一种从大熊猫粪便中提取DNA的改进方法

本研究描述一个改进的方法,使从大熊猫粪便中提取DNA用于PCR扩增变得更加容易。在粪便DNA的提取过程中采用一个新的预处理方法,将粪便用预冷的丙酮洗2～3次,除去粪便中含有的大量PCR抑制物,然后用蛋白酶K裂解、酚氯仿抽提,能提取到纯度很高的DNA供PCR扩增。本实验PCR扩增了大熊猫脑源性神经营养因子(BDNF)基因和线粒体细胞色素6基因片段,并进行测序分析,证实了提取的可靠性。对比本方法和未经丙酮预处理的方法提取的DNA进行PCR扩增,前者的扩增结果明显优于后者。     

基于粪便DNA 的九龙山黑麂种群的遗传多样性

近年来,由于人类活动的干扰使黑麂的栖息地明显减少并呈斑块状分布。因此,深入了解该物种各地理分布种群的遗传现状是制定保护及管理策略的重要科学依据。本研究运用非损伤取样技术在浙江省九龙山国家级自然保护区的黑麂分布区共采集61 份粪便样品、2 份肌肉样品和2 份皮张样品,采用8 个特异微卫星位点对61 份粪便样品中提取的DNA 进行检测,肌肉和皮张样品DNA 的检测结果作为对照,分析了九龙山国家级自然保护区黑麂种群的遗传多样性。经多次重复提取和PCR 扩增后,发现61 份粪便样本中有38 份可被稳定扩增,且不同样本间的条带大小有较大差异,因此我们认为38 份粪便样本来源于38 只不同的黑麂个体。8 个微卫星位点共检测到50 个等位基因,平均等位基因数(A)为6 (5 ～ 8);平均有效等位基因数(Ne)为5. 297 (4.031 ～6.353);平均期望杂合度(He) 为0.817 (0.763 ～ 0.855);平均多态信息含量(PIC ) 为0. 775 (0.709 ～0.822)。8 个位点的平均个体识别率(DP)为0.931,累积个体识别率(CDP)为0.999 9。有1 个微卫星位点(BM1706)极显著地偏离了Hardy-Weinberg 平衡(P < 0.01)。以上结果显示该分布区黑麂种群具有较高的遗传多样性。     

黑麂食物组成及其季节变化

2002年12月至2003年11月在浙江省九龙山和古田山自然保护区,分季节采集黑麂 (Muntiacus crinifrons)粪便,采用粪便显微组织学分析方法为主,辅以野外观察,对其食性进行研究。结果表明 :黑麂食物包括29科43种(属)植物。食物中的植物类型包括乔木、灌木、藤本、非禾草类草本和禾草类草本五种类型;灌木是黑麂全年的主要食物,它在食物组成所占的比例为55.4%;三尖杉 (Cephalotaxus fortunei)、光叶菝葜(Smilax glabra)、矩圆叶鼠刺(Itea chinensis var. oblonga)、南五味子(Kadsura longipedunculata)和络石(Trachelospermum jasminoides)为黑麂四季都取食且在食物组成中所占比例较高的植物,分别为 17%、16.5%、9%、8.7%和 4.3%,是黑麂取食的主要食物。方差分析表明 :黑麂的主要食物及其主要种类都存在季节变化。夏秋季节,乔木植物在黑麂食物组成的比例低于冬春季节 ,而藤本植物和草本植物则相反,灌木植物变化较小;黑麂取食的五种主要食物中,其中三尖杉和光叶菝葜季节变化极显著,在冬季,三尖杉和光叶菝葜在食物组成比例中最高,达到 21.7%和 24 .3%;在夏季,它们在食物组成比例中下降到最低点,分别是 11.3%和 11.6%,但相对密度(RD)值仍保持最高序位 ;矩圆叶鼠刺和南五味子变化较平缓 ,基本变化趋势相同:冬春季节比例较高,夏秋季节比例有所下降;络石季节变化不明显;由于黑麂的食物组成中禾草类占的比例很小,说明黑麂更接近嫩食者     

麂属动物陈旧皮张标本的DNA提取及PCR扩增

本实验用改进的方法从保存于标本馆的动物皮张标本中提取ＤＮＡ,所得ＤＮＡ片段的分子量从１００ｂｐ到１ｋｂ以上。利用线粒体ＤＮＡ细胞色素ｂ通用引物和ＰＣＲ技术,从小麂、印度麂、贡山麂、费氏麂、黑麂ＤＮＡ中扩增出３０７ｂｐ的细胞色素ｂ特异片段。用２８种限制性内切酶对从新鲜血样和从陈旧皮张标本中所得扩增片段进行酶切分析,发现只有４个酶在这个片段上有切点,其中ＨａｅⅢ和ＨａｐⅡ的识别位点在各种麂中有所不同。     

粪便DNA分析技术在动物生态学中的应用

粪便DNA分析是一项新发展起来的从粪便中获取动物DNA并用于相关研究的技术,该技术有助于分子生态学研究中所遇到的取样难题。通过对粪便DNA分析的研究方法、研究内容以及研究进展情况的介绍,提供了该技术不仅能用于分子生态学的许多研究领域,而且还能够提供诸如种群数量估计、领域边界划定等生态生态学信息,这是对分子生态学的重要补充。     

不同DNA提取法对腺病毒和细小病毒PCR检测效果评估

分别利用硫氰酸胍(Guanidine thiocyanate,GuScN)抽提法、螯合树脂处理法和蛋白酶K-酚/氯仿抽提法从粪便样品中制备腺病毒DNA(dsDNA)或细小病毒DNA(ssDNA)然后进行PCR检测。结果显示硫氰酸胍抽提法、螯合树脂处理法能有效地去除粪便中影响PCR扩增的抑制物,提高PCR检测的敏感性,而传统蛋白酶K-酚/氯仿抽提法不能有效地去除PCR扩增的抑制物,影响PCR检测结果。在检测粪便中腺病毒时,硫氰酸胍、螯合树脂和蛋白酶-酚/氯仿抽提法分别允许检测5TCID_{50相似文献}   

一种鱼类DNA的非损伤检测方法

为了减少和改变对濒危野生鱼类的大量伤害性取样,本文探索了从非损伤性取样的鱼类体表粘液样品中提取鱼类基因组DNA的方法,并用常用的两种分子标记(Cyt b和D-Loop)检测了分离到的粘液DNA。结果表明,从非损伤性取样的鱼类粘液样品中能够分离到高质量的鱼类基因组DNA,可用于后续的研究工作。鱼类体表粘液的非损伤性取样及其DNA提取,为濒危野生鱼类遗传学研究提供了一种新的非损伤性DNA检测技术。     

东方白鹳粪便总DNA五种提取方法的比较

本研究比较东方白鹳(Ciconia boyciana)粪便总DNA的5种提取方法,旨在为后续物种性别鉴定和DNA条形码鉴定提供合适的方法.采用十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB法)、十二烷基磺酸钠裂解法(SDS法)、Tiangen试剂盒法、Qiagen试剂盒法和异硫氰酸胍法(GuSCN法)对取自天津动物园的东方白鹳新鲜粪...     

大熊猫和小熊猫粪便DNA提取的简易方法

采集了大熊猫和小熊猫的新鲜粪便样品 ,使用 1 0 0 %乙醇保存。通过重复离心富集研究动物的肠道脱落细胞 ,并使用乙醇和双蒸水洗涤以除去抑制物。用 1 %的SDS快速裂解细胞 ,离心除去残渣后 ,向裂解液中加入蛋白酶进行消化。消化结束后使用等体积的酚 /氯仿抽提 ,乙醇沉淀DNA。用双蒸水溶解粪便DNA后 ,使用PCR产物纯化试剂盒对粪便DNA进行纯化。电泳检测结果显示 ,从乙醇保存的大、小熊猫粪便样品中抽提到高质量的粪便DNA。对线粒体控制区、细胞色素b基因、 1 2SrRNA基因的PCR扩增反应以及测序结果也证实了样品保存方法和DNA抽提方法可靠而高效。此方法使用实验室内常用的分子生物学试剂 ,不仅克服了分子粪便学研究中常见的抑制物粪便DNA微量降解严重等障碍 ,与商业化的粪便抽提试剂盒 (QIAampDNAStoolMiniKit,Qiagen)相比还是一种经济的试验方法 (抽提反应成本为试剂盒的 1 / 5 )。文中还对粪便DNA内细菌基因组等背景DNA可能对分子粪便学试验结果的影响进行了探讨。在基于PCR技术的遗传学研究中 ,对于植食性动物而言 ,粪便内的背景DNA对目标动物DNA片断的扩增和序列测定未见影响 ;但对于肉食性动物 ,则必须考虑被捕食者基因组对试验可能产生的影响 ,应谨慎对待     

小麂、黑麂、赤麂精母细胞联会复合体的比较研究

本工作以界面铺张——硝酸银染色技术,对小麂(Muntiacus reeuesi)、黑麂(M.crinifrons)和赤麂(M.muntjak)的精母细胞联会复合体(Syna ptonemal complex,SC)进行亚显微结构的比较研究。结果表明: 1.SC的平均相对长度和臂比指数同有丝分裂细胞相应染色体的数值有很好的一致性。根据SC的相对长度和臂比指数绘制了三种麂的SC组型图。雄性黑麂减数分裂前期形成一个复杂的易位多价体,意味着其核型的演化过程涉及两次染色体易位和一次臂间倒位。 2.在减数分裂前期,性染色体的形态和行为同常染色体的有明显差异,如性染色体嗜银性较强,配对延迟等。XY的配对起始于早粗线期,在中粗线期,Y的全长均同X配对;XY-SC开始解体于晚粗线期。 3.在粗线期,X染色体未配对区域出现自身折叠,形成“发夹”状结构。这种“发夹”结构的形成,可能是在性染色体的进化过程中,X染色体通过不对称易位得到的重复片段在减数分裂前期同源配对的一种细胞学表现。     

黑麂(Muntiacus crinifrons)细胞系的建立及其细胞生长特性和细胞遗传学分析

黑麂是我国特有的动物,其染色体大而数少(2n=8♀,2n=9♂),并且有三对大小相近,形态相似的染色体(早性6条,♂性5条)(段幸生等,1984)。由于上述特点,它可能是研究染色体结构与功能,特别是着丝点结构与功能研究的好对象,亦是辐射生物学,遗传毒理学,细胞杂交等研究的好材料。我们所建立的黑麂(♀)胚胎肺组织成纤维二倍体细胞系命名为KIZ—8102。已对其部分生物学特性进行了研究。     

合肥野生动物园黑麂的繁殖资料

合肥野生动物园自1978年开始进行黑麂(Muntiacus crinifrons)的饲养和繁殖,1989年第一胎圈养条件下繁殖的黑麂出生,到2001年底累计繁殖黑麂51头,繁殖种群正处迅速增长期。13年的繁殖资料统计结果表明,圈养条件下育龄母麂平均每12个月产一胎(多数在11—13个月,少数仅6—9个月),孕期240d左右,哺乳期2—3个月,少数母麂可产后发情,但极少有两年三次产仔现象。值得注意的是圈养条件下黑麂多在9—11月交配,4—7月产仔(80．39％)。圈养条件下黑麂幼年的死亡率较低(7．84％),成年黑麂多死于消化道及呼吸道感染等疾病(56％)。     

The impact of time and field conditions on brown bear (<Emphasis Type="Italic">Ursus arctos</Emphasis>) faecal DNA amplification

To establish longevity of faecal DNA samples under varying summer field conditions, we collected 53 faeces from captive brown bears (Ursus arctos) on a restricted vegetation diet. Each faeces was divided, and one half was placed on a warm, dry field site while the other half was placed on a cool, wet field site on Moscow Mountain, Idaho, USA. Temperature, relative humidity, and dew point data were collected on each site, and faeces were sampled for DNA extraction at <1, 3, 6, 14, 30, 45, and 60 days. Faecal DNA sample viability was assessed by attempting PCR amplification of a mitochondrial DNA (mtDNA) locus (∼150 bp) and a nuclear DNA (nDNA) microsatellite locus (180–200 bp). Time in the field, temperature, and dew point impacted mtDNA and nDNA amplification success with the greatest drop in success rates occurring between 1 and 3 days. In addition, genotyping errors significantly increased over time at both field sites. Based on these results, we recommend collecting samples at frequent transect intervals and focusing sampling efforts during drier portions of the year when possible.     

用DNA重组法表达丙肝病毒部分NS_4-NS_5基因

用ＤＮＡ重组法表达丙肝病毒部分ＮＳ_４－ＮＳ_５基因祁自柏,谷金莲,李河民（中国药品生物制品检定所,北京１０００５０）丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）是一种ＲＮＡ病毒,为研究其复制机理,制备检测丙肝抗体的诊断试剂,需大量纯化的各种丙肝病毒蛋白,我们在国内首次用Ｄ...     

江西武夷山发现黑麂

黑麂自1885年由Sclater定名以来,其分布区信息主要来自20世纪30～80年代,且局限于安徽省的东部和南部,浙江省的西部和南部以及与安徽、浙江交界的江西省玉山、婺源、浮梁和福建省浦城等四十几个县域(Allen,1940;Sheng and Lu,1980;盛和林和吴天荣,1981;盛和林和陆厚基,1982;夏武平,1988;张荣祖,1997),最近一次的黑麂新分布地报道为1980年在武夷山脉东坡的福建坳头地区采得一只雄性黑麂(郑秀芸和唐兆清,1981).     

双裂解法提取血清HBV DNA技术的建立

为进行ＰＣＲ实验建立了一种两步裂解血清ＨＢＶ提取其ＤＮＡ的方法。该法首先用ＳＤＳ及蛋白酶消化裂解病毒,随后再进行碱裂解,操作较酚提取法大为简化,而ＰＣＲ实验进行的两法的灵敏性比较,说明双裂解法至少不低于酚法。