱导效果。随后的研究中,将乳糖作为诱导剂应用于高密度发酵过程。这些研究结果为乳糖作为诱导剂最终应用于重组基因工程药物的工业化生产提供了有益的参考和借鉴。     

核型多角体病毒与侧沟茧蜂对斜纹夜蛾幼虫的协同作用

研究了斜纹夜蛾幼虫体内的斜纹夜蛾侧沟茧蜂存活率、发育历期、寄主感染病毒时间、病毒浓度之间的关系,并测定了斜纹夜蛾侧沟茧蜂的传毒效率．结果表明,病毒对寄主体内寄生蜂历期无明显影响,寄生在幼虫体内的寄生蜂能在寄主病死前完成发育,存活比例因寄主感染病毒的时间和浓度而异．斜纹夜蛾被寄生后接种病毒(SINPV),距离寄生时间越长,饲毒浓度越低,寄生蜂完成发育的比例越大,但饲毒时间是主要影响因素．从感病幼虫体内发育成的侧沟茧蜂或曾经在感病寄主上产过卵的寄生蜂,以及通过人工方式使产卵器被病毒污染的寄生蜂,均能携带一定数量的病毒．通过产卵活动,侧沟茧蜂成蜂能在寄主幼虫个体间传递病毒．当寄生蜂在感病的寄主幼虫上产卵带毒后,平均可传递病毒给2．14头幼虫;发育于感病幼虫体内的寄生蜂,平均可传递病毒给2．45头幼虫．通过用病毒液浸茧或用混有病毒的蜂蜜饲喂成蜂等方式使产卵器污染病毒的寄生蜂,传毒效率随饲毒浓度增加而提高,平均可传递病毒1．45头和0．94头幼虫     

蛋白微阵列技术及其应用

蛋白质微阵列是即基因芯片技术之后 ,又一重大的技术突破。它在蛋白质组学的研究中将起重要作用 ,可以用于疾病诊断、毒理学和药理学研究和环境监测等方面。它具有高通量、自动化、灵敏度高和可用于多元分析等优点。就蛋白微阵列的原理、相关的制备方法与检测技术及其应用等方面进行了阐述 ,并对现阶段该技术存在的不足和发展前景进行了讨论。     

酶技术在改造传统工业和含氮固体废弃物降解中的应用

我国羽毛、羊毛和皮革等蛋白资源丰富,除直接加工成相应工业制品外,每年仍有近千万吨含氮固体废弃物产生,造成了严重的环境污染和蛋白质资源的浪费.利用化学法处理虽能有效降解含氮固体废弃物,但能耗高、产品质量差、二次污染严重;酶法降解温和、环保、产品质量高,其关键是获得高效的生物催化剂.本课题组近年研制了含角蛋白酶、酸性蛋白酶的复合酶L88 及来自金黄杆菌的丝氨酸角蛋白酶L99,并用于羊毛织物的生物整理及含氮固体废弃物的生物降解,其中一些技术已经成功产业化,相关研究已申报和授权专利8 项,发表SCI 论文近20 篇,获浙江省科技进步一等奖1 项、二等奖2 项.