抗生素与抗菌药物协同作用防控生物膜的研究进展

生物膜(Biofilm)是指微生物为适应周围环境,黏附于介质表面并被其自身分泌的胞外基质包裹而形成的一种复杂的、高度异质的聚合结构。生物膜对宿主防御和药物具有很强的抵御能力,使用单一药物防治往往效果不显著,而利用协同作用将不同抗菌药物的优势联合起来用于生物膜的防控则优势明显。重点阐述了抗生素与抗生素、抗生素与中药、抗生素与噬菌体、抗生素与酶的协同作用研究,以期为生物膜的防控提供新思路。     

药物与基因治疗协同作用

Yi-Yan Yang和同事报告说,药物和基因治疗的共同作用能够治疗癌症,这种方法的治疗效果在单个患者的身上已有提高。除了有潜力成为效果更佳的治疗方法外,达到这种协同作用的效果还意味着可以减少抗癌药物的剂量。     

上海药物所计算生物学研究取得重要进展

上海药物所药物发现与设计中心（DDDC）近年来在计算生物学、计算化学和药物设计研究方面取得了可喜的成绩,相关研究成果分别在《美国科学院院刊》（PNAS）、《美国化学会志》（JACS）、《核酸研究》（NAR）、《生物化学杂志》（JBC）、《分子生物学杂志》（JMB）、《美国化学会药物化学杂志》（JMC）等国际一流刊物上发表。     

三种浸矿细菌协同作用的回顾及展望

生物浸矿技术相比于传统的矿物加工技术具有成本低、易操作和污染小的特点,可以用来处理金精矿、低品位金矿、难处理金矿或者是高硫煤炭。为了更好地利用多种浸矿细菌的协同作用,本文综合阐述了生物浸矿的协同作用优势和存在的一些问题,对今后协同浸矿的发展做了预测。本文首先分析了3种主要浸矿细菌,包括氧化亚铁硫杆菌、氧化亚铁钩端螺旋菌和氧化硫硫杆菌等各自的生物学特性,接着重点分析了国内外近些年来浸矿细菌的协同作用研究进展情况和作用机制,最后展望了未来二十年内浸矿技术研究的发展方向。     

抗真菌药物的联合应用

目前真菌感染,特别是免疫缺陷患者中侵入性真菌感染的发病率和死亡率在不断增加,但现有抗真菌药物可选择范围小、毒副作用大而且耐药情况日渐严重。联合用药这一概念的提出,给耐药株及严重性真菌感染提供了新的治疗途径,并且已在临床中广泛运用。该文对不同种类抗真菌药物联用的研究成果及作用机制做一综述。     

计算系统生物学:理论、方法及在药物研发中的应用

计算系统生物学是一个多学科交叉的新兴领域,旨在通过整合海量数据建立其生物系统相互作用的复杂网络。数据的整合和模型的建立需要发展合适的数学方法和软件工具,这也是计算系统生物学的主要任务。生物系统模型有助于从整体上理解生物体的内在功能和特性。同时,生物网络模型在药物研发中的应用也越来越受到制药企业以及新药研发机构的重视,如用于特异性药物作用靶点的预测和药物毒性评估等。该文简要介绍计算系统生物学的常见网络和计算模型,以及建立模型所用的研究方法,并阐述其在建模和分析中的作用及面临的问题和挑战。     

抗癌药物作用预测计算方法的研究现状与展望

对精准医疗即个体化医疗理念的探讨与实践是当下医学研究的热门课题,如果精准医疗的设想实现可为患者提供更加精确有效的治疗方案,而对癌症的研究是医学界尚未攻破且意义重大的研究课题,也是和精准医疗结合最密切的课题之一。应用生物信息学的计算方法可以通过分析患者的概况来为癌症患者的药物选择提供有效方案,从而提高癌症患者的生存率。通过参考多篇使用计算方法研究抗癌药物作用的研究成果,从数据源和网络分析、机器学习和深度学习等计算方法两个方面总结了当前的研究成果,并对该课题存在的问题与未来发展趋势做出了分析与展望。     

基因功能注释的计算方法

对未知功能的基因进行注释的通常的方法是依据序列同源性分析。近年来,出现了多种不基于序列同源性的基因注释的计算方法,这些方法不依赖于核酸或蛋白质序列的相似性,所能预测的基因的功能属性也有所扩展,如,能够预测基因间相互作用关系。这些方法有效地减少实验材料、时间消耗。该文综述了几种这样的计算方法,包括原理、方法评估及存在的问题。     

分析药物相互作用的方法在中药研究中的应用

目的研究血竭中的成分剑叶龙血素A和剑叶龙血素B联合应用于大鼠背根神经节细胞膜河豚毒素不敏感型电压门控性钠通道时所产生的相互作用,并对用来研究药物相互作用的两种方法进行比较.方法用Loewe Additivity模型和Creco等人提出的universal response surface approach（URSA）来分析剑叶龙血素A和剑叶龙血素B抑制上述通道电流时所产生的相互作用.结果反映药物相互作用强度的参数在Loewe Additivity模型中CI以及URSA中的d在本文中CI=1.35（95%置信区间：1.29～1.42）、a=-1.08（95%置信区间：-1.16～-0.98）.结论剑叶龙血素A与剑叶龙血素B在抑制上述通道电流时存在拮抗作用;URSA比Loewe Additivity模型能更客观的反映药物相互作用的程度,且URSA可描述联合药物的量效关系.     

一种改进的用于PET/FDG实验的定量计算方法

在传统的ＰＥＴ／ＰＤＧ实验的定量计算方法基础上提出了一种改进的算法。与传统方法相比,本方法可以大大减不实验中的动脉抽血次数。对模拟数据和４名受试者共３３个感兴趣区的实验数据的计算结果显示,本文在４次因时的结果与传统的Ｐａｔｌａｋ方法在２２次因时的结果符合得比较好,对于４名受试者的实验数据,两种方法的平均相对误差的为６．５％,初步证实了本方法的可行性。     

抗白念珠菌感染的协同作用机制研究进展

<正>白念珠菌 (Candida albicans,C. albicans)是一种条件致病菌,当人体免疫系统受损或体内正常微生物菌群失衡时,该菌可引起浅部感染,甚至会通过血液传播到器官组织引起侵袭性白念珠菌感染,严重危害人类的生命健康。近年来,随着免疫缺陷类疾病患病率的上升,化疗药物、糖皮质激素、免疫抑制剂等的广泛应用,白念珠菌感染逐渐增多^[1]。     

靶向RNA药物检测和筛选的生物物理学方法

ＲＮＡ和ＤＮＡ不同 ,ＲＮＡ通过折叠成无数种三级结构来完成其在细胞中的不同功能。除了作为ＤＮＡ翻译成蛋白质过程中遗传信息的传递者外 ,ＲＮＡ还可以作为核糖核蛋白 (ＲＮＰ ,ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｐｒｏｔｅｉｎ)的组成部分 ,并在一些情况下作为ＲＮＰ的催化亚基。在大多数情况下 ,ＲＮＡ是与ＲＮＡ结合蛋白 (ＲＢＰｓ)结合在一起的。天然的或化学合成的物质通过阻断或增强效应蛋白与ＲＮＡ的结合来阻断ＲＮＡ催化功能或是改变ＲＮＡ的结构[1] 。因此我们可以通过研究ＲＮＡ或ＲＮＡ 蛋白质复合物构象的变化来确定天然或化学合成物质…     

药物重定位的计算分析方法

全新结构药物的研发存在周期长、耗资大、风险高的问题.通过各种技术预测已有药物的新适应症,即药物重定位,可以缩短药物研发时间、降低研发成本和风险.由于疾病种类和已知药物的数量繁多,完全通过实验筛选已知药物的新用途仍然具有很高的成本.随着组学和药物信息学数据的积累,药物重定位进入到了理性设计和实验筛选相结合的阶段,药物重定位的计算预测已经成为计算生物学和系统生物学的重要研究方向.本文将目前药物重定位计算分析的策略归纳为药物-靶标关系分析、药物-药物关系分析和药物-疾病关系分析,对已报道的技术方法及其成功应用实例进行了综述.     

蛋白质分子量子化学计算方法的研究进展

蛋白质分子量子化学计算有以下的几种方法:计算显微镜方法、定域分子轨道方法、线性标度半经验量子化学方法、团簇埋入自洽循环计算法。并分析该领域的现状和存在的问题,最后预测了其未来的发展趋势。     

几种挥发性药物的防霉防蛀效果试验

研究精茶,樟脑,冰片,对于二氯苯等几种挥发性药物的防霉,防蛀的效果,结果表明,其防霉防蛀效果依次为二氯苯,精萘,樟脑,冰片。     

微生物降解利用木质纤维素的协同作用

木质纤维素复杂的结构组成,是制约高效降解利用这一资源、发展生物炼制的瓶颈。微生物的多酶(菌)体系可有效降解木质纤维素。除好氧微生物的游离酶协同系统之外,主要存在于厌氧细菌中的纤维小体也是有序、高效的协同降解纤维素的复合体系。近年来,在天然纤维小体研究的基础上,研究者们成功设计、构建了人工纤维小体,加深了对这一复合体系的组成单元的理性认识。另外,菌群共培养技术利用各组成菌株代谢途径的协同作用实现了木质纤维素的高效降解。最后,引入异源纤维素酶,可改造现有工程菌株的代谢网络,提高工程菌发酵生产终产物的能力。这些技术有利于实现一步转化生产乙醇的联合生物工艺,有助于提高生物炼制的产率、降低生产成本。     

湖泊最低生态水位计算方法

研究湖泊最低生态水位的计算方法 ,对解决我国湖泊生态退化问题具有重要现实意义。针对我国湖泊生态资料缺乏的情况 ,提出 3种确定湖泊最低生态水位的方法。认为湖泊天然生态系统已经适应了天然多年最低水位 ,据此提出利用湖泊多年天然水位资料确定湖泊最低生态水位的方法——天然水位资料法 .认为要使湖泊生态系统不出现严重退化 ,必须使湖泊水文和地形子系统不严重退化 ,据此提出湖泊形态分析法 .从生物对生存空间的最小需求角度 ,以鱼类为指示生物 ,提出生物最小空间需求法。采用上述 3种方法计算了南四湖最低生态水位。计算结果表明 ,南四湖上级湖最低生态水位的范围为 32 .75～ 33.2 5 m,平均值为 33m;下级湖最低生态水位范围 31.2 5～ 31.75 m,平均值为 31.38m。上下两湖最小生态水位相应湖面面积之和为 5 93～86 0 km2 ,平均水位相应面积之和 70 8km2 ,占 195 3～ 1979年多年平均湖面面积 12 2 5 km2 的 5 8%。从保护南四湖自然保护区的角度看 ,确定的最低生态水位合理     

几种常用药物对锦鲤的急性中毒试验

本试验用甲醛、硫酸铜、孔雀石绿与高锰酸钾四种药物对锦鲤进行了急性试验,结果表明：甲醛24TLm32.89mg/L,48TLm32.58mg/L,安全浓度为9．59mg/L,硫酸酮24TL0.35mg/L,48TL0.30mg/L,安全浓度为0．066mg/L;孔雀石绿24TLm0.13mg/L,48TLm0.10mg/L,安全浓度为0．018mg／L ;高锰酸钾24TLm3.55mg/L,48TLm2.75mg/L安全浓度为0．50mg/L。根据实验结果,建议孔雀石绿、硫酸铜不宜作为锦鲤苗药物使用,高锰酸钾、甲醛可作为苗种药物使用。     

基于核范数正则化的抗癌药物组合协同作用预测

目的 抗癌药物联合疗法是一种很有前途的治疗策略。针对特定癌症类型，选择高度协同的药物组合，对提高癌症疗效至关重要。然而，确定具有协同作用的药物组合是一项复杂而困难的工作。本研究旨在完全以数据驱动、计算建模的方式优化抗癌药物组合高通量虚拟筛选，为“旧药重新定位新组合”提供理论参考。方法 借鉴矩阵填充思想，构建了基于核范数正则化的计算模型NNRM，用于预测抗癌药物组合的协同得分和协同状态。针对固定细胞系构造对称的协同得分观测矩阵；采用分折技巧将观测矩阵稀疏化；借助“交替方向乘子法”和“软阈值估计”求解模型。结果 将NNRM应用于O’Neil团队发布的数据集，预测的协同得分与观测值之间的均方根误差为14.78，预测的协同状态准确率为0.94，优于随机森林（RF）和支持向量机（SVM），完全可以与深度学习模型相媲美。此外，NNRM预测的部分缺失值结果与已有研究或临床实践相吻合。结论 NNRM可实现大规模、批量预测抗癌药物组合的协同作用，极大地降低了已有模型对数据的要求和计算成本，缩短了高通量虚拟筛选的测试时间，可以作为抗癌药物组合高通量虚拟筛选的可选择工具。