梭梭qRT-PCR内参基因的筛选及稳定性分析

本研究旨在探明梭梭（Haloxylon ammodendron）在不同非生物胁迫下稳定表达的内参基因，为后续梭梭抗逆性相关基因功能研究奠定基础。研究采用实时定量聚合酶链式反应（qRT-PCR）技术从梭梭转录组数据库中检测了GAPDH、ef1-α、UBC、RPL32、ALB、50S-1721、50S-1063、RPⅡ、H3、PP2A、SOD、HSC70、TUA和TUB等14个候选内参基因在高温、干旱、盐、ABA和昼夜节律条件下的表达变化。利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件对梭梭候选内参基因的稳定性进行评价，最终筛选出合适的内参基因，并通过对梭梭磷酸烯醇丙酮酸羧化酶（phosphoenolpyruvate carboxylase, PEPC）基因表达分析，验证了不同内参基因对实验结果的影响。4种软件分析得到的最优内参基因存在差异，在RefFinder网站上综合排序分析表明，在ABA处理和昼夜节律下，ALB是最优内参基因，RPⅡ基因在干旱胁迫下表达最稳定，TUB和RPⅡ基因在盐胁迫下最适用，H3基因在高温胁迫下表达最为稳定。各种胁迫下最适宜的内参基因为ALB和RPL32。通过计算几何平均值，得到14个候选内参基因的综合稳定性排名，其中排名前两位的基因分别为SOD和RPL32。综上，RPL32和SOD可作为梭梭qRT-PCR标准化的内参基因。