用于GWAS结果后续研究的PBA方法简介

自提出全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)设想以来,在人类复杂疾病和水稻农艺性状关联研究方面,GWAS已得到广泛运用。但作为一种典型的单标记研究方法,GWAS不能检测小效应的遗传变异,而稀有变异间的联合效应往往与表型密切相关,因此,需对GWAS结果进行深入的数据挖掘。基于通路的分析方法(pathway-based analysis,PBA)就是利用基因功能、生物代谢通路等相关信息建立的对GWAS结果进行二次挖掘的方法。该方法能从GWAS结果挖掘出与性状、疾病相关联的通路及具有相同功能的基因集等数据,从而获得更多的遗传信息。现对PBA的出现、计算方法和相关软件进行简要综述,以期为人们进行通路分析提供参考。     

酶学方法第68卷(重组DNA)

本书介绍研究遗传工程、分子生物学方面很重要的重组DNA的研究方法及最新技术。内容包括重组DNA技术,用于重组DNA研究的酶学,DNA的合成、分离与提纯,用于重组DNA无性繁殖的载体和宿主,DNA无性繁殖系的筛选,无性繁殖基因表达的检验与分析方法。     

动物DNA条形码之分析方法研究进展

DNA条形码是一段可用于物种鉴定的DNA序列。本文综述了近年来多种基于DNA条形码的分析方法及其在物种鉴定和隐存种发现中的应用,主要包括遗传距离法、进化树法、相似性比对法、诊断法和统计分类法等,旨在为这一技术的广泛应用提供参考。     

基于CFD的建筑对城市湖泊湿度效应的影响模拟

城市湖泊水体作为城市生态空间的重要组成部分,对于缓解城市热岛效应具有重大意义。采用定点实测与CFD(Computational Fluid Dynamics)模拟相结合的方法, 以相对湿度为小气候要素重点讨论了建筑因子(建筑后退湖岸距离、建筑高度以及建筑间距)对夏季城市湖泊增湿效应的影响程度。研究结果表明: (1)湖泊周边建筑是影响湖泊湿度效应的重要因素之一, 城市湖泊湿度效应受城市主导风影响较大, 在上风向1 km以及下风向3 km区域范围内湖泊的增湿作用明显; (2)在建筑密度较大时, 仅增大建筑后退距离或增大建筑间距均能使湖泊周边热湿环境得到一定改善, 但对上风向区域影响效果有限, 其相对湿度变化为0.1%-1.2%; (3)建筑高度的改变对城市湖泊湿度效应影响最大, 在下风向区域尤为明显, 其相对湿度变化为2.1%-4.1%。综上, 只有充分考虑湖泊周边建筑因子对湖泊湿度效应的影响才能使得城市湖泊的增湿效应达到最大的优化, 该结果能加深对城市湖泊湿度效应的了解, 对于城市生态空间的整体规划具有参考意义。     

以疏勒河流域为例的“山水林田湖草”生态修复多尺度耦合框架及方法

为解决过去保护修复工程只考虑单要素、单一类型生态系统的问题，我国于2016年开展了“山水林田湖草”生态修复工程，旨在通过整体、系统、综合的方法对各类生态系统进行统筹治理。然而，目前的工程治理中仍然存在对系统内部及系统间耦合概念理解不充分、系统耦合机制不明晰、对“尺度”的关注不足、缺少科学的分析方法等问题，制约了保护修复的成效。对此，首先将多个尺度下的耦合研究方法进行归纳总结，并以国家重点冰川水源涵养区及生物多样性保护优先区——疏勒河流域为例，将耦合方法用于分析要素间、自然生态系统间的耦合关系，最后基于该实例研究，提出多尺度耦合分析框架与“升尺度”保护修复模式，以期帮助相关决策者明晰“山水工程”中要素、系统间的耦合关系，增强治理的科学性与有效性，进而推进我国社会与环境的可持续发展。     

低温条件下常用环境消毒剂对新冠病毒灭活效果的CFD模拟和分析

新冠肺炎疫情以来，冷链食品外包装上的新冠病毒频繁引起局部疫情，对现有的环境消杀体系带来了巨大挑战。为了探究低温环境消毒剂灭活效果下降的内在机制，并为冷链过程中合理选用消毒剂提供依据，对低温条件下消毒剂的灭活过程进行计算流体力学（CFD）建模。以环境消杀常用的75%乙醇溶液和次氯酸钠溶液为工作体系，探讨了不同温度下两种溶液对新冠病毒灭活特性的影响规律。结果表明，75%乙醇溶液的灭活特性在低温环境下受温度的影响较小，而次氯酸钠溶液在环境温度为253.15 K时会发生凝固现象使得其灭活效率显著降低。该模型的模拟结果与实验结果趋势一致，可为冷链运输中疫情防控提供参考。     

核酸分析精要:一种稳健的方法

核酸的序列、多样性和丰度分析是现代生物学的基础。鉴于核酸分析在法医鉴定和食品安全领域的常规应用,稳健的分析方法是必不可少的。     

Expression of endogenous retrovirus ev/J <Emphasis Type="Italic">gp85</Emphasis> gene and analysis of its immunoreactivity in comparison with exogenous viral protein

The envelope gene gp85 of ev/J, a new family of endogenous avian retroviral sequences identified recently, has the most extensive nucleotide sequence identity ever described with ALV-J avian leukosis virus. This report described expression of ev/J envelope gene gp85 derived from commercial meat-type chicken using the Invitrogen Bac-to-Bac baculovirus expression system. The antigenicity and immunoreactivity of the recombinant endogenous gp85 gene product (SU) were analyzed by indirect immunofluorescence, Western blot, indirect and blocking Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay (ELISA) using JE9 monoclonal antibody (MAb) against the envelope protein of ALV-J (ADOL-4817), positive mouse antiserum against the ev/J gp85 SU and sera from chicken naturally infected with ALV-J. The results showed that the ev/J gp85 SU can bind specifically to JE9 MAb and antiserum from chicken naturally infected with ALV-J, and the binding reactivity between exogenous ALV-J gp85 SU and natural positive chicken serum against exogenous ALV-J can be blocked by positive mouse serum against the ev/J gp85 SU. It is concluded that recombinant endogenous gp85 gene product (SU) has close immunological relatedness to the envelope protein of exogenous ALV-J (ADOL-4817 and IMC₁₀₂₀₀ strain). Foundation items: Natural Science Foundation of China (30460098); China Postdoctoral Science Foundation funded project (2005038585).     

USP与EP近期公布方法采纳沃特世UPLC技术

近期,美国药典(USP)与欧洲药典(EP)都公布了采用UPLC技术的药物质量分析方法。USP方法盐酸曲马多缓释片(Tramadol Hydrochloride Extended Release Tablets)有关物质分析,使用色谱柱"L1,1.7μm,2.1mm×