人Toll样受体9基因启动子区的生物信息学分析

目的:探讨人Toll样受体9(TLR9)基因启动子区序列特征。方法:利用生物信息学技术预测人TLR9基因启动子区域、转录因子结合位点和CpG岛分布。结果:人TLR9基因启动子区有1434个转录因子结合位点,人和小鼠保守区域内存在23个共同的转录因子结合位点,人TLR9基因启动子区包含长572 bp的CpG岛。结论:人TLR9基因启动子区相关生物信息学的研究,提高了针对启动子的研究效率,并为预测基因启动子的功能提供了重要信息。     

赤眼鳟Toll样受体3基因cDNA全长克隆及表达分析

为探究赤眼鳟（Squaliobarbus curriculus）Toll样受体3（Toll-like receptor 3,ScTLR3）基因是否参与抗病毒免疫反应,实验运用RACE技术,克隆得到ScTLR3基因cDNA全长序列,并进行了生物信息学分析;通过Real-Time qPCR技术,检测了ScTLR3 mRNA在健康赤眼鳟10个组织中的分布以及感染草鱼呼肠孤病毒（GCRV）后肝脏、脾脏、体肾和头肾中的表达特征。结果表明：ScTLR3基因cDNA序列全长4043 bp,包括5-非编码区（UTR）216 bp,开放阅读框（ORF）2715 bp和3-UTR 1112 bp;ScTLR3共编码904个氨基酸残基,推导的蛋白分子量102.67 kD,理论等电点8.76;SMART结构域预测显示,ScTLR3由N端的信号肽（SP）、富亮氨酸结构域（LRRs）、跨膜结构域（TM）和C端的Toll/白介素-1受体结构域（TIR）组成。实时荧光定量结果显示,ScTLR3mRNA在检测的各组织中均有表达,肝脏中的相对表达量极显著高于其他组织（P0.01）;感染GCRV后,肝脏、脾脏、体肾和头肾组织中ScTLR3 mRNA均上调表达,肝脏、脾脏和体肾组织中的相对表达量在24h达到峰值,分别为对照组的5倍、7倍和6倍。研究表明,ScTLR3具有TLRs家族基因的典型结构特征,并能被GCRV诱导表达,推测其在赤眼鳟抗GCRV入侵免疫反应中发挥了重要作用。     

团头鲂Toll样受体3基因的克隆及特征研究

由草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovlrus,GCRV)引起的草鱼出血病,是对草鱼危害最大的传染性疾病之一.GCRV是双链RNA病毒,属呼肠孤病毒科(Reoviridae),水生呼肠孤病毒属(Aquareovirus),G亚型[1].GCRV主要引起草鱼、青鱼等在鱼种阶段发生出血病.     

Toll样受体的研究进展

Toll样受体是近几年发现的天然免疫受体,它们不仅能特异性地识别病原微生物的结构成分,激活天然免疫,同时也为激活获得性免疫提供共刺激信号。Toll样受体是天然免疫与获得性免疫之间的连接点。     

Toll样受体4表达的调节

Toll样受体4(TLR4)是最早发现的人类Toll样受体,主要表达于树突状细胞和巨噬细胞等免疫细胞表面,在免疫应答和炎症反应中起重要作用。本文综述了影响TLR4表达的包括上调因素和下调因素在内的一些主要调节因素。     

Toll样受体4与肝损伤的研究进展

Toll样受体4((toll like receptor4,TLR4)是内毒素(LPS)的关键受体,为Toll蛋白家族中的一个成员,是联系固有免疫和适应性免疫的纽带。TLR4主要表达于髓源性细胞,其启动的胞内信号转导在肝损伤的发生和发展过程中发挥重要作用。这一信号转导途径主要通过NF-κB、p38、JNK等的激活,使细胞产生炎症转录因子,介导肝脏炎症。TLR4与氧化应激的相互作用,使得肝脏对TLR4的配体及细胞因子的敏感性增加,从而加重肝脏损伤。随着TLR4在肝损伤中的作用进一步阐明,其在肝脏疾病中的治疗作用将会产生广阔的应用前景。     

Toll样受体4信号转导通路的干预

Toll样受体4(Toll like receptor 4,TLR4)是广泛表达于哺乳动物的跨膜受体,由于TLR4在人体的高表达与各种炎症反应相关联,抑制过高的TLR4表达可能是控制机体炎症损伤的新途径.目前的研究主要是针对TLR4的直接阻断与对TLR4的信号转导通路的抑制.由于TLR4的信号转导通路已经较为明确,从而研究对TLR4信号转导通路的抑制可能会对机体过强的炎症反应及损伤的控制产生有益作用.本文就当前针对抑制TLR4信号转导通路的研究作一综述.     

Toll样受体2及Toll样受体4在大鼠实验性变应性鼻炎中的表达

目的研究Toll样受体2（Toll-like receptor2,TLR2）及Toll样受体4（TLR4）在实验性变应性鼻炎大鼠鼻黏膜中的表达及脂多糖（Lipopolysaccharide,LPS）对其表达的影响。方法SD大鼠48只随机分为正常对照组（A组）;变应性鼻炎组（B组）：经腹腔注射及鼻腔滴入卵清白蛋白（Ovalbumin,OVA）建立变应性鼻炎（Allergic rhinitis,AR）模型;变应性鼻炎＋LPS刺激组（C组）：大鼠激发成变应性鼻炎模型后再以LPS滴鼻。用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）方法检测鼻黏膜中TLR2 mRNA、TLR4 mRNA的表达。结果B、C组大鼠均成功激发为AR动物模型;各组鼻黏膜中均有TLR2 mRNA、TLR4 mRNA表达;各组间TLR2 mRNA的表达差异无统计学意义（P〉0．05）。B、C组TLR4 mRNA的表达较A组高（P〈0．01）;C组TLR4 mRNA表达较B组增高（P〈0．01）。结论AR大鼠有TLLR4的表达增高;LPS刺激后TLR4表达进一步增高,说明TLR4可能参与AR的发病。TLR2在AR大鼠中的表达未见增高;LPS刺激后。TLR2表达未见进一步增高,TLR2与变应性鼻炎的关系有待进一步研究。     

Toll 样受体研究进展

Toll样受体（Toll－like receptors,TLRs）是新近发现的先天性免疫系统中的细胞跨膜受体及病原模式识别受体之一,在急性炎症反应细胞吞噬作用的调节和细胞信号转导及细胞凋亡中起重要作用,简要综述了Toll样受体的发现、分布、基因定位与结构特点、配体特异性及其介导的信号通路,并对其研究意义与前景作了简述。     

猪T细胞受体γ链基因的克隆及生物信息学分析

目的:克隆猪T细胞受体γ链(pTCR-γ)基因,用以研究猪T细胞受体分子结构与功能。方法与结果:以GenBank上登载的pTCR-γ基因为参考序列,用RT-PCR法从猪外周血淋巴细胞中克隆pTCR-γ基因。序列分析表明,pTCR-γ基因开放读框为1026bp,编码341个氨基酸残基,含有由23个氨基酸残基构成的信号肽序列;与参考序列相比,在核苷酸和推导氨基酸序列上的同源性分别为95.6%和88.8%;系统进化分析发现,该基因与绵羊、恒河猴、人、马、牛的同源性相对较高,与褐鼠、家犬、家鼠、家猫的同源性次之,而与禽类、鱼类的同源性最低;生物信息学结构预测表明猪T细胞受体γ链含2个结构域,其中1个为IG_LIKE1结构域(IGv结构域),由第14～114位共101个氨基酸残基组成;另一个为IG_LIKE2结构域(IGc结构域),由第143～238位共96个氨基酸残基组成。结论:克隆并应用生物信息学技术分析了猪T细胞受体γ链基因序列及编码蛋白的结构特征,为进一步研究γ链的结构与功能奠定了基础。     

巴马香猪和杜长大猪的PDK4基因的克隆及组织表达分析

为了获得广西巴马香猪和杜长大猪丙酮酸脱氢酶激酶4 (PDK4)基因编码区序列(CDS),并研究PDK4基因在广西巴马香猪和杜长大猪不同组织中的mRNA表达差异,本研究利用基因克隆技术分别从巴马香猪和杜长大猪的背最长肌组织中提取总RNA,PCR扩增出PDK4基因CDS,并进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测PDK4基因在这两品种猪不同组织中m RNA的相对表达量。结果表明:本研究分别成功克隆获得巴马香猪和杜长大猪PDK4基因CDS,长度为1 224 bp,这两品种猪的PDK4基因CDS同源性为100%,与GenBank报道的普通猪、人、鼠、马、羊的同源性分别为100%、91.0%、85.5%、92.3%、93.0%。基于PDK4基因碱基同源性构建的物种系统进化树可知,巴马猪和杜长大猪遗传距离是最近的,最远的是小鼠。两品种猪PDK4氨基酸组成中亮氨酸含量较高,占总氨基酸数的10.8%,同时发现PDK4蛋白具有较强的亲水性。巴马香猪和杜长大猪PDK4蛋白的高级结构中均包含有α螺旋、无规卷曲和延伸链。实时荧光定量PCR结果显示,巴马香猪和杜长大猪的不同组织PDK4基因表达量最高的为腹脂,最低的是脾。巴马香猪背最长肌中PDK4基因表达水平极显著高于杜长大猪,而杜长大猪的皮脂、腹脂、肝、脾以及肾中PDK4基因表达水平极显著高于巴马香猪。本试验成功克隆了巴马香猪和杜长猪的PDK4基因,并且检测了该基因在两品种猪不同组织中的基因表达水平的差异,为今后深入探讨PDK4基因在地方猪种脂质代谢和脂肪沉积方面发挥的作用奠定工作基础。     

我国巴马小型猪SLA-2基因克隆及分子特征

为研究我国巴马小型猪SLA-Ⅰ分子特征,设计引物克隆了SLA-Ⅰ类分子SLA-2基因(SLA-2bm),并通过分子生物学软件分析其分子特征。经克隆及序列测定分析,SLA-2bm为1119bp,其中3~1097为ORF区,共编码364个氨基酸,分别在第125、188、227和283位置出现半胱氨酸残基,含有两对链内二硫键。氨基酸同源性分析显示SLA-2bm与其它SLA-2、SLA-3和SLA-1序列的同源率分别为88.4%~96.4%、88.3%~90.5%和87.7%~92.7%。系统进化树显示SLA-2bm与其它SLA-2等位基因在遗传关系上相对独立,进化程度较低;各功能区分析,SLA-2bm与人HLA-A2和小鼠H-2K分子结构相似,且保留了人HLA-A2基因的部分功能位点。结果表明,SLA-2bm属于一个新的等位基因,巴马小型猪是保留原始基因特征的品种。     

广西巴马小型猪RGS1基因克隆及内脏组织表达谱分析

为了研究广西巴马小型猪RGS1基因的生物信息学特点及其在高脂高糖饲养条件下的组织表达差异,采集其内脏组织样品,利用实时荧光定量PCR进行RGS1基因的表达差异分析,采用DNASTAR、TMH-MM等软件进行基因信息学分析.结果表明RGS1基因在肝脏以及背脂中表达量显著高于其他组织,实验组肝脏以及背脂中RGS1基因的表达...     

日本蛇根草花青素还原酶基因的克隆及其生物信息学分析

花青素还原酶(anthocyanidin reductase, ANR)是原花青素合成途径中的关键酶,同时花青素还原酶对植物花色苷的积累也发挥着重要作用。本研究以日本蛇根草为材料,以其转录组测序结果为基础,设计引物通过RT-PCR方法成功克隆得到日本蛇根草ANR基因完整的cDNA序列,利用生物信息学方法和工具对日本蛇根草ANR基因的功能结构域、生理和化学参数、亲/疏水性、信号肽、二级结构等进行预测和分析。结果表明,该基因cDNA全长为1 020 bp,编码339个氨基酸,预测其蛋白分子量为36.37 kD,等电点为5.92,为亲水蛋白,不含信号肽序列。综上,本研究成功克隆获得日本蛇根草ANR基因并完成其生物信息学分析,研究结果将为解析该基因的功能奠定基础。     

生物信息学在新基因全长cDNA电子克隆中的应用

新基因全长cDNA序列的获得常常是生物学工作者面临的难题,电子克隆是利用生物信息学手段得到新基因全长cDNA序列的新方法。介绍了电子克隆的方法及其生物信息学在其间的具体应用,并概述了一些生物信息学在序列分析中的应用。     

二氢黄酮醇4-还原酶的生物信息学分析

花色素苷是影响花色的主要色素,DFR是花色素苷合成的关键酶。采用生物信息学的方法分析已经在Gen-Bank上注册的拟南芥、金鱼草、兰花、山茶、番茄、水稻、矮牵牛和玉米等植物的DFR核酸及相应氨基酸序列,并对其理化性质、生化功能、系统发育关系和结构特征等进行预测。结果表明,金鱼草和山茶DFR定位于叶绿体,矮牵牛DFR定位于线粒体,山茶和矮牵牛DFR都是跨膜蛋白。DFR拥有一个NADB_Rossmann superfamily保守结构域和coiled-coil结构;所构建的DFR基因系统发育关系与形态学上的物种发育关系基本吻合;α-螺旋和无规则卷曲是DFR的主要二级结构元件;DFR的空间结构分为两个部分,松散C-末端和致密球状结构。     

樟叶越桔熊果苷合成酶基因VdAS1的克隆及序列分析?

根据樟叶越桔( Vaccinium dunalianum)叶芽转录组测序获得的熊果苷合成酶基因VdAS1部分EST序列设计引物,结合RACE￣PCR技术获得VdAS1基因全长1577 bp cDNA序列。其完整的开放阅读框推测编码由475个氨基酸残基组成的VdAS1蛋白,理论相对分子量为52?22 kD,等电点pI＝5?74,负电荷残基( Asp＋Glu)总数为53个,正电荷残基( Arg＋Lys)总数为45个,不稳定系数为37?93,属稳定性蛋白质。生物信息学分析表明VdAS1与枸杞的糖基转移酶相似率高达74％,其二级结构主要构件为α￣螺旋和随机卷曲,不存在跨膜区,属于亲水性蛋白质,并结合信号肽预测结果推测VdAS1直接锚定在细胞基质中行使功能。该研究为后期VdAS1的异源表达和功能研究奠定了基础。     

Differential expression of Toll-like receptor 4 (TLR4) in healthy and infected canine endometrium

This study provides the first report into immunohistochemical localization of Toll-like receptor (TLR) in the canine reproductive tract. TLR4 was investigated in endometrium during the estrous cycle and in pyometra. Pyometra is the most important pathological condition of the uterus due to bacterial infection in dogs. To protect against invading pathogens, the female reproductive tract has evolved immune mechanisms. TLRs are the cellular components of the afferent arm of the innate immune system. The expression of TLR4 was significantly higher in the endometrial stroma compared to the endometrial surface epithelium and glandular epithelium in proestrus. The glandular epithelium and stroma at the diestrous stage expressed TLR4 significantly higher than surface epithelium. Furthermore, when compared to other healthy groups, the glandular epithelium at diestrus also higher expressed TLR4 than other stages. The expression of TLR4 in the surface epithelium was higher in dogs with pyometra compared with all other groups. And, the surface epithelium of dogs suffering from pyometra also expressed TLR4 more intensely than the glandular epithelium. The innate immunity of infected canine endometrium response to bacterial infection is intensely extremely increased by the expression of TLR4. Furthermore, the different levels of TLR4 expression seems related to physiological changes in distinct cell types of endometrium, leukocytes populations, cytokines and sex hormones.     

耐辐射球菌转录因子DdrO的基因克隆与生物信息学分析

目的：克隆耐辐射球菌ddrO基因,并对其进行生物信息学分析,预测其功能。方法：根据耐辐射球菌ddrO基因序列,由Primer Premier 5设计一对引物,以提取的耐辐射球菌基因组为模板,PCR扩增获得耐辐射球菌ddrO基因,序列测定并利用生物信息学软件对ddrO基因的理化性质、高级结构及生物学功能等进行分析与预测。结果：成功获得了ddrO基因。生物信息学分析发现,ddrO基因核苷酸序列长度为396bp,编码一个131aa组成的相对分子质量为14.993kD的预测的DdrO转录因子。核酸同源性搜索及比较分析仅在与耐辐射球菌同属的Deinococcus geothermalis和Deinococcus deserti中发现高度相似的序列;蛋白同源性搜索发现一些与DdrO显著同源的蛋白,如Deide_20570（95%）,Dgeo_0336（90%）,Deide_3p02170（82%）等;结构域分析发现DdrO含有HTH（helix-turn-helix）DNA结合结构域。结论：根据生物信息学结果预测DdrO蛋白可能具有转录调控作用,参与DNA修复和复制,在耐辐射球菌的DNA损伤修复过程中发挥一定作用。