首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到19条相似文献,搜索用时 187 毫秒
1.
小麦抗白粉病侵染初期的表达序列标签分析   总被引:19,自引:2,他引:17  
以抗白粉病品系“百农 32 17×Mardler” BC5F4为材料 ,构建了一个白粉病菌接种初期的抑制消减杂交cDNA文库 ,测序获得 76 0条ESTs。与GenBank序列进行BLASTx分析 ,获功能已知ESTs 2 71条。通过分析抗病相关基因 ,推测G蛋白介导的信号传导途径、SA信号传递系统、MAP相关信号传递系统等参与了小麦抗白粉病过程。SAR基因在抗病相关ESTs中的种类与数量最多。数据显示苯丙烷代谢途径、细胞壁结构修饰作用、细胞保卫机制参与了抗病过程。未知功能ESTs与GenBank序列进行BLASTn分析 ,其中许多与病原菌、非病原菌诱导cDNA文库来源的ESTs同源 ;新ESTs占全部ESTs的 16 6 %。  相似文献   

2.
目的:对4个消减cDNA文库中筛选到的特异基因片段进行功能分析,为筛选津田芜菁和赤丸芜菁花青素合成的特异基因和代谢途径奠定基础。方法:以不同处理的津田芜菁和赤丸芜菁块根为材料,采用抑制削减杂交构建4个消减cDNA文库并富集特异基因群体,同时对消减文库的特异基因片段进行初步的生物信息学分析。结果:通过功能聚类、代谢途径分析和基因注释等手段分析了消减cDNA文库的特异基因片段。结论:对消减文库特异基因片段的功能分析,为进一步分离和鉴定依光型和非依光型花青素合成相关基因奠定了基础。  相似文献   

3.
应用生物信息学方法,构建了一套针对cDNA或EST文库的高通量、自动化分析体系,CLASP(cDNA Library Analysis SystemPrimary)。CLASP基于Linux操作系统,主要由Perl程序构成。它以cDNA文库(ESTs)序列为分析对象,具有自动查找序列同源基因并进行染色体定位(包括细胞遗传学定位和SIS定位)、EST自动延伸等功能;并对不同来源序列进行聚类分析。应用该体系对3对肺癌相关抑制性消减杂交(SSH)cDNA文库进行了分析。结果在所有3对文库的2083条EST中有1492条找到了同源基因,其中1365条得到染色体定位。对所余591条未知基因的EST进行了电子延伸,其中有214条EST得到不同程度的延伸。对上述cDNA文库中已知基因的EST以及电子延伸后的EST再分别进行聚类分析,而后综合两个聚类分析的结果,由此可发现不同文库间的共同与差异表达基因,可用于特定性状相关的基因功能预测。  相似文献   

4.
cDNA文库的构建和简便、快速的筛选是获得全长基因的重要途径,基于PCR的筛库方法具有快捷、灵敏的特点。研究改进了基于PCR的噬菌体cDNA文库筛选方法,用液体分装的方法,替代了文库筛选的关键步骤——涂板分区,省去了噬菌体文库铺平板、浸染、培养、划块洗脱的操作过程,使筛库的工作量减少,进一步提高了筛选速度和获得阳性克隆的效率。  相似文献   

5.
白粉病菌诱导的小麦表达序列标签(EST)研究(英)   总被引:1,自引:0,他引:1  
白粉病是我国小麦的主要病害之一。尝试用表达序列标签 (expressedsequencetags,EST)技术 ,研究了经白粉病菌诱导后的小麦基因表达。从构建的普通cDNA文库中随机挑取约 15 0 0个阳性克隆并进行测序 ,获不重复ESTs序列 387条。不重复序列均获GenBank的存储号。其中 4 9.4 %的序列与已知基因同源 ,196条序列功能未知 ,84条序列为新ESTs。将不重复序列制备成高密度点阵膜 ,用差示杂交法筛选到几个抗病相关序列。  相似文献   

6.
白粉病是我国小麦的主要病害之一.尝试用表达序列标签(expressed sequence tags, EST)技术,研究了经白粉病菌诱导后的小麦基因表达.从构建的普通cDNA文库中随机挑取约1 500个阳性克隆并进行测序, 获不重复ESTs序列387条.不重复序列均获GenBank的存储号.其中49.4%的序列与已知基因同源,196条序列功能未知, 84条序列为新ESTs.将不重复序列制备成高密度点阵膜,用差示杂交法筛选到几个抗病相关序列.  相似文献   

7.
白粉病是我国小麦的主要病害之一,尝试用表达序列标签(expressed sequence tage,EST)技术,研究了经白粉病菌诱导后的小麦基因表达。从构建的普通cDNA库中随机挑取约1500个阳性克隆并进行测序,获不重复ESTs序列387条,不重复序列均获GenBank的存储号,其中49.4%的序列与已知基因同源,196条序列功能未知,84条序列为新ESTs。将不重复序列制备成高密度点阵膜,用差示杂交法筛选到几个抗病相关序列。  相似文献   

8.
以盐碱地原位取材的星星草根为材料,利用SMART技术构建了cDNA文库。扩增后文库的滴度为1.747×109CFU/mL,插入片段分布在0.5-2 kb之间,重组率为92%。文库ESTs序列的初步分析表明,从盐碱地星星草根的cDNA文库中筛选到耐盐相关基因S-腺苷甲硫氨酸合成酶2基因和钙牵蛋白基因的EST片段。该文库可用于进一步从中筛选星星草耐盐基因。盐碱地星星草根cDNA文库的构建为揭示星星草耐盐分子机制、挖掘星星草耐盐基因、培养耐盐植物奠定了重要基础。  相似文献   

9.
徐明旭  周虹 《生物技术》1993,3(4):22-25
本文以Uni-ZAP XR为载体,成功地建立了人肺腺癌高、低转移细胞系的cDNA文库。文中同时也探讨了总RNA的提取和mRNA的分离,cDNA的第一条链及第二条链的合成及克隆到载体等在建立cDNA文库过程中,几个关键性的问题。该项工作的完成,为下一步在这两株细胞系cDNA之间进行消减式杂交,筛选转移相关基因奠定了坚实基础。  相似文献   

10.
cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具.从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达.由于cDNA文库在基因分离和克隆中具有重要作用,因此其应用也日益广泛.简要介绍自cDNA文库创建以来,发展起来的各类文库及其构建cDNA文库的方法.作者重点阐述了弓形虫、利什曼原虫、阴道毛滴虫、疟原虫等原虫cDNA文库的构建及其应用.  相似文献   

11.
To identify genes involved in the susceptibility to powdery mildew in wheat, genechip hybridization experiments were performed applying interactions between resistant and susceptible wheat cultivars and powdery mildew. Ten genes were found to express exclusively in the susceptible host after inoculation. The single cell transient expression experiments revealed that the RNA interference (RNAi) of two expressed sequence tag (EST) sequences (accession No. BQ168479 and CA648596) could enhance host resistance by 22 and 15 %, respectively. Full-length cDNA cloning revealed that they represented long non-coding RNAs (lncRNAs) and markedly accumulated during the powdery mildew primary infection.  相似文献   

12.
该研究以泸定百合(Lilium sargentiae Wilson)为材料,构建其组培苗经百合尖孢镰刀菌侵染后的叶片SSH文库,从中筛选镰刀菌枯萎病抗病相关基因。从正向SSH文库中随机挑取300个单克隆测序后得到280条ESTs,进行功能比对分析后,除去未知功能、沉冗蛋白以及无同源序列,得到有功能的ESTs共168条,其功能涉及信号传导、蛋白质合成与代谢、抗病与防御、物质与能量代谢、转录相关等多种途径,其中有31条ESTs与抗病防御相关。从抗病防御相关基因中选取8条ESTs:过氧化氢酶、ATP结合盒转运蛋白(ABC transporter)、Kunitz型胰蛋白酶抑制剂4(Kunitz trypsin inhibitor 4)、丝氨酸乙醛酸氨基转移酶、多聚泛素、脂氧合酶I(Lipoxygenase I)、丝氨酸/苏安酸蛋白激酶(Serine/Threonine-protein kinase)、抗坏血酸过氧化物酶(Arabidopsis thaliana),通过RTPCR对其表达情况进行分析,发现经镰刀菌诱导后均为上调表达,推测它们可能参与了泸定百合镰刀菌枯萎病的抗病反应途径。  相似文献   

13.
小麦幼苗期水分胁迫所诱导基因表达谱的初步分析   总被引:24,自引:0,他引:24  
利用抑制差减杂交(Suppression Subtractive Hybridization,SSH)和高密度点阵膜技术研究小麦2叶幼苗期水分胁迫诱导表达基因。通过筛选具有1530个克隆的SSH文库,获得181个阳性克隆。序列同源性比较和功能查询结果发现,83.2%的水分胁迫诱导表达基因分别与不同逆境胁迫条件下表达的基因具有较高的同源性,这些基因在生物体内的功能都是直接或间接对细胞遭受逆境胁迫起保护作用。其中17个EST未找到同源性较高的匹配序列,已经在GenBank注册。用反向Northern、RT-PCR和Northern进一步检验所获得的功能已知EST,初步建立了小麦幼苗期水分胁迫诱导的基因表达谱。  相似文献   

14.
Totipotent cDNA libraries representative of all the potentially expressed sequences in a genome would be of great benefit to gene expression studies. Here, we report on an innovative method for creating such a library for durum wheat (Triticum turgidum L. var. durum) and its application for gene discovery. The use of suitable quantities of 5-azacytidine during the germination phase induced the demethylation of total DNA, and the resulting seedlings potentially express all of the genes present in the genome. A new wheat microarray consisting of 4925 unigenes was developed from the totipotent cDNA library and used to screen for genes that may contribute to differences in the disease resistance of two near-isogenic lines, the durum wheat cultivar Latino and the line 5BIL-42, which are respectively susceptible and resistant to powdery mildew. Fluorescently labeled cDNA was prepared from the RNA of seedlings of the two near-isogenic wheat lines after infection with a single powdery mildew isolate under controlled conditions in the greenhouse. Hybridization to the microarray identified six genes that were differently expressed in the two lines. Four of the sequences could be assigned putative functions based on their similarity to known genes in public databases. Physical mapping of the six genes localized them to two regions of the genome: the centromeric region of chromosome 5B, where the Pm36 resistance gene was previously localized, and chromosome 6B.  相似文献   

15.
To enrich differentially expressed sequence tags (ESTs) for aluminum (Al) tolerance, cDNA subtraction libraries were generated from Al-stressed roots of two wheat (Triticum aestivum L.) nearisogenic lines (NILs) contrasting in Al-tolerance gene(s) from the Al-tolerant cultivar Atlas 66, using suppression subtractive hybridization (SSH). Expression patterns of the ESTs were investigated with nylon filter arrays containing 614 cDNA clones from the subtraction library. Gene expression profiles from macroarray analysis indicated that 25 ESTs were upregulated in the tolerant NIL in response to Al stress. The result from Northern analysis of selected upregulated ESTs was similar to that from macroarray analysis. These highly expressed ESTs showed high homology with genes involved in signal transduction, oxidative stress alleviation, membrane structure, Mg2 transportation, and other functions. Under Al stress, the Al-tolerant NIL may possess altered structure or function of the cell wall, plasma membrane, and mitochondrion. The wheat response to Al stress may involve complicated defense-related signaling and metabolic pathways.The present experiment did not detect any induced or activated genes involved in the synthesis of malate and other organic acids in wheat under Al-stress.  相似文献   

16.
Zn是植物必需的微量元素,同时也是近年来造成环境污染的重金属元素之一.为了从基因表达水平揭示小麦Zn胁迫响应的分子机制,本研究利用抑制差减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术构建了Zn胁迫(0.5 mmol/L,1 mmol/L)下小麦的正反向SSH文库.从正反向文库中随机挑选阳性单克隆,并利用通用引物T7/Sp6对其进行验证. 结果显示,正反库中分别获得307和821个EST序列,其片段长度在200~1 000 bp之间,它们反映了Zn胁迫下特异响应的基因.利用BLASTn和BLASTx将这些EST序列进行比对分析,在正、反库中分别筛选出221和641个uniESTs,其中751个uniESTs被注释(包括正库中193个和反库中558个).这些序列的功能主要涉及信号转导、抗氧化防御、转录与翻译、物质运输、核糖体结构、能量代谢,以及一些功能未知的基因.  相似文献   

17.
18.
目的 筛选与申克孢子丝菌酵母相与菌丝相双相转换相关的差异表达基因,为探讨其双相转换的分子的机制奠定基础.方法 应用抑制性消减杂交技术,构建高特异性的申克孢子丝菌菌丝相(mycelium,M)和酵母相(yeast,Y)的正反cDNA消减文库,并对其差异表达的基因进行生物信息学分析.结果 M+Y文库获得751条表达序列标签,平均长度为690.98 bp,经拼接后获得101条非冗余序列.Y+M文库获得875条表达序列标签,平均长度为575.9 bp,拼接获得249条非冗余序列.经BLASTN比对,这些差异表达基因中,某些结构基因和功能不明的细胞分子类基因可能与双相转换有关.结论 成功构建了高特异性的申克孢子丝菌菌丝相和酵母相的正反cDNA 消减文库,为进一步筛选申克孢子丝菌的双相转换基因奠定了基础.  相似文献   

19.
设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号