国际生物信息学研究的可视化分析

利用当前主流的信息可视化分析软件Cite Space对2005~2014年间SCI收录的生物信息学的5种高影响力外文期刊所刊载论文的题录数据进行统计和可视化分析,绘制该领域的关键词共现、膨胀词共现、经典文献共现、高被引文献共现和关键节点文献共现的网络可视化图谱,试图揭示生物信息学领域的研究热点、研究前沿以及知识基础,以期帮助研究人员了解该领域在国际范围内的研究态势。     

Th17细胞的分化、调节及其主要细胞因子和功能

近几年来以分泌白介素17(interleukin 17,IL-17)为特征的辅助性T细胞Th17(T help cell 17,Th17)细胞被认为是有区别于Th1(T help cell 1,Th1)、Th2(T help cell 2,Th2)新型的细胞亚群,它的发现改变了以往人们只将Th细胞分为Th1、Th2的传统分类认识。Th17细胞参与了自身免疫疾病、肿瘤的发生及机体各种炎症的发病机制,其分泌的细胞因子在生物学功能中发挥了极其重要的作用。同时Th17细胞的活化需要各种转化生长因子、IL-6(interleukin 6,IL-6)、IL-23(interleukin 23,IL-23)等细胞因子的参与,活化的Th17细胞同时再进一步的促进各种细胞因子的分泌,以通过分泌IL-17、IL-21(interleukin 21,IL-21)、IL-22(interleukin22,IL-22)、IL-26(interleukin 26,IL-26)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)α等细胞因子导致机体炎症等各种疾病的发生。     

Visualized Exploratory Spatiotemporal Analysis of Hand-Foot-Mouth Disease in Southern China

Objectives

In epidemiological research, major studies have focused on theoretical models; however, few methods of visual analysis have been used to display the patterns of disease distribution.

Design

For this study, a method combining the space-time cube (STC) with space-time scan statistics (STSS) was used to analyze the pattern of incidence of hand-foot-mouth disease (HFMD) in Guangdong Province from May 2008 to March 2009. In this research, STC was used to display the spatiotemporal pattern of incidence of HFMD, and STSS were used to detect the local aggregations of the disease.

Setting

The hand-foot-mouth disease data were obtained from Guangdong Province from May 2008 to March 2009, with a total of 68,130 cases.

Results

The STC analysis revealed a differential pattern of HFMD incidence among different months and cities and also showed that the population density and average precipitation are correlated with the incidence of HFMD. The STSS analysis revealed that the most likely aggregation includes the Shenzhen, Foshan and Dongguan populations, which are the most developed regions in Guangdong Province.

Conclusion

Both STC and STSS are efficient tools for the exploratory data analysis of disease transmission. STC clearly displays the spatiotemporal patterns of disease. Using the maximum likelihood ratio, the STSS model precisely locates the most likely aggregation.     

云雾龙胆内生菌的分离鉴定及抗菌活性分析

从云雾龙胆(Gentiana nubigena)中分离到一株具有抗菌活性的内生细菌LD5,该菌株的发酵上清液对金黄色葡萄球菌和大肠杆菌的生长有显著的抑制作用。通过形态学、生理生化和16SrDNA系统进化分析,鉴定LD5为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。菌株LD5能合成黄酮类化合物、龙胆苦苷,以及一种与云雾龙胆醇提取物相似的代谢产物。     

香樟产芽孢内生细菌的系统发育多样性

为了解香樟产芽孢内生细菌的多样性,采用改良的NA培养基分离、去除冗余及芽孢染色,得到40株产芽孢内生细菌,占分离所得内生细菌总数的29.9%,其中根、茎、叶中分别分离到25、5和10株。16SrRNA序列系统发育分析结果表明,这40株菌分属于Bacillus、Lysinibacillus、Paenibacillus和Brevibacillus属的12个种;7株菌的16SrRNA部分序列与数据库中模式菌株对应序列相似性小于97%,代表着潜在新类群的存在。同时,3个部位分离出的产芽孢内生细菌既呈现出一定程度的细菌区系相似性,又表现出细菌区系的器官特异性。     

西双版纳少数民族地区主要作物地方品种调查与分析

对云南省西双版纳傣族自治州勐海县和勐腊县的傣族、哈尼族、拉祜族、彝族地区的作物地方品种进行了调查,收集了粮食作物、蔬菜、果树、经济作物的地方品种和野生资源样本共353份,分属40科71属87种。通过分析上述调查资源的特性及分布特点,基本明确了西双版纳傣族自治州主要作物资源的保存现状,揭示了不同少数民族的传统喜好、宗教祭祀以及不同生态环境对作物种质资源多样性保存的作用。针对该地区作物种质资源的特性,提出了西双版纳少数民族地区主要作物地方品种的保护策略。     

男性尿道炎患者多形核白细胞计数与解脲脲原体感染的临床相关性分析

本研究旨在检测男性尿道炎患者中尿道多形核白细胞数量,并进行解脲脲原体(Uu)培养,以评价非淋病奈瑟菌性尿道炎的临床意义。将2284例男性性病患者的尿道分泌物涂片,亚甲蓝(美蓝)染色后镜检多形核白细胞,并体外培养尿道分泌物的Uu。结果显示,645例患者(28.2%)Uu培养阳性,其中158例(24.5%)≥5个多形核白细胞,157例(24.3%)1～4个多形核白细胞,330例(51.2%)无多形核白细胞。218例阳性患者(33.8%)无症状,614例阳性患者(95.2%)无体征。男性尿道多形核白细胞数量在Uu培养阳性和阴性患者中存在显著差异(P0.01)。结果提示临床诊断与实验室检查在证实男性非淋病奈瑟菌性尿道炎中具有重要意义。     

胰腺癌对TNF相关凋亡诱导配体(TRAIL)的抗性与逆转研究

TRAIL(TNF-related apoptosis-inducing ligand)是一种能识别和选择性杀伤肿瘤细胞的蛋白质因子,但研究发现胰腺癌对TRAIL的敏感程度远远不及其他肿瘤,其抵抗机制主要集中于胞内水平的调节,如c-FLIPS、BCL-2/BCL-xL、XIAP表达上调等,且针对性的逆转策略也进行了深入的研究.本文就TRAIL途径在胰腺癌中的研究进展作一概要的介绍.     

淡足侧沟茧蜂对甜菜夜蛾和斜纹夜蛾的寄生选择性研究

应用2因素2次回归正交旋转组合设计研究了淡足侧沟茧蜂Microplitis pallidipes对甜菜夜蛾Spodoptera exigua (Hubner)、斜纹夜蛾Spodoptera litura的寄生选择性,并建立了2种寄主共存时的被寄生模型.主效分析表明,甜菜夜蛾和斜纹夜蛾幼虫被寄生虫数均随寄主自身密度的增加而增加;淡足侧沟茧蜂对2种寄主无明显的选择性,对甜菜夜蛾、斜纹夜蛾幼虫共存时的选择寄生比率分别为0.5211、0.4788.在人工繁殖淡足侧沟茧蜂时,可以利用易于人工繁殖的斜纹夜蛾做为繁蜂寄主,提高淡足侧沟茧蜂的繁殖速度,降低繁蜂成本.在甜菜夜蛾、斜纹夜蛾发生期,可保护利用淡足侧沟茧蜂来控制蔬菜夜蛾.