一个生物网络比对的启发式算法

随着各种高通量生物实验技术的发明和广泛应用,越来越多的分子生物网络数据被公布.有效而且可靠的比对这些网络对检测分子生物网络的保守性功能模块和推测物种间的进化关系有着十分重要的意义.然而,由于网络比对在理论上是NP-困难（nondeterministic polynomialtime-hard）问题,它已经成为当前计算生物学需要攻克的主要难点之一.本文提出了一个比对两个蛋白质相互作用网络的启发式算法.该算法首先通过比较两个网络中所有顶点的邻域相似性给出这两个网络的顶点相似性矩阵,然后利用该矩阵将全局网络比对问题转化为一个二部图匹配问题.众所周知,二部图匹配问题具有多项式时间复杂度算法,本文利用ILOG CPLEX软件进行求解.为了验证该算法的优越性,作者比对了水痘病毒（varicella-zoster,VZV）和卡波济（氏）肉瘤病毒（kaposi＇s sarcomaassociated herpesvirus,KSHV）的蛋白质相互作用网络,并且把比对结果同其它网络比对算法进行比较.结果证明该算法显著提高了全局网络比对的精确度.     

山西历山国家级自然保护区千金榆群落种间分离研究

对山西历山国家级自然保护区普通沟和西峡的千金榆(Carpinus cordata)群落进行野外调查,共记录了40个样方,44个物种,组成946个种对.利用最近邻体法构造N×N最近邻体列联表,以x2检验和种间分离指数S作为区分指标,研究了千金榆群落的种间分离情况.结果表明:(1)946个种对中呈现随机毗邻的最多,有507个种对,占总数的53.59％;呈现正分离的有349个种对,占总数的36.89％;而呈现负分离种对最少,只有90对,占总数的9.52％.(2)群落的建群种或优势种因为有较强的生存能力和竞争能力,往往表现出正分离,例如千金榆、小叶鹅耳枥(Carpinus turczaninowii)、五角枫(Acer mono)、葛罗槭(Acer grosseri)等有较强生存能力的物种与大多数的物种发生正分离;而六道木(Abelia biflora)、东北茶镳子(Ribes mandshuricum)、小花溲疏(Deutziaparviflora),美蔷薇(Rosa bella)和紫花卫矛(Euonymus porphyries)等群落中的伴生种或小灌木,与部分物种形成负分离.其余物种之间发生随机毗邻的较多.(3)对千金榆群落44×44列联表进行全面分离,结果表明群落内的44个物种相互交错分布,不是全面分离.此外,种间分离的结果也揭示该群落处于演替初期,受岩石风化崩塌的影响较严重,人为干扰因素较轻.     

单胎头位初产妇产程图分析

目的：探讨存在难产因素初产妇产程图的临床意义。方法：对2009年6月至2010年6月在济南军区总医院住院分娩的326例单胎头位初产妇的产程图进行回顾性分析。结果：产程图异常组中难产因素的构成比和剖宫产率均高于产程图正常组;存在难产因素的组别（胎方位异常组、宫缩乏力组、巨大儿组）产程中各阶段时限均较正常产妇组长,宫颈扩张速度均较正常组慢,胎头位置均高于正常组,以上差异均有统计学意义（P〈0．05）。结论：在产程中对产程图中各阶段时限、宫颈扩张速度及胎头位置等指标进行监测,来预测和及时发现头位难产因素的存在,及时给予处理,改善母儿预后。     

单胎头位初产妇产程图分析

目的:探讨存在难产因素初产妇产程图的临床意义。方法:对2009年6月至2010年6月在济南军区总医院住院分娩的326例单胎头位初产妇的产程图进行回顾性分析。结果:产程图异常组中难产因素的构成比和剖宫产率均高于产程图正常组;存在难产因素的组别(胎方位异常组、宫缩乏力组、巨大儿组)产程中各阶段时限均较正常产妇组长,宫颈扩张速度均较正常组慢,胎头位置均高于正常组,以上差异均有统计学意义(P<0.05)。结论:在产程中对产程图中各阶段时限、宫颈扩张速度及胎头位置等指标进行监测,来预测和及时发现头位难产因素的存在,及时给予处理,改善母儿预后。     

重组人睫状神经营养因子肽图分析

建立重组人睫状神经营养因子(recombinant human ciliary neurotrophic factor,rhCNTF)的肽图分析方法,用于rh-CNTF的质量控制。胰蛋白酶对rhCNTF进行酶切后,利用RP-HPLC方法对酶切液进行分析,以获得胰蛋白酶切最佳条件及色谱条件,并对连续3批样品进行分析。rhCNTF的胰蛋白酶最佳酶切条件为37℃酶切24h,以A(0.1%TFA-H2O)、B(0.1%TFA-CH3CN)为流动相,采用梯度洗脱的方法对酶切液进行分析,结果连续3批rhCNTF制备产品的肽图完全一致,且其检出峰数目与理论推测值相符。3批产品肽图的一致性为rhCNTF产品的结构同一性提供了有利证据,同时,建立了rhCNTF产品质量控制的一项指标。     

Linux与人类代谢的自相似性实证研究

对现实世界复杂网络的自相似性进行实证分析是当前该领域的一个热点问题。文章首先介绍了复杂网络自相似性的基本概念,随后阐述了自相似指数及其计算方法盒覆盖算法的基本原理和方法,最后对Linux与人类代谢这两种不同类型的复杂系统进行自相似性实证研究。研究结果表明,它们都是自相似的。     

EFFECTS OF HUMAN ACTIVITIES ON STRUCTURE AND COMPOSITION OF WOODY SPECIES OF THE NOKREK BIOSPHERE RESERVE OF MEGHALAYA,NORTHEAST INDIA

Aims Our study was conducted in the Nokrek Biosphere Reserve (NBR) in the Garo hills districts of Meghalaya, Northeast India. Our aim was to assess the effects of human activities on plant diversity,population structure and regeneration.Methods We selected a representative 1.2 hm2 stand in both the core and buffer zones of NBR. Structure and composition were determined by randomly sampling square quadrats, population structure was assessed by determining age structure, and regeneration was assessed by measuring densities of seedling, sapling and adult trees.Important findings More woody species were recorded from the core zone than the buffer zone (87 vs. 81 species), and there were a large number of tropical, temperate, and Sino-Himalayan, Burma-Malaysian and Malayan elements, primitive families and primitive genera. The trees were distributed in three distinct strata,canopy, subcanopy and sapling. Subcanopy and sapling layers had the highest species richness (81％ -88％ ). Lauraceae and Euphorbiaceae were the dominant families in terms of the number of species, and a large number of families were represented by single species. Most woody species (57 ％ - 79 ％ ) were contagiously distributed and had low frequency ( ＜ 20％ ). Although stand density was high in the buffer zone, its basal area was low compared to the stand in the core zone. Low similarity and high β-diversity indicate marked differences in species composition of the stands. Shannon diversity index was high in both the stands, while Simpson dominance index was low. The diameter-class distribution for dominant species revealed that the most had a large number of young individuals in their populations. Preponderance of tree seedlings, followed by a steep decline in population density of saplings and adult trees, indicated that the seedling to sapling stage was the most critical in the life cycle of the tree populations. Most species (42 ％ - 48 ％ ) had no regeneration,25 ％ - 35 ％ had good/fair regeneration, and the rest had poor regeneration or reoccurred as immigrants.     

《科学》：新技术首次获得高分辨率脑干功能图

美国科学家近日设计出了一种新的实验技术,能够对脑干（brainstem）区域进行高分辨率成像。脑干位于大脑最下部,脊髓顶端。它控制着维持呼吸、消化、心律、血压等必需的大脑功能,它同时还是许多脑化学物质的中转总部,一旦运转失调,就有可能导致上瘾、精神分裂症及帕金森症等精神疾病。有关专家认为此项技术为深入研究这一区域开启了方便之门。相关论文发表在2月29日的《科学》（Science）上。     

副溶血性弧菌重复序列-PCR分型研究

利用基因外重复回文序列-PCR(REP-PCR)和肠细菌基因间共有重复序列-PCR(ERIC-PCR)技术,对副溶血性弧菌进行了分子分型研究和亲缘关系的探讨,并使用Hunter和Gaston方法计算分辨力指数.结果显示40株副溶血性弧茵分离株均可扩增产生可重复的DNA指纹图谱,并且不同菌株基因组DNA的扩增条带具有多态性.根据SPSS10.0软件得出的树状图结果,REP-PCR可以把40株茵分为21个型,分辨力指数可达到0.953,优势菌型为G1型;ERIC-PCR可将40株菌分成4个型,分辨力指数为0.5.研究显示重复序列-PCR方法可以用于该菌分型分析,REP-PCR具有较好的分型能力.在两种PCR的DNA指纹图谱中,血清型O1群与O3群主条带均非常相似,表明它们之间亲缘关系密切.     

逻辑方法应用于遗传学概念教学

在遗传学概念的教学中运用逻辑方法,用概念定义方式帮助学生对概念内涵的理解,用概念划分的方法明确概念的外延.运用概念的正反例、变式等策略掌握概念本质特征.应用概念关系图构建遗传学概念之间的逻辑关系.