实时定量PCR技术及其应用

实时定量PCR(Real—time Quantitative Polymerase Chain Reaction,RQ—PCR)技术是20世纪90年代中期发展起来的一种新型核酸定量技术。该技术具有实时监测、快速、灵敏、精确等特点,是对原有PCR技术的革新,扩大了PCR的应用范围。本文综述了RQ—PCR技术的原理、RQ—PCR仪、RQ—PCR实时定量检测系统及其应用。     

扩增大片段核酸的聚合酶链反应及其应用

本综述了扩增１０－４０ｋｂ大片段核酸的聚合酶链反应方法的原理,影响因素条件优化,以及ＬＡ－ＰＣＲ在扩增与克隆目的的基因、研究基因组的多态性和分别等方面的应用。     

实时荧光定量PCR技术的研究进展与应用

实时荧光定量PCR技术(real-time fluorescent quantitative PCR,FQ-PCR)以其特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、自动化程度高、速度快、全封闭反应等优点在人类和动物疾病的快速检测、食品安全检测、定量分析、基因分型、基因表达研究、以及疫苗效力测定中成为分子生物学研究的重要工具...     

定量PCR和逆转录PCR在病毒学的应用

<正>在过去几年内,分子杂交法由于其技术多样性和高度特异性已被广泛用于基础和应用病毒学中。采用这些技术,可以在分子水平上直接进行临床样品的DNA和RNA病毒的检测、病毒基因体外-体内特异性转录活性的分析、以及病毒-宿主相互关系的研究。然而,尽管这些方法对多种检测是很有效的,但只有PCR扩增技术的发展和最佳化才明显提     

扩增大段靶DNA的PCR方法

扩增大段靶ＤＮＡ的ＰＣＲ方法陈尚武,王章（中山大学生命科学学院,广州）ＰＣＲ和分子克隆是扩增遗传物质的常用技术。热稳定Ｔａｑ（Ｔｈｅｒｍｕｓａｑｕａｔｉｃｕｓ）ＤＮＡ聚合酶的应用以及ＰＣＲ技术所固有的迅速、简便、廉价等优点,使ＤＮＡ片段的ＰＣＲ扩增成...     

实时定量PCR发展概述

实时定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,简称qPCR)是一种通过荧光信号对PCR进程进行实时监测,并对未知模板进行定量分析的一种核酸定量技术,该技术在临床诊断和生命科学等多领域发挥着重要的作用。现就生物制品领域有着重要应用价值的中介探针聚合酶链反应(mediator probe polymerase chain reaction,MP PCR)和数字聚合酶链反应(digital polymerase chain reaction,dPCR)新技术加以介绍,同时也对qPCR技术中的关键因素(如参考基因选择和核酸质量评价)以及qPCR最低限度标准(minimum information for the publication of real-time quantitative PCR,MIQE)指南作一概述。     

荧光定量PCR诊断结核性脑膜炎的临床价值

目的 探讨荧光定量PCR检测脑脊液（CSF）结核分枝杆菌评估其临床意义。方法 应用荧光定量PCR技术检测45例CSF结核分枝杆菌并与抗酸杆菌染色。结核抗体酶联免疫吸附试验（结核抗体ELISA,简称酶联OT）进行比较。结果 荧光定量检测CSF结核杆菌的阳性率为11．1％,酶联OT为13．3％,抗酸杆菌染色为0％。结论 荧光定量PCR用于检测CSF结核分枝杆菌不具有灵敏度,阳性率低,对临床诊断结核性脑膜炎（简称结脑）无多少价值,不值得在临床上推广应用,必须寻找更有价值的诊断方法。     

实时荧光定量PCR技术及其应用

定量PCR的问世是继定性PCR(即常规PCR)后分子生物学方法学研究的一大飞跃,实现了对核酸信息量的分析比较,为疾病的诊断和治疗提供了更多、更有效的基因水平信息。本文介绍实时荧光定量PCR技术及其在兽医领域中的应用,包括近年来研究和应用较多的几种定量PCR技术。     

Real-time polymerase chain reaction-based exponential sample amplification for microarray gene expression profiling

Conventional approaches to target labeling for gene expression analysis using microarray technology typically require relatively large amounts of RNA, a serious limitation when the available sample is limited. Here we describe an alternative exponential sample amplification method by using quantitative real-time polymerase chain reaction (QRT-PCR) to follow the amplification and eliminate the overamplified cDNA which could distort the quantitative ratio of the starting mRNA population. Probes generated from nonamplified, PCR-amplified, and real-time-PCR-amplified cDNA samples were generated from lipopolysaccharide-treated and nontreated mouse macrophages and hybridized to mouse cDNA microarrays. Signals obtained from the three protocols were compared. Reproducibility and reliability of the methods were determined. The Pearson correlation coefficients for replica experiments were r=0.927 and r=0.687 for QRT-PCR-amplification and PCR-overamplification protocols, respectively. Chi2 test showed that overamplification resulted in major biases in expression ratios, while these alterations could be eliminated by following the cycling status with QRT-PCR. Our exponential sample amplification protocol preserves the original expression ratios and allows unbiased gene expression analysis from minute amounts of starting material.     

马铃薯卷叶病毒基因间隔区的克隆及序列分析

根据已报道的马铃薯卷叶病毒基因组序列．设计合成一对特异性引物,以马铃薯卷叶病毒中国分离株（ＰＬＲＶ－Ｃｈ）的ＲＮＡ为模板,反转录合成ｃＤＮＡ第一条链,经ＰＣＲ扩增后克隆于ｐＵＣ１９质粒中,进一步用ＰＣＲ鉴定、限制酶切分析和序列分析,结果表明：ＰＬＲＶ－Ｃｈ基因间隔区由１９７个核苷酸组成,与国外报道的荷兰ＰＬＲＶ－Ｎ加拿大ＰＬＲＶ－Ｃ,澳大利亚ＰＬＲＶ－Ａ,苏格兰ＰＬＲＶ－Ｓ各株系核苷酸序列具有很高的同源性,同源率依次为９９％、９８％、９３％、９８％。     

一株单粒包埋类型的红缘灯蛾NPV

发现一株新的ＡＩＮＰＶ,与已报道的明显不同。其多角体呈三角形,直径１．０～１．２４μｍ,单粒包埋型,每多角体内含５２～７８个大小为２９８～３７５×４１～５６ｕｍ的病毒粒子。核衣壳大小为２８０～３５８×３６～４５ｕｍ。该病毒株具较强毒力,以２×１０^６～２×１０^７ＰＩＢ／ｍｌ的浓度感染３龄幼虫,６ｄ死亡率达８４．２～９２％,ＬＣ_５０为１×１０^４ＰＩＢ／ｍｌ,浓度与死亡率的回归方程为ｙ＝３．２８＋０．４３ｘ。     

添加有扩增内标的沙门氏菌荧光定量PCR 检测体系的建立与评价

【目的】建立添加有扩增内标(IAC,Internal amplification control)的沙门氏菌EvaGreen荧光定量PCR检测体系,提高PCR检测可靠性。【方法】通过比较已有沙门氏菌属细菌的基因组序列,筛选沙门氏菌属特异检测靶点,设计特异引物;再用复合引物法构建扩增内标,优化参数,建立沙门氏菌内标PCR检测体系,利用特异性和灵敏度实验评价体系的检测性能。【结果】筛选得到的新特异靶点基因编码III型分泌系统蛋白(ssaQ)。针对该基因设计特异引物(SsaQ6),建立了添加有扩增内标的常规PCR和EvaGreen荧光定量PCR检测体系;二者对151株沙门氏菌和34株非沙门氏菌的检测符合率均达100%,对基因组DNA的检测下限达14.9拷贝/PCR和2.76拷贝/PCR;人工污染牛奶样品(初始染菌量:4-6 cfu/10 mL),増菌10 h和8 h后分别可检出沙门氏菌。【结论】本研究发掘的新靶点基因ssaQ特异性强,基于这一新靶点建立的添加有扩增内标的EvaGreen荧光定量PCR比常规内标PCR的检测限更低,重复性更好,快速方便,在12 h内即可得出检测结果,并且定量准确,有利于推进沙门氏菌PCR检测方法的标准化应用。     

应用两种基因组快速扩增方法进行病毒芯片杂交鉴定

为了摸索均衡的病毒基因组扩增方法,建立高通量的病毒检测基因芯片技术平台,本研究以甲病毒属的辛德比斯病毒作为检测模型,分别以随机PCR扩增法和MDA( Multiple Displacement Amplification)扩增法扩增病毒基因组,并以两种扩增产物作为模板,扩增辛德比斯病毒的特异基因片段以验证基因组扩增的均衡性;然后将两种基因组扩增产物标记荧光染料后与基因芯片进行杂交;结果表明从两种基因组扩增产物中正确扩增出了辛德比斯的特定基因片段,作为探针可与基因芯片上的靶标基因特异性结合;基因组扩增产物与基因芯片进行杂交,可成功检测到甲病毒属的特异性信号,充分说明随机PCR扩增法和MDA扩增法用于扩增病毒基因组均具有良好的均衡性,扩增产物可用于病毒性病原体的基因芯片检测。     

利用PCR方法从人染色体DNA中扩增G-CSF基因

利用PCR技术从染色体基因组DNA中扩增大DNA片段具有相当大的难度。本试验采用碱变性模板以及热启动等方法,成功地扩增出1.5kb的人基因组DNA,并讨论了影响扩增大DNA片段特异性和产量的因素。     

Nested real-time PCR for hepatitis A detection

Aims:  The hepatitis A virus (HAV) is one of the most important human foodborne pathogens causing a number of worldwide outbreaks each year. The detection of HAV in food samples remains a complex issue, because commonly used detection tools, such as conventional or even real-time PCR assays, are often unable to detect HAV with sufficient sensitivity. The aims of this study were to develop highly sensitive and specific nested real-time PCR (NRT-PCR)-based method for HAV detection in food and to compare it with currently available methods.
Methods and Results:  By combining conventional PCR, nested PCR and real-time PCR techniques, we have developed a specific NRT-PCR assay for the detection of HAV. The procedure involves two consecutive PCRs, the first of which is performed as a conventional RT-PCR using primers specific for HAV 5' noncoding region. The second reaction involves a real-time PCR using a nested primer pair specific for the first PCR product and a TaqMan probe.
Conclusions:  We have developed a novel NRT-PCR method capable of detecting as little as 0·2 PFU of HAV, which is significantly more sensitive than any other PCR technique tested in our system.
Significance and Impact of the Study:  NRT-PCR provides a potentially useful method for detecting HAV at extremely low levels, as frequently found in food samples, and can be potentially adopted as a regulatory method to ensure food safety.     

盐胁迫下甘菊叶片中BADH基因表达及甜菜碱含量的变化

利用实时荧光定量PCR(real-time PCR)和雷氏盐紫外分光光度计法分别测定了400mmol/L NaCl胁迫处理0,0.5h,2h,12h,1d,2d,4d,6d,8d,10d和12d,甘菊叶片中BADH基因表达和甜菜碱含量的变化,并讨论了二者间的相互作用关系。试验结果表明,在高盐胁迫下甘菊叶片中BADH基因和甜菜碱含量均呈现先上升后下降的趋势。在处理初期(0.5h和2h)BADH基因的表达量与对照相比略有下降,此后随处理时间的增加BADH基因表达持续增大,在胁迫处理6d时BADH基因表达量最大为对照的4.6倍,6d之后BADH基因表达量逐渐降低。甜菜碱含量在NaCl处理0.5h突然增大以应对胁迫反应,此后其含量出现了小幅的震荡上升,在胁迫处理4d时达到了最大值,此后随胁迫处理时间的增加甜菜碱含量逐渐降低。二者之间的变化并不是同步的,而是存在滞后性,分析认为甘菊叶片中BADH基因表达与甜菜碱积累间存在相互抑制的作用。