应用化学基因组信息预测小分子化合物的潜在生物靶标的理论方法

在后基因组时代,化学基因组技术在药物作用靶点的确认、小分子化合物对通路的作用,以及小分子先导化合物的识别等方面都有着广泛的应用,为新药研发提供了新的技术方法。本文主要介绍了当前几种基于化学基因组信息来预测小分子化合物潜在生物靶标的理论方法（包括化学相似性搜索方法、反向分子对接方法、数据挖掘方法以及生物活性谱图分析方法）,并分析了这些方法的优缺点以及应用前景。     

红外相机技术在物种监测中的应用及数据挖掘

由于濒危物种数量稀少以及大多数野生动物对人类活动敏感, 增加了传统调查的难度。众所周知,红外相机在野生动物调查研究中具有天然优势; 然而随着红外相机技术的广泛推广应用及数据采集量的不断加大, 科研人员也面临了一系列关于红外相机监测及后续数据处理中出现的问题。本文详细阐述了红外相机数据管理和利用方面存在的3个关键问题: 数据管理缺乏规范化、数据网络缺乏一体化、数据获取缺乏标准化。同时以秦岭、卧龙等地的一些研究为主体, 列举分析了红外相机照片后续数据挖掘中8个方面的内容, 即兽类的个体识别、物种时间活动格局、物种空间活动格局、偶见物种信息利用、物种行为活动、繁殖信息、疾病情况、人为干扰。这些信息的有效利用可为野生动物及生物多样性的保护、管理提供一定科学支撑。     

数据挖掘中药治疗癫痫药对“陈皮-半夏”及其网络药理学作用机制分析

探讨中药治疗癫痫的方药使用规律,挖掘出常用药对陈皮-半夏,借助网络药理学技术预测陈皮-半夏中的化学成分所潜在的作用靶点,探讨其治疗癫痫多成分,多靶点,多通路的作用机制。以中国全文期刊数据库(CNKI)、维普、万方收集治疗癫痫的中药复方,运用Apriori算法建立起关联模型,挖掘出数据库中隐藏的药物配伍规律,利用TCMSP、OMIM、STRING及DAVID数据库分析药物疾病靶点间相互作用关系及相关通路。在所筛选出符合标准的131篇文献中,有226个方剂中共使用221种中药,得到置信度最高的药对陈皮-半夏,陈皮-半夏得到的18个目标化合物共检索出268个靶点基因,癫痫检索出的相关靶基因为886个,两者相关靶基因进行匹配得到共同靶基因41个,通过Cytoscape获取PPI网络中得到AKT1、MAPK3、FOS等具有重要地位的基因在陈皮-半夏治疗癫痫中具有重要意义。关键靶基因的GO和KEGG富集分析可得到陈皮-半夏配伍治疗癫痫的作用机制主要涉及对药物的反应、脂肪细胞分化的正调节、Ras蛋白信号转导、运动行为等生物功能,通过调节Serotonergic synapse、Kaposi sarc...     

基因芯片数据分析方法研究进展

基因芯片技术的出现改变了生物医学研究的前景,其产生的海量数据是限制其发展的瓶颈问题。为提取其中所隐含的有价值的信息,在基因芯片数据分析的复杂计算工具和方法方面近年来有很多尝试。本文对近5年来基因芯片表达数据的分类分析方法进行综述,既分类比较了以聚类分析为基础的分类方法,也吸收了当前应用数据挖掘、信息融合等系统生物学思路的研究技术,并对数据的分析结果进行评价。     

基于数据挖掘的慢性支气管炎动物模型应用分析

目的 探究慢性支气管炎(chronic bronchitis, CB)动物模型的造模要素,为本动物模型的实验方法和模型完善提供参考依据。方法 以慢性支气管炎和动物模型为主题词,在中国知网数据库、万方数据库、PubMed数据库中收集2000年1月～2022年1月慢性支气管炎动物模型的相关文献,对文献中记载的模型动物种属、造模方法、检测指标、阳性对照用药、给药时间以及证候造模情况等内容进行整理归纳,建立数据库进行统计分析。结果 文章筛选出243篇符合标准的文献,其中动物种类多选用SD大鼠(126次,51.85%),其次为Wistar大鼠(70次,28.81%),昆明小鼠(30次,12.35%),动物的性别以雄性居多(120次,49.38%);造模方式多选用烟熏法(111次,46.91%)、气管内注射脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)联合烟熏法(44次,18.11%)以及气管内注射LPS法(43次,17.70%),造模周期多为20～30 d(146次,60.08%);常采用的检测指标为支气管肺组织病理(143次,20.82%)、血清(99次,14.41%)、支气管肺泡灌...     

基于数据挖掘和网络药理学分析《中国药典》治疗心悸药物配伍规律及其作用机制

通过挖掘《中国药典》中用于治疗心悸中成药的组方规律,并通过网络药理学分析,探究中成药中心悸的应用规律及其可能存在的关键作用机制,为临床选方用药科研试验提供参照.在2015版《中国药典》(一部)收集用于治疗心悸的中成药的方剂名称、中药成分、中药用量、功能与主治,并录入中医传承辅助平台V2.5中,进行药频统计、关联分析、因...     

山西省医疗机构服务能力分析与评估系统开发与应用

介绍了山西省医疗机构服务能力分析与评估系统开发的必要性,描述了具体的系统设计方案、运行流程、分析方法及应用情况。通过该系统的应用,及时收集全省二级以上医疗机构病案首页数据、门诊患者的诊疗数据与医疗机构经济运行数据,及时分析评估医疗机构的医疗技术服务能力、医疗质量、管理水平、患者费用负担、经济运行状况以及影响全省人群的主要疾病等指标,为卫生行政部门实施医疗卫生体制改革、医疗机构日常监管、全省范围内疾病防控等提供数据支持。     

基于专利信息分析的中国3D生物打印技术发展与产业化研究*

目的:基于专利信息对我国3D生物打印技术的发展态势进行分析。方法:本文基于incopat和TDA两大专利分析平台对中国3D生物打印的专利发展态势从专利统计分析与专利计量分析两个维度进行了跨库组合分析,总结了我国3D生物打印技术的专利前沿动态特征。结果:研究发现,中国3D生物打印技术从2013年起进入专利激增态势,中国作为潜在技术市场的国际竞争日趋激烈,本文还从专利申请人、技术领域分布、专利文本关键词聚类、专利价值、专利合作等方面进行了深度挖掘分析。结论:最后,结合对中国3D生物打印专利申请人的专利产业化案例深度分析与专利特征总结,为中国3D生物打印技术发展与产业化提供参考建议。     

基因转录表达数据的生物信息挖掘研究

基因表达是生物体中最重要和最基础的生物学过程和分子活动,生物体正是通过调控不同基因表达而实现生长发育和抵御刺激等生命活动.转录组测序是目前在生物医学研究中应用最为广泛的高通量检测基因表达的技术,也促进了大量针对转录组数据的生物信息挖掘方法和工具的发展.本文就基因表达中的转录组数据分析和挖掘方法进行了综述,从已有大规模转...     

基于数据挖掘与网络药理学的慢性心力衰竭中医证型、用药规律及相关药理分析CSCD

基于数据挖掘及网络药理学技术,研究慢性心力衰竭(chronic heart failure,CHF)中医证型及用药规律特点,并对出现频率最高的药组进行相关药理分析。通过检索中国知网、万方及维普数据库自建库以来至2022年2月发表在核心期刊的关于中医药治疗慢性心衰的文献,对其中有效处方的中医证型及用药规律进行研究,并分析最高频药组治疗CHF的成分、靶点、作用通路等。共筛选出方剂214首,中药148味,其中黄芪、丹参、茯苓、甘草、附子、葶苈子等使用频次最高;中医证型主要为阳虚水泛证及气虚血瘀证;药物性味以温、平、微寒及甘、辛、苦为主,主要归肺、脾、心经,功效以补虚、活血化瘀、利水渗湿为主;关联规则分析获得11对药组,其中黄芪-丹参出现频次最高;聚类分析得到4个聚类方;网络药理学分析得到高频药组黄芪-丹参治疗CHF的主要活性成分5种,核心靶点10个,涉及的主要信号通路6条。通过数据挖掘发现慢性心力衰竭的中医证型以阳虚水泛证及气虚血瘀证为主,中医药治疗以补虚药、活血化瘀药、利水渗湿药居多,常与药性温、平、微寒,药味甘、辛、苦,归肺、脾、心经的药物配伍使用。其中高频药组黄芪-丹参可能通过VEGF信号通路、脂质与动脉粥样硬化信号通路、松弛素信号通路、HIF-1信号通路、ErbB信号通路、FoxO信号通路等发挥抗心衰的作用机制,为进一步中医治疗CHF的临床用药及机制研究提供了参考。