淡水豚类线粒体DNA 12S rRNA基因的序列变异及其分子系统学研究

淡水豚类４个代表属「白暨豚（Ｌｉｐｏｔｅｓ）、恒河豚（Ｐｌａｔａｎｉｓｔａ）、弗西豚（Ｐｏｎｔｏｐｏｒｉａ）和亚河豚（Ｉｎｉａ）」ｍｔＤＮＡ １２Ｓ ｒＲＮＡ基因的序列差异水平,高于其他齿鲸类科间的差异,特别是远远高于海豚总科内的科间差异。研究结果支持它们应归属于不同的科,即白暨豚科（Ｌｉｐｏｔｉｉｄａｅ）、恒河豚科（Ｐｌａｔａｎｉｓｔｉｄａｅ）、弗西豚科（Ｐｏｎｔｏｐｏｒｉｄａｅ）和亚河豚科（Ｉ     

淡水豚类研究的新进展

根据国际自然和自然资源保护联合会下属鲸类专家小组主席佩林博士的建议,由中国国家环保局、中国科学院和国际自然及自然资源保护联合会共同主持,中国科学院水生生物研究所和南京师范大学共同组织于1986年10月27日至30日在武汉召开了“淡水豚类生物学和物种保护”国际学术讨论会。会上共提出报告38篇。通过会内外的广泛学术交流,使我们对淡水豚类研究的新进展和面临的问题有了较为全面的了解。     

从细胞色素b基因全序列探讨大额牛的分子系统发生

大额牛是一种半野生半家养的珍稀牛种, 有关其起源和系统地位一直存在争议。通过PCR扩增、测序等步骤共获得了11头大额牛细胞色素b(Cyt b)基因全序列(1 140 bp)。应用分析软件, 对大额牛11条Cyt b序列进行了分析, 并结合GenBank中牛属动物6个近缘种的同源序列, 以亚洲水牛(Bubalus bubalis)为外群, 分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了牛属动物分子系统发育树。序列分析结果表明, 11条大额牛Cyt b序列1 140位点中, 共发现95个变异位点(占分析位点总数的8.33 %), 定义了6种单倍型, 表明大额牛群体的Cyt b基因遗传多态性比较丰富。构建的NJ和MP分子系统树均显示, 大额牛研究群体明显分为3支, 第1支与普通牛(Bos taurus)相聚, 第2支与瘤牛(Bos indicus)相聚, 第3支与印度野牛(Bos gaurus)相聚。系统发育分析表明, 大额牛很可能是印度野牛的家养型或驯化种, 我国大额牛群体可能曾受到其他牛种血缘的入侵。     

从细胞色素b基因序列探讨笛鲷属的分子系统发生关系

测定了9种中国南海的笛鲷属鱼类的细胞色素b基因的部分序列,结合来自GenBank中1种分布于菲律宾和9种分布于美国大西洋的笛鲷属鱼类的相应同源序列,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果显示:红鳍笛鲷(Lutjanuserythropterus)与红笛鲷(L.sanguineus)之间的同源序列碱基差异百分率只有0.32%,支持二者是同种异名的观点;中国南海的笛鲷属鱼类间的平均碱基差异要高于美国大西洋笛鲷属鱼类。在MP和NJ树中,美国大西洋笛鲷表现为亲缘关系较近,来源于中国南海的笛鲷鱼类相对集中在树的基部,分歧较大。这与所研究的笛鲷地理分布和地理隔离基本相一致,同时也说明中国南海笛鲷分化较早并且分歧较大。     

中国南方海域4种石斑鱼的遗传多样性及分子系统发生关系的分析

对中国南方海域的青石斑鱼(Epinephelus awoara)、赤点石斑鱼(E.akaara)、橙点石斑鱼(E.bleekeri)及蜂巢石斑鱼(E.merra)进行了遗传多样性和分子系统发生关系的分析。对9个微卫星DNA标记的基因型测定结果进行计算,发现这4个地理分布重叠且形态相似的石斑鱼均具有较丰富的遗传多样性,其平均等位基因数、平均多态信息含量(PIC)、平均观测杂合度(Ho)及平均期望杂合度(He)的取值范围分别为(8.22±5.02)～(18.67±9.38)、(0.56±0.21)～(0.83±0.13)、(0.62±0.03)～(0.85±0.02)和(0.60±0.07)～(0.86±0.04)。经哈迪-温伯格平衡(HWE)检验,除橙点石斑鱼外,其他3种鱼的微卫星DNA位点都基本符合平衡。利用微卫星DNA标记和线粒体细胞色素b基因对这4种鱼重建的分子系统树均显示,青石斑鱼与赤点石斑鱼的亲缘关系较近。以微卫星DNA标记对所研究石斑鱼的全部个体进行贝叶斯聚类分析的结果表明,4个鱼物种之间的分化关系明确。     

从细胞色素b基因序列探讨我国林蛙属动物的系统发生关系

对中国林蛙属动物进行了DNA水平的分子系统发生研究,测定了中国林蛙属7种15个样品,侧褶蛙属2种2个样品Cyt b基因长约360bp片段的序列。对这些序列的系统发生分析表明：（1）中国林蛙甘肃种群与东北种群序列差异较大,但尚难根据序列差异来判断它们是不同的亚种还是不同的物种;（2）7种林蛙中,中国林蛙与黑龙江林蛙的亲缘关系最近,与桓仁林蛙最远;（3）支持将昭觉林蛙,镇海林蛙,峨眉林蛙和长肢林蛙归入日本林蛙种组Rana japonica group。     

亚洲淡水和陆生龟鳖类12S rRNA基因片段的序列分析和系统发生研究

对亚洲产淡水和陆生龟鳖４科２３个种进行了ＤＮＡ序列水平的分子系统学研究,用ＰＣＲ技术扩增约４００ｂｐ的线粒体１２ＳｒＲＮＡ基因片段进行了序列分析,合并从ＧｅｎＢａｎｋ中检索到的其它龟鳖类的序列数据,在基于二级结构的对位排列基因上用邻结法地系统发生研究。结果表明,潮龟科与陆龟简拼要缘关系比龟科与陆龟科的近;支持将平胸龟属归为鳄龟上属;潮产是并系起源,从１２ＳｒＲＮＡ基因序列得到的系统发生关系不支持根     

苔藓动物18S rRNA基因的分子系统发生初探

本文对我国沿海较为常见的8种唇口目苔藓动物的18SrRNA基因进行了PCR扩增和序列测定。结合已知的其它苔藓动物（包括内肛动物和外肛动物）以及腕足动物和帚虫的相应序列,运用分子系统学方法,研究苔藓动物门的系统发生关系,结果表明,外肛动物和内肛动物构成苔藓动物分子系统树中的二大平行支;本文测定的大室膜孔苔虫与Giribet等测定的膜孔苔虫在系统树中的位置间隔较远。结果也支持外肛动物包含被唇纲和裸唇纲两大类群的形态划分,而关于裸唇纲特别是唇口目内部的系统发生关系。分子数据的分析结果和形态分类之间的分歧有待于进一步研究。     

铜陵长江大桥对豚类栖息地的影响

根据1987-2001年在铜陵江段所进行的18次豚类生态考察,统计历年考察记录中,在成德洲-梅埂段（以下称大桥河段）工作的天数及观察到的白Ji豚和长江江豚数量,分别计算其SPUE值（Sightings per unit of effort,以头/d计）。并于1989,2001年,在长江水位8.5m左右（吴淞 高程）测定了大桥河段断面A,B,C,D的深度（m)及流速（m/s)。根据汉道最大河宽（B）,转折角（α）,曲折率（S/L）,以及汊道宽长比（B/S）的变化,分析河道与沙洲的变动对白Ji豚和长江江豚栖息地的影响。研究结果表明大桥建成后,河段平面变形小,汊道分流比稳定,滩槽很少变动,流态稳定,水势复杂多样,仍具备豚类栖息活动必要的水文条件,但铜陵大桥对其上下河道,沙洲也产生了一定的影响,主要表现为近期和悦洲与成德洲附近的滩槽冲淤明显,汇,分流区主流摆动不确定,不能形成稳定的水区,导致成德洲附近的白Ji豚和长江江豚活动次数明显减少,特别是白Ji豚的活动路线中（太阳洲→梅埂）的羊山矶,历次考察中未观察到白Ji豚,总而言之,白Ji豚在大桥河段的SPUE值降低与其种群急剧下降是一致的,但在梅埂活动的次数下降不明显;长江江豚在局部水域（梅埂,横港）的SPUE值有上升趋势,这些现象可能与近期的河床演变及桥墩挑流有关。     

露螽属四种昆虫Cyt b基因序列及系统进化研究(直翅目,露螽科)

研究了露螽属4种昆虫线粒体细胞色素b基因(Cyt b)的部分序列,分析了核苷酸序列组成与变异及氨基酸差异.在得到的432bp序列中,A T约占66.9%,其中102个核苷酸位点发生了变异(约23.8%),从每个氨基酸密码子来看,第3位点的A T含量较高,为79.7%.Cyt b基因编码的144个氨基酸由19种氨基酸组成,有12个发生了变异,占氨基酸总数的8.33%,其中亮氨酸(Leu)与苯丙氨酸(Phe)的含量较高,谷氨酸(Glu)、赖氨酸(Lys)与精氨酸(Arg)的含量较低,无半胱氨酸(Cys).以日本纺织娘和中华螽斯为外群构建的NJ分子系统树显示,镰尾露螽与齿尾露螽是分化较晚的类群,其次是瘦露螽,黑角露螽是分化较早的类群.     

Genetic Variations of 13 Indigenous Chinese Goat Breeds Based on Cytochrome b Gene Sequences

Phylogenetic relationships among and genetic variability within 13 Chinese indigenous goat breeds and Boer goat were analyzed using cytochrome b gene sequences. There were 44 variable sites found in a 642 bp sequence, and 46 Cyt b haplotypes were subsequently defined. The phylogeny analysis of haplotypes in combination with goat Cyt b sequences from GenBank shows that Chinese goats are obviously separated from wild goats and might come from Capra aegagrus. Further analysis indicated that indigenous Chinese goats might descend from at least two lineages; most of the individuals analyzed could be classified into lineage A as defined by Luikart, but five other goats were of uncertain lineage. The Tibet plateau is a possible place of origin for Chinese goats. The neighbor-joining tree based on pairwise differences among populations shows that most Tibetan goats, except the Middle Tibet type, cluster closely with North China goats, and then with South China goats. This result confirms that differences in genetic structure exist among goats in different geographic locations. Nucleotide diversity varied among populations. Tibet and North China goats had higher genetic diversity than South China goats. The fixation index (F _st=87.72%) suggested that most of the total genetic variation was due to variation within populations. In addition, the results indicate that Cyt b gene sequence information alone might not be enough for phylogeny analysis among breeds within species, as shown by fewer polymorphic sites and lower bootstrap values on the neighbor-joining tree.     

MOLECULAR SYSTEMATICS OF RIVER DOLPHINS INFERRED FROM COMPLETE MITOCHONDRIAL CYTOCHROME-B GENE SEQUENCES

1,140 bp of the complete mitochondrial cytochrome- b gene sequences of baiji ( Lipotes vexillifer ), franciscana ( Pontoporia blainvillei ), and Ganges river dolphin ( Platanista gangetica gangetica ) were determined to address the systematic position and phylogeny of extant river dolphins with combination of homologous sequences of other cetaceans. The neighbor-joining (NJ), maximum parsimony (MP), and maximum likelihood (ML) phylogenetic analyses all identified the river dolphins into three lineages, i. e., Platanista, Lipotes , and Inia + Pontoporia . The Lipotes did not have sister relationship with either Platanista or Inia + Pontoporia , which strongly supported the referral of Lipotes to a separate family, i. e. , Lipotidae. There were very high sequence divergences between all river dolphin genera, suggesting a relatively longer period of separation time than those among other odontocete families.     

中华鳖太湖养殖种群和日本引进种群线粒体DNA Cyt b基因片段序列分析及分子进化初探

对中华鳖太湖养殖种群和日本引进种群共38个个体的线粒体DNA细胞色素b基因中间部分序列进行测定,比较其同源性,计算碱基组成,并用乌龟为外群构建不同单倍型的UPGMA和NJ分子系统树.在获得的408bp的序列中,A T约占58.8%,其中15个核苷酸位点存在变异(约占3.7%).两种群共有6种单倍型(haplotype),其中太湖养殖种群有4种单倍型,日本引进种群有2种单倍型.由系统树显示,中华鳖太湖种群的4种单倍型聚合成一大支,日本引进种群的2种单倍型以很高的置信度(99%)聚成一支.两种群序列上的差异,可以成为种群鉴别的分子标记.     

蝗总科部分种类Cyt b基因序列及系统进化研究

蝗总科8个科10个种的线粒体DNA细胞色素b(Cyt b）基因部分序列被测定分析,比较同源性,计算核苷酸使用频率并构建NJ分子系统树。在获得的432bp的序列中,A T约占70.4%,其中177个核苷酸位点存在变异（约占41.0%）,DNA一级序列数据显示,该8科蝗虫间DNA序列变异丰富。用日本蚱作外群构建的NJ树表明：瘤锥蝗科较为原始,而癞蝗科与槌角蝗科关系较近,为比较进化的类群,蝗总科8科的起源关系为：瘤锥蝗科→班翅蝗科和锥头蝗科→斑腿蝗科→剑角蝗科→网翅蝗科→槌角蝗科和癞蝗科,上述研究结果与传统形态分类学结论不完全一致,并就此进行了讨论。     

基于细胞色素b基因序列对蜻科部分种类系统进化研究（蜻蜓目：差翅亚目）

采用PCR产物直接测序法,获得了蜻科6属9种蜻蜓的线粒体细胞色素b（Cyt b）核苷酸序列（长度576 bp）。A＋T平均含量较高,为69．2％。氨基酸密码子第三位点的A＋T平均含量最高（86．5％）。变异位点数为216个（约占37．5％）,简约信息位点148个,数据显示这几种蜻蜓之间DNA序列变异丰富。用一种豆娘Megalestes maai作外群构建系统发育树表明：蜻科为单系群,灰蜻属较进化,黄蜻属相对较古老一些。这6属的起源关系为：黄蜻属和赤蜻属→宽腹蜻属→椎腹蜻属和红蜻属→灰蜻属。     

从细胞色素b基因全序列差异分析岩羊和矮岩羊的系统进化关系

矮岩羊的分类地位从它被发现后就一直存在着争议。本文测定了分别来自四川和青海的岩羊(Pseudois nayaur)和矮岩羊(Pseudois schaeferi)共7个个体的Cyt b基因全序列(1140bp),结合山羊(Capra hircus)、北山羊(Capra ibex)、绵羊(Ovis aries)和盘羊(Ovis ammon)同源DNA序列进行比较,分析了碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异。用简约法和距离距阵法构建了分子系统树,得到了相同的拓扑结构。结果显示：岩羊和矮岩羊互为单系群,有着较山羊、北山羊、绵羊和盘羊间更近的亲缘关系,它们之间的序列差异(Cyt b＝3．2％)低于牛科不同种间的序列差异水平(8．3％-12．1％),明显高于种内个体的序列差异,而处于牛科亚种的序列差异范围内。因此,推测矮岩羊与岩羊之间的差异可能已经达到了亚种的水平。它们的分歧时间为l-3百万年[动物学报49(2)：198—204,2003]。