基于CNN与LSTM模型的蛋白质二级结构预测

蛋白质结构的预测在理解蛋白质结构组成和蛋白质的生物学功能有重要意义,而蛋白质二级结构预测是蛋白质结构预测的重要环节。当PSSM位置特异性进化矩阵被广泛应用于将蛋白质初级结构序列编码作为输入样本后,每个残基可以被表示成二维空间的数据平面,由此文中尝试利用卷积神经网络对其进行训练。文中还设计了另一种卷积神经网络,利用长短记忆网络感知了CNN最后卷积特征面的横向特征和纵向特征后连同卷积神经网络的全连接共同完成分类,最后用ensemble方法对两类卷积神经网络模型进行了整合,最终ensemble方法中包含两类卷积神经网络的六个模型,在CB513蛋白质数据集测得的Q3结果为77.2。     

新疆地区小麦白粉病菌寄主范围的研究

用小麦白粉病菌11个生理小种的混合菌种,对新疆地区的小麦近缘植物的7个属22个种的47份材料进行接种,除6份免疫外,其余均接种成功.用其中6个属19个种的29份小麦近缘植物产生的白粉病菌,对小麦回接,参试的29份材料全部回接成功.小麦白粉病菌对小麦近缘植物的寄生像在小麦上一样,有明显的寄生专化性.感病的小麦近缘植物的78.0%对小麦白粉病菌的感病性,随生育期增长而急剧下降.文中并对小麦白粉病中间寄主的作用进行了讨论.     

海南万泉河中发现外来有害种——马那瓜丽体鱼

2011年在海南琼海万泉河发现外来鱼种马那瓜丽体鱼(Parachromis managuensis)。该种为凶猛的肉食性鱼类,已在野外建立种群,可能会对本土鱼类产生不利影响。建议主管部门禁止人为放生。     

青藏高原东缘风毛菊亚属16种植物果皮微形态研究

采用扫描电子显微镜对青藏高原东缘风毛菊亚属中的16种植物果实表皮微形态特征进行观察,结果表明：（1）果皮纹饰类型为：条纹型,有隔条纹型和网纹型。（2）根据种内个体间、组内种间以及组间的比较,认为在风毛菊亚属中,果实表皮显微特征在种内个体间比较稳定,变异很小;同组内种间表现出较大的相似性而不同组间存在着一定差异。说明在组和组下等级的分类学处理以及在系统位置和亲缘关系的探讨上,果实显微特征具有重要的分类学价值。     

Rafetus swinhoei名称的历史考证与中文名更改为“黄斑巨鳖”的建议

Rafetusswinhoei是近年来才引起科学和保护界关注的极危物种,关于此物种的分类和命名,长期存在分歧和混淆。简要回顾了对R．swinhoei的科学认识过程,并对古籍进行考证后认为,中国古代所说的“鼋”,本应指此种而非Pdochelyscantorii。鉴于R．swinhoei已有的诸多中文名各自存在一定缺陷．建议采用中文名“黄斑巨鳖”。     

大亚湾海域可培养细菌鉴定及系统发育分析

对大亚湾海域表层水体的可培养细菌进行分离,测定了分离培养细菌的16S rRNA 基因V3 区序列,并采用该研究中的35 个序列与从GenBank 下载的46 个序列构建了系统树,对细菌进行了分子鉴定。在9 个站点的表层水体中共分离得到70株菌株,分属35 个种。其中α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)和放线菌纲(Actinobacteria)为分离菌株最多的两个菌纲,分离率分别为40%和35.7%;而β-变形菌纲(Betaproteobacteria)仅分离到1 株(1.4%)。此外,还分离得到盖球菌属(Kytococcus)、间胞囊菌属(Intrasporangium)等非常见菌株。大亚湾海域细菌的Shannon-Wiener's 多样性指数为3.21。大亚湾海域表层水体可培养细菌丰富的种类多样性以及较高的α-变形菌分离率,说明了该海域具有良好的水质,同时也是潜在的微生物菌种资源库。     

低氧应激下甘肃鼢鼠与SD 大鼠心脏抗氧化酶和ATP 酶活性的比较

为探讨低氧应激下甘肃鼢鼠心脏对抗氧化损伤和电生理紊乱的可能机制,对甘肃鼢鼠和SD 大鼠在4. 5%氧浓度下分别进行2 h、4 h、6 h、8 h、10 h、16 h 低氧应激,比较常氧和各时程低氧下二者心脏超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、谷胱甘肽还原酶(GR)和Ca^{2 +} - ATP 酶、Ca^{2 +} - Mg^{2 +} - ATP 酶、Na ⁺ - K ⁺ - ATP酶活性,以丙二醛(MDA)含量作为机体氧化损伤指标。结果显示,常氧组甘肃鼢鼠GR 活性比SD 大鼠高,SOD、CAT、Ca^{2 +}-ATP 酶、Ca^{2 +} - Mg^{2 +} - ATP 酶和Na ⁺ - K ⁺ - ATP 酶活性及MDA 含量与SD 大鼠相比均无显著性差
异;低氧组甘肃鼢鼠SOD、CAT、GR、Ca^{2 +} - ATP 酶、Ca^{2 +} - Mg^{2 +} - ATP 酶和Na ⁺ - K ⁺ - ATP 酶活性迅速升高,显著高于SD 大鼠,MDA 含量则显著低于SD 大鼠。说明甘肃鼢鼠心脏通过提高抗氧化酶活性清除低氧诱导产生的多余自由基,并通过提高ATP 酶活性保证心电活动正常、心率稳定,应对低氧应激。     

心肌细胞过表达miR-27b导致小鼠发生心肌纤维化和线粒体损伤

以往的miRNA芯片研究结果显示, miR-27b在人类心脏疾病标本和压力负荷引起的小鼠心肌肥厚模型中表达水平明显升高, 提示其在心脏疾病发生过程中发挥了重要功能。为研究miR-27b在心脏组织中的功能, 文章建立了在心肌细胞特异性 a-肌球蛋白重链(a-MHC)启动子(5.5 kb)控制下过表达miR-27b的转基因小鼠。通过Real-time PCR检测, 发现miR-27b前体和成熟体表达水平在转基因小鼠心脏组织中明显升高。miR-27b转基因小鼠不仅出现心肌肥厚, 还表现出明显的心肌纤维化。进一步研究表明心肌纤维化的关键调节分子金属基质蛋白酶13(MMP13)是miR-27b的靶分子, 在miR-27b转基因小鼠中MMP13显著下调, 胶原分子I和 III则显著上调。此外, 还发现miR-27b转基因小鼠会出现心脏超微结构的损伤。以上研究结果表明, miR-27b可能通过抑制MMP13促进心肌纤维化。     

小牛血清去蛋白提取物联合天麻钩藤饮对急性脑梗死患者神经功能及血液流变学的影响

目的:分析小牛血清去蛋白提取物联合天麻钩藤饮对急性脑梗死患者神经功能及血液流变学的影响。方法:选择2015年10月至2018年10月在我院治疗的急性脑梗死患者90例为研究对象,将其随机均分两组。对照组仅采取小牛血清去蛋白提取物治疗,实验组在对照组基础上联合采用天麻钩藤饮治疗。比较两组治疗的临床总有效率、治疗前和治疗20 d后的神经功能缺损评分、日常生活能力评分和血液流变学指标的变化以及治疗期间不良反应的发生情况。结果:治疗后,实验组的总有效率为95.56%,显著高于对照组(77.78%,P0.05)。两组治疗后的美国国立卫生研究院卒中量表(National Institutes of Health Stroke Scale, NIHSS)和日常生活活动能力量表(Activities of Daily Living,ADL)评分均较治疗前显著升高,且实验组以上指标明显高于对照组(P0.05)。两组治疗后的全血高切黏度、全血低切黏、红细胞比容、血小板聚集率和纤维蛋白原较治疗前均显著降低,且实验组以上指标均显著低于对照组(P0.05)。结论:小牛血清去蛋白提取物联合天麻钩藤饮治疗急性脑梗死效果显著优于单用小牛血清去蛋白提取物治疗,其可更有效促进患者神经功能的恢复,提高患者生活质量,改善其血液流变学。     

CO2浓度升高对草地贪夜蛾生长发育的直接影响

草地贪夜蛾自2019年1月入侵云南以来,已迅速扩散至我国20个省,对我国的农业生产造成了极大危害。本研究通过在两种CO_2浓度(400 ppm和800 ppm)下用离体玉米叶片饲养草地贪夜蛾,分析比较了CO_2浓度升高对草地贪夜蛾生长发育和繁殖力的直接影响。结果表明:在800 ppm CO_2浓度下,草地贪夜蛾各虫态发育历期均长于400 ppm CO_2浓度下的发育历期;其中,1龄、6龄幼虫发育历期,幼虫总发育历期和蛹期在两种CO_2浓度下差异均达到极显著水平(P0.01)。此外,相同龄期草地贪夜蛾幼虫体重在两个CO_2浓度之间差异不显著,但蛹重存在极显著性差异,分别为198.82±3.45 mg(400 ppm)和245.89±4.18 mg(800 ppm)(P0.01);高CO_2浓度下雌虫的产卵期显著长于正常CO_2浓度下的产卵期,分别为2.4±0.8 d(400 ppm)和6.0±0.9 d(800 ppm),高CO_2浓度下平均单雌产卵量是正常CO_2浓度下的2.43倍,差异显著(P0.05)。研究结果为预测草地贪夜蛾未来的发生趋势提供了理论依据。