一种基于Z-Curve映射下DNA序列信噪比的快速算法研究

DNA序列信号频谱3-周期特性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征.针对信噪比计算量大的问题,给出基于Z-Curve映射下快速计算信噪比的方法,该方法有效避开计算离散傅立叶变换(DFT),从序列本身直接得到信噪比.实验结果表明,快速算法计算效率是DFT方法的百倍之上,极大减小基因的信噪比计算时间.     

水霉Saprolegnia菌丝内细胞颗粒运动的特征

水霉菌丝内细胞颗粒的运动布朗运动和跳跃运动两种形式。跳跃运动的速度在０．０９至４μｍ／ｓ之间。细胞颗粒运动的速度时刻改变，不是均速运动。在同一根菌丝内细胞颗粒运动的速度与颗粒大小无明显相关性；在不同的菌丝内细胞颗粒运动的速度差异明显。细胞颗粒有共同的运动轨道。运动轨道变曲，并与细胞长轴基本平行，在同一运动轨道上，不同细胞颗粒的运动速度不同。     

基于指标自动筛选的新疆开孔河流域生态健康评价

生态健康评价对了解区域生态健康状况和促进区域可持续发展具有重要意义,如何自动筛选出能反映生态系统特性的重要指标,是生态健康定量评估的关键问题。基于压力-状态-响应(PSR,Press-State-Response)框架和生态等级网络框架(EHN,Ecological Hierarchy Network),通过文献调研和因果分析建立要素层与指标层之间的交叉联系,构建了生态健康评价"网状"指标体系;在保证指标体系完备性基础上,通过结合主成分分析和熵权法的候选指标权重的客观计算,基于目标优化理论构建了评价指标的自动筛选模型,并基于中选指标计算了新疆开孔河流域2001—2017年生态健康指数(EHCI,Ecological Health Comprehensive Indexes),分析其空间分异和时间变化特征。结果表明:利用所建立的评价指标自动筛选模型,开孔河流域生态健康评价指标由31个候选指标自动筛选出了17个中选指标,用54.8%的指标表达了85.98%的信息,中选的17个指标在干旱/半干旱区域有关文献中应用较多,使用频次比例都在20%以上,其中归一化植被指数(NDVI,Normalized Difference Vegetation Index)、年降水量和植被覆盖度(FVC,Fractional Vegetation Coverage)3个指标的使用频次百分比均超过了50%,说明指标自动筛选模型的合理性;开孔河流域空间分布差异显著,总体上西北高、东南低,东南部和中部绿洲区外围生态健康状况较差,西北部河谷地带和中部两大绿洲区生态健康状况较好;17年来,流域生态质量整体趋于改善,显著改善区域占10.26%,远高于显著退化的1.61%,显著改善区域以孔雀河绿洲最为明显。开孔河流域生态健康的总体好转趋势说明区域生态综合治理取得一定成效。     

厚壳贻贝whirlin类贝壳基质蛋白的重组表达与功能分析

贝壳历来是生物工程和材料学研究的重要对象。贝壳中的贝壳基质蛋白质在贝壳的形成与发育过程中具有重要的调控作用。Whirlin类蛋白质(Whirlin-like protein,WLP)是一种从厚壳贻贝(Mytilus coruscus)中鉴定的新型贝壳基质蛋白质。序列分析结果显示,该蛋白质含有PDZ(postsynaptic density/Discs large/Zonula occludens)结构域,而该结构域对贝壳生物矿化的影响目前尚无报道。为深入了解WLP在贝壳形成中对碳酸钙晶体的影响,在序列分析基础上,采用密码子优化结合原核重组表达,获得其重组表达产物后,开展了重组WLP对碳酸钙晶体形貌及晶型的影响研究,结晶速度抑制以及碳酸钙晶体结合分析。分析结果表明,重组WLP能诱导文石型碳酸钙晶体的形貌和方解石型碳酸钙晶体的晶型发生改变;同时重组WLP对碳酸钙晶体具有结合作用,且能抑制碳酸钙晶体的结晶速度。上述结果表明,WLP对贝壳的形成及发育具有重要影响,并可能在贝壳肌棱柱层的形成中发挥了重要作用。     

光化学法脑缺血后细胞凋亡及其相关基因bcl-2表达的变化

采用ＴＵＮＥＬ染色及免疫组织化学技术对光化学法脑缺血后细胞凋亡及其相关基因ｂｃｌ－２表达的变化进行了研究。结果发现，缺血后１２ｈ，损伤侧皮层缺血区内凋亡细胞数及ｂｃｌ－２免疫反应阳性细胞数明显增加，一直持续至缺血后７２ｈ；并呈现下列时程变化：在缺血后３ｈ每张切片上几乎无凋亡细胞出现，以后逐渐增加，缺血后１２ｈ达到峰值，缺血后２４ｈ和缺血后７２ｈ逐渐减少，但仍高于假手术组水平。凋亡相关基因ｂｃｌ－２的表达在缺血后３ｈ以前不明显，缺血后１２ｈ逐渐增加，缺血后２４ｈ最多，以后逐渐下降。上述结果提示，缺血后凋亡细胞的时程变化可能与缺血后梗塞灶的发生和发展有关，而ｂｃｌ－２表达的变化可能与抑制细胞凋亡、发挥内源性细胞保护作用有关。     

新课程理念下的生物课堂教学模式

本文论述了新课程理念下的生物课堂教学模式。     

免疫细胞浸润在非小细胞肺癌诊断与预后中的应用

免疫细胞浸润对癌症的诊断与预后有着重要意义。文中收集TCGA数据库已收录的非小细胞肺癌肿瘤与正常组织基因表达数据,利用CIBERSORT工具得到22种免疫细胞占比来评估免疫细胞浸润情况。以22种免疫细胞占比为特征,用机器学习方法构建了非小细胞肺癌肿瘤与正常组织的分类模型,其中随机森林方法构建的模型分类效果AUC=0.987、敏感性0.98及特异性0.84。并且用随机森林方法构建的肺腺癌和肺鳞癌肿瘤组织分类模型效果AUC=0.827、敏感性0.75及特异性0.77。用LASSO回归筛选22种免疫细胞特征,保留8种强相关特征组成的免疫细胞评分结合临床特征构建了非小细胞肺癌预后模型。经评估及验证,预后模型C-index=0.71并且3年和5年的校准曲线拟合良好,可以对预后风险度进行准确预测。本研究基于免疫细胞浸润所构建的分类模型与预后模型,旨在对非小细胞肺癌的诊断与预后研究提供新的策略。     

产业动态

黑龙江发展生物产业加快新型工业化进程；中科院海洋研究所海藻生产生物柴油项目通过验收；山东省打造十大生物产业基地初现产业布局；重庆国家生物产业基地建设基地信息中心；加拿大下议院通过生物燃料法案；