Multi-class clustering and prediction in the analysis of microarray data

DNA microarray technology provides tools for studying the expression profiles of a large number of distinct genes simultaneously. This technology has been applied to sample clustering and sample prediction. Because of a large number of genes measured, many of the genes in the original data set are irrelevant to the analysis. Selection of discriminatory genes is critical to the accuracy of clustering and prediction. This paper considers statistical significance testing approach to selecting discriminatory gene sets for multi-class clustering and prediction of experimental samples. A toxicogenomic data set with nine treatments (a control and eight metals, As, Cd, Ni, Cr, Sb, Pb, Cu, and AsV with a total of 55 samples) is used to illustrate a general framework of the approach. Among four selected gene sets, a gene set omega(I) formed by the intersection of the F-test and the set of the union of one-versus-all t-tests performs the best in terms of clustering as well as prediction. Hierarchical and two modified partition (k-means) methods all show that the set omega(I) is able to group the 55 samples into seven clusters reasonably well, in which the As and AsV samples are considered as one cluster (the same group) as are the Cd and Cu samples. With respect to prediction, the overall accuracy for the gene set omega(I) using the nearest neighbors algorithm to predict 55 samples into one of the nine treatments is 85%.     

记澜沧江河谷一硬叶小叶常绿阔叶林类型——锈鳞木樨榄、清香木群丛

采用法瑞地植物学派的样地调查法记录了澜沧江中上游河谷中一独特的硬叶小叶常绿阔叶林类型——锈鳞木樨榄、清香木群丛。该群丛由南向北分布于1300~1900m的河谷下部,对群落外貌、生活型与生长型、植物种类科属的组成、分布区类型等进行了分析。结果表明：（1） 群落结构简单,物种数平均为18种;（2） 生活型以高位芽植物居多,生长型以草本居多;（3） 群落中计有维管植物116种,隶属于39科,84属;（4） 植物科级、属级水平上均显示出了热带性质,植物区系表现出一定的古老性,反映了与古地中海硬叶小叶林的历史渊源。该植物群丛适应澜沧江干热-干暖河谷气候,分布区域狭窄,是一类值得重点保护和深入研究的植被类型。     

中国植物志、Flora of China和维管植物新系统中科的比较

《中国植物志》和“Flora of China”是目前世界上最大型、记录植物种类最多的植物志,它为有效保护和合理利用我国的植物资源提供了极为重要的基础信息和科学依据。近年来,基于分子系统学研究提出的APG系统被广泛接受,相应方法得到的系统也相继应用于整个维管植物中。以APG系统为代表的维管植物新系统为全面和系统地修订植物志提供了新的系统框架。本文依据最新的分子系统学“线性排列”成果与《中国植物志》和“Flora of China”在科级水平上进行对比,确定了以APG系统为代表的分子系统框架下中国维管植物为309科,其中石松类和蕨类植物38科,裸子植物10科和被子植物261科。尽管中国维管植物不少科的界限发生了较大的变化,其总数却变化不大,在《中国植物志》中为300科,“Flora of China”为309科。此外,还重点介绍了一些主要科的变动情况。     

山西云顶山自然保护区野生种子植物区系研究

山西云顶山自然保护区位于吕梁山脉中段,有野生种子植物926种,隶属于391属、85科,其中裸子植物2科、4属、6种,被子植物83科、387属、920种(其中双子叶植物72科、311属、756种;单子叶植物11科、76属、164种).种子植物属的区系成分复杂多样,以温带成分占绝对优势,温带属共275属,占总属数的82.08％.种子植物种的区系成分中,温带分布占绝对优势,达566种,占总种数的62.61％,中国特有分布次之,有306种,它们是构成云顶山自然保护区森林植被和灌丛植被的建群种和优势种的主要成分.经与有关山地植物区系和植被组成比较后得出,云顶山自然保护区与庞泉沟自然保护区具有较高的同质性和密切的联系,与五台山次之,而与中条山具有明显的差异.云顶山自然保护区有国家二级保护植物野大豆,还有山西省重点保护植物山西乌头、红景天和党参3种.     

Reassessing the Odontites purpureus group (Orobanchaceae) from south‐east Spain and north‐west Africa

We describe a species of Odontites, O. bolligeri E.Rico, L.Delgado & Herrero, endemic to the south‐eastern Iberian Peninsula and north Africa, from Morocco to Tunisia. This species belongs to the O. purpureus group and corresponds to the taxon that the monographer Markus Bolliger called O. squarrosus subsp. squarrosus. However, according to the International Code of Botanical Nomenclature (ICBN), this is an invalid name, and hence we propose a new name for these plants here. Drawings of the new species are also supplied. In addition, we compare and discuss the other species of the O. purpureus group, propose a key for them and include a karyological study of the two Iberian species of the group. © 2008 The Linnean Society of London, Botanical Journal of the Linnean Society, 2008, 158 , 701–708.     

安徽藓类植物区系

作者在对安徽省进行实地考察和采集的2000余号苔藓植物标本的基础上,经过研究鉴定,并收集整理了有关安徽藓类的资料,对照现有文献,发现安徽已知藓类植物有46科、164属、545种(包括8亚种和32变种),其中新记录95种(包括3变种1亚种);青藓科为安徽省藓类第一大科,含9属52种,占总种数的9.6,青藓属是第一大属,包括有29种,占总种数5.3;科内种数(≥19种)优势科有10个,属内种数(≥6种)的优势属有22个。在安徽省藓类区系中,以东亚成分为主并占了28.6、北温带成分占23.0、热带亚洲成分占17.8,温带亚洲成分为10.6,中国特有成分占到10.4,这5种区系成分都超过10,它们是本省最主要的区系地理成分。     

绝经前后细菌性阴道病厌氧菌群及耐药性分析

目的了解绝经前后细菌性阴道病患者标本中优势厌氧菌群,检测厌氧菌分离株对5-硝基咪唑类和林可霉素类抗生素的耐药性。方法采集165例未绝经和125例绝经阴道病患者以及84例未绝经和68例绝经正常妇女的阴道分泌物,测定其pH。采用选择性厌氧培养基分离类杆菌、梭杆菌、乳杆菌、优杆菌、消化链球菌和消化球菌,将分离的厌氧菌株鉴定至种。同时采用二倍平皿稀释法,测定塞克硝唑、替硝唑、甲硝唑、林可霉素和克林霉素对760株厌氧菌的最低抑菌浓度。结果100%细菌性阴道病患者、97.6%未绝经和98.5%绝经正常妇女的阴道分泌物中分离出厌氧菌。阴道炎患者标本中,类杆菌属、普氏菌属和紫质单胞菌属厌氧菌分离率高于相应对照组(P<0.05;P<0.01),其中以多毛类杆菌、腐败类杆菌、脆弱类杆菌、产黑普氏菌、不解糖紫质单胞菌为优势菌群;梭杆菌属、优杆菌属、消化球菌属和消化链球菌属厌氧菌分离率与相应对照组比较差异无显著性(P>0.05);乳杆菌属分离率明显低于相应对照组(P<0.01)。未绝经正常妇女和患者及绝经正常妇女和患者阴道分泌物pH分别为4.5±0.2、5.5±0.8、6.5±0.3和6.5±1.0。塞克硝唑、替硝唑和甲硝唑对355株革兰阴性厌氧菌M IC90值为1~8μg/m l,林可霉素和克林霉素则为4~16μg/m l;塞克硝唑、替硝唑和甲硝唑对405株革兰阳性厌氧菌M IC90值为8~32μg/m l,林可霉素和克林霉素则为4~16μg/m l。     

福建裸子植物区系研究

通过野外考察、查阅文献资料和应用植物区系分析方法对福建裸子植物进行研究,得出以下结论：(1)东南沿海的地理位置、显著的季风气候和占总面积50％以上的中山带山地使福建成为中国裸子植物重要的繁衍和保存地之一。(2)福建现代裸子植物有9科、24属、44种(其中含特有科1个为银杏科,特有属有水松、白豆杉、金钱松、杉木、银杏、台湾杉属等6属,拥有四川苏铁、银杏、油杉、华东黄杉、长苞铁杉、金钱松、黄山松、台湾杉、柳杉、水松、柏木、刺柏、三尖杉、粗榧、宽叶粗榧、白豆杉、穗花杉、榧树、罗浮买麻藤等26个特有种),分别占中国同类的90．0％、70．59％和19．13％,是中国裸子植物区系的重要组成部分。(3)古植物学资料和现存的古老、孑遗和特有成分说明福建裸子植物区系起源古老;福建裸子植物的属级分布区类型中泛热带成分占25．0％,亚热带至温带成分占75．0％(其中亚热带分布占41．67％);种的分布亚型中,亚热带分布的占67．10％;均表明福建裸子植物区系具有较为显著的亚热带山地性质。(4)长苞铁杉、杉木、柳杉、福建柏、黄山松、马尾松、油杉、江南油杉、红豆杉、南方红豆杉、粗榧、穗花杉、高山柏等树种分布于海拔800m以上的亚热带中山带。(5)种的分布亚型中,有35种分布在南岭,进一步证明南岭既为西南核心区的亚热带成分向华中、华东迁移提供通道,又为热带亚洲(中南半岛、云贵高原南部)成分向福建、浙江与台湾分布提供了途径。(6)福建裸子植物武夷山脉、闽台陆桥或东山陆桥与周边地区彼此密切交流,相似性系数分析也表明,福建裸子植物区系与华南、西南、华东、华中、台湾等区域联系广泛、关系密切。     

山东太原组煤核中鳞木类茎--三点"鳞木"的解剖构造

描述了一种产自山东省南部的陶枣煤田和兖州煤田太原组煤核中的鳞木类茎的解剖构造特征.根据叶座的形态,该种茎曾被归入大青山"鳞木"("Lepidodendron"tachingshanense Lee)种,但此次重新仔细研究后转归三点"鳞木"("Lepidodendron",tripunctatum Stock.et Math.)种内.与欧美植物区和华夏植物区已有的具解剖构造的鳞木类茎进行了详细对比,认为与奇木属Diaphorodendron很接近,但叶座的形态和解剖差别较大.此外,当前标本的分枝方式还不清楚,因此,还不能将当前标本归入奇木属内.当前标本与奇木属的关系及其分类位置有待于今后对更多更好的标本进行深入研究.     

广西苦苣苔科植物区系和生态特点研究

滇黔桂及其邻近地区是我国苦苣苔科植物的分布和特有中心 ,广西正处于这个中心的位置上 ,种类十分丰富 ,共计有 38属、 16 6种 (含种下等级 ,下同 ) ,属和种的分布区类型不太复杂 ,特有现象极为突出 ,其中仅产广西的特有属有 5个 ,特有种达 81个。广西苦苣苔科植物区系与相邻的贵州、云南两省属的相似性系数较高 ,分别为 75 76 %和 71 4 2 % ,但与相邻省份苦苣苔科植物种的相似性系数却较低 ,从 35 4 8%至 6 4 9%不等。苦苣苔科植物在广西全境分布较广泛 ,但各地种类分布很不均衡。广西苦苣苔科植物的天然分布对基质有较严格的专一性 ,种群植株数量一般较少 ,同一种类不同的居群间形态变异较大。