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1.
为探明长江中下游不同湖泊中短颌鲚(Coilia brachygnathus)遗传多样性水平和遗传分化程度,以洞庭湖、长湖、巢湖3个地理群体作为研究对象,采用线粒体控制区序列为分子标记,分别应用软件Dna SP 5.0、Arlequin3.1.1、MEGA5.0和Network 5.1进行了遗传参数统计和单倍型间分子变异分析(AMOVA),构建邻接系统树及单倍型网络图。对长江中下游短颌鲚野生群体的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果显示,用来分析的1 236 bp D-loop区序列中共90个变异位点,54个简约信息位点。长江中下游3个地理群体中共发现58个单倍型,单倍型多样性(h)范围0.949~0.982,核苷酸多样性范围0.004 99~0.006 21,说明长江中下游3个湖泊短颌鲚地理群体具有较高的遗传多样性水平。3个短颌鲚地理群体遗传分化指数(Fst)为0.265 95,呈现出中等程度的分化水平,主要表现在巢湖群体与其他群体之间处于中等程度分化水平。依据遗传距离构建系统发育树及单倍型网络图也出现相类似结果。  相似文献   

2.
采用7个多态微卫星DNA标记分析了4个高原鼠兔地理种群(海晏种群、西大滩东种群、西大滩西种群和昆仑山种群)的遗传多样性和遗传分化.采用多态信息含量(PIC)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)、基因流(Nm)和基因分化系数(Fst)对种群及物种的遗传多样性水平进行分析;计算各种群间的遗传距离(GD)、遗传相似度(GI)以及遗传距离与地理距离的相关系数,并进行UPGMA聚类分析.研究结果显示,高原鼠兔的遗传多样性在小哺乳动物中处于较高水平,其He和Ho的平均值分别为0.5332和0.6003,其Fst为0.0975,即有9.75%的变异存在于种群之间,即变异主要存在于种群内部.4个种群间的杂合度与多态信息含量均无显著差异,说明它们的遗传多样性水平基本相当.海晏种群与其余3个种群的遗传分化均达到了中度分化水平(Fst= 0.1043),而另3个种群间几乎没有分化(Fst=0.0253).Mantel test结果表明地理距离与遗传距离间没有显著的相关性.  相似文献   

3.
研究同时利用非编码区和编码区微卫星标记(G-SSR和EST-SSR)分析黑龙江、长江、奉化江及淮河水系共6个野生鲫(Carassius auratus)群体的遗传多样性及遗传结构, 并比较2类不同来源SSR用于鲫群体遗传多样性分析的差异。8个G-SSR标记在6个鲫群体中检测到173个等位基因, 平均Na、Ne、Ho、He以及PIC分别为22、12.9、0.769、0.893和0.879, 群体间Fst值介于0.008—0.085, 其中来自黑龙江水系的2个群体与其余水系的所有群体均达到或接近于中等程度的遗传分化, 而长江、奉化江和淮河水系4个群体间的遗传分化程度不明显。Nei’s遗传距离介于0.203—0.701; 根据遗传距离所绘制的UPGMA聚类图将6个鲫群体划分为2个大分支, 其中来自黑龙江水系的2个群体聚为一枝, 其余水系群体聚为另一枝。贝叶斯分析也支持这一结果, 将6个鲫群体划分为2个最佳理论群。利用8个EST-SSR标记在6个鲫群体中共检测到155个等位基因, 平均Na、Ne、Ho、He以及PIC分别为19、9.5、0.728、0.870和0.855; 群体间Fst值和Nei’s遗传距离分别介于0.005—0.084和0.117—0.683; 基于EST-SSR标记的UPGMA聚类分析和贝叶斯分析也将6个鲫群体划为两大类群: 黑龙江水系群体; 长江、奉化江和淮河水系群体。G-SSR和EST-SSR标记检测6个鲫群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.786—0.864和0.761—0.833。研究结果显示: 6个野生鲫群体均具有较高的遗传多样性, 但黑龙江水系群体多样性低于其他水系群体; 尽管EST-SSR标记的多态性略小于G-SSR标记, 但是2类微卫星标记均揭示了相似的鲫群体遗传结构和分化格局。研究结果对鲫种质资源的保护和EST-SSR标记在鱼类群体遗传学研究价值的评价提供了新的信息。  相似文献   

4.
草鱼野生群体遗传变异的微卫星分析   总被引:5,自引:0,他引:5  
利用12个微卫星标记,对来自长江水系(邗江、吴江、九江、石首、木洞和万州)、珠江水系(肇庆)和黑龙江水系(嫩江)的8个草鱼野生地理群体进行了遗传多样性及遗传结构等分析。遗传多样性分析显示,12个微卫星位点均为高度多态位点(PIC=0.755~0.930),8个草鱼野生群体显示出较高的遗传多样性水平(Ho=0.839~0.893),其中长江水系的6个群体和肇庆群体的多样性水平高于嫩江群体。瓶颈效应分析显示,嫩江、肇庆群体及2个长江上游群体(木洞、万州)近期出现了瓶颈效应,群体数量发生下降。群体间遗传分化指数FST及AMOVA分析显示,群体间出现极显著遗传分化(P<0.01),整体分化水平较低(FST<0.05)。遗传距离分析结果显示,长江水系的6个群体与肇庆群体遗传距离较近,与嫩江群体较远;基于此的UPGMA聚类树显示,长江水系下游、中游和上游的群体依次聚类,然后与肇庆群体聚类,最后与嫩江群体聚类,遗传距离与地理距离呈现出较强的正相关性。遗传结构分析显示,所有样本被划分为5个理论群,肇庆和嫩江群体中个体的遗传结构相对独立,而长江上游、中游和下游群体中个体的遗传结构则存在一定程度的混杂。综上所述,中国草鱼野生资源具有较高的遗传多样性,地理群体间存在遗传分化,具有进一步遗传改良的潜力;但部分群体出现的瓶颈效应也需要引起重视。  相似文献   

5.
中国5个地方牦牛品种遗传多样性的微卫星分析   总被引:4,自引:0,他引:4  
本文以大额牛(Bos frontalis)为外群,应用16对微卫星DNA标记结合荧光-多重PCR技术,评估了5个中国地方牦牛(Bos grunniens)(帕里牦牛、斯布牦牛、西藏高山牦牛、麦洼牦牛和九龙牦牛)品种内遗传变异和品种间遗传关系。6个群体的16个微卫星座位上共检测到159个等位基因,其中有33个等位基因为5个牦牛品种所特有。6个群体的有效等位基因数(Ne)在2.2043-3.2754之间,平均杂合度(H)在0.4858-0.6153之间,平均多态信息含量(PIC)在0.4230-0.5711之间。5个牦牛品种的微卫星座位有丰富的遗传多样性;而大额牛的遗传多样性相对较贫乏。5个牦牛群体间的遗传分化系数(Gst)为0.0527,表明牦牛亚群体间遗传分化水平很低。采用邻近结合法构建聚类图和模糊聚类分析表明,5个牦牛品种分为两大类,其中斯布牦牛、西藏高山牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛为一大类,九龙牦牛为一类。研究结果将为中国地方牦牛品种的保护和利用提供重要的理论依据。  相似文献   

6.
用SSR研究栲树群体遗传结构   总被引:22,自引:1,他引:21  
利用微卫星(SSR)分子标记对福建省内4个栲树(Castanopsis fargesii Franch.)群体遗传结构进行了研究。SSR标记揭示了栲树群体丰富的遗传变异:平均等位基因数A=9.0,平均有效等位基因数Ne=4.8,平均期望杂合度He=0.65,而群 具有较低的Fst值(Fst=0.031)。SSR每个位点的等位基因频率分布在栲树群体间都存在显或极显差异,表明根据SSR等位基因频率分布亦能了解各体的分化。SSR标记使栲树群体中一些稀有等位基因得以表现,54个SSR等位基因中有15个等位基因仅出现在1个或2个群体中,且频率较低,在遗传多样性保护中更应注重保护这些稀有的等位变异。  相似文献   

7.
东北大口鲇2个群体的微卫星DNA多态分析   总被引:3,自引:1,他引:2  
全迎春  孙效文  梁利群 《遗传学报》2006,33(10):908-916
利用磁珠富集法克隆制备的24个大口鲇(Silurus meriaionalis Chen)微卫星标记,对黑龙江野生群体与松花江养殖群体2个东北大口鲇(S.soldatovi)的地理种群的等位基因频率(P)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)等进行了遗传检测,以遗传偏离指数(d)检验Hardy—Weinberg平衡,并以Nei氏遗传分化系数(GST)和AMOVA分析(ФST)群体遗传变异的来源。同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏遗传距离的个体间UPGMA系统树。结果表明:24个微卫星标记在东北大口鲇的2个群体中共扩增出1357条多态性片段,片段长度为1024385bp,总体平均等位基因8.875个,可以用于东北大口鲇遗传多样性的评估。并发现8个可区分这2个种群的遗传标记;黑龙江群体的P、Ho、He、PIC和Ne依次为0.165、0.435、0.758、0.742和5.019,松花江群体为0.147、0.299、0.847、0.764和5.944,在这些多样性参数上,方差分析也显示2地理种群差异不显著,在大多数位点并无显著差异,仅HLJcf37位点具有显著差异:在多个位点偏离Hardy—Weinberg平衡,2群体呈现不同程度的杂合体过度,纯合体完全缺失现象,其原因有待证实;群体遗传变异分析证实2群体间遗传分化较弱,其98%以上的变异是由群体内个体间的遗传变异引起的,群体间的变异对总变异影响不显著。UPGMA系统树也显示出个体间遗传距离小,亲缘关系很近。结果表明,人工繁殖没有对东北大口鲇的遗传多样性产生影响,该种群遗传分化小,种质资源状况良好。  相似文献   

8.
广西本地鲢和长丰鲢群体遗传多样性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
本研究采用32个微卫星标记分析广西本地鲢和长丰鲢两个群体的遗传差异,计算并统计其微卫星遗传参数。结果显示:32个微卫星标记广西本地鲢鱼和长丰鲢群体共检测到等位基因119个,其中两群体所共有为88个;平均观测等位基因数为2.937 5和3.406 2;平均有效等位基因数为1.787 3和2.074 7;多态信息含量(PIC)在0~0.727 1和0~0.748 4之间,平均值为0.293 6和0.360 0,表明两个群体的遗传多样性均不高。两群体平均观测杂合度为0.373 9和0.559 7,平均期望杂合度为0.327 1和0.413 3,均表现为本地鲢群体低于长丰鲢群体,说明两个群体的均不高,并且广西本地鲢群体的遗传多样性低于长丰鲢群体;两个鲢鱼群体间的遗传距离和遗传相似系数分别为0.297 7和0.742 5,表明两个鲢鱼群体间的遗传差异不大。两个群体的遗传分化系数(Fst)在不同微卫星位点间差异明显,平均0.171 7。本研究为广西地方鱼类种质资源保护和利用提供了理论依据。  相似文献   

9.
内蒙古亚洲小车蝗种群遗传多样性的微卫星分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
亚洲小车蝗Oedaleus asiaticus Bei-Bienko是我国北方草原和农牧交错区主要的害虫之一。为了从分子水平评价内蒙古地区亚洲小车蝗种群的遗传多样性和种群间遗传分化, 本文采用8对微卫星引物对内蒙古15个地点的亚洲小车蝗种群进行遗传多样性分析。结果表明: 各位点有效等位基因数为3.4517~13.2881, 多态信息含量值为0.5601~0.8563, Shannon氏多样性指数在0.7018~4.1789之间。15个种群的平均期望杂合度为0.6836, Nei氏期望杂合度为0.5303~0.6513, 群体遗传距离为0.1092~0.4235, 群体分化率Fst平均值为0.1612, 基因流Nm平均值为1.6164。8个微卫星位点均具有较高的多态性, 各种群间的遗传分化水平较大, 基因交流程度中等, 个体间的遗传变异大于种群间的遗传变异。15个不同地点的亚洲小车蝗种群根据遗传距离共聚为6支。种群间遗传分化与地理距离呈正相关关系。高山和沙漠对不同地区亚洲小车蝗种群的迁移具有阻碍作用, 可能是形成遗传分化的主要原因。研究结果从分子水平探索不同地区亚洲小车蝗种群间的内在联系, 为制定亚洲小车蝗的综合治理策略提供了分子生物学的基础资料。  相似文献   

10.
为分析甘肃金鳟遗传资源状况,研究利用18个微卫星DNA标记,对甘肃金鳟、日本金鳟和道氏虹鳟3群体各50尾个体进行了遗传分析,以评价甘肃金鳟遗传资源状况并研究其与日本金鳟和道氏虹鳟遗传分化情况。结果表明甘肃金鳟具有较丰富的遗传变异,15个微卫星DNA座位共获得了51个等位基因,有效等位基因数(Ne)为1.13,多态信息含量(PIC)为0.440,平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.430和0.498。在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了Fst值计算,表明群体间存在着一定程度的遗传分化,但遗传变异绝大部分存在于品种内。综合分析,认为甘肃金鳟遗传性状基本稳定,遗传变异度较高,遗传多样性相对丰富,具有较大的遗传潜力,与道氏虹鳟和日本金鳟群体间分化明显,人工选育对群体的遗传变异产生了一定的影响。研究结果对甘肃金鳟的保种、选育及其合理的推广应用具有一定的指导作用。  相似文献   

11.
银[鱼句](Squalidus argentatus)是长江常见小型鱼类,分布广泛于干支流,资源量较大。本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因序列对长江中上游干流江津、荆州、监利、洪湖、黄石江段及支流赤水河、湘江等7个江段共217尾银[鱼句]样品的遗传结构和遗传多样性进行了分析。结果显示,银[鱼句]群体Cyt b基因序列分别检出了81个变异位点和97个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.966和0.008 6。分子方差分析(AMOVA)显示,长江中上游银[鱼句]群体存在显著遗传分化。群体间两两比较分析发现,赤水河群体与其他群体基因交流程度低,遗传分化显著,其他群体间没有显著遗传分化。中性检验结果不支持银 历史上发生过群体扩张。  相似文献   

12.
本研究基于7个叶绿体DNA片段(cpDNA)和2个核DNA片段(ITS和PZ8)的测序数据,对龙血树柴胡(Bupleurum dracaenoides Huan C.Wang,Z.R.He&H.Sun)8个居群的153个样本进行了遗传多样性和分布式样研究。cpDNA片段分析结果显示:龙血树柴胡在物种水平具有较高的遗传多样性(Hd=0.862;Pi=0.00567),但居群内遗传多样性低,遗传变异主要存在于居群间,遗传分化显著(Fst=0.959);而核DNA片段ITS和PZ8的数据分析结果显示,其遗传多样性较低(Hd=0.532,Pi =0.00121和Hd=0.349,Pi=0.00060),遗传变异主要存在于居群内,居群间仅存在一定程度的遗传分化。中性检验和失配分布分析结果发现龙血树柴胡没有经历过近期种群扩张事件,8个居群的153个样本从遗传成份上可被分为两组。研究结果将为龙血树柴胡的资源保护和发掘提供参考。  相似文献   

13.
梅花鹿东北亚种(Cervus nippon hortulorum)曾被认为已野外灭绝,近年来在黑龙江东南部和吉林东部临近边境地区发现少量分布,其生境隔离、面积狭小,破碎化严重。亟需对其种群的遗传变化,特别是遗传多样性和近交衰退等种群遗传信息开展进一步评价,增强保护与管理的针对性。本研究在大、小兴安岭和长白山设计9个重点研究区域,共收集673份疑似梅花鹿粪样样本。首先基于线粒体DNA Cyt b基因测序技术开展物种鉴定,并对鉴定为梅花鹿的阳性样本利用微卫星技术进行个体识别。结果证实,东北梅花鹿仅在老爷岭东部山脉有分布,106份梅花鹿粪便DNA中识别出33只个体(穆棱保护区20只,老爷岭保护区13只)。33个Cyt b基因序列共检测出6个变异位点和5个单倍型,单倍型多样性指数(Hd)为0.621,核苷酸多样性指数(Pi)为0.006 7;微卫星检出种群平均等位基因数(Na)7.1个,观测杂合度(Ho)0.604,期望杂合度(He)0.712,固定系数(Fis)0.152。结果表明,东北梅花鹿种群遗传多样性丰富,但也存在一定程度的杂合度不足和近亲繁殖;种群近期经历了瓶颈效应,未发生种群扩张;群体间无遗传分化,可作为一个管理单元加以保护。建议,对东北梅花鹿稀有单倍型个体重点监测和保护,恰当时期考虑圈养种群野外放归,以提高野外个体间基因交流和快速种群恢复。  相似文献   

14.
岛屿常被生态学家和进化生物学家视为研究生物进化的天然实验室。本研究利用微卫星分子标记技术,分析了舟山群岛优势鼠种——黄毛鼠(Rattus losea)刺山岛种群、六横岛种群、桃花岛种群3个种群的遗传多样性,并探讨该物种是否存在多重父权现象。研究结果表明,(1)黄毛鼠种群的平均观测等位基因数(NA)和平均有效等位基因数(Ne)分别为8.792和5.494,平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.821和0.956,多态信息含量(PIC)均大于0.5,说明3个种群均具有较高的遗传多样性;(2)3个种群的平均遗传分化系数(Fst)为0.040,其中桃花岛种群与刺山岛种群的分化最大,分化系数为0.052,呈中度分化水平,不同种群间所贡献的变异百分数为3.98%,说明遗传变异主要发生在种群内,而种群间仅存在很小的遗传变异;(3)14只孕鼠中,有6只孕鼠的胚胎存在多重父权现象,占43%,最小父本值为2,其余8个孕鼠的胚胎均只有唯一父本。本研究提出黄毛鼠存在多重父权现象,为该物种繁殖策略及鼠害控制的研究提供依据。  相似文献   

15.
测定了淮河水系17个日本沼虾(Macrobrachium nipponense)野生群体共248个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列,获得623 bp核苷酸片段,包括48个变异位点,定义了31个单倍型,共享单倍型有12个,整体单倍型多样性和平均核苷酸多样性均处于中间水平。AMOVA分析表明,17个群体间的遗传分化系数Fst=0.041 3(P0.05),群体间遗传分化较小。Kimura 2-paramter遗传距离在五河与焦岗湖、花家湖及瓦埠湖群体间最大,为0.014,在高邮和邵伯湖群体之间最小,为0.003。MP系统树与单倍型进化网络关系图具有较高的一致性,31个单倍型被分为3个进化枝,其中一个进化枝主要以下游群体为主,另外2个进化枝主要以中游群体为主。群体中性检验、错配分析表明,淮河日本沼虾近期曾经历过种群扩张。  相似文献   

16.
Liu B  Kuang YY  Tong GX  Yin JS 《动物学研究》2011,32(6):597-604
Taimen (Hucho taimen) is a native fish species in China and it is in the state of endangerment. To explain clearly the genetic diversity and genetic structure, 9 wild populations of taimen were investigated using 20 microsatellite markers. The results showed that their observed heterozygosity ranged from 0.0994 to 0.8882, the expected heterozygosity varied from 0.2005 to 0.8759, and the range of PIC index was from 0.3432 to 0.5261 while population from Huma River had low genetic diversity. Fst of matching group ranged from 0.0246 to 0.2333 (P <0.0001)and Nm varied among 0.8216 to 9.9292, which indicated that the genetic differentiation was remarkable among populations.The half/full-sib family tests detected a proportion of half/full-sib family groups varying among 27.78% to 90.91%, showing a high inbred pressure and a risk of bottlenecks experienced by most groups. The AMOVA results showed that the global Fst was 0.1081; the clustering result showed that individuals from Beiji tributary of Heilongjiang River clustered as one clade, all individuals from Huma River and Wusuli River clustered as one clade and all individuals from the upper reaches of the Heilongjiang River clustered as another clade. All these results indicated that the decrease of taimen resource has affected the gene exchange among their populations. In order to achieve full protection of taimen germplasm resources, we should put an end to the destructive fishing for taimen and promotegene exchange among their populations.  相似文献   

17.
为探讨松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)线粒体控制区特征及其群体遗传结构, 研究测定分析了中国和日本沿海共8个群体的线粒体控制区序列, 分析了其结构特征, 识别出终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的特征序列。遗传多样性分析结果显示: 69个松江鲈个体共检测到47个单倍型, 呈现出核苷酸多样性(0.0079)较低和单倍型多样性(0.978)较高的特点。单倍型邻接关系树和单倍型网络关系图均显示松江鲈分为中国和日本两大世系。遗传分化系数(Fst)和分子方差分析(AMOVA)结果表明, 松江鲈中国群体和日本群体之间存在的遗传差异较显著, 中国沿海各群体之间亦存在着一定程度的遗传差异, 该分化主要由历史环境变动、当代环境因素和自身生态习性等原因造成。  相似文献   

18.
采用 AFLP分子标记技术对珠江长臀鮠和海南长臀鮠共60个个体(每个群体30个)进行了遗传多样性研究。选取的18对引物组合均能扩增出清晰、可重复的扩增产物,扩增带型差异明显。两个群体均表现出较高的多态位点比例和特异性条带数。群体内个体间的遗传相似度(平均值)珠江长臀鮠种群为0.9462±0.0237, 海南长臀鮠为0.9465±0.0226,海南长臀鮠比珠江长臀鮠略高。群体间的遗传相似度是0.9367±0.0231,小于两个群体内的遗传相似度,两群体的遗传距离是0.0634±0.0230。根据遗传相似度绘制了UPGMA 聚类图。研究结果表明:珠江长臀鮠和海南长臀鮠间的遗传差异属于种内差异,两者同属一个有效种。  相似文献   

19.
本研究利用线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因序列分析淮河信阳段、淮滨段、蚌埠段、洪泽湖及其支流颍河、淠河和池河的野生鲇鱼(Silurus asotus)种群遗传结构及种群历史.结果表明,在841 bp的同源序列中,7个种群共检测到变异位点40个,占全部序列的4.76%,121个个体共检测到32种单倍型;7个种群的平均单倍型多样性(h)、核甘酸多样性(Pi)分别为0.884 8、0.003 8,表明淮河野生鲇鱼种群的遗传多样性水平较高.7个种群间的遗传分化指数Fst为0.115 0,仅12.92%的变异来自种群间(AMOVA分析),基因交流值为3.85,种群间K2-P遗传距离为0.002 ~0.009,显示鲇鱼种群间没有发生明显的地理分化.NJ树揭示7个种群的个体组成2个谱系,但这2个谱系与地理分布并不相关.中性检验、错配分析和Network网络亲缘关系分析皆表明鲇鱼种群有过种群扩张,扩张时间约在0.17~0.29百万年前的中更新世中期和末期.  相似文献   

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