直接从土壤中提取DNA的方法

研究微生物的多样性 ,即微生物的种类和数量的多少是评价土壤质量的重要指标。由于土壤微生物种类繁多 ,数量巨大 ,加上土壤中 99%的种类难以通过传统的平板分离技术来进行培养[1],人们必须借助其他技术来解决。近年发展的非培养技术 ,如ＢＩＯＬＯＧ微量板分析技术[2 ]、细胞壁磷脂酸分析技术[3]和分子生物学方法[4 - 6 ],克服了培养的环节 ,对微生物生态学研究产生极大的推动作用。其中分子生物学是应用最广、最有发展潜力的技术。它的主要步骤是通过直接提取土壤中的ＤＮＡ ,经纯化处理后 ,利用合适的引物扩增 1 6ＳｒＲＮＡ基因 ,通过分…     

两种从土壤中提取DNA方法的比较

为土壤微生物多样性研究选取理想的DNA提取方法,该文比较了直接法和间接法从土壤中提取微生物总DNA的效果。结果表明：直接法提取量大,每克土壤提取到DNA约10．26μg,而间接法仅提取到0．55μg,直接法DNA提取量约为间接法的19倍。直接法得到的DNA包含细菌种群较间接法丰富,DGGE分析结果显示,二者的条带数分别为35条和28条,占检测条带总数的92．1%和78．9%。间接法提取到DNA纯度较直接法高,不需纯化即可用于PCR扩增和BamHⅠ酶切反应。     

从土壤中提取DNA用于PCR扩增

设计、比较了5种直接从土壤中提取DNA的方法。实验结果表明这5种方法都可以从土壤中提取到长度大于15kb的DNA片段,但在不同方法间DNA的产量存在很大差异;初提的土壤DNA经进一步提纯后均可用于PCR反应,利用细菌16S rRNA基因和抗菌肽Shiva-1基因的引物都得到了相应的目的产物。其中方法5提取DNA产量最高,无明显降解,且重复性好,是一种从小量土壤样品中直接提取DNA的理想方法。     

从土壤中提取DNA方法比较

设计并比较了3种直接从土壤中提取DNA的方法。试验结果表明:3种方法都可以从土壤中提取到分子量大于23.13 kb的DNA的片段,每克干土DNA的提取量为2.5~31μg,不同方法间在DNA产量、纯度等方面存在较大差异。     

三种土壤微生物总DNA提取方法的比较

本文对3种常用的土壤微生物总DNA提取方法Martin法、高盐改进法及试剂盒法进行了比较,并通过DNA得率、纯度及16S rDNA V3可变区的PCR扩增结合DGGE法(denaturing gradient gel electrophoresis),分别对3种方法进行评价.结果表明,3种方法提取的DNA均能满足土壤微生物多样性分析的要求.其中试剂盒方法操作简单,提取的DNA质量较高,但DNA得率较低且成本昂贵.Martin法和高盐改进法用时较长,DNA得率较高,纯度较低,但对后续PCR扩增和DGGE分析没有明显影响,且成本低廉.     

土壤微生物的分离、提取与纯化研究进展

综合评述了土壤微生物提取与纯化研究的最新进展及存在的主要问题。土壤微生物的分离提取过程一般分为土壤分散、提取与纯化3个步骤。采用过滤、离心和淘选3种方法可以成功地分离提取大部分土壤细菌;但土壤真菌的提取则相对较为困难,目前可采用的方法有旋转框技术、液相提取与滤膜检测、以及低速离心技术,这些方法可提取出部分真菌菌丝。两相分离技术可用以提取的土壤微生物进行纯化。     

用于分子生态学研究的土壤微生物DNA提取方法

利用SDS高盐法和变性剂加SDS高盐法对土壤微生物总DNA进行了提取,然后通过电泳加树脂柱回收和连续2次树脂柱回收方法进行了纯化.结果表明,变性剂加SDS高盐法的DNA提取效率明显高于前者,电泳加树脂柱法的纯化效果更好.通过PCR扩增表明,经过纯化后的DNA,都可以进行16SrDNA扩增和nirK、nosZ、nifH等功能基因的扩增.因此,变性剂加SDS高盐法是一种更为高效、可靠且适合于环境微生物分子生态学研究的DNA提取方法.     

一种简单有效且适于土壤微生物多样性分析的DNA提取方法

参照Zhou[11]的方法进行了改进,获得了一种简单、有效的DNA提取方法.此方法操作简单、从大量样品改为小量样品的提取,利用高浓度的PEG沉淀,不作回收纯化,所提DNA片段较大,在23 kb以上,每克土的DNA提取量从3.74～15.28 μg,OD260/OD230比值在0.89～1.21范围内,用真菌和细菌核糖体特异性引物进行PCR扩增,均获得较好的结果,DGGE图谱显示丰富性较高,可用于细菌多样性和真菌多样性的分析.此方法能够从4种不同性质土壤中提取出DNA,但提取盐渍土壤和碱性土壤的效果更好一些,为土壤微生物群落结构的多样性分析奠定良好的基础.     

茶园土壤微生物总DNA不同提取方法的比较

传统的微生物分离培养方法,在反映茶园土壤微生物基因信息上有很大的局限性,因此,目前逐步被分子生态学的方法替代,而获得高质量、大片段、无偏好的土壤微生物总DNA则是茶园土壤微生物分子生态学研究的基础.本文采用SDS高盐法、变性剂加SDS高盐法、脱腐SDS高盐法、CTAB法和Krsek改进法5种土壤微生物DNA提取方法分别从茶园土壤微生物中提取总DNA,并对5种方法提取的DNA的片段大小、质量和产量进行了综合评价.结果表明,Krsek改进法提取到的DNA片段最大(>23 kb)、纯度最高(OD260/OD280>1.70;OD260/OD230>1.35)、产量较高(>34.50μg/g dry soil)且不需纯化就可以用于PCR扩增和RFLP分析.因此,Krsek改进法是一种高效、可靠且适合于茶园土壤微生物分子生态学研究的DNA提取方法.     

从土壤中提取DNA用于PCR扩增*

设计、比较了5种直接从土壤中提取DNA的方法。实验结果表明这5种方法都可以从土壤中提取到长度大于15kb的DNA片段,但在不同方法间DNA的产量存在很大差异;初提的土壤DNA经进一步提纯后均可用于PCR反应,利用细菌16S rRNA基因和抗菌肽Shiva-1基因的引物都得到了相应的目的产物。其中方法5提取DNA产量最高,无明显降解,且重复性好,是一种从小量土壤样品中直接提取DNA的理想方法。