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共有20条相似文献,以下是第1-20项 搜索用时 187 毫秒

1.  我国登革 4型病毒 B5株基因组全序列的测定及分析(英文)  被引次数:2
   王鹏程  秦鄂德  于曼  耿丽卿  赵卫  胡志君  苑锡同  杨佩英《中国生物化学与分子生物学报》,2001年第17卷第2期
    对我国登革 4型病毒 B5株 (D4- B5)基因组进行全序列测定及分析 ,为研究病毒基因组结构与功能的关系及研制新型登革疫苗奠定基础 .根据登革 4型病毒 81 4669株的序列设计特异引物 ,通过 RT- PCR扩增出 D4- B5株不同长度的片段 ,分别克隆到 p GEM- T载体 ,将挑取的阳性克隆进行 PCR、酶切鉴定及序列测定 .结果显示 ,D4- B5株的基因组全长 1 0 665nt,5′和 3′非编码区分别为 1 0 1 nt和 40 3nt,中间一个长 1 0 1 61 nt的开放读码框架 ,编码 3387个氨基酸 .与 D4- 81 4669株比较 ,两者核苷酸序列同源性为 93.0 8% ,氨基酸序列同源性为 96.58% .D4- B5株的基因组全序列与 D4- 81 4669株类似 ,但也有较大差异 .同源进化分析表明 ,D4- B5株的基因型为 型 ,与登革 4型病毒菲律宾分离株亲缘关系较近 .这是首次报道的我国登革 4型病毒分离株基因组全序列 ,对研究病毒基因组结构与功能的关系 ,探讨我国毒株的地理来源及研制适合我国人群的新型登革疫苗具有一定的意义 .    

2.  我国两株登革2型病毒基因组的全序列分析  
   胡志君 杨敬 等《Virologica Sinica》,2002年第17卷第1期
   本研究对我国两株登革2型病毒D2-43株、D2-04株的基因组进 行 了全序列测定,在此基础上对这两株引起不同临床症状及鼠神经毒力的登革病毒的基因组序 列进行了比较分析,结果表明D2-43株与D2-04株基因组全长约为10 723nt,核苷酸序列的同源性为95.1%,氨基酸序列的同源性为97.6%, 不存在特别的高变区。这两株序列中共有83个核苷酸的变化导致了氨基酸的变化,其中21个 差异氨基酸可引起所在位点电荷或极性的变化,位于登革病毒粒子表面的E糖蛋白第126位氨 基酸由Glu (D2-04株)→Lys(D2-43株)的变化对其抗原性有影响,可能引起了病毒对鼠神 经 毒力的改变。对结构糖蛋白E基因的聚类分析表明D2-43株与新几内亚株、台湾87株及菲律 宾 83株亲缘关系较近,D2-04株与牙买加株及巴西90年分离株的亲缘关系较近,表明我国存 在不同起源的登革2型病毒感染。    

3.  我国两株登革2型病毒基因组的全序列分析  被引次数:3
   胡志君  杨敬  赵卫  杨佩英  范宝昌  秦鄂德  于曼《中国病毒学》,2002年第17卷第1期
   本研究对我国两株登革2型病毒D2-43株、D2-04株的基因组进行了全序列测定,在此基础上对这两株引起不同临床症状及鼠神经毒力的登革病毒的基因组序列进行了比较分析,结果表明D2 43株与D2-04株基因组全长约为10 723nt,核苷酸序列的同源性为95.1%,氨基酸序列的同源性为97 6%,不存在特别的高变区.这两株序列中共有83个核苷酸的变化导致了氨基酸的变化,其中21个差异氨基酸可引起所在位点电荷或极性的变化,位于登革病毒粒子表面的E糖蛋白第126位氨基酸由Glu(D2-04株)→Lys(D2-43株)的变化对其抗原性有影响,可能引起了病毒对鼠神经毒力的改变.对结构糖蛋白E基因的聚类分析表明D2-43株与新几内亚株、台湾87株及菲律宾83株亲缘关系较近,D2-04株与牙买加株及巴西90年分离株的亲缘关系较近,表明我国存在不同起源的登革2型病毒感染.    

4.  云南省登革3型病毒全基因组序列特征研究  
   胡挺松  张海林  刘永华  范建华  邓波  尹小雄  李鸿斌  李萍  朱进  杨召兰  张富强  范泉水《病毒学报》,2018年第1期
   为阐明云南省2013年和2016年登革3型病毒(DENV-3)流行株的全基因组分子进化特征及流行病学特点。采用C6/36细胞培养法从登革热患者血清中分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-3的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和氨基酸同源性及系统进化分析。结果从云南省本地登革热患者血清中分离到10株DENV-3,其中西双版纳州2013年5株(简称版纳分离株),德宏州瑞丽市2016年5株(简称瑞丽分离株)。经RT-PCR和序列测定,获得这10株DENV-3的全基因组序列(10 707nt),其开放读码框(95~10 265)编码3 389个氨基酸。基于全基因组或各种结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化分析表明,版纳分离株均为基因II型(genotype-II),瑞丽分离株均为基因I型(genotype-I),并各自高度聚集为同一进化群并与东南亚流行株具有较近亲缘关系。版纳分离株间和瑞丽分离株间的全基因组核苷酸(氨基酸)同源性分别为99.75%~99.91%(99.40%~99.91%)和99.21%~99.68%(98.78%~99.57%),并与DENV-3原型株(H87)的核苷酸(氨基酸)同源性分别为94.21%~94.34%(97.88%~98.14%)和93.81%~93.98%(97.12%~97.67%)。与H87株比较,本次云南分离株结构蛋白和非结构蛋白分别存在26和63个氨基酸位点的改变。本研究证实,云南省西双版纳州2013年流行的DENV-3为基因II型,瑞丽市2016年流行的DENV-3为基因I型,它们的传播来源分别为老挝和缅甸北部边境地区。本次云南DENV-3分离株与H87株间存在明显差异,但决定病毒抗原性和毒力的关键位点未见明显变化。    

5.  急性弛缓性麻痹病例中Ⅱ型脊髓灰质炎疫苗病毒变异株基因特征分析  
   李崇山  张勇  叶绪芳  王海岩  王东艳  祝双利  朱晖  安洪秋  李杰  严冬梅  许松涛  毛乃颖  许文波《病毒学报》,2007年第23卷第2期
   研究Ⅱ型脊髓灰质炎(脊灰)疫苗变异株的基因特征,为我国使用口服脊灰减毒活疫苗/脊灰灭活疫苗使用策略,维持无脊灰状态和全球最终消灭脊灰提供科学依据。根据型内鉴定的检测结果,从2000~2001年AFP病例分离到的Ⅱ型脊灰疫苗变异株中选取有聚集性的5株病毒进行全基因组序列测定(贵州省3株、山东省2株),并进行核苷酸、氨基酸同源性分析。贵州省3株病毒全基因组序列完全一致,但与SabinⅢ型病毒发生重组,重组区域在3A区(nt5343~5353);与疫苗株相比,Ⅱ型区域变异10个碱基,其中VP1区变异4个,与SabinⅡ型株核苷酸同源性为99·56%,氨基酸同源性99·34%;Ⅲ型区域变异9个碱基。山东省2株病毒全基因序列共享16个突变位点,没有发生重组,与SabinⅡ型株相比,VP1区分别变异7个和4个碱基,核苷酸同源性分别为99·22%和99·56%,氨基酸同源性分别为99·0%和99·67%。上述5株病毒在重要的减毒位点nt481、nt2909均发生突变。此研究中5株病毒分属于两个不同的传播链,但是共享nt481、nt2909、nt2992三个突变位点,这3个突变位点不在重组区域内,他们的共同作用可能是影响病毒传播力的重要因素,但目前尚无证据证明脊灰疫苗病毒型间重组会增加病毒的毒力及传播力。    

6.  我国肾综合征出血热疫苗生产株LR1株的全基因组序列分析  
   姚智慧  王维新  董关木  俞永新  杨世龙  祝晓春  刘文雪  马小奇  李萍  孙小慧《病毒学报》,2001年第17卷第2期
   为测定我国肾综合征出血热疫苗生产株LR1株的全基因组序列 ,了解该株分子基础 ,从提取的细胞总RNA逆转录PCR扩增 ,产物纯化后克隆T载体纯化后测序 ,结果证明 ,LR1株全基因组序列由L6 5 33、M36 16、S片段的16 92个核苷酸组成 ,依各自读码框架分别编码 2 15 1、1135、42 9个氨基酸。序列同源比较分析表明 ,LR1毒株与国外HTN型毒株高度同源 ,属同一亚型 ,尤其与HTN代表株 76 - 1183个片段同源率高达 99 3%~ 99 8% ,而与国内的HTN型病毒差异较大 ,同源率仅为 79 4%~ 84 6 %。氨基酸比较也显示了同样的结果。    

7.  DENV2海南分离株NS1全序列测定和生物信息学分析  被引次数:1
   周俊梅  方丹云  梁瑜  尹悦  江丽芳《生物技术》,2009年第19卷第3期
   目的:对登革病毒2型海南分离株NS1全序列进行测定和生物信息学分析,了解其系统 进化和分子流行病学特征.方法:采用RT-PCR法扩增D2-Hainan全长NS1基因,将其克隆入载 体pPIcZáB,测序,采用相关软件进行生物信息学分析.结果:获得D2-H ainan株NS1全长基 因1056bp,其序列与登革病毒2型NGC株的同源性为95%.系统进化树分析显示该毒株与登革 病毒2型China04株的亲缘关系最近.初步分析了NS1蛋白的氨基酸序列特征和二级结构.结论:登革病毒流行株存在地域性和复杂性,对D2-Hainan株NS1基因及其编 码蛋白信息特征的了解,有助于进一步研究其基因特征与病毒毒力的关系.    

8.  猪Ⅱ型圆环病毒豫A株的全基因组克隆与序列分析  被引次数:13
   曹胜波  陈焕春  肖少波  赵俊龙  吕建强  钱平《病毒学报》,2002年第18卷第2期
   参照国外发表的猪Ⅱ型圆环病毒(porcine circovirus type2,PCV-2)全基因组序列,设计一对PCV-2特异性引物,用该室分离的PCV-2豫A株感染PK-15细胞,从中提取PCV-2复制型基因组DNA,并以之为模板进行PCR扩增,回收PCR产物,构建重组测序质粒T-PCV-2。测序结果表明,猪Ⅱ型圆环病毒豫A株的全基因组为1767bp,与GenBank收录的PCV-2国外分离株核苷酸的同源性可高达97%,序列分析表明,复制型豫A株的基因组包含10个读码框架,其中ORF1、ORF2是其两个最主要的读码框架,分别编码314、234个氨基酸,豫A株和PCV-1间的ORF1、ORF2的氨基酸序列同源性分别为85%、66%,与其它PCV-2毒株间的ORF1氨基酸同源性均在98%以上,而ORF2的氨基酸同源性为92%-97%。    

9.  我国肾综合出血热疫苗生产株LR1株的基因组序列分析  
   姚智慧 王维新 等《病毒学报》,2001年第17卷第2期
   为测定我国肾综合征出血热疫苗生产株LR1株的全基因组序列,了解该株分子基础,从提纯的细胞总RNA逆转录PCR扩增,产物纯化后克隆T载体纯化后测序,结果证明,LR1株全基因组序列由L6533、M3616、S片段的1692个核苷酸组成,依各自读码框架分别编码21511、1135、429个氨基酸。序列同源比较分析表明,LR1毒株与国外HTN型毒株高度同源,属同一亚型,尤其与HTN代表株75-1183个片段同源率高达99.3%-99.8%,而与国内的HTN型病毒差异较大,同源率仅为79.4%-84.6%。氨基酸比较也显示了同样的结果。    

10.  鹅源新城疫病毒ZJ1株全基因组的序列测定  被引次数:20
   黄勇  万洪全  刘红旗  吴艳涛  刘秀梵《病毒学报》,2003年第19卷第4期
   依据GenBank上公布的新城疫病毒(NDV)的基因序列,自行设计了9对引物,运用反转录一聚合酶链反应(RT—PCR)获取覆盖NDV鹅源毒株ZJ1株全基因组的部分重叠片段。病毒RNA的5’及3’端的序列由cT)NA末端快速扩增技术(RACE)获取。整个病毒基因组序列由15192个碱基组成,比GenBank上公布的其它4个NDV毒株Beaudettec、B1、Lasota及Clone-30的全基因组序列长6个核苷酸。这6个核苷酸位于核衣壳蛋白(NP)基因内,相对于NDV毒株Lasota株全基因序列的1647nt~1648nt位。其它10个NDV毒株中的9个毒株也被验证具有此特征,且它们分属于3个不同的基因型。    

11.  肾综合征出血热病毒Gou3株M片段的分子特性及序列的比较分析  被引次数:6
   姚智慧 朱智勇《病毒学报》,1999年第15卷第3期
   为测定我国肾综合征出血热病毒Gou3株的M片段全基因序列,了解该株分子基础,并分析其瑟其他病毒株的差异,将提取的感染了病毒的Vero-E6细胞总RNA进行逆转录PCR扩增,产物直接或纯化后克隆T载体并测定序列,结果测得Gou3株M片段的全基因序列共3651个核苷 ,最大读码框架从47到3448,共编码1134个氨基酸。    

12.  禽减蛋综合征病毒AAV-2株全基因组文库的构建及核苷酸序列分析  被引次数:4
   金奇  曾力宇  杨帆  李茂祥  侯云德《中国科学C辑》,1999年第29卷第5期
   对禽减蛋综合征病毒 (Eggdropsyndromevirus :EDSV -76 )中国分离株AAV 2的基因组进行了部分限制性内切酶物理图谱的分析 ,构建了完整的基因文库 ,并在此基础上完成了包括末端结构在内共 32 838个碱基对的全基因组核苷酸序列测定 ,数据分析表明 :AAV-2株与其他腺病毒相比 ,在基因组结构及开放读码框架 (ORF)的分布等方面差异较大 ,该病毒株基因组中没有明显的E1区、E3区和E4区样结构 ,其中位于基因组两端的 2个长度分别为 1 .1和 8.3kb的片段与其他腺病毒基因组无任何同源性 ,此外 ,AAV-2株基因组中缺失编码E1A ,pV和pIX等腺病毒共有的编码早、晚期蛋白的ORFs.上述结果首次在分子水平上证实了EDSV -76作为禽Ⅲ群腺病毒唯一代表株与其他禽腺病毒的差别 ,将有助于禽腺病毒乃至所有腺病毒的研究 .    

13.  我国2009年新分离乙脑病毒全基因组序列特征研究  
   Yang DJ  Li MH  Fu SH  Zhang HL  Liang GD《病毒学报》,2011年第27卷第6期
   本研究对我国2009年新分离的两株乙脑病毒进行全基因组序列测定和分析,以了解病毒全基因组分子特征。通过RT-PCR和核苷酸序列测定方法获得病毒全基因组序列,采用ClustalX、DNASTAR、MEGA等生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列分析和系统进化分析等。研究结果显示,新分离两株乙脑病毒YN0911和YN0967株基因组全长均为10 965个核苷酸,编码3 432个氨基酸。这2株乙脑病毒之间核苷酸同源性为98.7%,氨基酸同源性为99.8%。与国际乙脑病毒流行株相比,核苷酸同源性为83.5%~98.9%,氨基酸同源性为94.8%~99.7%。与乙脑病毒疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白有13个氨基酸差异位点,但都位于抗原关键位点之外。这2株病毒在3′UTR区域存在11nt缺失。基于C/PrM区段、E基因、全基因组系统进化分析结果均显示新分离2株乙脑病毒为G I乙脑病毒,并且和越南、四川、贵州、广西以往的分离株遗传进化关系较近。本研究提示我国新分离的2株乙脑病毒均为G I乙脑病毒,决定病毒毒力的关键氨基酸位点未见明显变化。    

14.  中国牛病毒性腹泻病毒JZ05-1分离株全基因测序及分析  
   李庆超  苗利光  李海涛  刘艳环  张广雷  肖佳美《病毒学报》,2010年第3期
   牛病毒性腹泻病毒为瘟病毒属成员,呈世界性分布并在乳/肉牛业中造成严重经济损失。本研究利用MD-BK细胞增殖一株分离于我国吉林地区的牛源牛病毒性腹泻病毒JZ05-1毒株,观察发现其具有典型的致细胞病变效应。使用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法分别扩增覆盖基因组全长的八个片段并测序,拼接获得该病毒的全基因组序列长12285核苷酸(nt),GenBank登录号:GQ888686。该病毒基因组具有编码多聚蛋白的一个11694nt可读框,5'非翻译区(UTR)长387nt,3'非翻译区长204nt。分别分析BVDVJZ05-1的5'-UTR序列和全基因组序列,发现该病毒属于BVDV-2a亚型。BVDV-2型多数毒株之间的相似性约为96%,与JZ05-1全基因组序列相似性最高的加拿大p11Q毒株和中国XJ-04毒株的相似性为90%和91%。因此,JZ05-1全基因组序列与BVDV-2型其他毒株的全基因组序列具有较大差异。    

15.  伪狂犬病毒gI基因的克隆表达及其对病毒增殖的影响  被引次数:3
   肖少波 方六荣 王革非 陈焕春 洪文洲《微生物学报》,2002年第42卷第3期
   从伪狂犬病毒(PRV)国内地方分离Ea株基因组DNA片段中克隆了完整的gI基因,序列分析结果表明,gI基因编码区全长1101bp,可编码366个氨基酸残基,二级结构预测具有典型I型膜蛋白特征。与GenBank中收录的国外Rice株的同源比较发现,Ea株gI在核苷酸和氨基酸水平上均存在多处突变,尤其是潜在胞浆区中连续两个碱基的缺失导致移码突变,致使gI基因的读码框架后移,从而导致Ea株gI较rice株长16个氨基酸残基。将gI基因克隆到真核表达载体pcDNA31+中的人巨细胞病毒早期启动子下游,构建的真核表达质粒转染PK15细胞,间接免疫荧光检测证实gI获得正确表达。进一步测定天然缺失gI的PRV弱毒Bartha株在表达gI细胞系和空白载体转染的对照细胞系中的蚀斑形成单位(pfu)和组织细胞培养半数感染量(TCID50),结果显示:Bartha株在表达gI细胞系中的pfu和TCID\-\{50\}分别为对照细胞系的164%和200%。说明gI具有促进病毒增殖的功能。    

16.  庚型肝炎病毒抑制人类免疫缺陷病毒感染及其机制  
   曹明媚  戚中田《微生物与感染》,2007年第2卷第1期
   庚型肝炎病毒(HGV/GBV-C)是10年前发现的单正链RNA病毒,属黄病毒科,病毒基因组RNA长约9.4kb),含1个开放读码框架,编码2 900左右的氨基酸.    

17.  浙江省登革热暴发疫情的病原学和分子生物学研究  被引次数:5
   严菊英  卢亦愚  翁景清  茅海燕  冯燕  史雯  徐昌平  李婵  谢荣辉《病毒学报》,2006年第22卷第5期
   2004年浙江省慈溪市发生了由输入病例引起的登革热暴发,共报告病例113例。为查明病因,从分子水平分析流行毒株的生物学特征,对疑似患者血清测定了登革病毒IgM和IgG抗体,并用C6/36和BHK-21细胞分离登革病毒。同时采用RT-PCR方法扩增病毒E基因和NS1基因后又分别进行序列测定,并与不同国家和地区的登革热毒株进行同源性和进化树分析。结果表明,从患者血清中检测到登革病毒IgM和IgG抗体及登革I型病毒核酸;从18份疑似患者血清中分离到10株登革I型病毒;浙江登革I型分离株(ZJ/07/04)与登革I型夏威夷株、广东株和泰国株的E基因氨基酸同源性分别为96.3%、98.8%和99.2%,而与登革Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型毒株相同区域氨基酸同源性分别为68.3%、77.5%和62.8%。基因进化树显示浙江省登革病毒分离株与泰国株亲缘关系最近,在进化树的同一分支上。从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该次疫情的病因为由泰国输入的登革I型病毒。    

18.  家蚕浓核病毒 Bm DNV-3(中国株)VD1基因组结构与转录分析  被引次数:3
   王永杰  姚勤  陈克平  韩序《生物工程学报》,2006年第22卷第5期
   为了进一步认识家蚕浓核病毒BmDNV-3(中国株)VD1基因组的结构和功能,VD1被分离、纯化、克隆到pUC119载体上,完成了基因组全序列的测定。序列分析显示VD1基因组全长为6543个核苷酸,末端拥有224个核苷酸反向重复序列(ITRs)。VD1基因组正链含有3个大的开放阅读框(ORF1-3),负链含有1个大的开放阅读框(ORF4)。比较BmDNV-3的VD1和BmDNV-2(Yamanashiisolate)的VD1基因组全序列,两者同源性为98.4%,并且有107个碱基的替代和1个碱基插入,氨基酸突变集中在VD1ORF3和VD1ORF4。Northern杂交结果显示VD1的左边正链上有1.1kb和1.5kb两个转录本,右边的负链上有一个3.3kb转录本。3′和5′-RACE结果显示1.1kb转录本开始于nt290,结束于nt1437;1.5kb转录本开始于nt1423,结束于nt2931;3.3kb转录本开始于nt6287,结束于nt2922。正链上1.5kb转录本和负链上3.3kb转录本拥有10个核苷酸的3′端的共同序列。研究结果显示该病毒基因转录与已报道的其它浓核病毒存在较大的差异性。    

19.  痘苗病毒天坛株全基因组结构特点的分析  
   金奇  陈南海  陈淑霞  黄静  冯泽华  袁劲松  金冬雁  白宏东  侯云德《中国科学C辑》,1997年第27卷第6期
   通过我国痘苗病毒天坛株(疫苗株)全基因组核苷酸序列的测定,对痘苗病毒基因组的一级结构进行了详细的分析,发现天坛株全基因组由189274个碱基对和碱基组成,与其它痘苗病毒株相比,在病毒基因组旁侧区限制性内切酶Hind Ⅲ-C,B及中央区Hind Ⅲ-A片段出现多个DNA片段的缺失和新的DNA片段的插入,这些片段中编码的某些多肽目前已知与病毒的生物学性状有关,对阐明痘苗病毒疫苗株与非疫苗株毒力上的差别及正痘病毒属成员的致病机理等方面的研究提供了线索.除此之外,有关病毒启动子、开放读码框架的分布特点、G+C含量及密码子使用频率等基因组结构特点的分析,也为研究基因表达的调控机制和利用该病毒作为载体进行基因工程重组疫苗的开发奠定了基础.    

20.  鸡减蛋综合征病毒(EDSV—76)基因组E1区结构特点分析  被引次数:1
   金奇 李茂祥《病毒学报》,1998年第14卷第3期
   EDSV-76病毒中国株AA-2经常规方法提取其病毒DNA后,建立了限制性内切酶PstI水解片段的全基因文库。对其中PstI-G片段和PstI-A片段的正反链进行序列测定,获得EDSV E1区(0-8.8m.u)的核苷酸序列。经分析,EDSV E1区具有与其他腺病毒E1区类似的结构。以大于60个氨基酸残基为标准,EDSV E1区共有7个开放读码框架(ORF),其中R1、R2、ElbsT和E1b1T    

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