CREB5在大肠癌转移中的调控机制

大肠癌转移过程中所涉及的细胞信号调控网络非常复杂, 寻找调控网络中的关键调控点对阐明大肠癌转移机制以及寻找药物治疗靶点均具有重要意义。研究表明, CREB5 (cAMP responsive element binding protein 5)可能为大肠癌转移相关信号调控网络中的关键基因。文章基于大肠癌表达谱数据, 根据CREB5基因表达值的大小对大肠癌的相关分子事件进行了富集分析, 发现这些分子事件与肿瘤转移密切相关。根据CREB5能够和c-Jun结合成为异二聚体的特点, 联合分析转录因子AP-1结合位点的富集情况, 筛选出在CREB5基因高表达组中表达上调、具有AP-1结合位点、且属于癌症通路的基因16个, 这些基因所构成的分子网络与细胞迁移功能类相关度最高。细胞迁移功能类主要由5个基因——CSF1R、MMP9、PDGFRB、FIGF和IL6所构成, 因此CREB5可能是通过调控这5个关键基因进而促进大肠癌的转移。     

大肠癌患者生存相关基因的筛选与网络调控分析

本研究筛选了与大肠癌患者生存期相关的关键基因,以探索这些基因所参与的信号调控网络.在前期研究中,通过对大肠癌相关表达谱数据GSE17538使用显著性分析软件SAM3.01对大肠癌患者生存期相关的基因进行筛选,得到了与大肠癌患者生存期相关的基因235个.对这235个基因进行以下筛选和分析:首先对235个基因进行转录因子结合位点富集分析,筛选含有转录因子结合位点数目大于7个的基因,再将这些基因与大肠癌上调基因集取交集,最后将筛选出的基因进行生存分析及网络调控分析,明确这些基因与大肠癌患者生存期的关系及在大肠癌细胞信号调控网络中所参与的信号网络.通过上述分析筛选出的与大肠癌患者生存期相关,受转录因子调控较多,且在大肠癌中表达上调的基因有6个,分别为STX2,PODXL,KLK6,GRB10,EHBP1和CREB5.这些基因所参与的信号调控网络与大肠癌转移相关信号通路相关.大肠癌患者生存期与大肠癌转移密切相关,生存期相关的6个基因通过调控大肠癌转移相关信号通路影响患者的生存期.     

大肠癌转移相关分子标签的筛选

目的:筛选与转移相关的大肠癌分子标签.方法:本文通过对大肠癌表达谱数据进行分析,按照表达谱中大肠癌转移情况,组织学分化程度以及患者生存时间进行显著性分析,将与大肠癌转移相关的具有显著性意义的基因群进行聚类,通过主成分分析以及自组织映射的方法计算出差异表达基因中,起着主体分类作用的基因群.结果:筛选出与肿瘤组织分化程度以及患者生存时间相关的差异表达基因,进行功能富集,并筛选出了一批与大肠癌转移密切相关的重要基因,这些基因对大肠癌早期诊断,及时治疗,预后评估有着重要意义.结论:细胞代谢,趋化因子信号通路和细胞因子受体等分子事件与大肠癌分化程度密切相关,是否发生转移与大肠癌的预后生存期密切相关.     

用生物信息学方法寻找肝癌特异性表达基因转录调控模式

为了对肝癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)的分子发病机理进行研究,首先对肝癌基因表达谱数据用t-检验算法进行了分析,找到了肝癌中特异性表达基因(characteristicgenes).然后把这些基因结合已知的肝HNF家族转录因子染色质免疫共沉淀结合DNA启动子芯片(ChIP-chip)实验数据用SAEM算法进行分析,得到了肝癌特异性表达基因的转录调控关系,并寻找到了多个HNF家族转录因子调控单基因的转录调控模式.结果表明HNF家族转录因子对大量具有重要功能的肝癌特异性表达基因进行了转录调控,并且多个HNF家族转录因子调控单基因可以形成前馈环和多输入调控等模式.     

Twist对小鼠乳腺癌细胞基因表达谱的调控研究

摘要 Twist是一个bHLH（basic Helix-loop-Helix）类型的转录因子,近年来研究发现,Twist在乳腺癌中的表达显著升高,并能促进乳腺癌的转移。为了探索Twist促进乳腺癌转移的分子机制,本文采用RNA干扰技术在小鼠乳腺癌细胞株4T1中沉默Twist的表达,通过全基因组基因芯片技术检测了Twist沉默前后4T1细胞基因表达谱的差异性。体内实验结果证明Twist表达被沉默后4T1细胞的肺转移能力明显被抑制。芯片结果表明：表达差异显著的基因有167条,其中与肿瘤相关的基因有26条,包括15条上调基因和11条下调基因。这些基因中可能存在能被Twist调控并与肿瘤转移相关的基因,为以后研究Twist影响乳腺癌转移的分子机制提供了帮助。     

微RNA通过调节上皮间质转化影响肿瘤转移

肿瘤细胞向远处转移受多因素调控, 涉及多个基因, 需要经历一系列连续的、可选择的级联事件。上皮间质转化(Epithelial-mesenchymal transition, EMT)是肿瘤细胞转移中的关键步骤, 但肿瘤发生 EMT的机制至今尚不完全明确。微RNA (MicroRNA, miRNA)是一类内源性、非编码小分子RNA, 可在转录后水平负调控EMT相关基因的表达, 在肿瘤转移中发挥重要作用。文章主要就EMT与肿瘤转移的关系、影响EMT的转录因子, 以及miRNA通过靶向EMT相关的转录因子影响肿瘤转移等方面进行了综述。     

植物转录因子与DNA互作研究技术

转录通过调控下游基因的时空特异性表达影响植物生长发育。在转录调控机制的解析过程中,转录因子与DNA的相互作用是关键的一环。近年来,研究者利用酵母单杂交(Y1H)和凝胶阻滞迁移率实验(EMSA)检测转录因子能否直接结合DNA;而瞬时表达技术则是一种检测转录因子对下游基因调控作用的便捷方式。该文对Y1H、EMSA和瞬时表达技术的原理、实验方法和相关注意事项进行详细阐述,以期为转录因子与DNA的互作研究提供参考方法。     

植物转录因子与DNA互作研究技术

转录通过调控下游基因的时空特异性表达影响植物生长发育。在转录调控机制的解析过程中, 转录因子与DNA的相互作用是关键的一环。近年来, 研究者利用酵母单杂交(Y1H)和凝胶阻滞迁移率实验(EMSA)检测转录因子能否直接结合DNA; 而瞬时表达技术则是一种检测转录因子对下游基因调控作用的便捷方式。该文对Y1H、EMSA和瞬时表达技术的原理、实验方法和相关注意事项进行详细阐述, 以期为转录因子与DNA的互作研究提供参考方法。     

RNA干扰在肿瘤基因研究中的应用进展

RNA干扰是真核生物基因转录后水平的一种表达调控机制,它通过内源性或外源性的ds RNA介导细胞内靶标m RNA发生特异性降解或翻译抑制,从分子水平影响靶标基因的表达。该技术不仅广泛用于肿瘤基因结构与功能的探索研究,也为肿瘤基因靶向特异性治疗提供了新的技术手段。本文就RNA干扰的原理和特点,合成方法,以及目前RNA干扰在肿瘤基因研究中的应用方法及情况进行综述。     

KiSS-1基因产物Kisspeptins对肿瘤转移的影响

KiSS-1基因是从人黑色素瘤细胞中分离出的一种肿瘤转移抑制基因,能够编码多种蛋白质。研究表明,KiSS-1基因产物kisspeptins在肿瘤发生、转移、生殖系统功能的调节中发挥重要作用。KiSS-1基因作为肿瘤转移抑制基因,其表达受到极为精细的调控,并通过NF-κB介导的方式参与了对基质金属蛋白酶的转录调节,并抑制趋化因子受体CXCR4介导的信号通路,进而影响肿瘤细胞的转移能力。近年来,kisspeptins的功能及作用机制备受关注,它们可作为评价肿瘤恶性进程及预后的标志分子,并有望成为肿瘤治疗的新靶点。