山羊草属S基因组与小麦属B／G基因组RAPD标记和特异DNA片段克隆及研究

本研究利用132个随机引物,对山羊草属和小麦属11个种的DNA进行扩增。对其中特异RAPD扩增产物进行克隆,然后用其做探针与小麦族23个种属DNA的RAPD扩增产物进行Southern杂交。共得到24个特异克隆：其中小麦族共有特异克隆1个,山羊草属和小麦属共有特异克隆2个,S基因组特异克隆2类7个,B／G基因组特异克隆2类6个,S基因组与B／G基因组共有的特异克隆8个。24个特异克隆中有22个测定了序列,其中15个为Fasta数据库里显示未见报导的序列。用这24个特异DNA克隆制成的探针与相应的23个材料经HindⅢ酶切消化的总DNA进行Southern杂交,发现其中7个可做为基因组特异探针。通过对24个特异DNA克隆分析研究表明：①S基因组是由两个基本不同的类型构成的,即拟斯卑尔脱山羊草为一个类型,其余4个S组山羊草为另一类型;因此建议前基因型符号仍保留为“S”,而其余4个种之间无明显不同,故应把基因组符号统一为“S^1”②S基因组是小麦B／G基因组的供体,而拟斯卑尔脱山羊草可能是最主要的供体,但并不排除其余S基因组的种参与了B／G基因组形成的可能;研究还表明B基因组与S基因组还是有很大区别的,并已找到了B基因组的特异标记。     

水稻线粒体DNA中与雄性不育有关特异片段的克隆及序列分析

该项研究利用RAPD技术,对野败型,矮败型和BT型细胞质雄性不育系,保持系,基因组DNA进行PCR扩增,分离到6条不育系特有的扩增片段,并对野败型,矮败型不育系共有的片段进行了Southern分析,DNA序列分析和SCAR验证,该片段全长1879bp,包含6个开放阅读框架和8对重复序列,BLAST分析表明,该片段部分区域与Elytrigia elongata,小麦线粒体tRNA-Asp基因上游一段序列同源,并对该片段在线粒体DNA中的可能位置等进行了讨论。     

DNA片段的高效克隆

用Taq酶进行PCR扩增时,其PCR产物的3末端有一个附加的A碱基。因此,目前在克隆PCR产物时一般使用T－VCctor。但T—Vector的价格比较昂贵,而使用本试剂盒也可在短时间内使PCR产物与平滑末端载体进行高效连接。PCR产物与平滑末端的载体连接时,有必要除去3廉端的附加碱基,并使其5末端磷酸化。使用TaKaRaBKLKit（BllllltillgKillstiollLigstiollKit）可使这一连串的反应在短时间内完成。PCR产物的末端平滑化与磷酸化反应在一个反应体系内同时进行,一次反应后便可得到能够用于连接的DNA片段。用于连接反应的PCR产物无需进…     

南四湖泥鳅和大鳞副泥鳅随机扩增多态DNA分析初报

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对南四湖的泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）和大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）进行了初步分析。共用10个10bp的OPG组寡核苷酸片段作为引物,筛选出结果好的5个引物,从泥鳅4个体基因组DNA中扩增出142个片段,共有片段12个,特有片段5个;从大鳞副泥鳅3个体基因组DNA中扩增出101个片段,共有片段18个,特有片段5个,在总扩增出的243个片段中,共有片段仅4个。所有扩增片段大小介于0.2-3kb之间。用PoPGen32软件计算出个体间的遗传距离,依此进行UPGMA聚类得到的分子系统树与形态分类学的结果一致,这7个体被聚成2大类,正对应着形态学的2个种：泥鳅和大鳞副泥鳅。     

一种随机引物联合多特异性DNA片段检测结核分支杆菌的新方法

目的:针对目前结核性疾病实验室诊断的局限性,探索一种更为敏感和特异的结核分枝杆菌DNA检测新方法。方法:选取10株江苏地区流行的结核分支杆菌(MTB)菌株,选取临床其他常见菌株及分枝杆菌菌株作为对照组,分别提取DNA作为随机引物的模板。参考国内、外文献设计12条随机引物,并分别对MTB及对照菌株进行单个引物随机扩增,2%的琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行分离并切胶纯化,通过TA克隆将纯化片段连接到质粒pEASYTM-T5 Zero并进行测序,通过BLAST-nr比对验证是否为MTB DNA片段。按照所确定的MTB片段序列,在其内部设计、合成一对特异性引物。用此特异性引物扩增对应的随机引物扩增产物,获得MTB特异性条带图谱。并将该方法检测的敏感性和特异性与临床上常用的real-time PCR进行比较。结果:经BLAST-nr比对,随机引物IS986F,S535及IS986R扩增的条带与MTB DNA有高度同源性(均为99%)。随机引物IS986F、S535和IS986R分别联合其特异性引物可以检测稀释105倍、105倍和103倍的MTB DNA,其特异性分别为100%、90%和80%。常规real-time PCR可检测出稀释104倍的MTB DNA。结论:随机引物IS986F联合其特异性引物检测结核分枝杆菌的灵敏度和特异性优于S535、IS986R两组,特异性为100%,且灵敏度优于常规real-time PCR法。     

简便实用的琼脂糖凝胶回收DNA片段方法

介绍一种简便实用的DNA片段回收方法,与以前所报道的DEAE-纤维素膜电泳法、透析袋电洗脱法、低融点琼脂糖凝胶法、凝胶冻融法等相比,所需器材简单、操作简便、回收率高、成本低。回收的DNA片段在进一步克隆和测序中表现出较好的效果,是一种适合于科研和教学的实验方法。     

扩增未知序列DNA片段的PCR技术研究进展

1985年,Mullis等人发明了PCR技术,短短十余年间,这一技术得到迅速发展和应用,已由扩增已知基因发展到扩增未知基因,本文旨在介绍利用PCR技术扩增未知序列DNA片段的最新进展及这些技术在基因克隆研究中的应用。     

核苷氢磷酸法固相合成DNA片段研究

继亚磷酰胺法之后,国外近年来又推出了用氢磷酸法合成DNA和RNA片段的方法。提出氢酸磷法比亚磷酰胺法具有更简便、高效和实用性好的特点。 我们用自己制备的氢磷酸核苷活性单体,以长链烷氨基多孔玻珠(CPG)为载体,用自     

武昌獾蛛种群内遗传变异的分子检测与分析

采用外生殖器结构特征和RAPD分析相结合的方法,从2个层次研究分析了武昌獾蛛Trochosa wuchangensis自然种群的种内遗传差异性.2种方法的结果一致表明武昌獾蛛的自然种群内存在变异,即使同一地理种群的武昌獾蛛也有多种变异类型,且该种内变异并不完全是因分布地域不同而产生的.用这2种手段在对其雌性成体进行研究时发现可明显分为3大类型,以武昌獾蛛外生殖器结构为鉴定依据,这3大类型分别为:(1)两垂兜间合抱部分梨形,长≤宽;纳精囊远端分叶时内叶稍短于外叶.(2)两垂兜间合抱部分梨形,长>宽;内叶明显短于外叶.(3)两垂兜间合抱部分窄长,长>宽;外叶明显细.用武昌獾蛛雌性成体的外生殖器结构特征为依据划分的这3种类型与依据其RAPD谱带特征所进行的类型划分基本一致.对1型和2型内个体间的遗传相似度进行方差分析表明,2型内个体间不存在显著差异,但1型内个体间存在显著差异(P<0.05).研究还表明性别不同的武昌獾蛛成体的RAPD谱带也有差异,用随机引物S92扩增的253 bp的片段为雄性武昌獾蛛的种的特异性片段.不同生长发育期的武昌獾蛛也存在种内遗传差异,引物S82和S266对不同生长发育期的武昌獾蛛样本的RAPD扩增中就显示其相互间存在不一致的谱带特征.经统计分析发现成熟个体的谱带类型稳定,变化较小;未成熟个体的谱带类型不稳定,差异较大.     

二、三元杂交半番鸭的遗传多样性RAPD分析研究

采用RAPD技术分析二元杂交和三元杂交半番鸭之间的基因组DNA的遗传多样性。从3组的60个随机引物中筛选出3个引物K16、K18、P11。3个引物中,共扩增出209条带,分子量约在300～3000bp之间,8个样品共有的条带数只有9条,占4.3%,反映了品种间的遗传变异。根据扩增得到的RAPD图谱计算了不同样品间的遗传距离（D）和遗传相似系数,并用非加权配对算术平均法（UPGMA）进行聚类分析,绘制它们的分子进化树。结果表明,湛江地区内利用杂种优势生产的半番鸭,二元杂交与三元杂交品种之间及同种类雌雄个体间均存在一定程度的差异,遗传变异较高,遗传多样性较丰富,为番鸭的遗传育种奠定了一定的基础。     

外来入侵植物加拿大一枝黄花居群间遗传差异分析

采用三种不同的方法提取外来入侵植物加拿大一枝黄花总DNA,并应用RAPD技术分析了浙沪地区4个加拿大一枝黄花居群间的遗传分化。结果表明:(1)2×CTAB法提取的DNA具有较好的完整性,能较好地去除蛋白质、酚类和多糖杂质,是比较适合加拿大一枝黄花总DNA提取的方法;(2)加拿大一枝黄花的遗传多态性非常高, 13个引物在4个居群中共检测到102条扩增片段,多态带84条,多态率达到82.35%;特有带41条,占40.20%。居群之间的多态性分别是上海嘉定(73.13%) > 嘉兴乍浦(68.97%) > 杭州(68.42%) > 金华(57.14%);(3)13个引物检测的平均纯合度(J)为0.38,平均杂合度(H)为0.62;(4)Ne i基因相似系数、聚类分析和主成分分析表明,加拿大一枝黄花不同居群间的遗传差异程度较大,居群间的遗传分化与地理位置存在对应关系;(5)加拿大一枝黄花的入侵居群的适应性进化与杂草特性紧密相关。     

藓类植物RAPD反应体系的建立

本实验针对RAPD 反应体系中Taq 聚合酶、dNTP 、模板和引物等影响较大的因素, 设计了一组4 因素4 水平的正交试验。根据试验结果, 筛选出了藓类植物RAPD 反应体系中这4 个因素的最佳浓度配比, 并在此基础上从100 个随机引物中筛选出了30 条显示藓类植物遗传差异的多态性引物。     

黄曲条跳甲种群分化的RAPD分析

采用RAPD方法,对福建省19个不同菜区黄曲条跳甲地理种群的分化进行了研究。结果表明：相同种群采用相同引物进行扩增的重复性较好,不同种群采用相同引物进行扩增的差异性较高;19个不同菜区的黄曲条跳甲主要分为4个类群：闽东南沿海地区类群、闽西北地区类群、泉州类群和东山岛类群,黄曲条跳甲不同地理种群的遗传距离与地理距离有关。东山岛和泉州2个特异性类群的出现,说明地形、蔬菜种植以及农药使用等人为因子会影响其地理种群的分化。     

中国蝮属蛇类的RAPD分析

用ＲＡＰＤ技术研究了我国５种蝮属蛇类（中介蝮,蛇岛蝮,短尾蝮,高原蝮,乌苏里蝮）的系统发生关系,研究中使用了３３个蝮蛇标本和２个草原蝰标本,用１１个引物对样品分别作ＲＡＰＤ扩增,获得７２个扩增片段。     

RAPD技术应用于紫杉醇产生菌的分类鉴定

紫杉醇是一种用于癌症治疗的特效药物,微生物发酵法是生产紫杉醇的有效方法,采用RAPD技术对4株紫杉醇产生菌的遗传差异进行分析,重新从分子水平对其进行了进一步的分类鉴定;并将为下一步的基因工程育种工作中的基因定位和分子克隆提供丰富可靠的分子标记。     

棕色棉和绿色棉遗传多样性的比较研究

选用240条随机引物,从中筛选出6条对棕色棉新彩1、新彩2和绿色棉新彩3、新彩4及47个彩色棉品种间杂种作了RAPD多态性分析,并在棕色棉、绿色棉和棕绿彩棉3个水平进行聚类和相似性分析。结果表明,棕色棉之间、绿色棉之间及棕绿彩棉之间的遗传距离和相似性差异不显著,它反映了棕、绿彩棉之间的遗传基础比较狭窄,遗传多样性水平相当。可能是因为共同的基础种质资源、相同的育种目标及相近的育种方法造成此结果。Abstract:Genetic diversity analysis of brown cotton Xincai 1 and Xincai 2 and green cotton Xincai 3 and Xincai 4 and other 47 color cottons was conducted by the random amplified polymorphism DNA (RAPD) techniques,using 6 random primers.Cluster and similarity analysis of these cottons showed that the differences in genetic relationship and similarity among the brown cottons,green cottons and brown-green cottons are not remarkable.The results also reflect that the genetic bases of the brown and green cottons are narrow,and they are at the same genetic diversity level.These results are probably due to the same basic germplasms,the same breeding aims and the similar breeding approaches.     

RAPD分子标记在园艺植物遗传学研究中的应用

1971年Khorana等提出多聚链式反应 (PolymeraseChainRe action ,PCR)的基本概念之后 ,1985年Saiki等阐述了具体原理和作法 ,并在 1988年从细菌中发现了热稳定性的TaqDNA聚合酶 ,从而实现了PCR反应的自动化。在PCR技术的基础上 ,Williams等[1 ] 1990年采用随机核苷酸序列为引物扩增基因组DNA的随机片段 ,产生了一种新的分子标记———随机扩增多态性DNA (RandomAmplifiedPolymorphicDNA) ,简称RAPD ,即以一个寡聚核苷酸序列 (通常为 10碱基 )为引物 ,对基因组DNA随机扩增 ,从而得到多态性图谱作为遗传标记的方法。同年Welsh…     

九叶青花椒遗传多样性的形态与分子鉴定

以九叶青花椒为研究材料,以花椒和竹叶花椒为研究对照,采用Anderson设计的\"杂种指数\"、\"形象化散点图\"等形态鉴定方法,结合RAPD分子标记技术及聚类分析等手段,从表观形态到分子水平对其遗传多样性来源、现状进行了分析和研究.结果表明:(1)九叶青花椒是花椒和竹叶花椒长期渗入杂交,经多年的世代积累形成的具有复杂遗传多样性的杂交复合体.(2)在九叶青花椒杂交复合体形成过程中,竹叶花椒对其遗传多样性的贡献大于花椒.(3)九叶青花椒已具有相对独立且稳定的形态特征,形成了不同于花椒及竹叶花椒的分类群,将其定义为变种是科学可行的.研究结果为该资源的开发与利用提供了理论与实践依据.