非洲菊亲环素家族基因GCyP的克隆与生物信息学分析

亲环素(Cyclophilins,CyPs)具有肽脯氨酰顺反异构酶活性,催化蛋白质折叠过程,并且起着分子伴侣的作用,同时参与mRNA加工和信号转导等生物学过程.本研究在抑制性消减杂交获得表达序列标签(EST)的基础上,通过生物信息学方法获得了非洲菊亲环素家族基因GCyP的cDNA.进而设计特异引物,以非洲菊舌状花为材料,通过RT-PCR扩增并经T-A克隆后测序,获得一条长度为732 bp的序列.该序列经生物信息学分析确认其为GCyP,编码的GCyP含172个氨基酸残基,属于单结构域胞质型亲环素.GCyP序列提交GenBank后接收,登录号为EU1269167.     

SPINDLY 与赤霉素的信号转导

SPINDLY(SPY)作为一负调节子参与GA的信号转导,34肽重复结构(TPR)与C-端区域对其正常功能都十分重要。SPY基因在植物中呈组成型表达,其蛋白主要出现在细胞核部位。SPY蛋白与动物中的氧连N-乙酰葡萄糖胺转移酶(OGT)具有广泛的同源性,两者可能有着类似的作用机制。本文主要介绍GA突变体、SPY基因、SPY蛋白及其在大麦中的同源物HvSPY的结构与功能相关方面的一些研究进展。     

北京市大气细颗粒污染物与老年呼吸系统疾病急诊就医关系的病例交叉研究

目的:探讨北京市大气细颗粒污染物对呼吸系统疾病急诊的影响。方法:收集2013年3月-2014年3月解放军305医院以及西三环的总参军训部北京第八干休所门诊部的临床病例急诊数据、北京市环境监测中心的大气细颗粒污染物和气象条件数据资料,应用病例交叉设计研究方法进行数据分析。结果:在控制气温、相对湿度的影响后,单向回顾性1:1配对病例交叉分析结果显示,滞后0天细颗粒物污染对慢性支气管炎、哮喘、慢性阻塞性肺病急诊影响的OR值最大,细颗粒物日平均浓度每升高10μg/m3,对应的OR值分别为1.032、1.033、1.035。结论:该研究区域内大气细颗粒物污染物浓度升高可以导致呼吸系统疾病相关的慢性支气管炎、哮喘、慢性阻塞性肺病疾病的急诊增加。     

我国主粮作物的化学农药用量及其温室气体排放估算

现代农业中化学农药在提高作物产量中发挥着重要的作用,但是我国普遍存在过量用药现象,导致环境污染和危害食品安全.基于2012年的全国性农户问卷调查,本研究分析了2011年我国水稻、小麦和玉米使用农药现状,并估算了它们的温室气体排放.结果表明: 这3种作物至少使用了54种杀虫剂、24种杀菌剂和50种除草剂,其中32%的水稻种植农户使用了生物农药.全国3种作物使用了30.8 kt杀虫剂、16.5 kt杀菌剂和58.3 kt除草剂,它们的温室气体排放总量为1.5 Tg Ce,杀虫剂、杀菌剂和除草剂的排放分别占23.8%、16.9%和59.3%.南方区的农药用量占全国用量的51%;全国水稻、小麦和玉米的单位产量农药用量分别是0.22、0.18和0.24 g·kg^-1粮食,3种作物用药总量分别为44.4、21.4和39.7 kt,温室气体排放分别为665.5、250.1和547.5 Gg Ce;在不同农药种类中,有机磷类杀虫剂占我国所用杀虫剂总量的69%,苯丙咪唑类、有机磷类、唑类和有机硫类等杀菌剂占杀菌剂总量的87%,酰胺类、有机杂环类和有机磷类等除草剂占除草剂总量的85%.因此,减少农药用量,对于我国粮食安全和环境安全及减少农业温室气体排放都具有重要意义.     

植物激素相关核酸和蛋白质二级数据库的构建与应用

以NCBI维护的一级数据库为数据源建立植物激素相关核酸和蛋白质二级数据库。将该二级数据库设计为基因、蛋白质和文献三部分, 编写软件从上述数据源中采集数据, 并以XML作为中间格式保存, 通过解析提交到二级数据库中并集成部分生物信息学工具软件, 初步实现了数据检索、统计分析、基于Web的本地化BLAST同源序列检索、序列的自动拼接以及蛋白质结构和功能位点的分析等功能。该二级数据库的构建为植物激素作用分子机理研究提供了高针对性的植物激素数据源和生物信息学辅助工具。     

异种血清诱发肝纤维化模型中ECM变化的研究

为了观察异种血清诱发肝纤维化过程中细胞外基质（ECM）及其生成细胞的变化规律,经腹腔注射猪血清建立大鼠肝纤维化模型,以免疫组织化学方法显示肝内胶原（Col）Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ型和纤连蛋白（Fn）及其生成细胞。结果：①Fn最早在汇管区、小叶间隔内沉积,ColⅢ、Ⅳ、Ⅴ随之增多,停止血清注射后它们都明显减弱或消失;ColⅠ沉积出现最迟,但阳性迅速增强,停止注射后仍较强;②结蛋白（Dm）阳性的肝星状细胞（HSC,原称Ito细胞）其分布和数量变化与Fn和ColⅡ基本同步,而位于汇管区及细胞间隔的原始间叶细胞（PMC）Dm（-）。提示ECM生成细胞可能来自细胞骨架表型不同的PMC和HSC,本模型由于能清晰地显示ECM及其生成细胞而更适用于肝纤维化机制及防治的研究。     

液体负平衡对感染性休克合并急性肺损伤患者早期复苏及预后的影响

目的:探讨液体负平衡对感染性休克合并急性肺损伤(ALI)患者早期复苏及预后的影响。方法:将2010年1月~2014年9月我院急诊外科收治的84例感染性休克合并ALI的患者随机分为治疗组和对照组,每组各42例患者。治疗组采用出入量负平衡方式进行液体管理,对照组采用出入量平衡方式进行液体管理。观察和比较两组治疗前后氧合指数(PaO_2/FiO_2)、中心静脉压(CVP)、平均动脉压(MAP)、心指数(CI)、血管外肺水指数(ELWI)及APACHEⅡ评分的变化,记录和比较两组的机械通气时间、ICU住院时间、多器官功能障碍综合征(MODS)的发生率及28 d的病死率。结果:入院后3d、7d,治疗组的MAP较对照组明显降低,ELWI、PaO_2/FiO_2则明显升高(P0.05);治疗前、治疗后6h,两组的APACHEⅡ评分比较均无显著性差异(P0.05),而治疗组治疗后24h、48h的APACHEⅡ评分较对照组则明显降低(P0.05);与对照组比较,治疗组的机械通气时间、ICU住院时间显著缩短,MODS发生率明显降低(P0.05)。结论:在维持循环稳定和保证器官灌注的前提下,液体负平衡有助于减轻感染性休克合并ALI患者的心肺损伤,促进患者早期复苏,改善患者的预后。     

三江平原4种典型湿地土壤碳氮分布差异和微生物特征

选择三江平原洪河湿地保护区4种典型湿地类型：小叶章+沼柳湿地、小叶章湿地、毛苔草湿地和芦苇湿地作为研究对象,分析了不同湿地土壤有机碳(SOC)、全氮(TN)含量和微生物活性指标(土壤蔗糖酶、纤维素酶、过氧化氢酶、微生物生物量碳MBC、微生物生物量氮MBN、微生物呼吸速率MBR、微生物商q_MB和代谢商q CO₂)的变化及其相互关系.结果表明： SOC和TN含量均随土层深度增加而减少,不同湿地类型之间具有极显著性差异(P<0.01).各湿地土壤酶活性(除过氧化氢酶)、MBC、MBN含量和MBR均以表层(0～10 cm)最高,并随着土层深度的增加而降低.在0～30 cm土层内,小叶章+沼柳湿地和小叶章湿地SOC、TN含量、土壤酶活性、MBC、MBN含量、MBR、q_MB和qCO₂均高于淹水区的毛苔草湿地和芦苇湿地.统计分析表明,SOC、TN与微生物活性指标(qCO₂除外)均存在极显著正相关关系(P<0.01).表明研究区土壤微生物特征对SOC、TN的变化具有重要的影响和指示作用.     

三江平原不同湿地类型土壤活性有机碳组分及含量差异

土壤活性有机碳对土壤干扰的反应较快,是土壤有机碳早期变化的敏感性指标。近50年来,三江平原湿地土壤有机碳库受农事活动影响较大。为了探讨不同湿地类型土壤活性有机碳主要组分土壤可溶性有机碳(Dissolved organic carbon,DOC)、微生物量碳(Microbial biomass carbon,MBC)和易氧化有机碳(Easily oxidized organic carbon,EOC)的分布差异及主要影响因子,选择了三江平原洪河自然保护区4种典型的湿地类型(小叶章+沼柳湿地、小叶章湿地、毛苔草湿地和芦苇湿地)为研究对象。分析了不同湿地类型土壤可溶性有机碳,微生物量碳和易氧化有机碳在0—30 cm土层内的分布特征和分配比例及其与有机碳、土壤养分和酶活性指标(蔗糖酶、纤维素酶和过氧化氢酶)之间的相关关系。结果表明:(1)4种湿地类型土壤DOC、MBC和EOC含量均随土层深度的增加而减少。不同湿地类型之间土壤活性有机碳含量在0—30 cm土层内存在显著性差异(P0.05),相对于长期淹水的毛苔草湿地和芦苇湿地而言,未淹水的小叶章+沼柳湿地和小叶章湿地具有较高的DOC,MBC和EOC含量。(2)土壤DOC、MBC和EOC占有机碳比例分别为0.27%—0.63%,1.27%—5.94%和19.63%—41.25%。土壤DOC所占比例呈先增后减的变化趋势,最大的比例均出现在10—20 cm。MBC所占比例在土壤剖面上则未表现出一致的变化规律,而EOC所占比例则随土层深度的增加而逐渐减少。(3)土壤DOC占SOC比例以小叶章湿地最高,MBC和EOC占SOC的比例则以小叶章+沼柳湿地最高。而长期淹水的毛苔草湿地和芦苇湿地则具有更低的DOC,MBC和EOC比例。(4)综合分析表明,4种湿地类型土壤DOC,MBC和EOC两两之间存在极显著相关性关系,它们除了与碳氮比相关性不显著外,与土壤有机碳,全氮,全磷养分和酶活性指标间相关性均达到极显著水平,尤其是与有机碳和全氮的相关性系数更高,此外DOC与纤维素酶,MBC与过氧化氢酶相关性更大。由此可见,土壤碳氮磷养分和酶活性是影响土壤活性有机碳组分分布的重要因素。     

超级杂交水稻 TIR1 类似基因 cDNA 的克隆与生物信息学分析

生长素受体TIR1通过形成SCFTIR1复合体与生长素直接结合, 即为Aux/IAA在26S 蛋白酶体降解过程中的关键蛋白质。在Blas t检索和生物信息学分析的基础上设计特异引物, 以超级杂交水稻(Oryz a sativa)亲本株1S为材料, 通过RT-PCR扩增并经T-A克隆后测序, 获得一条长度为2 219 bp 的序列, 其开放阅读框长度为1 764 bp, 编码含587个氨基酸残基的肽链。该序列经生物信息学分析发现, 其与拟南芥TIR1相似性为77%, 同样具有2个保守的结构域, 即F-box和亮氨酸富集重复区域(LRR),且都不具有跨膜结构域和信号肽。该cDNA序列命名为OsTIR1。