四个DNA 片段在山茶属分子系统学研究中的应用

选取山茶属14 个组中的10 组21 种植物对目前常用于属内种间的4 个DNA 片段( ITS、waxy 、trnLF
、rpL16) 进行序列测定。结果表明: ( 1) 来自叶绿体基因组的2 个片段( trnL- F、rpL 16) 其PCR 扩增和
测序都很容易, 但两者的进化速率都非常慢, 序列矩阵只有很少信息位点( trnL-F 含9 个, rpL16 为20
个) , 不能提供必要的系统发育信息。( 2) 来自核基因组的ITS 片段其PCR 产物比较容易获得, 但其序列
的测定存在较多问题。( 3) waxy 是来自核基因组的另一个片段, 其PCR 扩增因受模板DNA 的数量和质量
的影响很大而有一定难度, 但其进化速率较快, 序列矩阵具有较多信息位点( 92 个) , 并且在山茶属是单
拷贝, 这对于解决山茶属这类具有许多近缘物种的类群的系统关系有重要价值。基于tsnL- F、rpL16 和
waxy 三组数据所建分子系统树支持山茶属为一单系, 但属下系统由于取样等原因有待进一步研究。     

肠道噬菌体组生物信息学分析方法的研究进展

噬菌体是感染细菌的病毒,广泛存在于各类环境中。由于传统实验研究的局限性及噬菌体基因的特异性,导致对肠道噬菌体的研究很少。随着宏基因组测序技术的发展和各种生物信息分析软件的开发,可以通过噬菌体组学,加深对肠道噬菌体的认识。噬菌体组分析流程主要包括原始数据质量控制和预处理,病毒基因组序列的拼接组装,类病毒颗粒的筛选和系统分类注释以及进化分析和预测相应宿主细菌。本文对噬菌体组分析流程和其中所需要的常用生物信息分析工具和数据库进行详细的介绍,可以为肠道噬菌体研究以及相关的研究人员提供参考。     

Ⅱ型胶原酶加压灌流提高成年大鼠心肌细胞分离效率

目的探讨效率更高的成熟心肌细胞分离方法。方法采用Ⅱ型胶原酶升主动脉逆行灌流法分离成年大鼠心肌细胞。对照组采用Langendorff装置灌流;实验组在Langendorff装置基础上加压匀速灌流。在倒置显微镜下观察细胞形态,并计算杆状细胞比率及产量;通过台盼蓝染色和局部场剌激评价心肌细胞活性。结果分离即刻,实验组杆状细胞比率显著高于对照组【(90.3±4.4)%νs.(53.4±5.2)%,P<0.01】;实验组活细胞产量也显著高于对照组[(3.6±0.7)×107νs.(1.9±0.6)×107,P<0.01]。复钙过程中,实验组发生自发性收缩的细胞比率及变圆细胞比率均明显低于对照组【(10.4±2.1)%νs.(18.9±4.5)%,P<0.01;(5.3±1.3)%νs.(8.6±1.7)%,P<0.05】。实验组台盼蓝染色阴性的杆状细胞比率和局部场剌激条件下收缩细胞比率明显高于对照组【(95.3±8.2)%νs.(90.6±9.8)%,P<0.05;(92.2±7.6)%νs.(85±6.4)%,P<0.01】。结论Ⅱ型胶原酶加压灌流可获得高产量、高活性的心肌细胞,提高了成熟心肌细胞的分离效率。     

一种根系分泌物中有机酸的前处理和高效液相色谱检测方法

改进了根系分泌有机酸的前处理和高效液相色谱检测方法.将DEAE纤维素层析法直接用于根系分泌物中有机酸的富集浓缩,并与旋转蒸发浓缩的回收率进行了比较.结果表明,DEAE纤维素柱层析有较高的回收率,可用于根系分泌物中有机酸的富集浓缩,特别适用于大批量样品的前处理.确定了反向高效液相色谱同时检测草酸、酒石酸、马来酸、苹果酸、乙酸、柠檬酸、琥珀酸等7种有机酸的条件.玉米根系分泌物样品中可检出苹果酸等5种有机酸.     

南亚热带森林土壤有效氮含量及其对模拟氮沉降增加的初期响应

研究了南亚热带主要森林类型 (马尾松林、混交林和季风常绿阔叶林 )土壤有效氮含量对模拟氮沉降的初期响应。结果显示 :(1)马尾松林、混交林和阔叶林 0～ 10 cm和 10～ 2 0 cm两个土层有效氮 (铵态氮 硝态氮 )含量总平均分别为 6 .2 4、6 .2 2和14 .77m g/kg,其中铵态氮占 4 5 .3%、4 8.7%和 14 .5 %。 (2 )外加氮处理使 3个森林两个土层的有效氮含量都在增加 ,但其影响程度取决于土层、氮处理水平、氮处理时间和森林类型。总体而言 ,0～ 10 cm土层略比 10～ 2 0 cm土层敏感 ;氮处理水平越高土壤有效氮增加越多 ;外加氮处理时间越长 ,处理样方与对照样方的差距越大 ;阔叶林的响应稍落后于马尾松林和混交林     

两种生境常绿和落叶树种叶片氮素分配及与光合能力的关系

以天童国家森林公园太白山顶旷地生境和木荷林林下生境18 种主要常绿与落叶树种为对象, 研究了单位面积叶干重(LMA)、单位叶干重氮含量(Nmass)、叶细胞壁氮素分配比率(Ncw/Nm)和单位叶干重最大净光合速率(Amass)在2个生境中的差异及各指标间的关系。结果表明: 1)旷地生境各树种间的LMA 显著高于林下生境, Amass 则显著低于林下生境, Nmass、Ncw/Nm 在两种生境中差异不显著; 落叶树种具有较小的LMA、较小的Ncw/Nm 及较高的Amass, 未受到光抑制; 常绿种具有较大的LMA 和Ncw/Nm, 在旷地受到显著光抑制。2)2 种生境中LMA 与Nmass、Amass 呈显著负相关, 与Ncw/Nm 呈显著正相关, Nm 与Amass 呈显著正相关。3)从林下生境到旷地生境, 常绿树种表现为维持生长、延长叶寿命为主的适应策略, 而落叶树种表现为以提高资源利用效率为主的适应策略。     

基于matK基因的松属白皮松组分子系统发育分析

基于matK基因对松属(Pinus L.)白皮松组(sect.Parrya Myre)进行了分子系统发育分析.白皮松组为一个并系类群,因为白松组的成员与该组(包括越南的扁叶松(P.krempfii Lecomte))的亚洲成员形成一个强烈支持的分支(靴带值92%).在这个分支中,白松组的3个代表种形成一个稳定的单系,而白皮松组的亚洲成员之间系统发育关系不明确.扁叶松和西藏白皮松(P. gerardiana Wall.ex D.Don)聚在一起,但只有61%的支持率.虽然在以前4个cpDNA基因序列分析时五针白皮松(P.squamata X.W.Li)与白皮松(P.bungeana Zucc.ex Loud.)和西藏白皮松形成一个单系,但在本文的分析中三者的关系不明确.在邻接树和多数一致简约树上,北美的白皮松组成员形成一个支持率低的分支.北美的subsect.Balfourianae Engelm.亚组(包括P.aristata Engelm.)是一个单系,但支持率较低.美洲另外两个亚组subsect.Cembroides Englem.和subsect.Rzedowskianae Carv.的组间和组内关系不确定,它们在严格一致简约树上形成一个多歧分支.     

山茶属CHS基因家族的组成和分子进化初探

用PCR方法从4种山茶属(Camellia)(山茶科)(Theaceae)植物的总DNA中分别扩增到CHS基因外显子2的部分序列,经克隆、测序得到16个该基因的序列,这些序列与来自GenBank的该属另一种植物的3个序列及作为外类群的大豆(Glycine max (L.) Merr.)的2个序列一起进行分析.研究表明,山茶属CHS基因家族在进化过程中已分化为A、B、C三个亚家族,包括A1、A2、A3、B1、B2、C 等6类不同的基因成员;其中只有A2类成员为全部被研究的5种植物所共有,而其他5类成员只在部分被研究的植物中发现;所有这些CHS成员具有很高的同源性:在核苷酸水平上同一亚家族内基本上高于90%,不同亚家族间也在78%以上.从推测的氨基酸组成看,山茶属内CHS基因的功能已发生了分化,各类成员的碱基替代率有较大差异; 从分子系统发育树和可能的氨基酸组成分析,山茶属具有新功能的基因成员是在经过基因重复后,或是由少数几个位点的突变而成,或是由逐渐积累的突变而形成的.进一步分析认为,该属CHS基因的分化直到近期还在活跃地进行,并且不同种的进化式样有一定的差别,这种不同的进化式样可能是物种形成后受不同环境因素影响而形成的.     

长角血蜱唾液腺中腺苷三磷酸双磷酸酶的纯化及其酶切机制

利用染料亲和层析(Cibacorn Blue柱)和离子交换层析(Macrosphere WCX柱)对长角血蜱Haemaphysalis longicornis唾液腺的腺苷三磷酸双磷酸酶进行纯化,经SDS-PAGE证实其分子量为66 kD。腺苷三磷酸双磷酸酶可以水解ATP和ADP,但对AMP无水解作用,水解ATP和ADP的K_m值均为0.2 μmol/L,V_max值分别为12.5和15.6 μmol/(min·mg)。腺苷三磷酸双磷酸酶水解ATP的中间产物是ADP,最终产物是AMP和正磷酸。表明腺苷三磷酸双磷酸酶水解ATP的位点是5'-核苷酸的γ-磷酸键,水解ADP的位点是5'-核苷酸的β-磷酸键。     

耐铝的和对铝敏感的玉米自交系根系的有机酸分泌

对玉米不同耐铝自交系在含A1^3 (0.1mmol/L)的完全营养液和A1C13 14．3μmol/L CaCl2 227．5μmol/L溶液等两种溶液中根系有机酸的分泌特征进行了研究。铝胁迫下,耐铝自交系Z1的生长与正常偏离不大,表现出较强的耐铝性,而铝敏感自交系Z2的生长则受到明显抑制。2种自交系根系分泌的有机酸种类包括苹果酸、柠檬酸、琥珀酸、马米酸、乙酸和草酸等,以苹果酸为主;其分泌量随铝处理时间而异。在两种溶液中,铝胁迫均可显著增加Z1苹果酸分泌量,且根系内苹果酸含量也显著增加。铝胁迫下,Z1根系NADP—苹果酸脱氢酶活性显著增加。从对试验结果分析得出：根系分泌苹果酸可能是玉米耐铝自交系适应酸性土壤逆境的生理特性之一,而分泌的苹果酸可能是在根系中通过PEP→4OAA→苹果酸途径合成的。