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31.
基于Solexa高通量测序的黄曲条跳甲转录组学研究 总被引:2,自引:0,他引:2
黄曲条跳甲Phyllotreta striolata (Fabricius) 是十字花科蔬菜的重要害虫。为深入了解其遗传信息, 本研究应用新一代高通量测序技术Illumina’s Solexa平台对黄曲条跳甲成虫的转录组进行测序, 并结合SOAPdenovo拼接聚类等分析软件, 获取大量的EST和挖掘功能基因。本文最终获得了4 924条序列重叠群(contig), 其中包含2 209种与黑腹果蝇Drosophila melanogaster蛋白基因具直系同源的独立基因(unigene)和610种黄曲条跳甲物种特有的unigene。结合Gene Ontology (GO)数据库进行分析, 发现大部分的unigene具结合能力(binding capability)和催化活性(catalytic activity); 上百种unigene可聚类于生物学过程分类中的配子发生、 生殖腺发育和交配行为等重要功能。另外, 结合KEGG Pathway数据库分析发现, 共有363种unigene参与或涉及了40种代谢路径, 其中生物钟调控路径和植物次生代谢物路径等相关基因的发现, 有助于深入研究黄曲条跳甲行为发生的内在机理。Solexa高通量测序技术作为昆虫功能基因组研究的重要手段, 为发掘黄曲条跳甲功能基因发挥了重要作用, 也为在分子水平上研发黄曲条跳甲的防治新策略提供了更翔实的基因信息。 相似文献
32.
利用基因工程技术手段研究基因功能过程中,构建基因表达载体处于转基因植物的主导地位,采用合适的构建方法会使实验效果事半功倍。植物基因表达载体的构建方法除了传统构建法、Gateway技术、三段T-DNA法、一步克隆法等,还有近年来出现的几种新型的载体构建方法:基于竞争性连接原理快速构建小片段基因表达载体;MicroRNA前体PCR置换法适用于构建小分子RNA表达载体;重组融合PCR法特别适用于插入片段中含有较多限制性酶切位点的载体构建;利用In-Fusion试剂盒可以将任何目的片段插入一个线性化载体的某个区域;构建多片段复杂载体可采用不依赖序列和连接的克隆方法(Sequence and ligation-independent cloning,SLIC)法;Gibson等温拼接法;Golden Gate拼接法。本文将在总结分析前人工作的基础上,结合自己工作的体会和经验分析这7种新方法的特点,期望通过这几种新的方法给植物基因工程表达载体的构建提供新的思路。 相似文献
33.
DNA克隆和组装技术是重要的分子生物学工具。近年来,随着合成生物学的飞速发展,对大片段DNA元件的快速有效组装就显得尤为关键。同时,各种DNA克隆和组装技术也竞相发展起来。通过对基于非典型酶切连接、PCR、同源重组、单链退火拼接等原理发展起来的各种DNA克隆和组装技术进行综述,为合成生物学的进一步发展提供有效的操作工具。 相似文献
34.
35.
四种常用高通量测序拼接软件的应用比较 总被引:1,自引:0,他引:1
新一代测序平台的诞生推动了对全基因组鸟枪法测序数据的拼接算法和软件的研究,自2005年以来多种用于高通量测序的序列拼接软件已经被开发出来,并且在不断地进行改进以提高拼接效果.本文利用目前广泛使用的高通量测序拼接软件Velvet、AbySS、SOAPdenovo和CLC Genomic Workbench分别对本试验室分离的一株噬菌体IME08的高通量测序结果进行拼接,介绍这几种拼接软件的安装使用及参数优化,并对不同软件的拼接结果进行比较,针对不同的拼接软件得到优化的拼接参数,可为其他研究人员使用上述软件提供参考借鉴. 相似文献
36.
蚊虫地理生态位瘃其重叠群划分的初步研究 总被引:3,自引:0,他引:3
本文将物种在地理上的分布范围作为地理生态位提出,并对我国蚊虫的地理生态位进行了研究,内容包括:蚊虫地理生态位宽度,地理生态位重叠指数的测定和9种蚊虫重叠群的划分。 相似文献
37.
重叠群物理图谱的构建及其应用 总被引:1,自引:0,他引:1
人类对各种生物的基因组结构和功能的研究都需要确定DNA序列在染色体上的位置.与遗传图相比,物理图反映了基因或DNA标记之间在染色体上的真实距离.依其作图方法分为三类,即限制性酶切图谱、重叠群图谱和DNA序列图谱.重叠群物理图是将获得的大片段克隆,如YAC、BAC克隆,依其在染色体上的真实顺序排列而成,主要应用于基因组测序、重要基因的图位克隆、靶分子标记开发及比较基因组学研究等,特别是为那些由于缺乏合适的作图群体而不能建立遗传图的物种提供了一个重要的从事基因组学研究的平台.本文综述了近年来重叠群物理图构建研究的主要进展,比较分析了不同重叠群物理图谱构建方法的特点,提出了改进物理作图质量的建议,认为应根据基因组不同区域的特点,综合特异性探针的杂交、PCR筛选、酶切指纹分析、BAC克隆STC延伸、BAC末端测序等多种方法才能完成重叠群的构建.此外,物理图的构建还应努力整合各种基因组的资源和数据,如遗传连锁图、分子细胞遗传图、DNA序列图、EST数据等,这将有助于提高其在基因组学研究中的使用价值及应用范围.文章最后对重叠群物理图的发展趋势进行了展望. 相似文献
38.
拼接信号序列单碱基变异提高马传染性贫血病毒mRNA拼接效率 总被引:1,自引:0,他引:1
分别以马传染性贫血(马传贫)驴强毒(D—A EIAV)RNA和马传贫驴白细胞弱毒疫苗(DLA EIAV)RNA为模板,利用RT—PCR的方法,克隆到马传贫强、弱毒株基因组外显子2及其下游的核苷酸序列。然后将报告基因CAT插入到EIAV内含子2env阅读框架中,构成CAT拼接报告系统。同时在强毒株重组表达质粒的基础上,将其外显子-3上游拼接受体位点的核苷酸序列CAG突变为弱毒株相应位置的核苷酸序列TAG,得到强毒单核苷酸突变株重组表达质粒。用构建的3个重组表达质粒DNA转染驴血白细胞,ELISA检测转染细胞CAT浓度。结果表明:EIAV强毒株重组表达质粒中CAT蛋白表达量最高,EIAV强毒株重组表达质粒次之,EIAV强毒突变株重组表达质粒最低。由于CAT基因被插入于各重组质粒中的EIAV内含子-2里,EIAV外显子-2、3之间的拼接可导致该基因的删除,因而其拼接效率低于EIAVmRNA外显子-2、3之间的拼接效率。实验数据表明,EIAV SA2拼接信号序列单碱基变异提高了SD2-SA2拼接效率;D—AEIAV SA2-SD2拼接效率比DLA EIAV相应位点拼接效率高。 相似文献
39.
由于结核病人抗体反应存在异质性,把单一抗原用于血清学诊断存在阳性率较低的缺陷。为获得适于结核病临床诊断用抗原,本研究将结核分枝杆菌38 ku抗原和尿蛋白(urine protein 1,U1)进行融合表达、纯化并测定其抗原活性。用基因拼接法将结核分枝杆菌编码38 ku抗原和U1蛋白的基因拼接在一起,克隆到pMD18-T上,进一步构建重组质料pET28a-38kDa-U1,并转化E.coliBL21,通过IPTG诱导实现其高效表达,采用亲和层析纯化表达产物。用纯化的融合抗原免疫家兔获得抗血清,用该血清以及活动性肺结核病人血清对纯化产物的抗原活性进行测定。结果成功构… 相似文献
40.
目的:构建闭联异松树脂醇二脂脱氢酶(SDH)全基因片段与原核表达质粒载体,在大肠杆菌中进行表达.方法:将SDH3'端和5'端序列通过PCR方法拼接获得全基因后,然后将其插入到相应的原核表达质粒载体PGEX-6p-1中,形成了重组载体,并使其在大肠杆菌BL21中经IFFG诱导其表达蛋白,再用SDS-PAGE电泳检测表达结果.结果:成功的将SDH基因片段拼接成全基因,并将其构建入原核表达载体PGEX-6p-1中.测序结果表明载体构建成功,无插入和移码突变.经1.5mmol/LIPTC诱导后获得与预测大小(29.253kDa)完全一致的目的蛋白即闭联异松树脂醇二脂脱氢酶蛋白,并测得在37℃、250r/min的实验条件下的最佳诱导时间为4h.结论:成功获得了重组质粒并在大肠杆菌中较好的诱导表达得到了闭联异松树脂醇二脂脱氢酶的蛋白. 相似文献