杜氏盐藻psaB基因cDNA克隆及系统进化分析

根据真核生物莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)、Chlamydomonas moewusii及Chlorella vulgaris等光系统Ⅰ反应中心蛋白psaB基因的氨基酸高度保守序列,设计一对简并引物,利用TRIzol试剂提取杜氏盐藻(Dunaliella salina)细胞的总RNA,通过RT-PCR,得到的一段长为1.8kb左右的cDNA片段。PCR产物经T-A克隆并测序以及测序结果推导成氨基酸序列进行同源性比较,表明所克隆的1815bp序列为杜氏盐藻光系统Ⅰ反应中心psaB基因的cDNA片段,GenBank收录号为AY820754。根据已经得到的psaB的核苷酸序列推导成氨基酸序列与一些已知物种的psaB氨基酸序列相比较,同源性分别为Chlamydomonas reinhardtii 92%,Chlamydomonas moewusii 91%,Chlorella vulgaris 86%,Mesostigma viride 85%,Phy -scomitrella patenssubsp.Patens 85%,Nephroselmis olivacea 84%。此外,psaB密码子偏爱性分析表明:杜氏盐藻psaB基因第三位密码子A和T的组成分别为35.7%和39.17%,而G和C分别为7.27%和17.85%,即杜氏盐藻psaB基因密码子的组成大多为NNA和NNT。根据psaB基因的特征,作者对绿藻门的50个物种的psaB基因作了进化分析,结果表明:杜氏盐藻与Haematococcaceae中的大多数种类进化地位最为接近,这为更进一步弄清杜氏盐藻的遗传背景提供了理论依据。     

RAPD技术在志贺菌及沙门菌鉴别中的应用

河南农业大学牧医工程学院杨霞、陈陆、许兰菊等五位科学工作者以鸡鲍氏志贺菌,鸡白痢沙门菌和痢疾志贺菌为对象,分别提取基因组DNA,利用6条随机引物以随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对其基因组DNA进行了分析,其结果：4条随机引物能较好地在这3种菌中检测到多态性分子标记,共扩增出了59个DNA片段,其中3个菌株共有的谱带7条,而显示多态性的片段有52条,占88．1％。     

基于粪便DNA的岩羊微卫星引物的筛选及个体识别

贺兰山保护区岩羊Pseudois nayaur种群数量近年来增长很快,为了解贺兰山保护区的岩羊种群的遗传健康状况,从而更好地保护和管理岩羊种群,需要对岩羊种群的遗传多样性进行研究。在其近缘物种中选出36对微卫星引物对收集到的岩羊粪便DNA样品进行PCR扩增。结果发现,有9对引物在岩羊粪便DNA中扩增出了多态性位点。各位点基因杂合度介于0.26~0.95之间,平均杂合度为0.48,各位点多态信息含量介于0.23~0.68之间,平均多态性为0.48。     

基于简并引物同步克隆两个红麻PDIL同源基因cDNA5'-末端序列

探索利用同一套简并引物结合通用引物同步扩增两个红麻PDIL同源基因的cDNA5’-末端序列,以期为同一转录组中两个旁系同源基因cDNA5' RACE的同步扩增提供借鉴.通过红麻HcPDIL5-2a和HcPDIL5-2b cDNA中间片段及3’-末端已知序列的比时,在其完全保守区段设计了一条引物用于两个基因5' RACE的共反转录;在其部分保守区段设计了两条简并引物,并利用其在两个基因的5'RACE扩增时退火温度的差异,结合通用引物巢式PCR同步扩增两个基因的cDNA 5 ’-末端未知序列.在两个基因全长cDNA拼接序列的基础上设计两对特异引物分别扩增它们的cDNA全长序列,测序结果进一步验证了序列拼接和cDNA 5' RACE同步扩增的可靠性.进化分析证实两个基因属于PDIL基因家族成员.     

嵌套多重PCR——研究田间植物部分丛枝菌根真菌和微生物区系的一个可行技术

对感染植物根部的丛枝菌根真菌进行准确鉴定是菌根研究的基础, 而仅仅通过形态学特征不可能将根内菌根真菌鉴定到种. 为了快速、准确而又经济地鉴定植物根内与根际的菌根真菌区系, 本研究设计和应用了嵌套多重聚合酶链式反应(PCR)技术. 本研究中, 首先对所用PCR引物进行了种特异性验证和相容性分析. 对4种孢子HAUO3, Glomus intraradices, Scutellospora castaneae和Glomus sp. HAUO4的研究结果表明, 嵌套PCR具高度敏感性. 在嵌套多重PCR的可行性研究中, 应用混合孢子样品, 于温室条件下培养得到的4种菌根真菌共感染的紫云英根段, 以及于田间采集得到的15种植物的根段. 结果证明, 嵌套多重PCR反应同样具有高度敏感性, 准确率达到95%. 同时检测到4种菌根真菌对植物的感染, 证明了此实验技术具高度敏感性、高效性, 是菌根研究的一种新的简易、经济而又切实可行的方法.     

酒酒球菌的快速特异性PCR鉴定

以Oenococcus oeni苹果酸-乳酸酶基因(mleA)为目标基因,设计了1对特异性引物PmleaL/PmleaR进行酒酒球菌的快速鉴定研究。结果表明,直接以O.oeni的菌落为模板,通过引物对PmleaL/PmleaR的PCR扩增,可得到mleA基因的特异性条带;用此特异性引物进行供试乳酸菌的PCR鉴定,所有O.oeni菌系均得到特异性条带,而供试的其它种类乳酸菌未扩增出目标带。PmleaL/PmleaR可用于O.oeni的快速PCR鉴定。     

植物逆转座子引物开发应用中的逆转座子序列分离方法

文章介绍了作为植物逆转座子引物开发前提序列的逆转座子序列获得的几种方法：（1）通过同源克隆法获取逆转座子的基因序列以设计逆转座子基因序列特异引物;（2）通过筛选文库、聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）、搜寻核酸数据库、大片段重叠群测序分离全长逆转座子序列以开发逆转座子长末端重复（long terminal repeat,LTR）引物;以及利用（3）磁珠富集、（4）抑制PCR和（5）SiteFinding PCR等方法直接获得逆转座子的LTR序列以开发逆转座子LTR引物。     

应用随机PCR方法鉴定一株真养产碱杆菌

采用随机引物PCR技术从新建细胞培养室空气中获得一段长414bp的片段,通过克隆测序及序列分析,结果表明所测序列与真养产碱杆菌主要参考菌株的同源性分别高达79%-83%,由其推导的氨基酸序列与真养产碱杆菌主要参考菌株的同源性高达86.4%-89.1%,从而确定所分离菌株为真养产碱杆菌。     

草莓G6PDH基因片段的克隆与序列分析

根据不同植物G6PDH同源基因的保守区设计合成简并引物,采用PCR技术从草莓基因组中分离出一个DNA片段并克隆到pMD18-T载体中。序列测定和分析表明,该片段长717 bp,与拟南芥等植物的G6PDH基因的核酸序列具有83%-87%的同源性。结果表明,克隆的片段为草莓G6PDH基因片段。     

属特异性T-RFLP技术用于乳酸杆菌的群落分析

【目的】设计乳酸杆菌属特异性T-RFLP技术(末端限制性片段长度多态性分析)对14株乳酸杆菌进行分型。【方法】采用源于16S-23S rRNA基因间隔区序列的乳酸杆菌属特异性引物LAB-rev,乳酸杆菌的属特异性引物,6-FAM荧光标记后结合16S上游通用引物7f用于乳酸杆菌的PCR扩增。【结果】选取HaeⅢ和HhaⅠ进行限制性酶切,最后对酶切后的产物末端测序得到T-RFLP峰谱图,该图谱能够快速准确地对不同种的乳酸杆菌进行定性、定量的分析。【结论】实验成功搭建T-RFLP技术用于微生态环境中乳酸杆菌检测的平台,对于在功能性食品、乳酸饮料和药物对肠道微生态的影响及菌种鉴定等领域有重大意义。