南丰蜜桔基因组DNA RAPD—PCR最佳反应体系的建立

以南丰蜜桔树叶为基因组DNA提取材料,建立了其RAPD-PCR分析的最佳反应体系模板DNA1.5ng/μl,随机引物0.6μM     

酥瓜(Cucumis melo var. conomon Group)基因组DNA提取及RAPD分子标记反应体系的建立

本研究以改良的CTAB法提取酥瓜基因组DNA,利用正交设计L_(16)(4~5),对酥瓜RAPD-PCR反应体系的5个影响因素(引物,dNTPs,Taq DNA聚合酶,Mg~(2+)和模板DNA)在4个水平上进行优化试验,并在30~50℃范围内摸索退火温度,建立适合酥瓜RAPD-PCR反应体系。研究表明,在25μL反应体系中,含有引物0.8μmol/L、dNTPs 0.3μmol/L、Taq DNA聚合酶1 U、Mg~(2+)0.5 mmol/L、DNA模板30 ng为最佳反应体系,RAPD-PCR扩增程序中最佳退火温度为37.6℃。该体系有助于酥瓜种质资源的遗传多样性分析评价。     

洋葱细胞质雄性不育系101A的分子鉴定

根据文献报道设计引物序列,对洋葱细胞质雄性不育系101A进行PCR扩增,结果表明:洋葱细胞质雄性不育系101A属于S型细胞质雄性不育类型,其特异片段位于叶绿体基因组。     

高粱A1型细胞质雄性不育系与保持系线粒体基因组分析比较

线粒体基因组易位是导致作物细胞质雄性不育(Cytoplasmic male sterility,CMS)性状产生的重要遗传机制。比较高粱A1型细胞质雄性不育系与保持系线粒体基因组,寻找易位区为克隆高粱A1型细胞质雄性不育相关基因奠定基础。以高粱A1型细胞质雄性不育系Tx623A和其保持系Tx623B为试验材料,采用二代Illumina Hiseq结合三代PacBio测序技术,对2个样品的线粒体基因组进行组装,比较和分析不育系和保持系基因组结构和基因差异。高粱Tx623A和Tx623B线粒体基因组大小分别为449 727 bp和452 772 bp,预测编码开放阅读框(Open reading frame,ORFs)分别为147和145个,且两基因组特有基因分别为8个和6个。两线粒体基因组共线性比较分析,发现存在一个57 kb的基因组片段易位的结构变异(Structural variation,SV)区域,该易位区可能与A1型细胞质雄性不育有关。Tx623A和Tx623B线粒体基因组中易位区为高粱A1型细胞质雄性不育基因克隆提供了基因组信息。     

用正交设计优化荔枝RAPD反应体系

以改良CTAB法提取的荔枝基因组DNA为模板,应用L25(56)正交表,研究了Taq、Mg2+、随机引物、dNTPs和DNA模板5种RAPD反应组分浓度变化对扩增结果的影响,量化分析结果表明:正交设计可以应用于RAPD反应体系的建立。用这种方法建立的荔枝RAPD-PCR优化反应体系为:25μL反应体系中含1×Buffer、2.0mmol/LMg2+、2.0UTaqDNA聚合酶、0.15mmol/LdNTPs、0.6μmol/L随机引物、25ngDNA模板。     

夏枯草DNA提取及RAPD反应条件的优化

用改进后的SDS法从夏枯草植物的新鲜叶片中提取基因组DNA,通过正交设计和单因素结合的方法对RAPD-PCR反应条件进行优化,确定了适合夏枯草DNA的最佳扩增体系:20μL的PCR反应体系中,模板DNA浓度1.0-2.0 mg/L,引物浓度1.00-1.50 mmol/L,Mg2 浓度2.0-2.5 mmol/L,dNTP浓度0.20-0.25 mmol/L,Taq酶用量0.5 U,10×BufferMg2 free 2μL,BSA浓度0.25-0.50μg/μL。     

濒危物种胡杨和灰叶胡杨总DNA提取及RAPD体系优化

以濒危物种胡杨和灰叶胡杨硅胶干燥的叶片为材料,研究其总DNA提取方法及RAPD-PCR体系优化条件。结果表明,用改良CTAB法提取的DNA适用于胡杨和灰叶胡杨的RAPD分析。优化的胡杨和灰叶胡杨RAPD-PCR体系为:20μL的反应体系中含Mg2+2.5 mmol·L-1、dNTP 0.15 mmol·L-1、引物0.2μmol·L-1、模板DNA100 ng和1.5 U Taq DNA聚合酶。用6条多态性引物对优化体系的稳定性进行检测,结果显示扩增结果稳定,多态性丰富。该优化体系为在分子水平开展胡杨和灰叶胡杨的保护生物学研究提供了技术支持和参考。     

红麻线粒体中细胞质雄性不育候选基因cox3的克隆与分析

目的:比较红麻不育系和保持系线粒体基因组的差异,并克隆红麻细胞质雄性不育候选基因cox3,揭示红麻细胞质雄性不育的分子机理。方法:用Southern印迹方法研究红麻保持系和不育系线粒体基因组的差异;用同源克隆的方法克隆cox3基因。结果:不育系和保持系基因组存在较大差异;在保持系和不育系中克隆了cox3基因,其基因CDS区完全一致,基因长度为798 bp,GenBank序列号为HM535784;cox3基因与其他物种的cox3基因的同源性大于95.9%。结论:cox3基因的组织形式在不育系和保持系中存在差异,研究结果为揭示红麻细胞质雄性不育的机理提供了一定的依据。     

皮下盘菌属及其近似类群RAPD-PCR反应条件的优化

以悬钩子皮下盘菌等总基因组DNA为皮下盘菌属(Hypodermade Not.)及其近似类群RAPD体系优化的模板,对模板DNA浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度、引物浓度、TaqDNA聚合酶浓度等反应体系以及退火温度和时间、延伸时间、循环次数等扩增程序条件进行优化,寻找出适合此类菌物RAPD-PCR反应的最佳反应体系和最佳扩增程序。     

芒果DNA提取方法比较及ISSR反应体系的优化

为从芒果幼叶中提取高质量的核总DNA,比较了5种DNA提取方法提取芒果叶片核DNA的效果,结果表明:改良CTAB法1提取的DNA A260/A280值最好,ISSR-PCR扩增效果最佳,是有效提取芒果基因组DNA的方法。为得到最佳的芒果ISSR-PCR反应体系,以(ATG)6为引物,采用单因素实验法,优化了ISSR-PCR反应体系:在总体积25μl的反应体系中,含1×反应缓冲液,0.20mmol.L-1dNTPs,0.20μmol.L-1引物,0.60 UTaqDNA聚合酶,30-50 ng DNA模板,不足体积用无菌超纯水补足。