TSNAdb: A Database for Tumor-specific Neoantigens from Immunogenomics Data Analysis

Tumor-specific neoantigens have attracted much attention since they can be used as biomarkers to predict therapeutic effects of immune checkpoint blockade therapy and as potential targets for cancer immunotherapy. In this study, we developed a comprehensive tumor-specific neoantigen database (TSNAdb v1.0), based on pan-cancer immunogenomic analyses of somatic mutation data and human leukocyte antigen (HLA) allele information for 16 tumor types with 7748 tumor samples from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and The Cancer Immunome Atlas (TCIA). We predicted binding affinities between mutant/wild-type peptides and HLA class I molecules by NetMHCpan v2.8/v4.0, and presented detailed information of 3,707,562/1,146,961 potential neoantigens generated by somatic mutations of all tumor samples. Moreover, we employed recurrent mutations in combination with highly frequent HLA alleles to predict potential shared neoantigens across tumor patients, which would facilitate the discovery of putative targets for neoantigen-based cancer immunotherapy. TSNAdb is freely available at http://biopharm.zju.edu.cn/tsnadb.     

Amplification, analysis and chromosome mapping of novel homeobox-containing and homeobox-flanking sequences in rice

Homeobox genes, widely distributed among animal and plant kingdoms, play an important role in developmental process. Several homeobox conserved fragments were amplified by PCR and the flanking regions were also obtained by an LM-PCR procedure. Sequencing and Southern analysis showed that they belong to a homeobox gene family of rice. Six homeobox-containing fragments were mapped on the molecular linkage map of rice. They were located on chromosomes 3, 4 and 7 respectively. It is noteworthy that there are 4 homeobox fragments located on rice chromosome 3 and the result is also consistent with the comparative genomics between rice and maize.     

水稻白叶枯病广谱抗性基因Xa21导入两用不育系培矮64S

以克隆的Xa21基因为外源基因,成熟胚愈伤组织为转化受体,应用农杆菌介导法对水稻两用型核不育系培矮64S进行转化,获46株转基因植株。PCR和Southern分析结果表明,Xa21已整合到受体基因组。用稻白叶枯病病原菌(Xanthomonasoryzaepv.oryzae)菲律宾小种6号接种鉴定,结果表明大多数转基因植株获得了抗病性。已整合的Xa21基因能够稳定地遗传,在所检测转基因株系的T1代中,Xa21基因显示3:1的分离。     

棉铃虫发生与北太平洋海温的遥相关 及其长期灾变预警

本文分析了山东郓城26年（1974～1999）、德州22年（1978～1999）和江苏丰县20年（1980～1999）棉铃虫百株累计卵量与北太平洋海温的遥相关关系及其时空动态规律,并选出相关显著程度P<0.05概率水平、空间分布范围较大、持续时间较长而稳定的组合作为关键预测因子组建了郓城、德州棉铃虫三代卵,丰县棉铃虫二代卵的预测模型,并筛选出最优长期灾变预警模型。结果表明：① 北太平洋海温场与棉铃虫种群数量消长存在显著或极显著的遥相关区域,其位置及范围随时间变化,但存在若干呈现出空间稳定性和时间持续性的大面积相关显著区域。② 郓城棉铃虫三代卵量和丰县棉铃虫二代卵量与北太平洋海温场的相关区分布形式很相似,与前两年1月份北太平洋月平均海温场存在大片相关显著的区域（35°～ 55°N,135°E～135°W）,持续时间达4个月之久;而德州棉铃虫三代卵量与前两年7～9月份北太平洋低纬度海温有大范围相关显著区（1°～17°N,165°E～120°W）。 ③ 用前两年1～11月份北太平洋海温场相关显著区内各格点的月平均海温距平的平均值做因子建立了棉铃虫长期灾变预警模型,预测检验结果表明：郓城棉铃虫三代卵6年（1994～1999）中报准5年,丰县棉铃虫二代卵5年（1995～1999）中报准3年,德州棉铃虫三代卵5年（1995～1999）全部符合。据此可提前20～27个月做棉铃虫的长期灾变预警。     

单核细胞增生李斯特菌检测技术研究进展

单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)是常见的食源性致病菌之一。目前,在众多单增李斯特菌的检测方法中应用较广的是免疫学检测法、分子学检测法。免疫学检测时间短,操作简单,但该方法依赖高特异性的抗体,会出现假阳性,还需要进一步鉴定检测结果。分子学检测法克服了免疫学检测法不能在种的水平鉴定单增李斯特菌的缺点,省时省力,灵敏度高,但是分子学检测法需要丰富的操作经验,并且不适于现场大批量检测。新兴的代谢学检测法、光谱学检测法、生物传感器等也都有各自的优缺点。本文综合近年最新文献,就单增李斯特菌检测的最新方法、检测进展及未来发展趋势予以分析综述,以期为该菌的检测提供参考。     

拟南芥细胞中存在中间纤维的研究

利用整装电镜制样与选择性抽提技术,在拟南芥（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａ （Ｌ．） Ｈｅｙｎｈ） 愈伤组织细胞质中观察到直径１０ ｎｍ 左右的纤维网络结构。免疫印迹分析表明纤维的主要成分是６ 种多肽,它们分别与动物角蛋白单克隆抗体ＡＥ１ 、ＡＥ３ 有免疫交叉反应。利用间接免疫荧光技术,与ＡＥ１ 和ＡＥ３ 反应的抗原呈弥散状定位于整个细胞质中,而且１０ ｎｍ 纤维可以在体外重新组装。以上结果表明,在拟南芥细胞质中存在类角蛋白的中间纤维。以动物中间纤维基因的保守序列为引物,采用ＲＴ＿ＰＣＲ技术,进一步从这一模式植物中克隆到一个ｃＤＮＡ片段,这可能为从分子水平上证明植物中间纤维的存在提供了一个线索     

不同盐碱类型胁迫对红地球/贝达葡萄植株离子分布的影响

以盆栽红地球/贝达葡萄为试材,定量浇灌NaCl、Na₂SO₄、NaHCO₃、NH₄Cl和(NH₄)₂SO₄,筛选导致葡萄叶片黄化的盐、碱离子,研究不同盐碱类型胁迫对葡萄植株离子分布的影响.结果表明： NaHCO₃对植株影响最大,叶片在处理14 d时出现黄化症状,而NaCl和NH₄Cl处理28 d时出现黄化症状.NaHCO₃和NaCl处理均显著增加了植株各器官中Na^+含量,NaHCO₃处理根中Na⁺含量是对照的 6.4倍;这两种盐处理均降低了除叶片外其他器官中的K⁺含量,NaHCO₃处理显著降低了各器官中K/Na,根中K/Na仅为0.1,NaCl处理降低了除茎外其他器官中K/Na;这两种盐处理还降低了Ca²⁺、Mg²⁺、Fe²⁺向地上部的运输.NH₄Cl、(NH₄)₂SO₄和Na₂SO₄处理降低了植株各器官中K/Na,以NH₄Cl处理显著.碱性盐NaHCO₃对葡萄叶片黄化影响最大,其次是中性盐NaCl,再次是NH₄Cl,而(NH₄)₂SO₄和Na₂SO₄影响较小.     

纯化膜蛋白质复合体Cytb6f的新方法

建立了纯化光合膜蛋白质复合体Ｃｙｔｂ６ｆ的新方法。与现有方法相比,新方法简单明了,只包括透析离心和用硫酸铵分级沉淀两个步骤,而且适于大批量制备。按此方法从菠菜叶绿体分离纯化的制剂含９．８ｎｍｏｌＣｙｔｆ·ｍｇ－１;ＳＤＳＰＡＧＥ显示４条主要区带及１条低分子量区带,背景干净;Ｃｙｔｂ６（ｂ型血红素）∶Ｃｙｔｆ＝２∶１（ｍｏｌ∶ｍｏｌ）,Ｃｈｌａ∶Ｃｙｔｆ＝１∶１（ｍｏｌ∶ｍｏｌ）;酶活性（ＰＱ２Ｈ２→Ｃｙｔｃ）８０μｍｏｌＣｙｔｃ·ｎｍｏｌＣｙｔｆ－１·ｈ－１左右;产率可达３８％。     

2009年徽州稻区白背飞虱种群消长及虫源性质

徽州稻区作为我国白背飞虱北迁与南迁的重要中转站之一,地理位置十分特殊,分析其中、晚稻田白背飞虱种群动态及虫源性质,对皖南稻区乃至江淮稻区白背飞虱预测预报和防治工作意义重大。通过田间系统调查和长翅雌虫卵巢解剖,研究了徽州稻区白背飞虱种群消长及虫源性质。运用GrADS和ArcGIS分析2009年白背飞虱主要迁入期的天气背景,并利用HYSPLIT轨迹模拟平台对主要迁入期进行数值模拟和虫源地分析。结果表明:2009年徽州稻区白背飞虱在中、晚稻以第3代危害为主。中稻田第2—4代白背飞虱属于基本迁出型,同时第3代前半期还存在部分滞留本地繁殖或者是外地白背飞虱迁入现象;而晚稻第3代后半期白背飞虱属于基本迁入型,第4—5代属于基本迁出型。风切变、下沉气流和强降水可作为徽州稻区预测白背飞虱迁入的气象背景。2009年徽州稻区白背飞虱虫源地主要分布在湘南、赣中及赣南。     

酿酒酵母在纤维素乙醇生产中对毒性化合物的耐受机理研究进展

利用木质纤维素生产燃料乙醇的过程中,前期预处理所产生的抑制剂会影响酵母的正常生长和后续的发酵过程。为减小抑制剂的影响所采取的一些脱毒策略往往造成糖的损失和生产成本的增加,这在实际生产与经济上是不可行的。因此,具有强的抑制剂耐受性的酿酒酵母菌株对于提高纤维素乙醇产率是十分重要的。近十年来,对于酿酒酵母胁迫耐受机制的研究取得了一些重要的进展,着重介绍目前酿酒酵母对抑制剂耐受机制的研究现状,包括一些关键性基因的表达及代谢通路过程分析等。同时也介绍一些应对抑制剂提高酵母发酵能力的措施。