Fractogel EMD“触角型”阴离子交换介质用于病毒纯化和去除

Fractogel EMD是合成的聚甲基丙烯酸酯树脂，十几个官能团排布在线形聚合物长链上，称为“触角”，所有的“触角”都是通过共价键结合到聚合物骨架上，生物分子更加容易和“触角型”介质的官能团结合，并且可以大大降低生物分子和介质基质的非特异性相互作用，提高生物分子的回收率。     

关于药物协同作用的几种计算方法

如何计算药物的相互作用，是一个长期存在争论的问题。本文介绍了药物之间相互加和、协同和拮抗的等高线定义，介绍了药物相互作用的几种常用计算方法：方差分析交互作用项法、半剂量法及等高线法，以及在非标准实验设计的情况下利用等高线进行分析的方法，并就几种方法的优缺点进行了讨论。作用认为，在这一问题的最佳数学方法最终确立之前，等高线法可能是一个较为理想的分析手段。     

抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点相关[]神经细胞类型及相互作用网络分析

基于抑郁症的全基因组关联分析研究(GWAS),对于获得的单核苷酸多态性位点(SNP)使用Haploreg软件进行基因注释,得到SNP注释的102个易感基因.。使用MAGMA软件对GWAS的汇总统计数据做基因水平的分析,获得了270个校正之后显著的基因,两者合并共得到320个抑郁症易感基因。通过药物数据库Drugbank获取133个抗抑郁药物靶点基因。使用EWCE包对抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点在三套脑组织单细胞测序数据中,分别进行神经细胞类型富集分析。结果发现大脑皮质的GABA神经元(抑制性神经元)和谷氨酸能神经元(兴奋性神经元)是抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点共同的神经元。这两种类型的神经细胞可能是抗抑郁药物与抑郁症易感基因相互作用的神经细胞,另外少突胶质前体细胞可能是抑郁症特有的易感神经细胞。使用Network Calculator软件构建网络并进行进行网络拓扑学参数分析。结果表明抑郁症易感基因与抗抑郁药物靶点组成了一个具有显著的相互连接的网络。本研究从单细胞层面揭示抑郁症的遗传机制,在网络层面为寻找新的抗抑郁药物靶点提供了一定的启示。     

DLGCN:基于图卷积网络的药物-lncRNA[]关联预测

为实现高通量识别新的药物-长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)关联,本文提出了一种基于图卷积网络模型来识别潜在药物-lncRNA关联的方法DLGCN(Drug-LncRNA graph convolution network)。首先,基于药物的结构信息和lncRNA的序列信息分别构建了药物-药物和lncRNA-lncRNA相似性网络,并整合实验证实的药物-lncRNA关联构建了药物-lncRNA异质性网络。然后,将注意力机制和图卷积运算应用于该网络中,学习药物和lncRNA的低维特征,基于整合的低维特征预测新的药物-lncRNA关联。通过效能评估,DLGCN的受试者工作特性曲线下面积(Area under receiver operating characteristic, AUROC)达到0.843 1,优于经典的机器学习方法和常见的深度学习方法。此外,DLGCN预测到姜黄素能够调控lncRNA MALAT1的表达,已被最近的研究证实。DLGCN能够有效预测药物-lncRNA关联,为肿瘤治疗新靶点的识别和抗癌药物的筛选提供了重要参考。     

基因组规模代谢网络模型构建及其应用

微生物制造产业的发展迫切需要进一步提高认识、设计和改造微生物细胞代谢的能力,以推动工业生物技术快速发展。随着微生物全基因组序列等高通量数据的不断积聚和生物信息学策略的持续涌现,使全局性、系统化地解析、设计、调控微生物生理代谢功能成为可能。而基于基因组序列注释和详细生化信息整合的基因组规模代谢网络模型(GSMM)构建为全局理解和理性调控微生物生理代谢功能提供了最佳平台。以下在详述GSMM的应用基础上,描述了如何构建一个高精确度的GSMM,并展望了未来的发展方向。     

《自然-通讯》：人类出生缺陷机理有望获进一步解释

上海交通大学吴更团队与中科院上海生科院生化细胞所赵允团队日前揭示了Hedgehog信号通路中部分核心蛋白的相互作用机理,解决了国际上在该领域长期的认识分歧。该研究将有助于对人类的癌症和多种出生缺陷的致病机理作出进一步解释。相关成果在线发表于《自然-通讯》杂志。     

组织胚胎学网络教学平台建设

随着医学的快速发展,对医学教学提出了越来越高的要求,医学基础课程教学则面临更加严峻的挑战。网络教学随着网络的飞速发展已逐渐成为一种重要的教学方式。网络教学具有传统教学不可比拟的许多优点,尤其是网络技术为培养学生自主探究学习提供了全面的支持,它可以通过网络为学生提供大量的学习资料包括文字、图片、声音、电影片断等,为学生的“自主探究”创设良好的环境。面且使教与学的时间与空间不再受到限制,可以弥补基础学科课时减少所带来的负面影响。     

《生物物理学报》2009年优秀论文摘要及作者简介

microRNA层面上癌症的公共机制肖雪1,李霞1,2,张绍军21.首都医科大学生物医学工程学院,北京100069;2.哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,哈尔滨150081摘要:microRNAs(miRNA)是一类内源性的非编码小RNA。已有研究表明     

拟南芥花模式建成多阶段遗传机制

花是被子植物的繁殖器官,探究花模式建成对植物进化、形态发育和作物育种等领域的研究均具有十分重要的科学意义。本文所用数据来源于拟南芥(Arabidopsis thaliana)信息资源数据库,包括79个样本的261个基因芯片数据;采用支持向量机算法构建了拟南芥花发育三阶段的蛋白质相互作用网络;利用功能富集分析、网络拓扑结构分析和聚类分析,挖掘出一批与拟南芥花形态发育和花器官形成相关的潜在重要功能基因;基于完善花发育经典的ABCD理论模式,初步阐释了拟南芥花发育的多阶段网络遗传机制。