应用实时荧光PCR技术检测构巢曲霉的初步研究

目的 根据构巢曲霉（Aspergillus nidulans）3-磷酸甘油醛脱氢酶（Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase，GAPDH）基因特异位点设计并合成Taqman探针及引物，建立构巢曲霉实时荧光 PCR检测方法。方法 应用lasergene7.1软件对构巢曲霉与13种常见曲霉主要包括黑曲霉（A.niger）、烟曲霉（A.fumigatus）、杂色曲霉（A.versicolor）、土曲霉（A.terrus）、黄曲霉（A. flavus）、温特曲霉（A.wentii）、寄生曲霉（A. parasiticus）、泡盛曲霉（A.awamori）、米曲霉（A. oryzae ）、棒曲霉（A.cavatus）、赤曲霉（A.ruber ）、亮白曲霉（A.ochraceus）及赭曲霉（A.ochraceus）GAPDH基因序列比对分析，在特异位点设计引物和探针，建立构巢曲霉实时荧光 PCR检测方法，并对该方法进行特异性及敏感性分析。结果 用曲霉属22种41株不同曲霉及其他属的12株病原真菌验证实验表明，所建立的荧光PCR方法特异性强；检测灵敏度可达4.03×10－12μg/ml的模板DNA。 结论 应用实时荧光PCR技术能够有效检测构巢曲霉，该方法具有特异、灵敏、快速等特点，可在实际工作中应用。     

实时荧光PCR结合融解曲线分析快速鉴定临床常见曲霉菌

目的 采用实时荧光PCR结合融解曲线分析的方法快速将临床常见曲霉菌鉴定到种的水平.方法 ①普通PCR扩增真菌ITS区后进行序列比对,准确鉴定菌种并设计种特异性引物和探针.②采用实时荧光PCR的方法及融解曲线分析,根据不同的解链温度将5种临床常见曲霉菌鉴定到种的水平.③特异性、敏感性、重复性试验.结果 ①解链曲线分析显示,不同种曲霉菌的种特异性探针有特异的Tm值,根据Tm值的不同可以将5种曲霉菌区分开来:烟曲霉Tm =61.4℃,黄曲霉Tm=57.4℃,黑曲霉Tm=67.7℃,土曲霉Tm=55.2℃和64.5℃,构巢曲霉Tm=65.8℃.其中小孢根霉和疣状瓶霉与烟曲霉探针发生交叉反应,阴性对照不出现特异性的解链曲线.②该方法对5种曲霉菌的检测下限分别为:烟曲霉56.8 fg,黄曲霉1 110fg,黑曲霉13.7 fg,土曲霉123 fg,构巢曲霉780 fg.③重复性试验结果显示,同一种曲霉菌的Tm值波动范围不超过0.5℃.结论 采用实时荧光PCR结合融解曲线分析的方法可以快速准确地将临床常见曲霉菌鉴定到种的水平,具有良好的敏感性、特异性和可重复性,有助于临床侵袭性曲霉感染的诊断和指导抗真菌药物使用.     

实时荧光重组酶聚合酶扩增快速检测临床常见曲霉菌方法的建立

目的:针对曲霉菌属转录间隔区ITS1设计引物、探针,利用实时荧光重组酶聚合酶扩增(Real-time RPA)技术建立一种快速、准确、经济的临床常见曲霉菌检测鉴定方法。方法:利用建立的实时荧光重组酶聚合酶扩增体系对标准菌株及临床标本提取的DNA进行扩增,验证该方法的性能。结果:本研究针对曲霉菌属转录间隔区ITS1设计引物、探针利用RPA试剂盒(荧光型)建立了Real-time RPA扩增体系,在15分钟内即可检测出临床常见的四种曲霉菌;特异性试验结果显示反应体系只对烟曲霉、黄曲霉、土曲霉、黑曲霉四种曲霉呈现出明显的扩增曲线,而其它细菌和真菌均无扩增曲线。灵敏性试验显示最低检出限为10-3 ng/μL。临床验证试验的12份曲霉菌均有较高的扩增效应。结论:本研究建立的Real-time RPA方法能快速、特异、灵敏地检出烟曲霉、黄曲霉、土曲霉、黑曲霉等临床常见曲霉菌,为曲霉菌的快速、现场检测提供了一种新的思路。     

产气荚膜梭菌实时荧光PCR方法的建立

目的:利用荧光定量PCR技术,建立快速敏感特异的检测产气荚膜梭菌的方法。方法:以产气荚膜梭菌基因为靶序列设计引物和探针,以自产气荚膜梭菌菌株中提取的DNA为模板,优化引物和探针的浓度比,同时验证方法的特异性、敏感性。结果:建立的反应体系在上游引物浓度为0.45μmol/L、下游引物浓度为0.15μmol/L、探针浓度为0.3μmol/L时,具有良好的特异性和敏感性,与创伤弧菌等12种相关细菌均无交叉反应;对纯菌检测的灵敏度低于10 CFU/反应体系。结论:建立的实时荧光PCR方法特异、灵敏、快速,能对战时气性坏疽做出快速准确的报告,实现对这种战时高发疾病的安全、快速和定量检测。     

坏疽病原体快速检测方法的临床应用

目的:利用荧光定量PCR技术,建立一种快速、敏感、特异的检测产气荚膜梭菌的方法,及时用于指导临床治疗。方法:以产气荚膜梭菌16srRNA基因作为靶序列,设计一对特异引物和探针,以伤口分泌物和脓液提取的核酸作为模板,利用已经优化的引物和探针进行PCR反应;同时与细菌培养作比较,验证此方法的快速性、敏感性及特异性。结果:建立的反应体系在上游引物浓度为0.45μmol/L,下游引物浓度为0.15μmol/L,探针浓度为0.3μmol/L时,具有很好的敏感性,与21种其他细菌均无交叉反应,其敏感性为9cfu/反应体系。荧光定量PCR检测结果与细菌培养结果完全一致。结论:所建立的荧光定量PCR方法特异、灵敏、快速,能对产气荚膜梭菌感染做出准确的检测报告,具有对战时高发疾病气性坏疽进行快速和定量检测潜质。     

小麦内源特异参照基因的查找与定性PCR和实时荧光PCR验证

目的:先从理论上查找和比对了小麦属(Triticum)γ-醇溶蛋白基因(GAG56D)为小麦特异的内源基因,并用定性PCR和实时荧光PCR方法从实验特异性上进行了验证。方法:选择小麦基因组中部分基因序列在NCBI中进行同源性分析,查找在小麦中存在的内源特异参照基因,找到小麦属(Triticum)特异的γ-醇溶蛋白基因(GAG56D),设计并合成该基因的引物和探针序列,同时用定性PCR和实时荧光PCR方法进行检测,并优化了实验条件。结果:不仅在理论上查找和比对了γ-醇溶蛋白基因为小麦特异的内源基因,并用定性PCR和实时荧光PCR方法进行了实验特异性的验证。定性PCR产物经过琼脂糖凝胶电泳分析后,只在小麦属中可以检测到328bp的目的片段,而在其它作物中未扩增出目的片断。同样实时荧光PCR验证的结果小麦属内各个种均有扩增曲线出现,而在其它作物没有扩增曲线出现中。结论:该基因与方法可用作检测小麦属(唯一小麦种是栽培作物)内源特异参照基因。     

卫氏并殖吸虫PCR和实时荧光PCR快速检测方法的建立

目的建立快速、灵敏、特异的分子生物学检测卫氏并殖吸虫的方法。方法根据卫氏并殖吸虫的特异性基因序列,设计适合于PCR检测的特异性引物及实时荧光PCR特异性引物和探针,并进行灵敏性和特异性试验。结果设计的引物和探针特异性强,所建立的检测方法灵敏度高。应用实时荧光PCR方法的检测灵敏度可达到0.1 pg/μL,比PCR方法的灵敏度高三个数量级。结论本研究所建立的PCR和实时荧光PCR技术检测卫氏并殖吸虫方法的特异性强,灵敏度高,为卫氏并殖吸虫感染的诊治提供了快速的检测技术手段。     

嗜肺军团菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

目的：建立针对嗜肺军团菌Mip基因的实时荧光定量TaqMan PCR检测方法,并进行自来水和空调冷却水模拟标本的检测评价。方法：根据嗜肺军团菌Mip基因的特异性序列设计引物和TaqMan探针,建立嗜肺军团菌的实时荧光定量TaqMan PCR快速检测方法,对方法进行灵敏度及特异性评价,并对自来水和空调冷却水模拟标本中的嗜肺军团菌进行检测。结果：建立的方法对嗜肺军团菌的检测具有高度特异性,与3种非嗜肺军团菌和6种其他呼吸道病原均没有交叉反应;基因组DNA的检测灵敏度为1.6pg／μL,模拟自来水和空调冷却水标本的检测灵敏度为10CFU／mL。结论：建立的TaqMan荧光定量PCR方法特异、灵敏、快速,适于嗜肺军团菌的日常监测和暴发疫情的应急诊断。     

甲型H1N1流感病毒核酸荧光定量RT-PCR检测技术

目的:建立基于TaqMan荧光探针技术的甲型H1N1流感病毒实时定量RT-PCR方法。方法:分析H1N1流感病毒基因特性,根据新发甲型H1N1流感病毒突变基因片段设计检测引物和TaqMan荧光探针,建立荧光定量RT-PCR检测体系,体外转录制备RNA标准品,进行特异性、敏感性、重复性及盲样检测评价实验。结果:可特异性有效检测新发甲型H1N1流感病毒核酸,与H1～H16流感病毒基因无交叉反应;对RNA标准品的检测敏感性达103拷贝/μL;重复性实验中,阳性标准品Ct值变异系数(CV)10%,阴性标准品检测结果均呈阴性;12份盲样检测结果特异性好。结论:该荧光定量RT-PCR方法可作为甲型H1N1流感防控的病原快速诊断技术。     

烟草环斑病毒的定量检测技术研究

目的:建立特异、灵敏、快速的TaqMam实时荧光定量PCR方法,用于烟草环斑病毒(TRSV)的定量检测。方法:用纳米磁珠法提取病毒RNA,构建包含烟草环斑病毒全CP序列的质粒标准品。根据CP保守序列设计特异性的引物和TaqMam荧光探针,构建标准曲线,建立TRSV的实时荧光绝对定量PCR方法,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估。结果:建立的方法特异性好,与南芥菜花叶病毒、马铃薯X病毒和马铃薯Y病毒均无交叉反应;至少能检测到767个病毒拷贝,灵敏度比普通PCR高100倍;同一样品试验内及试验间重复性实验的变异系数均小于3%,重复性好;检测结果准确可靠,构建的标准曲线有较好的线性关系(R2=0.997)。结论:建立的TRSV TaqMan实时荧光定量PCR检测方法可满足口岸高通量、快速、准确的检验检疫要求。