基于环境污水监测的埃可病毒11型的循环动态变化及其基因特征分析北大核心CSCD

为探讨山东省环境污水监测中埃可病毒11型（Echovirus 11,Echo11）的动态变化及分子流行病学特征,本研究对山东省2011~2012年环境污水监测分离到的Echo11毒株进行了VP1区核酸扩增和序列测定,并与1994~2010年山东省急性弛缓性麻痹（Acute flaccid paralysis,AFP）监测系统中Echo11分离株以及国外同型毒株进行同源性分析和系统发生学分析。结果显示：2011~2012年山东省济南市和临沂市共分离到Echo11 94株,其时间分布具有季节性特征,夏秋季高峰明显。分离毒株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为89.5%~100.0%和95.4%~100.0%;与原型株（Gregory）之间核苷酸和氨基酸同源性分别为76.6%~79.7%和90.4%~92.5%。山东环境分离株全部属于A基因型,毒株之间核苷酸变异较大,提示山东地区存在多个传播链共循环。本研究描述了山东省环境污水中Echo11分离株的动态变化和遗传特征,结果证明环境污水监测是探索人类肠道病毒动态流行和遗传变异的重要手段。     

山东省脑膜炎和脑炎病例中埃可病毒6型的基因特征分析

为分析山东省脑膜炎和脑炎病例中埃可病毒6型(Echovirus 6,E6)的基因特征,本研究对山东省2007~2012年间采集的脑膜炎和脑炎病例脑脊液标本进行了病毒分离,阳性分离物采用血清学和分子生物学方法鉴定型别,与国内外其他E6进行同源性分析,并构建VP1完整编码区系统进化树。本研究共分离到6株E6病毒,同源性分析显示:这6株分离株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为78.6%~99.8%和95.5%~100.0%,与原型株(D’Amori)核苷酸和氨基酸同源性分别为为76.9%~78.4%和92.3%~95.1%。系统进化树分析显示:山东省E6分离株可分为A、B、C和D 4个基因簇,这6株分离株属于A、B、D 3个簇。山东省E6分离株之间存在较大的遗传差异,E6在山东的循环存在不同的传播链。     

急性弛缓性麻痹病例中ECHO11病毒的基因特征分析

该文首次分析了我国ECHO11病毒的分子流行病学资料。1999~2004年,ECHO11病毒是山东省急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离到的优势毒株,2003年从山东省482例AFP病例中共分离到11株ECHO11病毒,其中相关的10例病例分布跨越山东省大部分地区,但发病日期集中在7月和12月。该研究试图通过对VP1编码基因全序列的测定和分析,为探讨ECHO11病毒与AFP之间的病因关系提供线索。分子流行病学研究提示,11株E-CHO11毒株都位于同一传播链,核苷酸同源性为97.2%~100%,氨基酸同源性为99.6%~100%,其中7月和12月的分离株之间相差8~9个核苷酸,氨基酸序列一致。这说明山东省2003年7月和12月分别发生了ECHO11病毒流行,但这些毒株与AFP的病因关系尚需进一步研究。11株病毒组成了A基因型中的一个新亚型,在进化树上单独呈密切相关的一簇,与同基因型内的其它亚型的核苷酸同源性为82.2%~84.7%,氨基酸同源性为94.8%~97.6%。     

病毒性脑炎病例中埃可病毒11型病毒的基因特征分析

分析埃可病毒11型(Echovirus 11,ECHO 11)福建龙岩分离株的分子生物学特征。收集龙岩市第一医院2011年1~12月临床诊断为病毒性脑炎或中枢神经系统感染的住院病例脑脊液标本进行病毒分离鉴定,从7株经血清中和鉴定的ECHO 11分离株中,选取4株测定VP1完整编码区序列,与GenBank上已发表的ECHO 11型病毒VP1区进行同源性比较及遗传进化分析。4株ECHO 11分离株VPl区序列长度为600个核苷酸,编码200个氨基酸;4株之间的核苷酸同源性为100%,氨基酸同源性为99%~100%;与1953年Gregory原型株之间的核苷酸同源性为75%~76%,氨基酸同源性为90%;与2007年荷兰株(GU393773)之间核苷酸的同源性为94%~95%,氨基酸同源性为98%~99%,同源性最高;与国内2010年山东株之间核苷酸的同源性为74%,氨基酸同源性为88%~89%。系统进化树分析显示,4株龙岩分离株同属D5型,其与D5型病毒株(GU393713)之间核苷酸的同源性为93%,氨基酸同源性为99%。国内分离株之间相对较低的相似性提示国内ECHO 11病毒可能存在不同的传播链。     

2013～2014年我国输入性B3基因型麻疹病毒的基因特征分析

研究2013~2014年中国大陆分离到的输入性B3基因型麻疹野毒株的N蛋白羧基端核苷酸和氨基酸特征。应用MEGA6.0软件对2013~2014年输入我国的B3基因型麻疹病毒、GenBank下载的WHO参考株、2013~2014年全球流行的B3基因型麻疹病毒代表株和中国疫苗株泸191(S191)构建基于N蛋白COOH端450个核苷酸片段序列的亲缘性关系树、分析其核苷酸和氨基酸差异。13株B3基因型中国分离株间的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为99.7%~100%和100%;与B3基因型WHO参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.6%~96.8%和95.3%~97.3%;与2013~2014年流行的B3基因型的麻疹野病毒代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别在90.0%~100%和87.9%~100%;与S191的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.3%~93.5%和87.2%。本研究对积累我国麻疹病毒分子流行病学基线数据具有很重要的意义,随着我国进入麻疹消除加速阶段,将会监测到更多的非本土基因型的输入,需要进一步加强病毒学监测,防止输入性麻疹野病毒在我国扩散和传播。     

河南省麻疹病毒血凝素蛋白基因特征分析

为了解河南省流行的麻疹野病毒的血凝素基因特征,为制定消除麻疹策略提供依据,本文对2008~2012年河南省麻疹病毒分离株进行了血凝素基因核苷酸氨基酸特征研究。该研究采用病毒分离、RT-PCR方法获取病毒血凝素基因扩增产物,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析。结果显示,河南省2008~2012年共分离麻疹病毒12株,测序结果显示均为H1a基因型,核苷酸同源性98.0%~100%,氨基酸序列同源性97.2%~99.8%,通过与Edmonston-wt.USA/54/A毒株进行比较,在氨基酸240位点发生丝氨酸(S)突变成天门酰胺(N)的突变。上述检测结果显示,河南省2008~2012年麻疹野病毒流行优势株为H1a基因型,同源性较高,而且氨基酸改变导致糖基化位点的缺失,是麻疹病毒变化的共同特征。     

辽宁省2007～2012年流行风疹病毒基因特征分析

为了解辽宁省2007~2012年流行性风疹病毒基因特征,本研究用Vero/Slam细胞从辽宁省2007~2012年风疹暴发和散发患者的咽拭子标本中分离到145株风疹病毒(Rubella,RV),应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增RV分离株E1基因的945个核苷酸片段,对扩增产物进行序列测定和分析。将辽宁省145株RV与世界卫生组织(WHO)RV 13个基因型的32株参考株基于739个核苷酸片段的基因定型序列构建基因亲缘性关系树。结果提示,辽宁省2007~2012年145株RV分离株均属于1E基因型,核苷酸和氨基酸同源性为97.2%~100.0%和97.6%~100.0%。与2株WHO 1E基因型参考株(Rvi/Dezhou.CHN/02,RVi/MYS/01)序列相比,核苷酸和氨基酸同源性分别为96.6%~99.2%和98.2%~100.0%.除RVi/Shenyang.Liaoning.CHN/13.11/13株病毒在E1基因的第246位发生了突变(Val246-Ala246);RVi/Shenyang.Liaoning.CHN/13.11/4和RVi/Liaoyang.Liaoning.CHN/26.11/2株病毒在E1基因的第262发生相同突变(Asp262-Asn262)外,其他毒株在N-型糖基化位、血凝抑制位点和中和位点等重要抗原位点均未发生变化,抗原性稳定。辽宁省所有1E基因型风疹病毒在E1蛋白的第338位氨基酸发生相同突变(Leu338-Phe338)。本研究证实1E基因型为辽宁省RV的优势基因型,近6年来辽宁省风疹疫情是由1E基因型RV的多个传播链引起。     

山东省柯萨奇病毒B1型VP1区全基因序列分析

为了解柯萨奇病毒B1型(Coxsackievirus B1,CV-B1)山东地方株的分子流行病学特征,本研究对1994年至2015年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统、环境污水监测和无菌性脑膜炎病例标本中分离到的CV-B1病毒进行了VP1序列测定、系统发生学分析和同源性分析。共分离到CV-B1病毒53株,其中AFP监测、污水和及脑炎标本各分离到41株、4株和8株。基于VP1完整编码区序列的系统发生学分析显示CVB1山东株与国内其他分离株属于一个大的分支,该分支内无国外分离株,国外分离株构成了其他两个分支。山东株之间的VP1核苷酸同源性为84.4%~100.0%,与其他国家分离株的同源性为77.9%~85.0%。研究结果表明,中国CV-B1分离株与国外株相比有较大的遗传差异,需要加强相关手足口病病毒学监测,关注不同传播链的新的基因亚型的肠道病毒的输入。     

鸭甲肝病毒3型2012年山东分离株VP1基因的序列分析

为揭示近年来鸭甲肝病毒3型(DHAV-3)中国分离株VP1基因的遗传变异规律,本研究对2012年从山东省分离到的13株DHAV-3的VP1基因分别进行PCR扩增、序列测序与分析。结果显示,13株DHAV-3的VP1基因均由720个核苷酸组成,共编码240个氨基酸,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为94.6%～99.9%和95.0%～100%。与GenBank中公布的31株DHAV-3的VP1基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为92.5%～100%和90.8%～100%。系统进化分析显示,DHAV-3可分为两个基因型,其中除疫苗毒B63之外所有中国分离株均属于GⅠ型,越南分离毒株主要属于GⅡ型S1亚型,而韩国分离株组成GⅡ型中的S2亚型,具有明显的地域特征。     

陕西省9株乙脑病毒的分离及E基因序列分析

分析陕西省分离的9株乙脑病毒基因组序列特征。使用乙脑病毒全基因组序列测定引物进行RT-PCR扩增,扩增产物进行测序,拼接后获得基因组序列。利用MEGA 4.1、MegAlin、MEGA7.0等软件进行毒株的系统进化分析,并与P3株、减毒活疫苗SA14-14-2株及覆盖5个基因型别的其他乙脑病毒进行E基因序列比对。9株分离株3株分离自猪舍、6株分离自羊舍,其中4株获得全基因组序列,5株测得E基因序列。基于E基因序列进行毒株核苷酸、氨基酸同源性比较,结果显示分离株均与基因I型GI-b亚型毒株核苷酸和氨基酸同源性最高,核苷酸同源性范围为96.5%～99.7%、氨基酸同源性范围99.2%～100.0%;与SA14-14-2株核苷酸同源性范围为87.5%～88.9%、氨基酸同源性范围96.3%～97.2%;与P3株核苷酸同源性范围为87.6%～88.1%、氨基酸同源性范围96.7%～97.6%。分析09年（陕南地区）分离株与18年（关中地区）分离株的E基因核苷酸差异率为1.8%～2.9%、氨基酸差异率为0%～0.8%。陕西省自然界中循环的乙脑病毒以基因Ⅰ型为主,与P3株在抗原毒力关键位点无差异,...