群体遗传学研究中的数据处理方法I．RAPD数据的AMOVA分析

近年来,RAPD数据和AMOVA分析广泛地应用于群体遗传学和保护遗传学研究。然而,由于RAPD标记具显性特点。加上目前进行AMOVA分析所依赖的RAPDistance软件不完善,使得对RAPD数据进行AMOVA分析时存在许多不足。本文介绍了AMOVA分析的基本过程,同时引入一个新的程序DCFA用以替代RADistance并详述了将DCFA与WINAMOVA联用,对RAPD数据进行AMOVA分析的具体步骤与注意事项,最后,以产自中国和巴西8个普通野生稻（Oryza furipogon)天然群体为例,演示了对RAPD表型数据进行AMOVA分析的过程,讨论了AMOVA分析结果在群体遗传结构上的意义。通过对AMOVA算法的分析,同时比较4种距离系数所得AMOVA结果,我们认为在进行AMOVA分析时选择NEI－LI距离和欧氏距离平方较为合适,而目前国内使用较多的JACCARD系数不适合AMOVA分析。     

后河国家级自然保护区蝴蝶遗传多样性的RAPD分析

目的：利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对湖北省五峰后河国家级自然保护区的蝶类遗传多样性分析。方法：采用RAPD技术,对湖北省五峰后河国家级自然保护医的碧风蝶(Pa;ilio bianor Cranmer)和曲纹蜘蛱蝶(Araschnia doris Leech)的遗传多样性进行研究,并应用RAPDistance软件及MEGA程序,计算Nei氏相似系数和遗传距离,建立了UPGMA和NJ聚类图谱。结果：在事先优化的反应条件下用11个随机引物扩增,共得到136条片段,片段长度为170-2000bp。结论：利用相似性系数及遗传距离进行的聚类分析结果,这两种蝴蝶的不同季节种群的遗传组成存在季节变化。     

应用RAPD标记技术对树鼩遗传多样性的分析

目的建立树鼩RAPD（random amplified polymorphic DNA）遗传标记分析方法,了解中缅树鼩种群的遗传多样性。方法采用PCR技术对40条随机引物进行优化,筛选出能有效用于树鼩群体遗传分析的RAPD位点,对48只树鼩个体的基因组DNA进行PCR扩增,并应用Popgene 1.32与RAPDistance Package Version 1.04等软件进行数据处理,分析树鼩的群体遗传特性。结果20个RAPD引物共检测到113个位点,平均每个引物可扩增出5.65个位点,其中多态位点数为69个（占61.1%）。个体间的遗传相似系数平均为0.8307,个体间遗传距离在0.09-0.27之间,平均遗传距离为0.1693。雄性群体的遗传多态度（H0）（0.1864）略高于雌性群体（0.1470）,平均遗传多态度（Hpop）为0.1667;树鼩遗传多态度所占的比例在群体内为48.29%,而雌、雄群体间为51.71%。NJ法进行聚类分析得出T15、T33和T47号树鼩个体聚类成一大类,其余45只树鼩个体聚成另一大类,雌、雄个体呈相互交叉现象。结论实验所筛选的随机引物可有效用于中缅树鼩种群的遗传结构分析。本树鼩群体具有较好的遗传多样性。     

栲树天然群体遗传结构的RAPD分析

利用RAPD分子标记对5个栲树(Castanopsis fargesii Franch.) 天然群体共计188个个体的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析.41个随机寡核苷酸引物共检测到385个位点,其中多态位点157个,占40.78%.物种水平的Shannon多样性指数I=0.459 7,Nei基因多样度h=0.296.遗传变异分析表明,栲树群体的遗传变异主要存在于群体内,利用Shannon多样性指数估算的分化(Hsp-Hpop)/Hsp=0.047 6,遗传分化系数Gst =0.042 9,分子方差分析(AMOVA)也证实了这一结论,群体内的变异组分占了94.97%,群体间变异只占5.03%.AMOVA分析结果的显著性检验也表明,群体间及群体内个体间均呈现出显著分化(P<0.001).     

草鱼基因组DNA一些RAPD位点的遗传分析及分子标记筛选

RAPD技术的实验结果很容易因实验条件和反应参数的不同而造成差异。为了建立能通用的草鱼基因组多态性分析RAPD分子标记体系,需要利用RAPD位点按照孟德尔共显性规律遗传的特点,用不同遗传背景的材料对多态性的RAPD位点进行统计遗传学比较分析以判断其真实性。为此,本实验选择具有遗传多态性的湘江流域草鱼群体和经连续两代人工诱导雌核发育获得的雌核发育草鱼品系,对一些可能作为草鱼基因组DNA分子标记的RAPD位点进行了遗传学比较分析。所用的10条多态性随机引物共检测到30个多态性RAPD位点。两个不同遗传背景群体的遗传统计对比分析结果表明:这30个多态位性位点在湘江流域草鱼群体和雌核发育草鱼群体中的分布符合孟德尔遗传规律,可以作为草鱼基因组DNA分析的可靠分子标记。本实验的观察结果还表明:在人工诱导雌核发育过程中,存在RAPD位点的快速丢失现象,两次人工诱导雌核发育过程中共丢失了17个多态性位点。因此,加强对自然水体中草鱼种质资源多样性的保护和利用各种现代生物学技术纯化、筛选和组合优良性状基因,是草鱼遗传育种中同样重要和不可或缺的两个方面。     

基于SSR标记的紫花风铃木群体遗传多样性分析

为揭示紫花风铃木(Handroanthus impetiginosus)的群体遗传变异特征，对广东省6市12个群体72份种质材料进行遗传多样性和群体遗传结构分析。结果表明，9对引物共扩增出123个等位基因位点，引物的平均多态信息量为0.754，具有较高的多态性。12个群体均具有较高的遗传多样性，群体间平均有效等位基因数为3.272个，平均Shannon指数为1.159。AMOVA分析表明群体间遗传分化程度相对较低，群体内遗传分化程度较高。群体的总体遗传分化系数为0.077，处于中等程度。基于Structure分析、主坐标分析和NJ聚类分析均可将12个群体分为2大类群，分组结果具有一定相似性，表明供试紫花风铃木群体遗传结构较为简单。这为紫花风铃木优良种质资源的利用、遗传变异和科学育种提供了理论参考。     

栲树天然群体遗传结构的RAPD分析

利用RAPD分子标记对 5个栲树 (CastanopsisfargesiiFranch .)天然群体共计 188个个体的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。 4 1个随机寡核苷酸引物共检测到 385个位点 ,其中多态位点 15 7个 ,占 4 0 .78%。物种水平的Shannon多样性指数I=0 .4 5 97,Nei基因多样度h =0 .2 96。遗传变异分析表明 ,栲树群体的遗传变异主要存在于群体内 ,利用Shannon多样性指数估算的分化 (Hsp_Hpop) /Hsp=0 .0 4 76 ,遗传分化系数Gst =0 .0 4 2 9,分子方差分析 (AMOVA)也证实了这一结论 ,群体内的变异组分占了 94 .97% ,群体间变异只占 5 .0 3%。AMOVA分析结果的显著性检验也表明 ,群体间及群体内个体间均呈现出显著分化 (P <0 .0 0 1)。     

苹果属小金海棠的遗传多样性初步研究

用RAPD技术建立了苹果属小金海棠（Malus xiaojinensis）2个自然分布区的3个群体内随机选取的30株树（10株／每群体）及其相应的子代实生苗共6个群体、60个样本植株的分子标记。通过对15个3承机引物产生的81条RAPD这的统计,计算了不同群体RAPD多态性带的数目。用TREECON软件分析了不同群体及所有个体间的遗传关系,并用AMOVA技术分析了物种的遗传变异。结果是15个引物在全部分析个体中产生了58条多态性带,平均每引物3.8条。现有分布3个群体及其相应的子代实生苗群体的平均多态性带的数目都为1.5条左右。其中平均多态性带的数目最低的群体仅有0.7条,最高的群体也只有2.5条。遗传关系分析表明,2个自然分布区的不同群体间存在遗传分化现象。AMOVA分析显示小金海棠的遗传变异有相当一部分来源于群体间。     

贵州回族、苗族和彝族29个Y-STR基因座遗传多态性及与其他7个群体遗传结构分析

对贵州回族、苗族、彝族开展29个Y-STR基因座遗传多态性及群体遗传结构分析,并与其他7个群体进行遗传关系比较研究,探讨其在法医学和群体遗传学中的实际应用价值。应用DNATyperTMY29试剂盒对309名贵州苗族、331名贵州彝族和291名贵州回族无关个体进行检测,统计29个Y-STR基因座的等位基因频率及基因多样性等群体遗传学参数,采用YHRD在线软件进行AMOVA分析。在贵州回族、苗族和彝族3个民族的931个无关个体中观察到816种单倍型,其单倍型多样性分别为0.995 5、0.998 9和0.999 1。基因多样性(GD)值分别为0.289 9～0.874 7、0.252 3～0.915 5和0.316 2～0.947 9,10个人群间的遗传距离在0.007 8～0.138 9。研究表明,这29个Y-STR基因座在贵州回族、苗族和彝族3个人群中有较高的多态性分布。本研究所得数据可为上述人群的法医学和群体遗传学研究提供基础数据支撑。     

羊驼种群内亲缘关系的研究

应用RAPD技术对羊驼群体进行亲缘关系检测。在所采用的40条随机引物中筛选出10条,优化了RAPD的反应条件,确立了适合于羊驼基因组RAPD分析的最佳反应体系和反应程序。计算出个体间之间的带纹相似系数及遗传距离指数,带纹相似系数位于0.3901~0.7851之间,平均为0.5374;彼此间的遗传距离最小为0.2149,最大为0.6099,平均为0.4626,并绘制出个体间亲缘关系树状聚类图。结果显示羊驼种群内遗传基础广泛,证明其个体间的血缘关系较远,这将有利于羊驼种群的正常生长、发育、繁殖和快速扩群。