恒河猴主要组织相容性复合体（MHC）的多态性研究概述

恒河猴是应用最广泛的非人灵长类实验动物,其MHC基因是一个庞大的与免疫功能密切相关的基因群（也称为Mamu基因）,在进化过程形成了Mamu基因不同的存在状态,使得不同个体的Mamu基因在数量和功能上有所差异,同时有些个体还产生了特异性的MHC基因,它的多态性和免疫反应的复杂性相对应。因此,恒河猴MHC多态性的研究,有助于生物科学的发展及指导以恒河猴为动物模型的各种实验。本文主要阐述了恒河猴Mamu基因的结构和功能,以及部分MHC等位基因与疾病的关系,并简要描述了中国恒河猴特异性的MHC基因。     

中国圈养食蟹猴TrimCyp基因频率

TRIM 5α在绝大部分的旧大陆猴中扮演抗逆转录病毒的角色,能够限制HIV-1的活性。TRIMCyp融合基因是继TRIM 5α后的另一个抗HIV-1因子研究热点。旧大陆猴的TRIMCyp融合基因是由CypA假基因cDNA序列以逆转录转座的方式插入至TRIM5基因的3’非翻译区形成,而且TRIMCyp融合基因在不同灵长类动物中具有地域、基因频率、基因型以及抗逆转病毒效应的差异。虽然食蟹猴TRIMCyp基因的频率在东南亚几个国家或地区已经被初步调查,但是,中国大陆食蟹猴养殖场的TRIMCyp基因频率还没有明确阐明。该研究对中国5个省11个养殖场共1594个食蟹猴(Macaca fascicularis)繁殖种群随机样本的TRIMCyp基因频率进行了筛查研究,发现各场频率略有差异,从7.65%～19.79%不等,显著低于已报道的菲律宾、马来西亚和印度尼西亚来源食蟹猴的TRIMCyp基因频率(34.85%~100%)。该原因可能是由于后者是建立于1978年的封闭群。对带有TRIMCyp融合基因的个体CypA测序发现带有NE单倍型的食蟹猴个体很少,NE单倍型频率(4.93%)显著低于东南亚三个国家食蟹猴的NE单倍型频率(11.1%～14.3%)纯合子。该研究为进一步开展食蟹猴HIV-1动物模型和发病机制提供了基础信息。     

甘肃裕固族HLA—DRB1基因多态性及其族源分析

目的：研究甘肃裕固族HLA—DRB1基因的多态性,探讨裕固族的起源、迁徙及其与其他民族的关系。方法：应用PCR-SSP基因分型技术,对54例裕固族个体进行了HLA-DRB1位点的基因分型并进行相应等位基因频率的比较。结果：甘肃裕固族HLA-DRB1位点共检出了14种等位基因,其中高频基因为DR5（0、2115）,DR4（0、1346）和DR7（0．1250）,低频的等住基因为DR14（0．0096）和DR13（0．0192）;裕固族人HLA-DRB1座位等位基因总的分布格局与蒙古族最接近,与云南黎族则相差较远。结论：对裕固族和我国各地人群的HLA-DRB1频率进行了聚类分析,极为相似的HLA-DRB1背景提示裕固族和蒙古族之间密切的遗传关系。     

云南地区恒河猴线粒体DNA控制区遗传多态性研究

目的从分子水平探讨云南地区恒河猴遗传多样性,为今后开展恒河猴遗传资源的保护及合理利用提供借鉴和背景资料。方法采用PCR直接测序法测定云南地区恒河猴96份样品的线粒体DNA控制区全序列,用Mege 4.0和DNA SP软件对变异位点数、简约信息位点数、单倍型、单倍型多样度、核苷酸多样度等遗传信息进行分析,基于邻接法（neighbor-joining,NJ）和最小进化法（minimum-evolution,ME）构建系统发生树。结果在96份样品中,共检测出了149个多态性位点,定义了46种单倍型,单倍型多样度（Hd）为0.968±0.007,核苷酸多样度（Pi）为0.020。结论云南地区恒河猴存在着较丰富的遗传多态性。     

河西绒山羊DRB3基因外显子2多态性分析

研究采用PCR-SSCP方法检测1 046只河西绒山羊DRB3基因第2外显子的多态性,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因,分析各等位基因间的遗传关系和进化意义。结果表明,河西绒山羊DRB3基因第2外显子表现了18个等位基因(LG001-LG018)控制的31个基因型,LG005为优势等位基因,LG005*005为优势基因型,18个单倍型序列分析发现44个核苷酸多态位点、29个氨基酸多态位点;与GenBank下载序列比对分析结果表明,16个DRB3的等位基因是本研究首次发现;DRB3基因遗传多态指数中,观察杂合度为0.269 6,多态信息含量为0.869 9,有效等位基因数为1.369 1;经χ2适合性检验,该群体偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);18个DRB3基因外显子2的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势。研究认为河西绒山羊DRB3基因第2外显子具有丰富的遗传多态性;河西绒山羊DRB3基因最初由2个等位基因突变分化成两大类等位基因。     

猪MSTN基因多态性及其SNPs的研究

双臀基因 (MSTN)在发育和成熟的骨骼肌中特异表达 ,并对肌肉具有负调控作用。采用PCR SSCP技术研究猪MSTN基因的第 2外显子和第 3外显子区域的DNA多态性。结果发现在两个外显子中均存在PCR SSCP多态性 ,在大白猪中 ,第 2外显子的多态性表现出 3种基因型 (CC、CT和TT) ;第 3外显子的多态性表现出两种基因型(AG和GG)。与猪生产性状进行相关性分析发现 :第 2外显子的多态性与生产性状基本无相关 ,第 3外显子的多态性与猪的背膘厚呈显著性相关 (P <0 0 5 ) ,与瘦肉率相关不显著 (P >0 0 5 )。对具DNA多态性的片段测序分析发现 :位于MSTN基因cDNA序列第 4 80处 (第 2外显子 )发生了单碱基的改变 (G→T)和第 10 0 8处 (第 3外显子 )发生单碱基的改变 (A→G) ,两处碱基的改变均没有导致氨基酸的变化 ,但第 10 0 8处碱基的改变 ,产生了ApaⅠ限制性内切酶位点 ,并建立了以ApaⅠ酶切位点的PCR RFLP分子标记技术     

四川彝族和新疆维族HLA-B位点基因多态性分析

应用PCR-SSP(Polymerase Chain Reaction-Sequence Specific Primer) 方法对无亲缘关系的106位四川彝族样品和110位新疆维族样品进行HLA-B基因分型。在彝族样品中共检出20个等位基因,其中高频率的等位基因为B*40（0.2028）、B*15（0.1604）、B*51(0.1274),低频率的等位基因为B*47 (0.0189)、B*27(0.0142)、B*44(0.0142)、B*18(0.0094)和B*78(0.0047)。在维族样品中共检出27个等位基因,其中高频率的等位基因为B*35 (0.1136)和B*51（0.1136）,低频率的等位基因为B*41（0.0045）、B*56（0.0045）和B*78（0.0091）。经χ2检验,两个民族群体的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。经遗传分析,四川彝族群体HLA-B基因座杂合度(H)、个体识别率(DP)和非父排除率(EP)分别为0.8977、0.9661和0.8009;维族群体的H、DP和EP分别为0.9372、0.9857和0.8732。本研究获得了四川彝族和新疆维族HL A-B基因座基因频率数据,为临床器官移植配型、人类学、法医学及疾病关联性研究提供了重要的群体遗传学资料。     

陕北白绒山羊DRB1基因多态性与球虫病的相关性分析

本研究旨在探讨陕北白绒山羊MHC (主要组织相容性复合体)基因与疾病抗性的关系,通过对98只陕北白绒山羊DRB1基因外显子2多态性与球虫病的相关性研究,共获得17条等位基因和29种基因型,其中10条等位基因是首次发现。生物信息学分析表明DRB1位点具有高度多态性,且不同等位基因预测的蛋白质结构存在明显差异,说明这种基因可能通过抗原呈递分子结构的改变影响宿主对病原体的免疫应答。相关性分析发现DRB1*16等位基因频率与球虫感染强度呈显著负相关(p0.05),提示该等位基因可能与相关抗原呈递及抗性的产生有关。本次对陕北白绒山羊DRB1基因多态性及其与球虫病的相关性分析有助于筛选疾病抗性和易感性相关基因,进而可加速绒山羊抗病品系的培育进程。     

中国人eNOS基因VNTR多态性的基因型与等位基因频率

一氧化氮合酶（nitric oxide synthase,NOS）催化L－精氨酸的氧化反应生成L－瓜氨酸和一氧化氮（nitric oxide,NO）。NO可通过cGMP依赖的信号传导途径介导平滑肌细胞舒张,是调节血管张力的重要信使分子。NO尚可抑制血小板凝集,对血栓形成起重要调节作用。目前在哺乳动物中已发现细胞来源、表达方式和活性调节不同的3种NOS同工酶,分别为神经元型NOS（neuronal NOS,nNOS）、诱导型NOS（inducible NOS,iNOS）和内皮细胞型NOS(endothelial NOS,eNOS）。人的eNOS基因位于第7号染色体长臂（7q36）,全长约21kb,含有26个外显子和25个内含子。eNOS基因存在多个与心脑血管疾病相关的基因多态性位点。其中位于第4内含子的一个以27bp为核心的数目可变性串联重复序列（variable number of tandem repeat,VNTR）多态性位点,已被证实与原发性高血压、心肌梗死和静脉血栓形成有关。目前在我国尚缺乏NOS基因多态性在正常人群中基因型及等位基因频率分布的统计资料。为此,我们从316名健康中国人的基因组DNA检测了eNOS基因第4内含子VNTR多态性的基因型和等位基因,鉴定出重复6次、5次和4次的3种等位基因,以及6／5杂合、5／5纯合、5／4杂合和4／4纯合的4种基因型。同时我们将正常中国人eNOS基因VNTR多态性的基因型和等位基因频率与其他种族的相关资料进行了统计对比。结果表明,中国人eNOS基因VNTR的各种基因型和等位基因频率与日本人相似,4／4纯合基因型频率与高加索人差异显著,各种基因型和等位基因频率与非裔美国人均存在显著差异。     

HLA－DRB1基因位点多态性的PCR－RFLP分析

设计并建立一套适合国内应用的改良ＰＣＲ－ＲＦＬＲ方法,分５组特异性扩增ＤＮＡ样品,随后进行酶切定型分析,准确检测了编码ＤＲ抗原特异性的ＨＬＡ－ＤＲＢ１基因位点的多态性,该法采用分组扩增,不发生与其它ＤＲＢ位点等位基因的交叉扩增,不仅适合纯合子的区分而且可以清楚准确地检测杂合子样品,已报道过的ＤＲＢ１位点编码的特异性组合都可以通过这个方法得到准确分析。所使用的Ⅱ类限制性内切酶均价格便宜、易购。     

Frequency of the major histocompatibility complex Mamu-A*01 allele in a closed breeding colony of rhesus monkey (Macaca mulatta) from Brazil

Background  Rhesus monkeys are relevant models for human diseases. The simian immunodeficiency virus (SIV) infection is an useful macaque model for assessing human immunodeficiency virus (HIV) vaccine strategies. Susceptibility and resistance to viruses have been associated with particular major histocompatibility complex (MHC) molecules. Several epitopes in the HIV structural and non-structural protein restricted by distinct MHC class I haplotypes are important targets for human cytotoxic T lymphocytes, which mediate protection against SIVmac infection. Mamu-A*01 , for example, is a MHC class I molecule of rhesus monkeys that presents a peptide from SIV gag protein.
Methods  Our study determined the frequency of Mamu-A*01 in a closed colony of rhesus monkeys from Brazil by polymerase chain reaction.
Results  A high frequency of the allele was found in the study colony.
Conclusion  This colony provides a significant source of A*01 -positive animals to investigators.     

用PCR-SSP方法检测中国恒河猴Mamu-DRB*W101和Mamu-DRB*W201基因

利用序列特异引物聚合酶链反应(polymerase chain reactionsequence-specific primers,PCR-SSP)方法扩增中国恒河猴的主要组织相容性复合体II类基因Mamu-DRB*W101、-DRB*W201,初步了解中国恒河猴中Mamu-DRB*W101、-DRB*W201基因的阳性率。采集中国恒河猴静脉血,用DNA提取试剂盒提取全血DNA,分别用Mamu-DRB*W101、-DRB*W201特异引物PCR扩增Mamu-DRB*W101、-DRB*W201基因的第二外显子区域,并对扩增出的阳性条带进行测序,与已知序列对比验证序列是否正确。共检测了来自136只中国恒河猴的样本,PCR检测出Mamu-DRB*W101阳性个体10只,Mamu-DRB*W201阳性个体也是10只,其阳性个体所占比率均为7.35%。测序结果表明,PCR扩增产物的核苷酸序列与基因库中的序列完全一致。本研究表明中国恒河猴中存在Mamu-DRB*W101、-DRB*W201基因阳性个体,为中国恒河猴在AIDS研究中的应用及进一步分析中国恒河猴MHC II类基因提供了基础。     

恒河猴与食蟹猴微卫星DNA多态性的比较分析

目的分析恒河猴和食蟹猴群体间的遗传多样性,确立一种对恒河猴和食蟹猴种群个体的遗传鉴别方法。方法利用聚合酶链反应（PCR）扩增技术采用15个多态性微卫星DNA位点对50只恒河猴和50只食蟹猴个体进行了DNA多态性的分析,对比两群体间等位基因数目差异。结果筛选的15个具有显著多态性的微卫星DNA位点对恒河猴和食蟹猴种群可以进行DNA多态性分析,其等位基因数目均在7个以上,且两群体间有11个位点的等位基因数存在一定的差异。结论利用这些多态性微卫星DNA位点建立一种有效鉴别恒河猴和食蟹猴种群遗传背景的方法具有一定的可行性。     

Population Study of Frequency of Methylenetetrahydrofolate Reductase C677T Gene Polymorphism in Yakutia

The enzyme methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) catalyzes synthesis of 5-methylenehydrofolate, which is the methyl donor for the conversion of homocysteine to methionine. According to the numerous literature data, polymorphic variant of the MTHFR-encoding gene, C677T, is associated with hyperhomocysteinemia, vascular pathologies, neural tube defects, dementia, perinatal mortality, mental disorders, long-term neurodegenerative disorders, lens displacement, arachnodactyly, and venous thromboses. The present study was focused on the analysis of the C677T polymorphism (missence mutation leading to the replacement of cytosine by thymine at position 677) of the MTHFR gene in three indigenous populations of the Republic of Sakha (Yakutia), living in the settlements of Cheriktei, Byadi, and Dyupsya. Comparison of the genotype and allele frequencies revealed no substantial differences between the three Yakut populations, as well as between Yakuts and other Mongoloid ethnic groups.     

Polymorphism and signature of selection in the MHC class I genes of the three-spined stickleback Gasterosteus aculeatus

The role and intensity of positive selection maintaining the polymorphism of major histocompatibility complex (MHC) class I genes in the three-spined stickleback Gasterosteus aculeatus was investigated. The highly polymorphic set of MHC class I genes found was organized in a single linkage group. Between 5 and 14 sequence variants per individual were identified by single-stranded conformation polymorphism (SSCP) analysis. Segregation analysis studied in 10 three-spined stickleback families followed the expected pattern of Mendelian inheritance. The gamete fusion in three-spined stickleback thus seems to be random with respect to the MHC class I genes. The DNA sequence analyses showed that the expressed MHC class I loci are under strong selection pressure, possibly mediated by parasites. Codons that were revealed to be under positive selection are potentially important in antigen binding. MHC class I sequences did not form significant supported clusters within a phylogenetic tree. Analogous to MHC class II genes, it was not possible to assign the class I sequences to a specific locus, suggesting that the class I genes may have been generated by recent gene duplication.     

鸡PPAR基因单核苷酸多态与脂肪性状相关的研究

以AA肉鸡和 3个中国地方鸡品种 (石岐杂、北京油鸡、白耳鸡 )为实验材料 ,用 7对引物对PPAR α基因整个编码区用PCR SSCP方法进行了扫描 ,结果发现引物 4扩增片段上有一个C T的单碱基突变 ,使鸡群中表现出 3种基因型 (AA、AB、BB)。统计结果发现 3种基因型在各品种中的分布不一致 ,AA肉鸡同中国地方鸡品种差异很大 ,χ2 独立性检验差异极显著 (P <0 0 1)。将AA肉鸡 3种基因型同腹脂等屠体性状进行方差分析 ,结果表明BB基因型与其他 2种基因型相比有较高的腹脂重和腹脂率 ,同AA型比较差异显著 (P <0 0 5 )。因此推测PPAR α基因可能是影响鸡脂肪代谢的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁 ,并且能够用于对鸡脂肪性状进行分子标记辅助选择。     

Polymorphism in the rhesus macaque (Macaca mulatta) NRAMP1 gene: lack of an allelic association to tuberculosis susceptibility

Although previous tuberculosis (TB) research has suggested that underlying genetic factors influence a host's response and ability to survive Mycobacterium infection, only recently has a gene been identified, the 'natural resistance-associated macrophage protein 1' (NRAMP1) gene, which provides a degree of natural resistance to infection by some Mycobacterium species. To date, however, the role that NRAMP1 may play in resistance to Mycobacterium infection has only been examined in mouse and man. Here, we present data generated at NRAMP1 among a group of rhesus macaques (Macaca mulatta) that were euthanized because of an outbreak of Mycobacterium tuberculosis during quarantine. Data were also generated on unrelated (and healthy) rhesus macaques in order to better determine the frequency and degree of genetic polymorphism within Macaca at the NRAMP1 locus. These data represent the first study designed to examine the role that NRAMP1 may play in TB susceptibility among rhesus macaques.     

生长激素基因多态性与山羊体重性状的关系

以鲁北白山羊、波尔山羊以及波尔山羊与鲁北白山羊的杂交一代、回交一代共计224只山羊为材料,根据山羊生长激素基因5′调控区的序列(GenBank登录号:D00476)设计两对引物,用PCRSSCP法进行多态性分析。多态性片段的纯合基因型经克隆测序,发现共有5处突变。对突变位点产生的不同基因型与体重、体尺性状进行分析表明:第一对引物扩增片段波尔山羊AA型个体的初生重、周岁重显著高于BB型和AB型(P<0.05);杂交一代中断奶重、周岁重也以AA型偏高,但不同基因型间的差异均不显著(P>0.05);而鲁北白山羊BB基因型的体重相对于另外两种基因型的偏低,且断奶重的差异达到显著水平(P<0.05)。第二对引物扩增片段不同基因型对体重、体尺没有显著影响。由此初步推断生长激素基因可能是影响山羊体重性状的主基因或与主基因相连锁,可以用该位点对山羊体重性状进行标记辅助选择。