我国两株登革2型病毒基因组的全序列分析

本研究对我国两株登革２型病毒Ｄ２－４３株、Ｄ２－０４株的基因组进　行　了全序列测定,在此基础上对这两株引起不同临床症状及鼠神经毒力的登革病毒的基因组序　列进行了比较分析,结果表明Ｄ２－４３株与Ｄ２－０４株基因组全长约为１０　７２３ｎｔ,核苷酸序列的同源性为９５．１％,氨基酸序列的同源性为９７．６％,　不存在特别的高变区。这两株序列中共有８３个核苷酸的变化导致了氨基酸的变化,其中２１个　差异氨基酸可引起所在位点电荷或极性的变化,位于登革病毒粒子表面的Ｅ糖蛋白第１２６位氨　基酸由Ｇｌｕ　（Ｄ２－０４株）→Ｌｙｓ（Ｄ２－４３株）的变化对其抗原性有影响,可能引起了病毒对鼠神　经　毒力的改变。对结构糖蛋白Ｅ基因的聚类分析表明Ｄ２－４３株与新几内亚株、台湾８７株及菲律　宾　８３株亲缘关系较近,Ｄ２－０４株与牙买加株及巴西９０年分离株的亲缘关系较近,表明我国存　在不同起源的登革２型病毒感染。     

我国登革 4型病毒 B5株基因组全序列的测定及分析(英文)

 对我国登革 4型病毒 B5株 (D4- B5)基因组进行全序列测定及分析 ,为研究病毒基因组结构与功能的关系及研制新型登革疫苗奠定基础 .根据登革 4型病毒 81 4669株的序列设计特异引物 ,通过 RT- PCR扩增出 D4- B5株不同长度的片段 ,分别克隆到 p GEM- T载体 ,将挑取的阳性克隆进行 PCR、酶切鉴定及序列测定 .结果显示 ,D4- B5株的基因组全长 1 0 665nt,5′和 3′非编码区分别为 1 0 1 nt和 40 3nt,中间一个长 1 0 1 61 nt的开放读码框架 ,编码 3387个氨基酸 .与 D4- 81 4669株比较 ,两者核苷酸序列同源性为 93.0 8% ,氨基酸序列同源性为 96.58% .D4- B5株的基因组全序列与 D4- 81 4669株类似 ,但也有较大差异 .同源进化分析表明 ,D4- B5株的基因型为 型 ,与登革 4型病毒菲律宾分离株亲缘关系较近 .这是首次报道的我国登革 4型病毒分离株基因组全序列 ,对研究病毒基因组结构与功能的关系 ,探讨我国毒株的地理来源及研制适合我国人群的新型登革疫苗具有一定的意义 .     

DENV2海南分离株NS1全序列测定和生物信息学分析

目的:对登革病毒2型海南分离株NS1全序列进行测定和生物信息学分析,了解其系统 进化和分子流行病学特征.方法:采用RT-PCR法扩增D2-Hainan全长NS1基因,将其克隆入载 体pPIcZáB,测序,采用相关软件进行生物信息学分析.结果:获得D2-H ainan株NS1全长基 因1056bp,其序列与登革病毒2型NGC株的同源性为95%.系统进化树分析显示该毒株与登革 病毒2型China04株的亲缘关系最近.初步分析了NS1蛋白的氨基酸序列特征和二级结构.结论:登革病毒流行株存在地域性和复杂性,对D2-Hainan株NS1基因及其编 码蛋白信息特征的了解,有助于进一步研究其基因特征与病毒毒力的关系.     

浙江省登革热暴发疫情的病原学和分子生物学研究

2004年浙江省慈溪市发生了由输入病例引起的登革热暴发,共报告病例113例。为查明病因,从分子水平分析流行毒株的生物学特征,对疑似患者血清测定了登革病毒IgM和IgG抗体,并用C6/36和BHK-21细胞分离登革病毒。同时采用RT-PCR方法扩增病毒E基因和NS1基因后又分别进行序列测定,并与不同国家和地区的登革热毒株进行同源性和进化树分析。结果表明,从患者血清中检测到登革病毒IgM和IgG抗体及登革I型病毒核酸;从18份疑似患者血清中分离到10株登革I型病毒;浙江登革I型分离株(ZJ/07/04)与登革I型夏威夷株、广东株和泰国株的E基因氨基酸同源性分别为96.3%、98.8%和99.2%,而与登革Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型毒株相同区域氨基酸同源性分别为68.3%、77.5%和62.8%。基因进化树显示浙江省登革病毒分离株与泰国株亲缘关系最近,在进化树的同一分支上。从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该次疫情的病因为由泰国输入的登革I型病毒。     

我国2009年新分离乙脑病毒全基因组序列特征研究

本研究对我国2009年新分离的两株乙脑病毒进行全基因组序列测定和分析,以了解病毒全基因组分子特征。通过RT-PCR和核苷酸序列测定方法获得病毒全基因组序列,采用ClustalX、DNASTAR、MEGA等生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列分析和系统进化分析等。研究结果显示,新分离两株乙脑病毒YN0911和YN0967株基因组全长均为10 965个核苷酸,编码3 432个氨基酸。这2株乙脑病毒之间核苷酸同源性为98.7%,氨基酸同源性为99.8%。与国际乙脑病毒流行株相比,核苷酸同源性为83.5%～98.9%,氨基酸同源性为94.8%～99.7%。与乙脑病毒疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白有13个氨基酸差异位点,但都位于抗原关键位点之外。这2株病毒在3′UTR区域存在11nt缺失。基于C/PrM区段、E基因、全基因组系统进化分析结果均显示新分离2株乙脑病毒为G I乙脑病毒,并且和越南、四川、贵州、广西以往的分离株遗传进化关系较近。本研究提示我国新分离的2株乙脑病毒均为G I乙脑病毒,决定病毒毒力的关键氨基酸位点未见明显变化。     

陕西省9株乙脑病毒的分离及E基因序列分析

分析陕西省分离的9株乙脑病毒基因组序列特征。使用乙脑病毒全基因组序列测定引物进行RT-PCR扩增,扩增产物进行测序,拼接后获得基因组序列。利用MEGA 4.1、MegAlin、MEGA7.0等软件进行毒株的系统进化分析,并与P3株、减毒活疫苗SA14-14-2株及覆盖5个基因型别的其他乙脑病毒进行E基因序列比对。9株分离株3株分离自猪舍、6株分离自羊舍,其中4株获得全基因组序列,5株测得E基因序列。基于E基因序列进行毒株核苷酸、氨基酸同源性比较,结果显示分离株均与基因I型GI-b亚型毒株核苷酸和氨基酸同源性最高,核苷酸同源性范围为96.5%～99.7%、氨基酸同源性范围99.2%～100.0%;与SA14-14-2株核苷酸同源性范围为87.5%～88.9%、氨基酸同源性范围96.3%～97.2%;与P3株核苷酸同源性范围为87.6%～88.1%、氨基酸同源性范围96.7%～97.6%。分析09年（陕南地区）分离株与18年（关中地区）分离株的E基因核苷酸差异率为1.8%～2.9%、氨基酸差异率为0%～0.8%。陕西省自然界中循环的乙脑病毒以基因Ⅰ型为主,与P3株在抗原毒力关键位点无差异,...     

我国登革3型病毒广西80-2株基因组全序列分析

对我国登革 3型病毒 80 2株基因组进行全序列测定 ,为了解其基因组结构与功能的关系提供依据 .根据登革 3型病毒H87株的序列设计并合成引物 ,应用RT PCR和RACE法 ,对 80 2株基因组RNA进行扩增、克隆测序后获得我国登革 3型病毒广西株基因组序列 .该株病毒基因组全长10 696nt ,不含poly(A)尾 ,4种碱基数分别为A :3 4 3 7,C :2 2 15,G :2 773 ,U :2 2 71.包含一个读码框架 ,自 95至 10 2 67位 ,共 10 170个碱基 ,编码 3 3 90个氨基酸 ,5′和 3′非编码区长度分别为 94nt和4 3 2nt.与H 87株比较 ,核苷酸和氨基酸序列同源性均在 99%以上 ,有 2 8个碱基发生改变 ,其中 2 6个碱基突变发生在读码框架内 ,碱基转换 18个 ,颠换 10个 ;碱基突变引起 14个氨基酸的改变 .80 2株与H87株病毒的基因组全序列同源性高 ,变异度小 .     

登革病毒流行株的分离鉴定及其毒力位点变异研究

目的:从登革热患者血清中分离登革病毒,鉴定流行株的血清型及其毒力。对其中两分离株E基因进行序列测定,分析其可能的毒力位点变异。方法:采集临床诊断为登革热患者急性期血清91份,接种于C6/36细胞分离病毒,应用间接免疫荧光法鉴定及分型。并通过乳鼠脑内接种和空斑试验,测定分离株的毒力。扩增2株分离株E基因,克隆到pGEM-T载体进行序列测定,分析变异位点。结果:在91份血清中经2~3次传代分离出8株病毒,鉴定为登革1型病毒。在E蛋白影响毒力的3个区段中,两分离株有3处存在变异。结论:推测此次广州地区流行登革热可能由DEN 1型病毒感染引起,流行株的毒力较弱。毒力减弱可能和其基因位点变异有关。     

登革2型病毒乳鼠神经毒力相关位点的研究

pDVWS501为含有登革2型病毒全长cDNA的质粒, 可利用感染性转录体技术恢复为有活力的病毒MON501. 将MON501注射乳鼠脑内可引发脑炎症状, 其E蛋白的62, 203位分别为Glu, Asn. 采用OL-PCR方法把pDVWS501 E62位氨基酸突变为Lys, 得到质粒TB62; E203位氨基酸突变为Asp, 得到质粒TB203. 将pDVWS501, TB62和TB203酶切后体外转录得到全长登革2型病毒转录体, 应用电穿孔技术转染BHK-21细胞, 7天后收毒. RT-PCR证实有登革2型病毒存在, 接种C6/36细胞, 3~5 d可使其产生典型病变. 测定突变区域的序列, 结果表明得到了恢复病毒MON501和E62, E203位点突变的重组病毒HFT62, HFT203. 3株病毒均在其基因组5′端加“G”, 3′端则与登革2型病毒野生株相同. 分别将3株病毒稀释至10⁵~ 10² TCID₅₀, 经脑内途径注射1日龄乳鼠, 发现与MON501相比, HFT62, HFT203在同一稀释度发病乳鼠的个数减少, 发病时间延长且差异显著, 表明E62, E203可能是登革2型病毒乳鼠神经毒力相关位点.     

一株强神经毒力乙脑病毒株的生物学及其分子特征

研究一株神经毒力很强的乙型脑炎病毒株SA4株的生物学特性并进行基因组全序列分析,并找到其毒力强的分子基础。将SA4脑内接种昆明小鼠后每日观察发病和死亡鼠数并每日收取鼠脑,用空斑法检测接种后不同时间点的脑内病毒增殖滴度,同时以另一株乙脑病毒SA14按照相同方法进行平行实验作为对照。SA4株的全基因组测序序列结果与乙脑SA14株及世界各地共21株乙脑病毒的全基因组序列进行比较。结果显示,脑内接种SA4株的小鼠发病和死亡时间均比SA14株早1d,在相同时间点上SA4株的病毒滴度高0.5～1.0lgPFU/mL。SA4株与世界各地毒株基因同源性比对,核苷酸同源性为84.6%～99.0%,氨基酸同源性为95.2%～99.7%。与SA14相比,氨基酸序列存在17个位点的差异,分布于不同的区段,其中E区最多,为5个。证明SA4是一株在脑内具有较快繁殖力的神经毒力很强的毒株,其序列上17个氨基酸位点的替换很可能是其强神经毒力的分子基础。