光敏核不育水稻等位突变系的AFLP分析

通过对NK58S和NK58F这一对光敏核不育水稻等位突变系的AFLP分析,比较了AFLP,RAPD及RFLP检测DNA多态性的相对效率。结果表明,这三种分子标记的DNA多态性检出效率依次为AFLP>RAPD>RFLP;找出了水稻AFLP分析的最适反应条件;通过AFLP和集群混合分析(Bulked segregating analysis,BSA),筛选出了一批与水稻光敏核不育(PGMS)基因连锁的多态性AFLP产物,已完成了对4个多态性AFLP产物的克隆,Southern杂交证明其中2个为单拷贝顺序,另外2个为低拷贝顺序。对上述三种分子标记各自的优缺点及它们在DNA多态性检测中的适用之处进行了分析探讨。     

光敏核不育水稻等位突变系的APLP分析

通过对NK58s和NK58F这一对光敏核不育水稻等位突变系的AFLP分析,比较了AFLP,RAPD及RFLP检测DINA多态性的相对效率。结果表明,这三种分子标记的DNA多态性检出效率依次为AFLP>RAPD>RFLP;找出了水稻AFLP分析的最适反应条件;通过AFLP和集群混合分析(Bulked segregating analysis,BSA),筛选出了一批与水稻光敏核不育(PGMS)基因连锁的多态性AFLP产物,已完成了对4个多态性AFLP产物的克隆,Southem杂交证明其中2个为单拷贝顺序,另外2个为低拷贝顺序。对上述三种分子标记各自的优缺点及它们在DNA多态性检测中的适用之处进行了分析探讨。     

RAPD在水稻温敏核不育研究的应用

ＲＡＰＤ是新发展起来的一种分子标记技术,近来得到广泛应用,我们对这种技术的实验程序进行了研究,摸索出了ＲＡＰＤ反应的适宜条件,并在不影响扩增结果的前提下,缩短反应时间,提高了仪器的利用率,有利于大量样品的分析,进而用这种技术对温敏核核不育水稻安农Ｓ－１及其原始株进行分析,在２００个引物中发现了１个引物在２种材料中扩增带型有差异,并初步认为此差异与不育相关。     

水稻温敏核不育系植株温度特征及应用研究

针对温度波动是两系杂交稻安全制种的制约瓶颈,进行了以水层灌溉和湿润灌溉为处理的分期播种试验。试验表明,20 cm高度的温度对温敏核不育系育性转换的指示作用更为可靠。对两种处理下不育系的茎温(20 cm)、叶温(40 cm)和冠层内气温(20 cm、40 cm)特征研究。结果表明,深水灌溉后,水层是稻田主要的热源,主要以长波辐射和对流方式导热,稻株比空气升温慢、增幅小,而且灌溉增温的有效高度在40 cm左右。水层灌溉后,日最高气温有TQ40>TQ20>TJ20>TY40,体现了太阳辐射对冠层特征面的重要影响;日最低气温有TQ20>TJ20>TY40>TQ40,体现了水层热源对冠层特征面的重要影响。由于育性敏感层温度与灌溉水温1、50 cm气温、20 cm相对湿度、200 cm风速密切相关,建立了可供实用的20 cm茎温与气温的统计模型。     

水稻光温敏核不育系的育性遗传分析

运用混合遗传模型对水稻光温敏核不育系1290S与1990杂交的F_1、F_2、B_1、B_2和P_1、P_2多世代群体进行联合分析,结果表明:光温敏核不育性遗传符合E-1模型,为两对加性-显性-上位性主基因 加性-显性多基因遗传模型．两对主基因的加性效应均为-0．059,而两对主基因的显性效应分别为0．153和-0．263,多基因的显性效应更大,为-0．404．其中上位性效应比较明显,以显性．显性互作最大,达0．435．B_1、B_2和F_2群体中主基因遗传率分别为56．03%,44．44%,83．0 7%,多基因遗传率分别为42．24%,33．33%,15．23%,表明1290S的不育性主要由两对主基因 多基因相互配合控制遗传的,环境虽有一定影响,但影响较小．     

抗南方水稻黑条矮缩病水稻光温敏核不育系的筛选和鉴定

对东乡野生稻(Oryza rufipogon Griff.)3个生态群落株系及协青早B//协青早B/东乡野生稻的BC1F6株系进行了南方水稻黑条矮缩病抗性鉴定,筛选出抗性较好的种质资源。利用筛选到的协青早B//协青早B/东乡野生稻抗性株系,与光温敏核不育系C47S杂交转育,鉴定筛选到6份抗性较好的光温敏核不育系,为选育抗南方水稻黑条矮缩病的两系杂交稻组合奠定了材料基础;同时研究发现,来源于东乡野生稻的对南方水稻黑条矮缩病的抗性可能由数量性状基因控制。     

光敏核不育水稻农垦58S与其衍生不育系的叶绿体DNA的比较

扩增了光敏核不育系农垦58S及从它衍生出来的5个两用核不育系叶绿体DNA的ORF（open reading frame）100、ORF29-TrnC^GCA、rps16（ribosomal proteins16）基因内含子和TrnT^UGU-TrnL^UAA（tRNA^Thr（UGU）-tRNA^-Leu（UAA）等4个片段,并测定了其序列。研究结果表明,粳型光敏核不系农垦58S的叶绿体为粳型。农垦58S衍生的核不育系中,粳型核不育系7001S以及3个籼型核不育系1103S、培矮64S和广占63S的叶绿体DNA为粳型,与选育者提供的细胞质系谱一致。籼型核不育系W6154S的叶绿体DNA为籼型,与选育者提供的细胞质系谱不一致,推断选育者在选育过程中更换过细胞质（曾用不育系作过父本）。5个粳型叶绿体DNA的rps16基因内含子和TrnT^UGU-TrnL^UAA间区的序列相互之间有1-2个单核苷酸的变异。     

水稻新资源温敏核不育系长S的遗传学研究

长S是来自普通野生稻与籼稻珍珠矮杂交后代的温敏核不育系。以长S与中浙B、R608等配组的F1和F2为材料,对其育性进行观察。结果表明,所有F1均为正常可育,F2群体中可育株数和不育株数经卡平方测验符合3∶1的理论分离比例,说明长S的育性受1对隐性核基因控制。以长S与HN5S、C815S、广占63S、湘陵628S及HD9802S的F1为材料,并进行育性观察。结果表明,长S与HN5S的F1为正常可育,而长S与C815S等其余4个不育系的F1表现为不育,这说明长S与HN5S的不育基因位点不等位,而与C815S等4个不育系的不育基因位点等位。     

Primary Study of Rice AFLP Analysis-Optimization of Reaction Conditions and Analysis of Thermo sensitive Genic Male Sterile Rice Allelic Mutant Lines

AFLP analysis was performed between a pair of thermo-sensitive genic male sterile (TGMS) rice allelic mutant lines (5460S and 5460F). The reaction conditions for rice AFLP assay were optimized. The relative efficiencies for polymorphism detection of RFLP, RAPD and AFLP were compared. The results indicated that the efficiency for polymorphism detection in rice was in the order of AFLP > RAPD > RFLP, and also indicated that AFLP was a powerful DNA molecular marker technique for polymorphism detection, especially in the case of extremely low polymorphism, such as isogenic lines and allehc mutant hnes. Some of the AFLP products between the TGMS rice allehc mutant lines were cloned. Three of them were used as mixed probes to screen BAC library of rice line 5460S. 12 positive clones were screened out. In addition, the advantages and disadvantages of these three molecular marker systems were discussed.     

AFLP分析中多态性扩增产物的回收、克隆及鉴定

本研究在摸索和优化了水稻AFLP分析体系的基础上,发展了多态性AFLP产物的高效克隆方法。特异AFLP扩增产物直接从变性聚丙烯酰胺凝胶上分离纯化,再经过一至二轮PCR扩增,即可高效地克隆于pGEM-Teasy vector系统中。本实验利用该方法成功地克隆了水稻温敏核不育等位突变系546 0S和5460F间的4个多态性AFLP产物,Southern bloting分析证明其中3个产物在水稻基因组中为单拷贝序列,另一个为低拷贝序列。AFLP技术强有力的多态性检出能力再结合多态性扩增产物的高效克隆方法,为寻找与目标基因紧密连锁的分子标记提供了有力工具。 Abstracts:An efficient method for cloning DNA fragment from denaturing polyacrylamide gels was developed to allow the isolation of specific bands obtained from amplified fragment length polymorphism(AFLP)products.After isolation and purification from the thin denaturing polyacrylamide gels,specific AFLP products were successfully cloned after one or two rounds of PCR reamplification.Using this method 4 polymorphic AFLP products between a pair of rice allelic lines differing for thermo-sensitive genic male sterile(TGMS)ene were cloned and it was confirmed that 3 of the AFLP products represented single copy sequences and the other 1 represented low copy sequence in rice genome.     

AFLP分子标记及其应用

扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP),是Zabeau等(1992)发展的一种新DNA指纹技术。该技术原理简单,引物设计巧妙,既具有RFLP技术的可靠性又具有RAPD技术的高效性,被称为“最有力的分子标记”。系统介绍了AFLP分子标记的基本原理、技术流程和优化措施,对AFLP标记在植物居群生物学、保护生物学、分子系统学等领域中的应用作了简要介绍,并对其应用前景进行了展望。     

AFLP在分子生物学研究中的应用

扩增片段长度多态性（AFLP）可靠性强,多态检出率高,因而被认为是最有效的DNA指纹分析技术。AFLP已广泛应用于分类学、病理学、种群遗传学、DNA指纹分析的研究和建立数量性状基因图谱,成为最主要的遗传标记。介绍了AFLP的原理、影响因素及其在分子生物学研究中的应用。     

AFLP分子标记技术及其在动物学研究中的应用

扩增片段长度多态性技术(AFLP)基于选择性扩增完全酶切消化后的基因组DNA片段,包括酶切与连接、选择性扩增、检测分析等3个步骤。该技术的运用不需要预知基因组的序列特征,具有较高的多态分辨力,产生的标记是显性标记,可适用于任何来源和各种复杂度的DNA。自AFLP技术问世以来,在酶切、扩增体系、检测和分析方法等方面不断得到改进。本文将以线虫、昆虫、鱼类、鸟类、家畜、鼠、人等为例,介绍近年来AHLP技术在动物或人的遗传图谱构建和QTL(quantitative trait loci)定位、生物多样性、性别决定和繁殖行为研究、疾病及疾病诊断研究等上的应用。     

AFLP分子标记技术在中药研究中的应用进展

AFLP(扩增片段长度多态性)分子标记技术是一种结合了RFLP和PCR技术的新型分子标记技术,在药物研究领域的应用日趋广泛。简述了AFLP分子标记技术的基本原理、技术特点与优势,重点阐明其在中药研究中的应用进展,并对其前景进行了讨论与展望。     

中国美利奴细毛羊BAC文库的三维PCR筛选

本研究利用中国美利奴细毛羊全基因组BAC文库,构建了可供快速筛选的两级水平的混合池,一级混合池和二级混合池(Primary pools and secondary pools).一级混合池基于每一384-well盘而构建,由盘、行,列三维混合池组成,二级混合池基于整个BAC文库而构建.设计了一种基于PCR技术的快速筛选方法,先筛选二级混合池m再根据结果筛选相应的一级混合池.利用此方法只需一步共66个PCR反应即可从BAC丈库中7.4万个克隆中筛选出1个阳性克隆,或三步100个以内的PCR反应筛选出多个阳性克隆.以绵羊基因组多态性分子标记BF94-1为引物,用一步共66个PCR反应成功筛选到1个阳性克隆373D13.     

PCR筛选BAC文库和直接BAC末端测序方法的建立

建立了一种用PCR方法筛选富含高度重复序列的大麦BAC DNA 文库和直接对 BAC DNA进行末端测序的方法.用PCR技术进行大麦BAC DNA 文库(含816个平板,每个平板含384个克隆)的筛选分4步进行.在实验中,建立了两个水平的BAC DNA池(一级池和二级池).一个二级池由一个平板(含有384个克隆)的DNA 组成,一个一级池由连续10个稀释100倍的二级池的DNA混合而成(如1～10,11～20等),共82个一级池.BAC DNA 文库筛选的第一步是对82个一级池的筛选.得到阳性一级池后(如2号一级池),对其所含的10个二级池(从11～20)进行第二步筛选.得到阳性二级池后,培养相应的阳性平板的所有克隆(384个),从头开始(左上侧),每相邻的4个克隆为一组,在96孔板上(4 X 96=384) 进行第三轮PCR反应;之后对筛选结果为阳性的4个克隆分别进行菌落 PCR(第四轮)得到单一阳性克隆.根据BAC DNA Hind III 酶切指纹图谱,对同一引物筛选的BACs进行重叠群作图(Contig).对代表contig 的两端的BAC DNA直接进行末端测序并对测序结果Blast,以检测其在大麦中是否属于单拷贝序列.根据测序和Blast结果设计引物,用中国春附加系(附加大麦染色体)对来自BAC克隆的引物进行染色体定位并用分离群体进行遗传学作图,以确定是否可以用作下一步的染色体步行.     

Development of 50 gene-associated microsatellite markers using BAC clones and the construction of a linkage map of swine chromosome 4

The development of informative polymorphic markers is essential for QTL mapping. We developed 50 microsatellite markers from BAC clones containing genes that were predicted to map swine chromosome 4 (SSC4) according to comparative analysis between human and swine chromosomes, and constructed a linkage map that consisted of 37 markers including 24 markers closely linked to genes in BAC clones. Microsatellite markers were developed by direct-sequencing of BAC clones and our results demonstrated that this method was effective for developing microsatellite markers in specific regions on chromosomes. Effective development of microsatellite markers closely linked to genes can further accelerate the comparative studies of chromosomes between different species.