色季拉山不同腐解等级华山松倒木上的苔藓植物组合

倒木是森林生态系统维持健康和更新的重要组成部分, 在倒木不同腐解阶段, 倒木上定植的苔藓植物组合的差异尚不清楚。为深入探讨倒木上苔藓植物组合变化规律及其影响因素, 该文对西藏色季拉山同一地点不同腐解程度的4株华山松(Pinus armandii)倒木上的苔藓植物进行了样方调查和数据分析。结果表明: 4株倒木上40个样方共有苔藓植物22科52种, 其中藓类13科38种, 苔类9科14种; 以恒有优势种为特征进行划分, 共得到14个物种组合。随着倒木腐解程度加大以及周围环境的不断改变, 生长其上的苔藓植物物种多样性逐渐增加, 但组合数量和苔藓总盖度却呈现先增大后减小的趋势。苔藓物种由耐旱性强的丛生型藓类, 如木灵藓科、白发藓科, 逐渐演替为喜阴湿环境、快速生长的垫状或毯状藓类, 如提灯藓科、羽藓科和青藓科。倒木苔藓植物组合空间结构复杂程度逐渐增大。倒木是多种苔藓植物选择的重要生长基质, 其上苔藓植物受倒木的腐解程度、水分和光照等条件的影响而发生相应的物种组合变化。     

Efficient deletion of LoxP-flanked selectable marker genes from the genome of transgenic pigs by an engineered Cre recombinase

Genetically modified (GM) pigs hold great promises for pig genetic improvement, human health and life science. When GM pigs are produced, selectable marker genes (SMGs) are usually introduced into their genomes for host cell or animal recognition. However, the SMGs that remain in GM pigs might have multiple side effects. To avoid the possible side effects caused by the SMGs, they should be removed from the genome of GM pigs before their commercialization. The Cre recombinase is commonly used to delete the LoxP sites-flanked SMGs from the genome of GM animals. Although SMG-free GM pigs have been generated by Cre-mediated recombination, more efficient and cost-effective approaches are essential for the commercialization of SMG-free GM pigs. In this article we describe the production of a recombinant Cre protein containing a cell-penetrating and a nuclear localization signal peptide in one construct. This engineered Cre enzyme can efficiently excise the LoxP-flanked SMGs in cultured fibroblasts isolated from a transgenic pig, which then can be used as nuclear donor cells to generate live SMG-free GM pigs harboring a desired transgene by somatic cell nuclear transfer. This study describes an efficient and far-less costly method for production of SMG-free GM pigs.

     

黑斑侧褶蛙蝌蚪断尾后的补偿生长和发育研究

动物在经历不利的生长条件或环境后往往出现补偿生长。研究了黑斑侧褶蛙(Pelophylax nigromaculatus)蝌蚪经历来自食蚊鱼(Gambusia affinis)捕食造成断尾损伤后的补偿生长模式、断尾损失对蝌蚪游泳能力以及变态时间与大小的影响。结果表明,经历捕食压力后,全尾组和1/3断尾组蝌蚪的体长显著大于1/2断尾组蝌蚪的体长,全尾组和1/3断尾组之间的蝌蚪体长差异不显著;第19天时,1/2断尾组蝌蚪经过补偿生长后体长显著大于全尾组蝌蚪,1/3断尾组与全尾组和1/2断尾组之间的蝌蚪体长差异均不显著;三个实验组之间蝌蚪尾长差异不显著;全尾组蝌蚪的疾游速显著大于1/2断尾组蝌蚪的疾游速,1/3断尾组蝌蚪的疾游速与全尾组和1/2断尾组之间差异不显著,表明严重断尾对蝌蚪疾游速产生了消极影响。三个实验组蝌蚪的变态时间和变态前后形态差异均不显著。黑斑侧褶蛙蝌蚪能够在变态前调整生长轨迹补偿早期捕食风险造成的生长损失,断尾损失并不影响变态时间与大小,断尾超过一半的蝌蚪经过补偿生长后仍要付出一定的运动代价。     

中街山列岛海域鱼卵、仔稚鱼群落结构特征及其与环境因子的关系

为了解中街山列岛海域鱼卵仔稚鱼空间分布、种类组成及与环境因子的关系,于2010年5月—2012年2月在中街山列岛海域利用水平和垂直拖网开展了8个航次的鱼卵、仔稚鱼调查。运用非度量多维标度排序、聚类分析和典范对应分析(CCA)等方法对该海域鱼卵、仔稚鱼的空间分布进行了综合分析。结果表明:两年水平拖网共采集到鱼卵1783粒,仔稚鱼67尾;垂直拖网共采集到鱼卵576粒,仔稚鱼59尾。2010年平拖优势种为短吻红舌鳎(Cynoglossus joyneri),垂拖重要种为鲉形目未定种(Scorpaeniformes sp.)和扁舵鰹(Auxis thazard)。2011年平拖重要种为短吻红舌鳎、鰏属未定种(Leiognathuss sp.)、龙头鱼(Harpodon nehereus)和鳀(Engraulis japonicus);垂拖重要种为短吻红舌鳎、龙头鱼和中华小公鱼(Stolephorus chinensis)。经单因子相似性分析(ANOSIM),鱼卵仔稚鱼的优势种和重要种群落物种组成存在显著差异(P0.01)。研究结果表明,温度和盐度对鱼卵仔稚鱼的影响较大,夏季是中街山列岛海域鱼类产卵的重要时期。该海域以恋礁的小型底层鱼类为主,是褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)、龙头鱼等小型底层经济鱼类的重要产卵场和育幼场。     

文心兰COL基因的分离及其表达分析

CONSTANS(CO)及CONSTANS-like(COL)基因在光周期调控植物开花中起到重要的作用。该研究以文心兰(Oncidium)品种‘金辉’为材料,分离了CO同源基因OnCOL2及另外2个COL基因(OnCOL8和OnCOL9),它们分别编码326、411和291个氨基酸;生物信息分析预测它们均定位于细胞核;OnCOL2、OnCOL8有2个锌指B-box结构域和1个CCT结构域,而OnCOL9缺少B-box结构域。多序列比对及进化树分析结果表明,所有COL蛋白可划分为3组,OnCOL2与OnCOL8、OnCOL9分到了2个不同组中。OnCOL2与建兰(Cymbidium ensifolium)CeCOL(90.77%)高度相似;OnCOL8与OnCOL9在进化关系上更为接近,分别与拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtCOL9和AtCOL10关系最近,它们在B-box和CCT结构域都极为保守。表达分析结果表明OnCOL2、OnCOL8与OnCOL9分别在花、根和假鳞茎中表达量最高,在叶片中的表达呈周期性变化趋势,且在长、短日照条件下表达的峰值及时间均存在差异,在花芽分化时期的叶片中表达量均显著上调。研究表明,OnCOL2、OnCOL8与OnCOL9基因均受到生物钟和日长调节,在光周期途径中,可能通过上调它们的表达以促进文心兰花芽的形成。该研究结果为进一步研究基因功能及光周期调控文心兰开花机制奠定了基础。     

多学科协作诊治模式下的营养干预在老年骨折患者围术期的应用

目的研究多学科协作诊治模式(MDT)下的营养干预对围术期老年骨折患者的干预效果。方法选取新疆维吾尔自治区人民医院骨科2018年9月至2019年9月收治的42例行常规治疗的围术期老年患者作为非MDT组,选取同期43例实施MDT模式并给予营养干预的围术期老年患者作为MDT组,比较两组患者术后基本情况、并发症发生情况及恢复情况。结果术后MDT组患者总蛋白、白蛋白水平均高于非MDT组,NRS2002评分、CRP、IL-6水平均低于非MDT组,差异均有统计学意义(t=-3.679 6、-4.138 8、9.073 3、-6.669 5、-4.500 2,P=0.000 4、0.000 1、0.000 1、0.000 1、0.000 1)。MDT组患者住院时间少于非MDT组,差异有统计学意义(髋关节置换术:t=2.154 8,P=0.034 1;膝关节置换术:t=2.491 9,P=0.018 9)。MDT组患者肠道功能恢复情况明显优于非MDT组,差异有统计学意义(χ~2=10.512 1,P=0.001 2)。结论 MDT模式下的营养干预能够有效促进老年骨折患者的术后康复,有利于预防并发症的发生。     

双歧杆菌四联活菌片联合肠内营养在机械通气患者中的应用

目的观察双歧杆菌四联活菌片联合肠内营养(EN)对机械通气患者营养状况及免疫调节的影响。方法选择我院98例行机械通气的患者为研究对象,随机分为治疗组和对照组,每组49例。对照组给予EN治疗,治疗组在EN治疗基础上加用双歧杆菌四联活菌片治疗,1.5 g/次,3次/d。比较两组患者治疗前后血红白蛋白(Hb)、白蛋白(Alb)、前白蛋白(PAB)、外周血T淋巴细胞数、免疫球蛋白水平及机械通气时间、ICU住院时间。结果治疗后,两组患者Hb、Alb、PAB、CD3~+、CD4~+、CD8~+、CD4~+/CD8~+、IgG、IgA、IgM水平均有所上升。与对照组相比,治疗组患者Hb、Alb、TP、CD3~+、CD4~+、CD4~+/CD8~+、IgG、IgA、IgM水平均显著升高,差异均有统计学意义(均P0.05)。治疗组患者机械通气时间[(4.6±1.2)d]、ICU住院时间[(11.3±4.8)d]均短于对照组,差异有统计学意义(均P0.05)。结论双歧杆菌四联活菌片能够改善机械通气患者的营养状况,同时改善患者免疫功能,缩短患者机械通气时间及ICU住院时间。     

PhageGT：dsDNA噬菌体基因组末端分析软件

【背景】随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列。通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Windows操作系统下的软件。【目的】在Windows平台下开发一款免费的、可以在高通量测序获得的庞大序列文件中找到dsDNA噬菌体基因组末端序列的软件PhageGT。【方法】使用Visual Studio 2019开发一个基于对话框的微软基础类库(Microsoft Foundation Classes,MFC)应用程序。软件使用C++语言开发,逐行读取序列文件中的每条Reads,并设计相应的算法进行统计、计算。【结果】软件PhageGT可在高通量测序文件中提取出不同序列出现的频率、排序,并利用提取序列的最高频率和序列平均频率的比值(R值)判断噬菌体基因组是否存在末端序列。【结论】软件PhageGT的使用比较方便、简单。软件PhageGT和本文所利用的所有测试数据均可从https://zenodo.org/record/4674231#.YHADb-gzZxc免费获得。     

金针菇退化菌丝的生理生化特征

【背景】金针菇菌种在继代培养的过程中会出现菌种退化的现象,影响着金针菇的产量与质量。【目的】为研究金针菇退化菌种菌丝的生理生化特征,筛选金针菇退化菌株。【方法】以金针菇原始菌株(H)和退化菌株(T)为研究对象,测定不同碳源培养基上菌丝的生理生化特征及超氧化物歧化酶(SuperoxideDismutase,SOD)、过氧化物酶(Peroxidase,POD)和过氧化氢酶(Catalase,CAT)的活性,并测定菌丝在栽培瓶中的漆酶(Laccase,Lac)和锰过氧化物酶(ManganesePeroxidase,MnP)的活性,记录菌丝在搔菌后的恢复情况。【结果】T在各个碳源的菌丝生长速度低于H,粉孢子等级在3-4级之间,SOD、CAT活性低于H,在栽培料中的Lac活性和MnP活性在第5天时与H相同,在第10、15、20天低于H。T在搔菌后菌丝恢复时间比H恢复时间长,恢复后的菌丝长势没有H长势浓密。【结论】通过探究金针菇原始菌株与退化菌株的菌丝生理生化特征,为判断金针菇菌株是否为退化菌株提供理论依据。     

深海沉积物高效脱氮菌筛选分离及其脱氮特性研究

【背景】深海海域具有高压、低温、无光等环境条件,蕴含着丰富而独特的微生物资源。【目的】从深海沉积物中定向分离、筛选脱氮效率高的好氧脱氮菌株资源,并揭示其脱氮特性,为开发水体脱氮微生物技术提供物质基础。【方法】以东太平洋、南大西洋、西南印度洋共10个站位的深海沉积物为研究材料,在28°C下使用无机氮源连续进行两轮富集培养,然后定性筛选可以脱除氨氮、亚硝态氮和硝态氮的菌株,并通过形态学和16S rRNA基因序列分析进行初步分类鉴定;对优选得到的功能菌株,分别采用以氨氮、亚硝态氮、硝态氮为唯一氮源的培养基定量研究其生长和脱氮性能。【结果】从10份大洋深海沉积物样品中共分离得到49株好氧反硝化菌,其中3株在有氧条件下反硝化效率较高,分别命名为Pseudomonassp.G111、Pseudomonassp.G112和Dietziamaris W023a,其中菌株G111和G112与模式菌株博岑假单胞菌Pseudomonas bauzanensis BZ93T的16S rRNA基因序列相似度为99.2%,菌株W023a与模式菌株海洋迪茨氏菌DietziamarisATCC35013T的16SrRNA基因序列相似度为99.9%。菌株G111、G112和W023a培养48h后,对氨氮的脱除率分别为98.0%、85.2%和97.6%;对亚硝态氮的脱除率分别为71.9%、67.5%和34.7%;对硝态氮的脱除率分别为66.0%、52.6%和56.3%。菌株G111、G112和W023a均为异养硝化-好氧反硝化菌,可通过好氧反硝化作用将亚硝态氮和硝态氮还原为含氮气体,也可通过异养硝化-好氧反硝化作用将氨氮转化为含氮气体。【结论】从深海沉积物中分离筛选得到3株高效好氧反硝化菌,所获得的菌株在水体净化、污水处理、生态系统修复等领域具有应用潜力。