SDH全基因的拼接及原核表达

目的:构建闭联异松树脂醇二脂脱氢酶(SDH)全基因片段与原核表达质粒载体,在大肠杆菌中进行表达.方法:将SDH3'端和5'端序列通过PCR方法拼接获得全基因后,然后将其插入到相应的原核表达质粒载体PGEX-6p-1中,形成了重组载体,并使其在大肠杆菌BL21中经IFFG诱导其表达蛋白,再用SDS-PAGE电泳检测表达结果.结果:成功的将SDH基因片段拼接成全基因,并将其构建入原核表达载体PGEX-6p-1中.测序结果表明载体构建成功,无插入和移码突变.经1.5mmol/LIPTC诱导后获得与预测大小(29.253kDa)完全一致的目的蛋白即闭联异松树脂醇二脂脱氢酶蛋白,并测得在37℃、250r/min的实验条件下的最佳诱导时间为4h.结论:成功获得了重组质粒并在大肠杆菌中较好的诱导表达得到了闭联异松树脂醇二脂脱氢酶的蛋白.     

重叠群物理图谱的构建及其应用

人类对各种生物的基因组结构和功能的研究都需要确定DNA序列在染色体上的位置.与遗传图相比,物理图反映了基因或DNA标记之间在染色体上的真实距离.依其作图方法分为三类,即限制性酶切图谱、重叠群图谱和DNA序列图谱.重叠群物理图是将获得的大片段克隆,如YAC、BAC克隆,依其在染色体上的真实顺序排列而成,主要应用于基因组测序、重要基因的图位克隆、靶分子标记开发及比较基因组学研究等,特别是为那些由于缺乏合适的作图群体而不能建立遗传图的物种提供了一个重要的从事基因组学研究的平台.本文综述了近年来重叠群物理图构建研究的主要进展,比较分析了不同重叠群物理图谱构建方法的特点,提出了改进物理作图质量的建议,认为应根据基因组不同区域的特点,综合特异性探针的杂交、PCR筛选、酶切指纹分析、BAC克隆STC延伸、BAC末端测序等多种方法才能完成重叠群的构建.此外,物理图的构建还应努力整合各种基因组的资源和数据,如遗传连锁图、分子细胞遗传图、DNA序列图、EST数据等,这将有助于提高其在基因组学研究中的使用价值及应用范围.文章最后对重叠群物理图的发展趋势进行了展望.     

马传染性贫血病毒基因组部分转录图谱

以马传贫驴白细胞弱毒和驴强毒分别接种培养细胞和试验动物,分别在体外和体内条件,对病毒的各种转录产物进行克隆和序列分析。通过与病毒基因组的序列进行比较,用实验的方法绘制出了两株病毒在相应试验条件件下的转录图谱,确定了各拼接产物的外显子构成以及拼接供体和拼接受体位点的具体位置。发现两种病毒在外显子－3的上游拼接受体位点（SA2）的位置与已报道的EIAV毒株均不相同,且二者的拼接信号不一致。     

几种新型植物基因表达载体的构建方法

利用基因工程技术手段研究基因功能过程中,构建基因表达载体处于转基因植物的主导地位,采用合适的构建方法会使实验效果事半功倍。植物基因表达载体的构建方法除了传统构建法、Gateway技术、三段T-DNA法、一步克隆法等,还有近年来出现的几种新型的载体构建方法:基于竞争性连接原理快速构建小片段基因表达载体;MicroRNA前体PCR置换法适用于构建小分子RNA表达载体;重组融合PCR法特别适用于插入片段中含有较多限制性酶切位点的载体构建;利用In-Fusion试剂盒可以将任何目的片段插入一个线性化载体的某个区域;构建多片段复杂载体可采用不依赖序列和连接的克隆方法(Sequence and ligation-independent cloning,SLIC)法;Gibson等温拼接法;Golden Gate拼接法。本文将在总结分析前人工作的基础上,结合自己工作的体会和经验分析这7种新方法的特点,期望通过这几种新的方法给植物基因工程表达载体的构建提供新的思路。     

宏基因组重叠群分箱方法研究综述

宏基因组学技术可以直接从环境中提取微生物的全部遗传物质,而不需要像传统方法一样在培养基上纯培养。这种技术的出现为科学家对微生物群落的结构和功能的认识提供了重要的方法,同时对疾病的诊治、环境的治理以及生命的认识具有重大的意义。从环境中提取出微生物全部遗传物质,对其进行测序从而得到它们的reads片段,通过reads组装工具可以进一步组装成重叠群片段。对重叠群片段进行分箱,可以从宏基因组样本中重建出更多完整的基因。分箱效果的好坏直接影响到后续的生物分析,因此如何将这些含有不同微生物基因混合的重叠群序列进行有效的分箱成为了宏基因组学研究的热点和难点。机器学习方法被广泛应用于宏基因组重叠群分箱,通常分为有监督重叠群分类方法和无监督重叠群聚类方法。该综述针对宏基因组重叠群分箱方法进行了较为全面的阐述,深入剖析了重叠群分类方法与聚类方法,发现其存在分类准确率较低、分箱时间较长、难以从复杂数据集中重建更多微生物基因等问题,并对未来重叠群分箱方法的研究和发展进行了展望。作者建议可以使用半监督学习、集成学习以及深度学习方法,并采用更有效的数据特征表示等途径来提高分箱效果。     

DNA克隆和组装技术研究进展

DNA克隆和组装技术是重要的分子生物学工具。近年来,随着合成生物学的飞速发展,对大片段DNA元件的快速有效组装就显得尤为关键。同时,各种DNA克隆和组装技术也竞相发展起来。通过对基于非典型酶切连接、PCR、同源重组、单链退火拼接等原理发展起来的各种DNA克隆和组装技术进行综述,为合成生物学的进一步发展提供有效的操作工具。     

蚊虫地理生态位瘃其重叠群划分的初步研究

本文将物种在地理上的分布范围作为地理生态位提出,并对我国蚊虫的地理生态位进行了研究,内容包括：蚊虫地理生态位宽度,地理生态位重叠指数的测定和９种蚊虫重叠群的划分。     

水稻基因组重叠群：1998年1月向全球公开重叠群的细节

1997年10月中国科学院国家基因研究中心发表了覆盖率约达92％的水稻基因组（4．3亿核苷酸,12条染色体）第一代BAC指纹物理图。物理图是由重叠群（contigs）构成的。本文极简要地叙述了重叠群的特点、重叠群在寻找基因和大规模基因组DNA测序中的应用、重叠群在染色体上的定位以及向全球公开重叠群的细节等问题。     

平末端DNA随机连接构建重组质粒

目的:拼接DNA片段并克隆。方法:用T4DNA连接酶将DNA片段以平末端随机连接,随后用限制性内切酶切割,琼脂糖电泳分离酶切产物,挑选特定片段纯化回收,与线性化的载体质粒连接,转化大肠杆菌感受态细胞。结果:通过以上步骤,成功拼接了不同DNA片段,构建了含有目的拼接片段的重组质粒。结论:该方法简便、易行、可靠,可作为拼接、克隆DNA的备选方案,在分子生物学研究和基因工程中应用。