利用序列保守模体和局部构象信息预测转录因子结合位点

转录因子结合位点的计算预测是研究基因转录调控的重要环节,但常用的位置特异得分矩阵方法预测特异性偏低.通过深入分析结合位点的生物特征,提出了一种综合利用序列保守模体和局部构象信息的结合位点预测方法,以极大相关得分矩阵作为保守模体的描述模型,并根据二苷参数模型计算位点序列的局部构象,将两类信息得分组合为多维特征向量,在二次判别分析的框架下进行训练和滑动预测.预测过程中还引入了位置信息量以优化似然得分和过滤备选结果.针对大肠杆菌CRP和Fis结合位点数据的留一法测试结果表明,描述模型的改进和多种信息的融合能有效地改善预测方法的性能,大幅度提高特异性.     

一种新的DyP-type过氧化物酶在大肠杆菌中的重组表达、纯化及鉴定

染料脱色过氧化物酶(DyP-type过氧化物酶)是含有亚铁血红素,能降解各种有毒染料的一类蛋白.为了研究运动发酵单胞菌Zymomonas mobilis ZM4 (ATCC 31821)中一种新的DyP-type过氧化物酶的特点和功能,以Z.mobilis基因组DNA为模板,通过PCR扩增目的基因,克隆到大肠杆菌表达载体pET-21b(+)中.通过ZmDyP与其他DyP-type过氧化物酶的比对,发现它们存在着共同保守氨基酸D149、R239、T254、F256和GXXDG结构基序,说明ZmDyP是Dyp-type过氧化物酶家族的一个新成员.经IPTG诱导大肠杆菌中pET21 b(+)-ZmDyP表达,并将表达的酶进行金属螯合层析纯化.SDS-PAGE分析表明,纯酶分子量为36 kDa,而活性染色显示分子量为108 kDa,表明该酶在活性状态下可能是一个三聚体.光谱扫描显示ZmDyP有一个典型的亚铁血红素吸收峰,说明它是含有亚铁血红素的蛋白.对ZmDyP性质进行了研究,发现以2,2-二氨-双(3-乙基苯并噻唑-6-磺酸)ABTS为底物,ZmDyP表现出更高的转化效率.这些研究结果丰富了DyP-type 过氧化物酶家族信息,并且为ZmDyP的结构功能和反应机制研究奠定了基础.     

人类的利他性惩罚：认知神经科学的视角

利他性惩罚广泛存在于人类社会中,在群体合作与规范维护方面起着重要的积极作用．个体作为潜在的惩罚者,从知觉到不公平事件到做出惩罚行为,需要经过一系列的认知和情绪过程,包括公平判断、奖赏加工、自我控制以及心理化等过程,并且调用相应的神经生理机制．认知神经科学为理解人类的利他性惩罚行为提供了新的视角和方法．本文基于最新的研究发现,综述了利他性惩罚相关的神经生理基础．     

马尾松和苦槠林根际土壤矿化和根系分解CO2释放的温度敏感性

以中亚热带马尾松林和苦槠林为对象,原位收集根际和非根际土壤、树木不同生态功能的根系,开展15℃、25℃、35℃和45℃恒温培养模拟试验,采用密闭气室碱液吸收法测定53 d内CO2释放的动态变化.结果表明:两种森林类型不同温度下土壤矿化CO2释放速率的根际效应介于1.12 ～3.09,且培养前期高于培养后期;15℃下马尾松林和苦槠林差异不显著,25℃和35℃下前者低于后者,45℃下则相反.不同培养温度下两树种吸收根分解的CO2释放速率均高于过渡根和贮存根,且马尾松均低于苦槠.两种森林类型CO2释放的Q10值均为土壤(1.21 ～1.83)显著高于根系(0.96 ～1.36).两种森林类型土壤矿化CO2释放的Q10值差异不显著,而马尾松根系分解CO2释放的Q10值高于苦槠.推断全球变暖导致的土壤矿化CO2释放的增量将远远高于根系分解,且马尾松林高于苦槠林;地带性顶极群落应对气候变化的抵抗力强于先锋树种群落.     

大连新港原油降解微生物的分离纯化及降解效率评价

目的 在大连新港原油污染海域分离纯化出可降解原油的“土著”微生物,评价其原油降解能力,并研究提高降解效率的方法.方法 取海水样品进行富集培养,分离纯化出“土著”原油降解微生物,以16S rDNA测序法鉴定微生物种类,并采用MEGA 5.0进行多序列比对分析,选用最大相似法构建系统发育树.在实验室纯培养的条件下以气相色谱法对微生物的原油降解能力进行分析,选出优势菌种,再将优势菌种混配分析最佳原油降解条件.结果 分离纯化得到的“土著”原油降解微生物分属枯草芽孢杆菌属、动性球菌属、嗜冷菌属等多个菌属,“土著”原油降解微生物资源丰富,优势菌种的混配有助于加快和提高原油降解效率,是有效且对生态环境友好的生物处理法.     

抗流感病毒H1N1放线菌的筛选及菌株HA10211的鉴定

采用CPE和MTT方法对分离自红树林土壤样品的211株放线菌进行抗H1N1病毒活性筛选,获得28株活性菌株,其中菌株HA10211发酵液稀释20倍时对H1N1病毒的抑制率达到92.2%。菌株HA10211的16S rRNA基因序列与Isoptericola chiayiensis 06182M-1T具有最高同源性(99.3%),在发育树上聚为同一个分支,二者DNA-DNA杂交率为83.2%。依据形态和生理生化特征、系统发育分析和DNA-DNA杂交结果,鉴定菌株HA10211为嘉义白蚁菌(Isoptericola chiayiensis)。     

祁连山张掖段水电开发对区域生态环境的影响

2017年7月26日—8月13日,通过实地调研、样方调查、河水和土壤样品分析等方法,评估了祁连山张掖段水电站建设时间、占地面积、水电开发对水质、土壤及生态流量的影响。结果表明:祁连山自然保护区张掖段内水电站建设主要集中在2000—2008年;依据2017年统计数据计算26座水电站总占地面积为798.35 hm~2,占祁连山张掖段面积(188×10~4hm~2)的0.042%,水电工程占地面积较小;祁连山张掖段水电站建设区域内植被盖度、生物量比原生植被分别低27.14%和236.8 g·m~(-2);水电站建设区域内水质、土壤状况良好,水电开发对水质、土壤的影响较小; 2017年前祁连山张掖段水电开发导致生态水量下降并形成了156.76 km的减水河段。     

链霉菌A048产几丁质酶最佳发酵工艺研究

将链霉菌A048在完全培养基中培养至对数生长末期,离心洗涤收集菌丝体,然后接种入发酵产酶培养基中,进行二步发酵工艺牛产几丁质酶,几丁质酶活力比一步发酵工艺提高1．1倍,发酵周期共54h,比一步发酵工艺缩短66h;把菌丝体与几丁质粉共固定化,接入发酵产酶培养基中培养36h,几丁质酶活力比一步发酵工艺提高1．8倍,发酵周期缩短54h;在二步发酵工岂中另添加0．4％纤维素,几丁质酶活力可提高4倍,比一步发酵工艺提高10倍,酶活力达18．52U／mL。采用几丁质和纤维索双因子诱导二步发酵工艺可能是链霉菌A048生产几丁质酶的最佳工艺。     

体外诱导成年大鼠骨髓间充质干细胞分化为 5-羟色胺敏感性神经元

体外诱导成年大鼠骨髓间充质干细胞分化为具有神经元表型和部分功能的细胞。在对Woodbury化学诱导法作改良的基础上,加用全反式视黄酸对骨髓间充质干细胞作预诱导。诱导3h后,细胞开始表现神经元的形态特征,细胞折光性增强,形成收缩的双极或多极胞体和细长突起。细胞可以维持神经元样存活72h以上。诱导5h后,对免疫染色的细胞用DAPI进行复染,(92.4±6.9)%的细胞表达神经元特异性烯醇化酶。诱导24h后,(93.9±5.2)%的细胞表达成熟神经元的标志物神经丝M H。在给予5-羟色胺刺激时可以产生与神经元相似的胞内钙离子峰,且免疫组化证实5-羟色胺1A受体在干细胞上表达微弱,但在分化后的神经元中表达较强。实验不仅从形态、细胞标志物而且从功能上证实诱导后的细胞为5-羟色胺敏感性神经元。     

一种基于多特征的大肠杆菌启动子判别算法

主要对从一段DNA序列中提取出信息以判别其中是否含有启动子的问题进行了研究。首先从固定长度的序歹4中提取成分特征和结构特征,然后将这些特征输入到一个非线性分类器中进行判别。测试结果显示,在正集＆非编码区负集中,平均错误率降低为13．4％;在正集＆编码区负集中,平均错误率降低到17．0％。表明该方法是非常有效的。