Thermal unfolding of staphylococcal nuclease and several mutant forms thereof studied by differential scanning calorimetry.

The effects of eight mutations on the thermodynamics of the reversible thermal unfolding of staphylococcal nuclease have been determined over a range of pH and protein concentration by means of differential scanning calorimetry. Variation of the protein concentration was included in our study because we found a significant dependence of the thermodynamics of protein unfolding on concentration. Values for the change in the standard free energy of unfolding, delta delta G0d, produced by the mutations in the pH range 5.0-7.0 varied from 1.9 kcal mol-1 (apparent stabilization) for H124L to -2.8 kcal mol-1 (apparent destabilization) for L25A. As has been observed in numerous other cases, there is no correlation in magnitude or sign between delta delta G0d and the corresponding values for delta delta Hd and T delta delta S0d, the latter quantities being in most cases much larger in magnitude than delta delta G0d. This fact emphasizes the difficulty in attempting to correlate the thermodynamic changes with structural changes observed by X-ray crystallography.     

Comparative Transcriptome Analyses Reveal Genes Related to Spine Development in Cucumber (<i>Cucumis sativus</i>)

Fruit spine is an important quality trait of cucumber. To better understand the molecular basis of cucumber spine development and function, RNA-Seq was performed to identify differentially expressed genes (DEGs) in fruit spines of different development stages, namely, 8 days before anthesis (SpBA8), anthesis (SpA) and 8 days after anthesis (SpAA8). Stage-wise comparisons obtained 2,259 (SpBA8 vs. SpA), 4,551 (SpA vs. SpAA8), and 5,290 (SpBA8 vs. SpAA8) DEGs. All the DEGs were classified into eight expression clusters by trend analysis. Among these DEGs, in addition to the Mict, Tril, CsTTG1, CsMYB6, NS, and Tu genes that have been reported to regulate fruit spine formation, we found that the CsHDG11, CsSCL8, CsSPL8, CsZFP6 and CsZFP8 may also be involved in spine development in cucumber. Our study provides a theoretical basis for further research on molecular mechanisms of spine development in cucumber.     

定量分析调控人类免疫缺陷病毒潜伏与激活的动力学机制

目的 治疗艾滋病最大的障碍在于无法根除人类免疫缺陷病毒（HIV）潜伏于人体细胞所形成的病毒存储库。构建描述病毒存储库建立分子机制的动力学模型需考虑生物体内的噪声环境和多重影响因素,本文通过一种全新的动力学结构分解方法将随机微分方程的确定性部分与随机性噪声分开,从而在仅需分析常微分方程不动点的情况下即可判断不同药物靶点的作用效果。方法 使用连续的随机微分方程构建了HIV转录过程的动力学模型,简化了描述系统所需方程的维度,增大了模型的可探索空间,在此基础上,通过计算得到的势能函数和概率分布函数直观表示病毒潜伏与激活的不同表达状态以及它们之间的关系。结果 定量分析了不同动力学参数对系统稳态和势函数的影响程度,分别得到了系统处于双稳态和单稳态时的参数范围,并将不同因素对动力系统分岔的影响程度与生物学实验结果对比,验证了本工作的理论基础。结论 本文突破了以往离散、随机的方法,可以通过常微分方程定量分析HIV转录调控的动力学机制,有利于推广到处理高维情况,进一步研究艾滋病在生物体内的发生发展,从而指导设计实验寻找临床上的治疗方案。     

NaCl胁迫下宁夏枸杞光合作用相关基因差异表达分析

宁夏枸杞是著名的耐盐药用植物,该研究通过室内水培试验,利用高通量测序技术和qRT-PCR技术检测了不同浓度NaCl胁迫(0、100、200、300 mmol/L)下宁夏枸杞叶片光合作用相关基因差异表达,并分析了其叶绿素含量、净光合速率、Rubisco活性的变化,以揭示宁夏枸杞在盐胁迫条件下光合机构及光合作用相关基因差异表达规律,为深入解析宁夏枸杞响应盐胁迫的光合机理奠定基础。结果表明：(1)用100、200、300 mmol/L NaCl胁迫处理7 d时宁夏枸杞分别有14、26、55个光合作用相关基因差异表达,且随着NaCl胁迫程度的增加下调表达基因多于上调表达基因。(2)qRT-PCR结果显示,宁夏枸杞的3个光合作用相关基因ATPε、CLH2、Lhcb3的相对表达量均随着NaCl胁迫程度的加深总体呈显著下降的趋势,qRT-PCR验证结果与RNA-seq测序结果基本一致。(3)随着NaCl胁迫程度的增加,宁夏枸杞叶片中的叶绿素a和叶绿素b含量以及净光合速率和Rubisco活性均呈显著下降的趋势,而类胡萝卜素含量变化不显著。研究认为,宁夏枸杞能通过诱导光合作用相关基因的差异表达来调控叶片...     

大叶杨干旱和水淹胁迫的转录组分析

大叶杨（Populus lasiocarpa）是中国特有的杨属物种,干旱和水淹是影响大叶杨生长和分布范围的两个关键因子。AP2/ERF转录因子家族在植物响应非生物胁迫中发挥重要作用。本研究采用转录组测序、生物信息学分析手段并结合分子实验验证初步鉴定了参与大叶杨干旱和水淹胁迫响应的关键基因。研究结果显示：（1）在大叶杨中分别鉴定到3,986/385个响应干旱/水淹胁迫的差异表达基因,其中包括237个同时响应干旱和水淹胁迫的差异表达基因。（2）在大叶杨中共鉴定到205个AP2/ERF家族成员,系统发育分析表明其在大叶杨中主要分为5个亚家族,并显著富集于差异表达基因中。（3）筛选部分胁迫前后差异表达的PlAP2/ERF基因进行qRT-PCR实验,经证实这些基因在大叶杨受到干旱/水淹胁迫时均可被诱导表达。综上,大叶杨在水淹胁迫下的差异表达基因数量明显少于干旱胁迫,AP2/ERF基因家族的部分基因参与到大叶杨干旱/水淹胁迫的应激表达过程。     

ICU呼吸机相关性肺炎患者病原菌分布及NLR、血清磷、PCT联合检测对死亡风险的预测价值探讨

摘要 目的：研究重症监护室（ICU）呼吸机相关性肺炎（VAP）患者病原菌分布及中性粒细胞与淋巴细胞计数比值（NLR）、血清磷、降钙素原（PCT）联合检测对死亡风险的预测价值。方法：选取上海市第一人民医院于2020年1月～2022年1月收治的60例VAP患者。采集所有患者呼吸道分泌物并进行细菌培养。此外,将其按照预后的不同分为死亡组21例以及存活组39例,比较两组NLR、血清磷及PCT水平。以单因素及多因素Logistic分析VAP患者死亡的危险因素,并通过受试者工作特征（ROC）曲线分析NLR、血清磷及PCT预测死亡的效能。结果：60例VAP患者呼吸道分泌物检出病原菌共82株,以革兰阴性菌占比最高,共检出革兰阴性菌75.61%、革兰阳性菌21.95%、真菌2.44%。按照占比从高到低的顺序分别为鲍氏不动杆菌20.73%,铜绿假单胞菌18.29%,肺炎克雷伯菌17.07%,金黄色葡萄球菌13.41%,大肠埃希菌12.20%,其他革兰阴性菌7.32%,表皮葡萄球菌4.88%,肠球菌属3.66%,真菌2.44%。死亡组NLR及PCT水平均高于存活组,而血清磷水平低于存活组（P＜0.05）。单因素分析结果显示：急性生理与慢性健康评分（APACHEⅡ）评分及有创机械通气时间均和VAP患者死亡有关（P＜0.05）。多因素Logistic回归分析显示：APACHEⅡ评分较高、有创机械通气时间较长与NLR、PCT水平较高均是VAP患者死亡危险因素,血清磷水平较高是VAP患者死亡的保护因素（P＜0.05）。ROC曲线分析显示：NLR、血清磷及PCT联合预测VAP患者死亡的效能优于上述三项指标单独预测。结论：VAP患者主要病原菌为革兰阴性菌,临床应合理选用抗菌药物治疗,NLR、血清磷及PCT均和患者死亡有关,联合检测对死亡风险的预测价值较高。     

绝经后骨质疏松症患者血清LECT2水平的临床意义及其预测价值分析

摘要 目的：探讨绝经后骨质疏松症患者血清白细胞衍生趋化因子2（LECT2）水平的临床意义及其预测价值。方法：选择2020年1月～2022年1月湖南师范大学第一附属医院收治的绝经后骨质疏松症患者125例作为研究组,另选取同期体检的绝经后健康女性志愿者120例作为对照组。比较两组血清LECT2水平,并分析血清LECT2水平与腰椎和股骨颈骨密度（BMD）及骨代谢相关指标的相关性;应用受试者工作特征（ROC）曲线分析血清LECT2对绝经后骨质疏松症患者的预测价值。结果：研究组血清LECT2、骨钙素（OC）、I型原胶原N端前肽（PINP）、 I型胶原交联C末端肽（S-CTX）显著高于对照组,腰椎和股骨颈BMD显著低于对照组（P<0.05）。Pearson相关分析显示,绝经后骨质疏松症患者血清LECT2水平与OC、PINP、S-CTX水平呈正相关（P<0.05）,与腰椎和股骨颈BMD呈负相关（P<0.05）。ROC曲线分析显示,血清LECT2、OC、PINP、S-CTX联合检验对绝经后骨质疏松症患者的预测价值的曲线下面积（AUC）为0.856,大于各单一指标预测。结论：绝经后骨质疏松症女性血清LECT2水平升高,其水平与骨代谢指标OC、PINP、S-CTX水平呈正相关,与腰椎BMD和股骨颈BMD呈负相关,血清LECT2联合OC、PINP、S-CTX对绝经后骨质疏松症患者的预测价值较高。     

运用差异展示分离特异性表达的基因

在高等生物中含有约100000个不同的基因,其中仅有15％的基因在任何个体细胞中均表达．因此分离特异的目的基因便显得十分重要.差异展示是通过部分扩增mRNA的逆转录产物、经测序胶电泳,分离到差异性表达的基因.它与消减杂交相比是分离特异表达基因的更有效的手段．虽然这种方法在实际运用中存在着这样或那样的困难,但随着对这种技术的不断改进,它将会有越来越广泛的用途．     

生物种群动态微分方程模型参数估计方法

本文以数值分析和最优化技术的有机结合为基础,提出了一种新的对动态微分方程模型直接进行数据拟合和参数估计方法,并以Logistic微分方程、生物种间竞争关系微分方程以及一种复合形态的Logistic微分方程为例进行了数据拟合试验．结果表明,该方法对各种动态微分方程模型均能进行最优拟合分析并求解其参数．同时发现,以前有的作者〔1,2,3,4,5〕提出的方法所得到的参数估计值存在系统误差且误差较大．     

Stimulation of natural killer (NK) and antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC) activities in murine leukocytes by bombesin-related peptides requires the presence of adherent cells

Bombesin and the two mammalian bombesin-related peptides, gastrin-releasing peptide (GRP) and neuromedin C, at physiological concentrations have been previously shown to stimulate significantly in vitro the antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC) and natural killer (NK) activities in BALB/c mouse leukocytes from axillary nodes, spleen and thymus. In the present work we have shown that adherent cells are required in leukocyte samples for stimulation of cytotoxicity by the neuropeptides, which suggests that this effect may be mediated by those cells. Here we demonstrate the specificity of the effects by reversing them in the presence of the bombesin-antagonist (Leu¹³-ΨCH₂NH-Leu¹⁴)-BN, and by detecting specific receptors for GRP on macrophages of high and low affinity. Using the same binding technics, no receptors for this neuropeptide were found in non-adherent leukocytes.