基于细胞色素b基因序列的东亚鳜类系统发育关系

鳜类为东亚特有类群。为验证东亚鳜类的单系起源,解决其分类划分的争议,本文采用特异性引物PCR扩增法获得了鳜类中鳜、大眼鳜、斑鳜、暗鳜、波纹鳜、长体鳜细胞色素b基因的全长序列,结合GenBank中日本少鳞鳜、朝鲜少鳞鳜和中国少鳞鳜的序列,初步构建了东亚鳜类种间的系统发育关系。NJ树和MP树均一致表明,鳜类为单系类群,可分为两支:鳜鱼群和少鳞鳜群。长体鳜未单独成群,而与鳜鱼属聚为一支,不支持将长体鳜单独设属,而应归入鳜鱼属。鳜鱼群中,MP树推测的长体鳜、暗鳜较为原始,鳜、大眼鳜、斑鳜和波纹鳜为特化种类的系统关系假设与其形态、生态特征表型进化较为一致。少鳞鳜群中,中国少鳞鳜与朝鲜少鳞鳜为姐妹种,再与日本少鳞鳜构成姐妹群的系统关系与其地理分布格局较为一致。本研究结果可为深入探讨鳜类物种有效性、系统分类位置及生物地理学提供依据。     

鳜类系统发育的线粒体Cytb基因全序列分析

测定了鳜、大眼鳜、斑鳜、暗鳜、波纹鳜、长体鳜、中国少鳞鳜等7种鳜类12个个体的线粒体细胞色素b基因全序列。结合GenBank中的同源序列,共分析了9种鳜类的系统发育关系。序列分析表明,鳜属鱼类属内种间的遗传距离(0.015～0.093)明显小于少鳞鳜属鱼类属内种间的遗传距离(0.152～0.178)。在分子系统发育树上,长体鳜与鳜属的鳜、大眼鳜、斑鳜、波纹鳜、暗鳜聚合成一分支,少鳞鳜属的种类聚成另一分支;支持将长体鳜归入鳜属,鳜类分为鳜属和少鳞鳜属等二个属的分类处理。在鳜属鱼类中,鳜和大眼鳜亲缘关系十分密切;斑鳜与波纹鳜亲缘较近;长体鳜与鳜属其它5个种的亲缘关系较远。在少鳞鳜属鱼类中,中国少鳞鳜和日本少鳞鳜的亲缘关系较远,韩国少鳞鳜的系统位置较不明确。鳜类的单系性及其鳜类的系统位置仍有待进一步研究。     

鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系

采用PCR技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用ClustalW排序后,对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3),并给出了它们的一般形式,同时在康氏似鲹控制区的5′和3′两端发现重复序列。以尖吻鲈作为外类群,应用邻接法构建的分子系统树表明:鲹科鱼类分为鲹亚科、鰤亚科、鲳鲹亚科和鰆鲹亚科4个亚科,各自形成单系群;鲹亚科与鰤亚科形成姐妹群,鲳鲹亚科再与他们聚在一起,鰆鲹亚科处于鲹科鱼类的基部,与前面3个亚科聚在一起。     

大趾鼠耳蝠线粒体DNA控制区结构及变异

采用PCR产物直接测序法首次测定大趾鼠耳蝠(Myotis macrodactylus)10个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区全序列,并进行了结构和变异分析。结果表明,大趾鼠耳蝠的控制区结构与其他哺乳动物相似,可分为一个中央保守区(包括F、E、D、C、B元件)和两个外围结构域:延伸的终止结合序列区(包括ETAS1和ETAS2元件)和保守序列区(包括CSB1、CSB2和CSB3元件),其中最为保守的是中央保守区(核苷酸变异度为1.8%)。大趾鼠耳蝠控制区核苷酸全序列具有丰富的长度多态性(1778～2048bp),主要是由在碱基组成、重复数目和排列方式上异质的串联重复序列造成的。在ETAS内发现了TACAT及其反向互补序列ATGTA,支持滑移错配模式(slipped mispairing model)。本研究为该物种的进一步研究和保护提供基础遗传数据。     

鼬科动物线粒体DNA控制区结构分析

利用PCR技术获得紫貂(Martes zibellina)和黄喉貂(Martes flavigula)线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank中下载的9种鼬科动物相应序列,用ClustalX排序后对控制区结构进行分析,识别出延长终止序列区、中央区和保守序列区3个区域,指出了一个终止相关序列ETAS1及8个保守序列(CSB-F、E、D、C、B、1、2和3),并给出了序列通式,在CSB1和CSB2之间发现不同形式的短重复序列.此外,以狼为外类群,应用邻接法构建鼬科线粒体控制区全序列的系统进化树,结果表明:臭鼬亚科最先从鼬科中分化出来,随后剩余类群分为两大支系,即貂属种类与貂熊聚为一支,并与獾亚科的狗獾形成姐妹群;另一支为水獭亚科的物种与鼬属的林鼬形成姐妹群,再与虎鼬聚在一起,狗獾与貂属的紫貂亲缘关系最近,水獭亚科与鼬属亲缘关系最近.     

鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系

采用PCR技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用Clustal W排序后,对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3）,并给出了它们的一般形式,同时在康氏似鲹控制区的5′和3′两端发现重复序列。以尖吻鲈作为外类群,应用邻接法构建的分子系统树表明：鲹科鱼类分为鲹亚科、鰤亚科、鲳鲹亚科和鰆鲹亚科4个亚科,各自形成单系群;鲹亚科与鰤亚科形成姐妹群,鲳鲹亚科再与他们聚在一起,鰆鲹亚科处于鲹科鱼类的基部,与前面3个亚科聚在一起。     

黄鲫线粒体DNA控制区结构及长度多态性分析

<正>鱼类线粒体DNA(Mitochondrial DNA,mtDNA)因为具有结构简单、严格的母系遗传、缺少重组等特点而成为重要的分子标记[1—4]。线粒体DNA控制区(Control region,CR,又称D-loop区)是一段非编码区,进化速率快,容易积累较多的变异(如碱基的替换、插入和缺失等),被广泛应用于种内分子遗传学研究[5—7]。控制区一般分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3部分。控制区变异多发     

白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对白鱼(Anabarilius grahami)DNA进行PCR扩增,获得了白鱼线粒体DNA控制区基因全序列(930bp)。控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0%和14.7%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3)。同时运用DNA分析软件对白鱼一个驯养种群(中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心)及两个自然地理种群(江川县明星鱼洞、江川县牛摩村)进行了遗传多样性分析。结果显示:两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好。     

红鲫部分线粒体DNA序列变异分析

对红鲫19尾个体的线粒体tRNA-Thr基因、tRNA-Pro基因和部分控制区的核苷酸序列进行了测定．获得19条长度为836～837bp的同源基因序列，共发现18个变异位点．定义了4种单元型．在红鲫4种单元型中确认了DNA复制终止相关的序列TAS、中央保守区序列（CSB-F、CSB-E和CSB-D）和保守序列CSB1．在18个变异位点中，除一个缺失外，序列变异全部为转换，无颠换发生．4种单元型之间的序列差异在0．1％。1．7％之间．结果显示，红鲫群体具有较高的遗传多样性水平，因而暗示了它具有较强的适应外界环境变化的能力，同时说明它是鱼类遗传育种的较好实验材料．     

沙鳅亚科鱼类线粒体DNA控制区结构分析及系统发育关系的研究

对沙鳅亚科鱼类3属14个代表种的线粒体DNA控制区序列的结构进行了分析。通过与鲤形目鱼类的控制区序列进行比较,将沙鳅亚科鱼类的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区三个区域。同时识别了沙鳅亚科中一系列保守序列,并给出了它们的一般形式。以胭脂鱼为外类群,对比条鳅亚科、花鳅亚科、以及平鳍鳅科的代表性种类,采用NJ、MP和ML法构建沙鳅亚科的分子系统树。分子系统发育分析表明,沙鳅亚科为一单系,包括3个属:沙鳅属、副沙鳅属和薄鳅属,各属均构成单系。根据分子系统学、形态学的结果及地理分布推断,沙鳅亚科中沙鳅属可能为最为原始的属,副沙鳅属其次,而薄鳅属最特化。     

Structure of the Mitochondrial DNA Control Region of the Sinipercine Fishes and Their Phylogenetic Relationship

The mitochondrial DNA control region of Siniperca chuatsi, S. kneri, S. scherzeri, S. obscura, S. undulata, Coreosiniperca roulei and Coreoperca whiteheadi were amplified by PCR amplification and directly sequenced. The mtDNA control region of the sinipercine fishes could be separated into three domains, namely, the terminal associated sequence domain, the central conserved sequence domain and the conserved sequence block domain. The extended terminal associated sequence (ETAS), three conserved sequence blocks (CSB-F, CSB-E, CSB-D) in the central conserved sequence domain and three conserved sequence blocks (CSB1, CSB2, CSB3) in the conserved sequence block domain were also identified. The phylogenetic relationships among these sinipercine fishes were constructed through neighbor-joining and maximum parsimony methods using Percidae and Serranidae as outgroups. Results showed that sinipercine fishes were a monophyletic group, with Siniperca forming one group, and Coreoperca forming another group. Coreosiniperca roulei did not form an independent group but was merged into the genus Siniperca. Thus it should be renamed as Siniperca roulei.     

齐口裂腹鱼线粒体DNA控制区结构分析

利用直接测序法对齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)线粒体DNA控制区进行了测序,并对其序列结构进行了分析.结果表明,齐口裂腹鱼线粒体控制区碱基组成中碱基A和T的含A明显高于G和C的含量,所有类型碱基组成中碱基G的含量最低,这与其他硬骨鱼类控制区碱基组成一致.通过与哺乳类和鲤形目鱼类控制区序列进行对...     

白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对白鱼（Anabarilius grahami）DNA进行PCR扩增，获得了白鱼线粒体DNA控制区基因全序列（930 bp）。控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0%和14.7%。对照其他已报道的鱼类控制区结构，对白鱼控制区结构进行了分析，识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区，找到了终止相关的序列TAS以及保守序列（CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3）。同时运用DNA分析软件对白鱼一个驯养种群（中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心）及两个自然地理种群（江川县明星鱼洞、江川县牛摩村）进行了遗传多样性分析。结果显示：两个自然种群存在较强基因交流，未出现遗传分化；人工驯养种群遗传多样性最高，种群复壮程度较好。     

DNA sequence variation in the mitochondrial control region of red-backed voles (Clethrionomys)

The complete mitochondrial DNA (mtDNA) control region was sequenced for 71 individuals from five species of the rodent genus Clethrionomys both to understand patterns of variation and to explore the existence of previously described domains and other elements. Among species, the control region ranged from 942 to 971 bp in length. Our data were compatible with the proposal of three domains (extended terminal associated sequences [ETAS], central, conserved sequence blocks [CSB]) within the control region. The most conserved region in the control region was the central domain (12% of nucleotide positions variable), whereas in the ETAS and CSB domains, 22% and 40% of nucleotide positions were variable, respectively. Tandem repeats were encountered only in the ETAS domain of Clethrionomys rufocanus. This tandem repeat found in C. rufocanus was 24 bp in length and was located at the 5' end of the control region. Only two of the proposed CSB and ETAS elements appeared to be supported by our data; however, a "CSB1-like" element was also documented in the ETAS domain.     

鳜亚科SINIPERCINAE鱼类的分类整理和地理分布

鳜亚科鱼类仅产于东亚。通过对中国各地、日本和朝鲜标本的研究,本文把鳜亚科鱼类总结为鳜、长体鳜和少鳞鳜3属11种,还对过去一些种的异名作了讨论,提出了看法。 本亚科共有3属9种分布于中国,另两种少鳞鳜只见于日本和朝鲜,是日本和朝鲜地区的特有种。越南有3种记录(Mai,1978)。其中鳜鱼和斑鳜分布最北,是横跨东洋地区和古北区的两个广布种。其他各种皆集中分布于江、淮流域以南,主要在长江流域以南和红河流域以东,但台湾省无鳜类分布。长江流域以南低纬度的华南区是鳜亚科鱼类的分布中心。     

南蝠线粒体DNA控制区结构及贵州7个种群遗传多样性的分析研究

采用PCR技术获得了贵州7个南蝠(Ia io)自然种群42个个体的线粒体DNA控制区全序列,长度为1256～1340 bp.对控制区结构进行分析,识别了其延伸的终止结合序列区(包括ETAS1和ETAS2元件)、中央保守区(包括F、E、D、C、B元件)和保守序列区(包括CSB1、CSB2和CSB3元件);同时,在延伸的终止结合序列区还发现了若干能形成发夹结构的主体序列TACAT—ATGTA.在7个自然种群42个个体中共定义了16个单倍型.遗传多样性分析表明:贵州南蝠种群具有较高的单倍型多样性(h=0.945)和中等的核苷酸多样性(π=0.012).基因流、AMOVA和系统进化树分析表明贵州这7个南蝠自然群体间没有发生遗传分化.     

圆斑星鲽及相关种类线粒体DNA控制区结构分析

采用PCR产物直接测序法测定了圆斑星鲽(Verasper variegatus)的24个个体的线粒体控制区(Control region)核苷酸全序列, 并进行了结构分析。结果表明, 圆斑星鲽线粒体控制区核苷酸全序列具有长度多态性, 得到4种长度单元型, 主要表现为控制区中的串联重复序列的长度不同。对鲽形目鱼类如鲽科的条斑星鲽(Verasper moseri)、黄盖鲽(Limanda feruginea)、马舌鲽 (Reinhardtius hippoglossoides), 美洲拟庸鲽(Heppoglossoides platessoides )和鲆科的牙鲆(Paralichthys olivaceus)以及鳎科的欧洲鳎(Solea solea)、塞内加尔鳎(S. senegalensis)和沙鳎(S. lascari)的控制区的比较研究发现, 鲽形目鱼类的线粒体控制区均存在相似的结构, 即线粒体控制区可分为终止相关序列区(ETAS)、中央保守区(包括CSB-A、CSB-B、CSB-C、CSB-D、CSB-E、CSB-F)以及保守序列区(CSB1、CSB2、CSB3)和重复序列区(Repeat region)4个区域。通过与脊椎动物各个纲线粒体控制区序列的比较分析, 发现只有鲽形目(包括鲆、鲽类和鳎类)鱼类和两栖纲的无尾类在CSB-3之后存在相似的串联重复序列。