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相似文献
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1.
应用RT-PCR方法扩增到了我国1995~2004年20株IBV现地分离株的膜蛋白(Membrane,M)基因片段.序列测定表明,20株IBV分离株M基因开放阅读框由672~681bp组成,编码由223~226个氨基酸残基组成的多肽.与我国分离株LX4相比,M基因推导氨基酸序列的变异主要发生在2~17位、221~223位,其中4~6位存在氨基酸的插入和缺失,导致IBV毒株间M蛋白糖基化位点的差异.与GenBank中34株IBV参考毒株M蛋白基因推导氨基酸序列进行比较和分析,系统进化关系显示54株IBV毒株分属于5个进化群.我国IBV分离株M基因在进化关系上较为独立,主要分布在第Ⅱ群和第Ⅳ群,其中第Ⅱ群分离株和中国台湾毒株进化关系密切.此外,参考IBV国内分离株S1基因及N基因系统发育进化树的研究结果,并与M基因进行比较,表明我国IBV也存在着基因重组现象,尤其是疫苗毒和流行毒之间的重组.  相似文献   

2.
对2000-2004年从中国9个省市分离到的13株IBV的核蛋白基因片段进行序列测定及分析的结果表明,13株IBV分离株核蛋白基因均含有一个长1230bp的ORF,但存在基因突变现象。与GenBank中的42株参考毒株核蛋白基因序列进行比较和分析,系统进化关系显示55株IBV毒株分属于9个群。第Ⅰ-Ⅲ群主要包括美国、日本、荷兰等国家以及中国的部分IBV分离株和疫苗株。其中本研究中的CK/CH/LHN/00I可能为一株分离的疫苗毒,CK/CH/LSD/03I、CK/CH/LDL/01I可能为重组毒。而中国近十年来分离的IBV毒株主要分布在第Ⅵ-Ⅷ群中,此3群内IBV毒株之间N蛋白推导氨基酸同源性为88.3%~100%,与其他各群之间同源性为62.3%~95.1%。因此,此基因型的IBV毒株可能在中国已有较长时期的存在且发生了较大程度的变异。其中第Ⅵ群中两株韩国分离株与中国IBV分离株具有较近的亲缘关系。以上结果表明,中国大多数IBV分离株在N基因进化关系上较为独立,与国外毒株相比,和韩国毒株进化关系密切。此外,中国IBV毒株基因重组现象更加普遍,尤其是疫苗毒和野毒之间的重组。  相似文献   

3.
对2000-2004年从中国9个省市分离到的13株IBV的核蛋白基因片段进行序列测定及分析的结果表明,13株IBV分离株核蛋白基因均含有一个长1230bp的ORF,但存在基因突变现象.与GenBank中的42株参考毒株核蛋白基因序列进行比较和分析,系统进化关系显示55株IBV毒株分属于9个群.第Ⅰ-Ⅲ群主要包括美国、日本、荷兰等国家以及中国的部分IBV分离株和疫苗株.其中本研究中的CK/CH/LHN/00I可能为一株分离的疫苗毒,CK/CH/LSD/03I、CK/CH/LDL/01I可能为重组毒.而中国近十年来分离的IBV毒株主要分布在第Ⅵ-Ⅷ群中,此3群内IBV毒株之间N蛋白推导氨基酸同源性为88.3%~100%,与其他各群之间同源性为62.3%~95.1%.因此,此基因型的IBV毒株可能在中国已有较长时期的存在且发生了较大程度的变异.其中第Ⅵ群中两株韩国分离株与中国IBV分离株具有较近的亲缘关系.以上结果表明,中国大多数IBV分离株在N基因进化关系上较为独立,与国外毒株相比,和韩国毒株进化关系密切.此外,中国IBV毒株基因重组现象更加普遍,尤其是疫苗毒和野毒之间的重组.  相似文献   

4.
广西不同时期IBV分离株S1基因高变区Ⅰ的遗传变异分析   总被引:8,自引:0,他引:8  
对广西1985~2007年间分离到的22株传染性支气管炎病毒(IBV)的S1基因高变区Ⅰ(HVR Ⅰ)进行序列测定,并与发表的其他IBV参考株及鸽子分离的冠状病毒株的基因序列进行比较和分析.系统进化关系显示毒株可分为5个基因群,其中有16个广西分离株属第Ⅰ群,它们与鸽子冠状病毒分离株的氨基酸序列同源性较高,与Massachusetts(Mass)型疫苗株的同源性较低.有15个分离株在33~34位和34~35之间分别有4个和3个氨基酸残基的插入,GX-NN6在33~34位和34~35位之间则均有4个氨基酸残基的插入;GX-YL1、GX-NN2与常用的Mass型疫苗株的亲缘关系最近,同属于第Ⅱ群;GX-G、GX-XD与日本同一时期分离的毒株JP Miyazaki 89亲缘关系最近,属于第Ⅲ群;GX-YL6、GX-NN7与欧洲毒株4/91亲缘关系较近,属于第V群.结果表明广西存在着多种类型IBV毒株的流行,毒株S1基因HVR Ⅰ碱基的突变或插入比较普遍,可导致其氨基酸序列的变化,绝大部分毒株与目前常用的Mass型疫苗株的亲缘关系较低.同一时期的分离株同源性较高,但无明显的地域性差异.  相似文献   

5.
广西不同时期IBV分离株S1基因高变区Ⅰ的遗传变异分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
对广西1985-2007年间分离到的22株传染性支气管炎病毒(IBV)的S1基因高变区I(HVRI)进行序列测定,并与发表的其他IBV参考株及鸽子分离的冠状病毒株的基因序列进行比较和分析。系统进化关系显示毒株可分为5个基因群,其中有16个广西分离株属第1群,它们与鸽子冠状病毒分离株的氨基酸序列同源性较高,与Massachusetts(Mass)型疫苗株的同源性较低。有15个分离株在33-34位和34~35之间分别有4个和3个氨基酸残基的插入,GX-NN6在33~34位和34~35位之间则均有4个氨基酸残基的插入;GX-YL1、GX-NN2与常用的Mass型疫苗株的亲缘关系最近,同属于第Ⅱ群;GX-G、GX-XD与日本同一时期分离的毒株JP Miyazaki 89亲缘关系最近,属于第Ⅲ群;GX-YL6、GX-NN7与欧洲毒株4/91亲缘关系较近,属于第V群。结果表明广西存在着多种类型IBV毒株的流行,毒株S1基因HVRI碱基的突变或插入比较普遍,可导致其氨基酸序列的变化,绝大部分毒株与目前常用的Mass型疫苗株的亲缘关系较低。同一时期的分离株同源性较高,但无明显的地域性差异。  相似文献   

6.
鸡传染性支气管炎病毒中国分离株LX4纤突蛋白基因分子特征   总被引:13,自引:0,他引:13  
应用RT-PCR方法分别扩增了中国地方分离株IBV LX4 S1和S2基因并进行了基因的克隆和序列测定.结果发现,LX4 S基因由3495个核苷酸组成,编码一条1164个氨基酸残基组成的多肽.S基因编码产物裂解后形成的S1和S2亚单位分别由539和625个氨基酸残基组成.LX4 S基因推导氨基酸切割识别位点序列为HRRRR,与A2、SD/97/02和Z株相同,而与其它国内外参考毒株不同.与国内外10株已报道的具有全S基因序列的IBV参考毒株比较,LX4与国内分离毒株SD/97/02的核苷酸和氨基酸同源性最高.与32株国内外参考毒株的S1基因进化树分析比较表明,LX4与A2、SD/97/02、Z、TJ/96/02、JX/99/01和SAIBWJ等7个国内分离株在同一亚群内.在该亚群内,LX4与A2和SD/97/02亲缘关系更近,且三者在高变区和抗原表位均具有高度的同源性,而与本亚群内其它参考毒株对应的高变区和抗原表位同源性差异较大.LX4与H120 S1基因编码氨基酸的同源性虽然高于其它国外参考毒株,但同源性仍然较低,为75%.与参考毒株比较,LX4 S2基因的点突变造成其推导的氨基酸序列有11个位点发生改变,这些突变可能影响S2与S1蛋白之间的相互作用,从而影响S蛋白与特异性抗体的结合.  相似文献   

7.
将本室鸡传染性支气管炎病毒(IBV)江苏省地方分离肾型毒株JS/95/03接种鸡胚,分离、纯化病毒,提取单股RNA做为反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)的扩增模板。用Genbank公开序列多重比较后设计一对引物,使用单管RT-PCR方法,物异扩增IBV核蛋白(N)基因5'端854bp的片段,扩增产物纯化后测,序列分析表明,IBV N基因也存在较大变异,此毒株与呼吸型疫苗株M41序列同源性最高。  相似文献   

8.
将本室鸡传染性支气管炎病毒(IBV)江苏省地方分离肾型毒株JS/95/03接种鸡胚,分离、纯化病毒,提取单股RNA做为反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)的扩增模板。用Genbank公开序列多重比较后设计一对引物,使用单管RT-PCR方法,特异扩增IBV核蛋白(N)基因5'端854 bp的片段。扩增产物纯化后测序,序列分析表明,IBVN基因也存在较大变异,此毒株与呼吸型疫苗株M41序列同源性最高。  相似文献   

9.
鸡传染性支气管炎病毒LX4株mRNA5和mRNA6 cDNA的分子特征   总被引:3,自引:1,他引:2  
《中国病毒学》2003,18(3):265-270
  相似文献   

10.
11.
Natural isolates of Burkholderia pseudomallei (Bp), the causative agent of melioidosis, can exhibit significant ecological flexibility that is likely reflective of a dynamic genome. Using whole-genome Bp microarrays, we examined patterns of gene presence and absence across 94 South East Asian strains isolated from a variety of clinical, environmental, or animal sources. 86% of the Bp K96243 reference genome was common to all the strains representing the Bp "core genome", comprising genes largely involved in essential functions (eg amino acid metabolism, protein translation). In contrast, 14% of the K96243 genome was variably present across the isolates. This Bp accessory genome encompassed multiple genomic islands (GIs), paralogous genes, and insertions/deletions, including three distinct lipopolysaccharide (LPS)-related gene clusters. Strikingly, strains recovered from cases of human melioidosis clustered on a tree based on accessory gene content, and were significantly more likely to harbor certain GIs compared to animal and environmental isolates. Consistent with the inference that the GIs may contribute to pathogenesis, experimental mutation of BPSS2053, a GI gene, reduced microbial adherence to human epithelial cells. Our results suggest that the Bp accessory genome is likely to play an important role in microbial adaptation and virulence.  相似文献   

12.
【目的】传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)主要引起鸡群呼吸道与肾脏疾病,是影响养禽业重要的病毒性病原之一。了解我国IBV的流行及基因重组情况。【方法】收集GenBank中我国2002?2016年间分离的92株IBV S1基因及55株IBV基因组序列,并对这些序列进行比对分析。【结果】IBV S1基因序列分析结果表明,2002?2016年间我国流行的92株IBV可以分为13个基因型,包括QX、4/91、Mass、tl/CH/LDT3/03、CK/CH/LSC/99I、TW-I、TW-II、TC07-2、Ck/CH/LDL/97I、N1/62-associated、Arkansas、New-I及一个新鉴定的基因分支New-II。值得注意的是,属于美国相关基因分支的ck/CH/LSD/110712已在我国出现。RDP4方法进行重组分析显示,新出现的基因分支New-II病毒S1基因来源于tl/CH/LDT3/03型与QX型毒株重组,我国2002?2016年间流行的55株IBV中有52株IBV基因组存在重组事件,其中25个IBV分离株基因组中发现有疫苗型(Mass,tl/CH/LDT3/03及4/91型等)病毒基因组片段的重组,这一结果在SimPlot分析中进一步得到确认。【结论】根据生物信息学分析结果,证明流行于我国的IBV基因型众多,疫苗毒株基因频繁参与了IBV基因重组,导致IBV新的基因型或变异株出现,提示在防控IB时要注意合理使用IBV疫苗。  相似文献   

13.
急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)是目前人类最常见的眼病之一,柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CV-A24v)是近年来报道引起该病的主要病原体。本研究选取10株来自江西省2010年AHC暴发疫情的CV-A24v,采用特异性引物扩增并测定其全基因组序列。对该10条CV-A24v的全基因组序列进行系统发育分析以及重组分析,计算本研究测定的江西10条以及GenBank中所有22条CV-A24v的全基因组序列的氨基酸置换熵值,并预测其正向选择位点。结果表明,在江西10条CV-A24v基因组序列中未检测到重组。基于全基因组序列构建的最大似然树表明江西10株CV-A24v属于GIV基因型,且分处于两条传播链。对上述32条CV-A24v序列的氨基酸置换熵值计算,共得到25个易突变位点(熵值>0.6),易突变概率最高的区段为2A区。基于Datamonkey中FUBAR和FEL模型分析,发现位于结构蛋白VP2区的234位氨基酸为两种模型共同获得的CV-A24v的正向选择位点。本研究分析了江西10株CV-A24v的全基因组序列特征,为CV-A24v引起的AHC防控工作提供了基础资料。  相似文献   

14.
对IBV肾型毒株JS/95 /0 3和呼吸型毒株SD/97/0 1的S1全基因进行了扩增、克隆和序列测定 ,将两毒株的S1基因序列与 10个参考毒株进行了比较。结果表明 ,JS/95 /0 3和SD/97/0 1分别与M41和H12 0株亲缘关系最近 ,它们可能是疫苗毒株的变异株。JS/95 /0 3和SD/97/0 1间的亲缘关系也较近 ,两者S1蛋白中只有 2 4个氨基酸的差异 ,其中有 15个位于前 130个氨基酸中 ,第 116位氨基酸可能与毒株的致病性有关。对两毒株S1蛋白的二级结构进行了预测和比较 ,结果发现 ,一个或极少数氨基酸的差异即可导致S1蛋白二级结构和抗原性的改变  相似文献   

15.
2020年4月中国阻断湖北省武汉市新冠肺炎疫情传播后,中国国内报道了多起由境外输入导致的本土聚集性新冠肺炎疫情。为分析引起聚集性疫情的输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组特征,本研究对2020年4-11月份十起输入相关本土疫情首例病例的SARS-CoV-2全基因组基因特征进行分析,系统阐述了相关SARS-CoV-2的全基因组和氨基酸变异特征。结果显示,与武汉参考株相比,十起本土聚集性疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸突变中位数为10个(8个-26个),氨基酸突变的中位数为6个(4个-16个),且刺突(spike,S)蛋白只有D614G一个氨基酸发生突变。除分支位点外,10条SARS-CoV-2全基因组序列的65个核苷酸突变位点以及35个氨基酸突变仅出现1-2次,呈现随机性。全基因组分析表明,这十起本土疫情的首例病例基因组按照中国分型法可划分为4个型,按照Pangolin分型法可划分为7个型,与我国2020年1-3月份武汉流行的毒株属于不同基因型,不是本土SARS-CoV-2的持续传播。与2020年9-12月英国和南非变异株属于不同基因型,无相关性。本文系统分析了2020年由输入病毒导致的十起本土疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸与氨基酸变异特征,为我国新冠防控策略的制定以及后续新冠疫情的溯源提供了参考依据。  相似文献   

16.
Mycoplasma synoviae is a major avian pathogen that synthesizes hemagglutinin VlhA, an abundant immunodominant surface lipoprotein. In most M. synoviae strains, the VlhA protein cleaves into the N-terminal part, a lipoprotein MSPB, and a C-terminal part MSPA, which mediates binding to erythrocytes. VlhA is encoded by the vlhA gene of which the 5'-end is present in the genome as a single copy, which does not change its sequence during recombination of the vlhA gene with pseudogenes. In this study, sequence analyses of the 5'-end vlhA sequences of 30 M. synoviae isolates revealed a highly polymorphic region encoding the proline-rich repeats (PRR) in the N-terminal part of MSPB. Pathogenic strain K1968 had an insertion encoding sequence DNPQNPN in PRR, whereas strains F10-2AS, K2581, K3344 and five strains belonging to two related clusters of strains isolated recently from chickens in Slovenia lacked one PRR repeat of 19 amino acids. The predicted length variations correlated well with the lengths of the corresponding MSPB proteins detected in immunoblots with specific antibodies. Comparison of the 5'-end vlhA sequences of 30 M. synoviae strains showed 11 different types of vlhA sequences indicating that the analysis of this vlhA part is useful for strain differentiation. Distinct sequence motifs seem to be characteristic for vlhA genes of individual M. synoviae strains or clusters of strains and can be used as markers for tracing their spreading between poultry farms.  相似文献   

17.
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