DLGCN:基于图卷积网络的药物-lncRNA[]关联预测

为实现高通量识别新的药物-长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)关联,本文提出了一种基于图卷积网络模型来识别潜在药物-lncRNA关联的方法DLGCN(Drug-LncRNA graph convolution network)。首先,基于药物的结构信息和lncRNA的序列信息分别构建了药物-药物和lncRNA-lncRNA相似性网络,并整合实验证实的药物-lncRNA关联构建了药物-lncRNA异质性网络。然后,将注意力机制和图卷积运算应用于该网络中,学习药物和lncRNA的低维特征,基于整合的低维特征预测新的药物-lncRNA关联。通过效能评估,DLGCN的受试者工作特性曲线下面积(Area under receiver operating characteristic, AUROC)达到0.843 1,优于经典的机器学习方法和常见的深度学习方法。此外,DLGCN预测到姜黄素能够调控lncRNA MALAT1的表达,已被最近的研究证实。DLGCN能够有效预测药物-lncRNA关联,为肿瘤治疗新靶点的识别和抗癌药物的筛选提供了重要参考。     

非嗜食植物乙醇提取物对小菜蛾种群控制作用评价

通过建立实验种群生命表和自然种群生命表,应用种群趋势指数(indexofpopulationtrend,I)和干扰作用控制指数(interferenceindexofpopulationcontrol,IIPC),评价花椒(Zanthoxylumbungeanum)、细叶桉(Eucalyptustereticornis)、烟草(Nicotianatabacum)、构树(Broussonetiapapyrifera)、羊蹄甲(Bauhiniavariegata)、假莲翘(Durantarepens)、飞扬草(Euphorbiahirta)、茶枯(Camelliaoleifera)8种非嗜食植物乙醇提取物对小菜蛾实验种群的控制作用,以及细叶桉、烟草、茶枯3种非嗜食植物乙醇提取物及其混合液对小菜蛾自然种群的控制作用.室内试验结果表明,在各种植物乙醇提取物作用下,I值从小到大的顺序为4.4842(细叶桉)、5.3702(花椒)、5.5199(飞扬草)、6.1609(假莲翘)、6.8937(羊蹄甲)8.0945(烟草)、9.8052(茶枯)、11.1382(构树),对照的I值为69.8964;IIPC值从小到大的顺序为0.0642(细叶桉)、0.0768(花椒)、0.0790(飞扬草)、0.0881(假莲翘)、0.0986(羊蹄甲)、0.1158(烟草)、0.1403(茶枯)、0.1594(构树),说明供试植物提取物对小菜蛾实验种群增长都有一定的抑制和干扰作用.小菜蛾自然种群生命表研究结果表明,在各种植物乙醇提取物作用下,I值从小到大的顺序为5.1997(细叶桉)、7.4160(烟草)、7.3644(茶枯)和3.1399(混合液),对照的I值为21.6232;IIPC值从小到大的顺序为混合液(0.1608)、细叶桉(0.2405)、茶枯(0.3549)、烟草(0.3695),说明供试植物提取物都能明显降低种群趋势指数,在一定程度上抑制和干扰小菜蛾自然种群增长,在生产中有一定的应用前景.     

淀粉酶链霉菌BAC基因组文库的构建及鉴定

提取淀粉酶链霉菌SM33基因组DNA,用Hind III部分酶解后回收40 kb～60 kb大小的高分子量DNA,与质粒载体pIndigoBAC536连接,电击转化EPI300感受态细胞,经蓝白斑筛选共挑取了5 184个白色克隆.从文库中随机挑选10个克隆,酶切检测平均插入片段约为50 kb,覆盖了32.4倍基因组.并且插入片段均具有9～15个Not I酶切位点,符合链霉菌基因组特征.通过对BAC文库的筛选,获得苹果酸脱氢酶基因(mdh)的保守序列,与已知的链霉菌mdh具有很高的相似性.淀粉酶链霉菌BAC基因组文库的建立,对基因克隆、基因组物理图谱、次级代谢途径、新抗生素的发现以及工业用酶的应用等研究均有重要意义.     

siRNA制备技术的研究进展

近年来,siRNA(small interfering RNA)被广泛用于诱导哺乳动物体系中的RNA干扰。目前有五种siRNA制备方法：化学合成法、体外转录法、RNase Ⅲ家族体外消化法、表达载体法和表达框架法。在这些方法中siRNA序列的选择至关重要。随着药物研究和基因组研究的进展,siRNA的制备技术需要在高通量筛选、稳定性、基因导入和调控等方面进一步发展与完善。作者综述了siRNA序列的选择原则和哺乳动物系统中的siRNA产生方法,并简要讨论了其发展前景。     

基于生态位模型的番荔枝实蝇潜在适生性分布预测

番荔枝实蝇Ceratitis artortoe(Graham)是一种重要的外来人侵性检疫害虫.在广东口岸,其幼虫连续从入境旅客所携带的水果中被榆出.目前关于番荔枝实蝇潜在适生性分布的研究进行得很少,但对于我国的生物生态安全却有重要意义.本研究中,我们使用3种牛态位模型(ENFA模型,马氏典型性模型和Maxent模型)对番荔枝实蝇在中斟以及全球范尉内的潜在适生性分布区域进行了预测分析.结果显示:Maxent模型拥有最好的预测精确度,马氏典型件模型次之,而ENFA模型的预测精确度最差;Maxent模型和马氏典型性模型的预测精确度无显著性差异;根据Maxent模型的预测结果,番荔枝实蝇在中国的潜在适生区主要是广西、广东、海南以及云南的少部分地区.分析结果显示,番荔枝实蝇从境外传人中国南部地区并最终在上述地区定殖的风险可能性存在,但风险较小.另外,折刀法(Jackknife)分析显示,6种环境因子,例如地面霜冻频率、年平均降雨量、十月降雨量、四月降雨量、年最低温度以及蒸气压,对于番荔枝实蝇在全球和局部地区的分布模式有显著的影响.     

Mechanism of selective stabilization of extrinsic polypeptides in PSII particles by glycinebetaine

Ｔｈｒｅｅｅｘｔｒｉｎｓｉｃｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅｓ,ｗｈｉｃｈａｒｅｌｏｃａｔｅｄｏｎｔｈｅｉｎｎｅｒｓｕｒｆａｃｅｏｆｔｈｙｌａｋｏｉｄｍｅｍｂｒａｎｅ,ｐｌａｙｅｓｓｅｎｔｉａｌｒｏｌｅｓｉｎｍａｉｎｔａｉｎｉｎｇｔｈｅｐｈｏｔｏｓｙｎｔｈｅｔｉｃｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆｏｘｙｇｅｎ.Ｔｈｅｙａｒｅｇｅｎｅｒａｌｌｙｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄａｓｌｉａｂｌｅｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓｏｆｔｈｅｐｈｏｔｏｓｙｎｔｈｅｔｉｃａｐｐａｒａｔｕｓ,ａｎｄｃａｎｂｅｒｅｌｅａｓｅｄｂｙａｖａｒｉｅｔｙｏｆｐｈｙｓｉｃ…     

模拟打制实验及其在丁村角页岩石器研究中的应用

模拟打制是史前考古研究中的重要实验考古方法之一,对于正确认识考古标本的类型和技术、解读当时人类的认知水平和知识积累具有不可取代的作用。本文简要回溯了模拟打制实验的发展史,并评述其应用现状。模拟打制实验在欧美有较长的发展与应用历史,但最终趋向了不同的发展方向。传统的模拟打制实验研究在欧洲得到了更加深入的继承和发展,而美国在上世纪90年代后期逐渐发展起了以定量控制、数理统计为核心的实验方法。本文以近期在山西丁村开展的角页岩模拟打制实验为例,介绍传统的模拟打制实验的基本流程和内容,包括实验的内容设计、实施及记录和分析等。本次实验结果肯定了硬锤锤击技术在丁村角页岩石核剥片和修理中的广泛应用,并在一定程度上否定了以往对使用碰砧法的推测。文章最后对模拟打制实验存在的问题和应用前景作了讨论和展望。     

中药益智的化学成分研究

采用正反相硅胶、Sephadex LH-20凝胶、MCI树脂等层析技术从中药益智95%乙醇提取物的乙酸乙酯部位分离得到13个化合物,运用现代波谱技术分别鉴定为:益智酮甲(1,yakuchinone A)、益智醇(2,oxyphyllacin-ol)、白杨素(3,chrysin)、rhamnocitrin(4)、oxyphyllenodiol A(5)、oxyphyllenodiol B(6)、nootkatone(7)、dehydro-noot-katone(8)、7-epi-teucrenone(9)、oxyphyllenone A(10)、oxyphyllenone B(11)、原儿茶酸(12,protocatechuic acid)和琥珀酸(13,succinic acid)。其中化合物4、13为首次从该植物中分得,化合物8为新的天然产物。