岱衢洋大黄鱼染色体核型分析

为补充岱衢洋海域产大黄鱼(Pseudosciaena crocea)的细胞遗传学数据,采用植物血球凝集素(8~10μg/g)及秋水仙素(1~2μg/g)活体腹腔注射培养,头肾细胞制片、空气干燥法制作染色体标本,显微观察象山港网箱养殖的岱衢洋产大黄鱼的染色体核型,用Micromeasure3.3软件测量染色体相对长度与臂比。结果显示,岱衢洋大黄鱼二倍体染色体数目为48,核型公式为2n=24st+24t,NF=48,染色体相对长度最长为5.53,最短为2.60,未发现异型染色体和随体。本研究的岱衢洋产大黄鱼染色体核型与以往报道的大黄鱼核型存在差异。     

花生种质资源的根系性状研究及AFLP分析

对22份花生种质资源进行根系性状和AFLP分析研究.结果表明,珍珠豆型花生种质资源具有根干重小、根基粗小和主侧根干重比小等特点;龙生型花生种质资源具有根干重大、根基粗大和主侧根干重比大等特点.用根系性状和AFLP标记都能将22份花生品种分为两大组,但是AFLP标记聚类结果比根系性状的聚类结果更能反映花生品种亲源关系和地域生态上的差异.     

芒果种质资源果实性状的多样性分析与评价

本研究以广西大学芒果种质资源圃收集保存的39份芒果种质资源为实验材料,观测其果实的13个性状指标。结果表明,供试芒果种质的果实性状存在着丰富的遗传多样性,其中可滴定酸、单果重和可溶性糖的变异系数分别为88.49%、45.01%和32.95%,遗传变异较大,这3项性状在未来芒果实生选种中应重点考虑。主成分分析和R型因子聚类分析发现果实纵径、果实横径、单果重、可食率、可溶性固形物、可溶性糖和可滴定酸是导致供试芒果种质遗传差异变化的主要原因,因此在芒果种质资源遗传多样性分析与评价中应重点研究这7项性状。Q型聚类结果显示,39份芒果种质可划分为Ⅰ和Ⅱ两组,绝大部分实生种质资源与主要栽培品种聚类到第Ⅰ组,第Ⅰ组又可划分为Ⅰ-1和Ⅰ-2两个亚组,亚组Ⅰ-2的果实大于亚组Ⅰ-1的但小于第Ⅱ组的种质。本研究结果为芒果资源评价和新品种的选育提供了理论依据。     

东北梅花鹿居群内亲缘关系的AFLP指纹分析

用扩增片段的长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)标记分析研究了东北梅花鹿同一居群内27个个体的亲缘关系,并以此作为优良种鹿选育种的辅助手段。筛选出9对AFLP引物组合,用EcoRⅠ/MseⅠ双酶切,对27只东北梅花鹿基因组DNA进行AFLP检测,共获得15 169条扩增带,检测出多态性条带11 443,多态性比率78.43%,平均每对引物检测到1 271个多态性位点。群体内相似系数AFLP研究结果,平均为0.7841(0.6809-0.8648),27只鹿聚为Ⅰ和Ⅱ两大类群,Ⅱ大类群分为5组,说明该鹿群个体间有较丰富的遗传变异,且与人工定向选配种有关。Ⅱ-4组群体内相似系数最高,在0.82以上,个体之间遗传距离最小在0.1354-0.1563之间,与繁殖记录的亲缘关系基本一致。该研究表明AFLP指纹技术用于梅花鹿遗传多态性分析,品种鉴定及亲缘关系分析是可行的。     

红豆杉种质资源遗传多样性的AFLP分析

目的：通过对5份红豆杉种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性。方法：采用扩增片段长度多态性（AFLP）标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选了32对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS-PC软件计算并分析了红豆杉种质间的相似度,构建了遗传系统进化树。结果：（1）SDS法提取的红豆杉基因组DNA质量较佳,能够满足AFLP分析的要求;（2）从32对选择性扩增引物中,筛选出10对多态性较强、带型较好、分辨率较高的组合;（3）构建了红豆杉AFLP指纹图谱,将5个红豆杉种质全部区分开来;（4）通过构建进化树,把5个种质分成3类。结论：红豆杉种质资源有丰富的遗传多样性。     

中籼杂交水稻亲本多态性的AFLP分析

对15个籼型杂交水稻亲本进行AFLP分析,结果表明：亲本间遗传距离小,在0.0589-0.3305之间,平均为0.2033。15个亲本按类平均法可聚为两类,Ⅰ类为不育系,Ⅱ类为恢复系。其中Ⅱ类又分为两个亚类,Ⅱ－1不含明恢63血缘、Ⅱ－2全部含明恢63血缘。Ⅰ/Ⅱ－1与Ⅰ/Ⅱ－2间的遗传距离无明显差异,揭示恢复系的遗传基础较一致,这可能是当前的品种不能超过籼优63的重要原因之一。要提高水稻的杂种优势,需丰富亲本的遗传基础,扩大其遗传差异。     

西瓜核心种质的AFLP指纹图谱和SCAR标记

西瓜(Citnllus lanatus (Thunb.) Mansf.)种质资源的鉴定与评价是对其有效利用的基础。以往的研究表明,西瓜是一种遗传资源特别狭窄的作物,在用同工酶、RAPD及SSR技术对西瓜种质资源进行鉴定时,发现很难将品种完全区分开来。本研究利用高效可靠的AFLP技术,对30个西瓜核心种质材料进行了遗传分析,最终建立了这30个材料的DNA指纹图谱。在该图谱中,每个材料均有其独特的“指纹”,材料之间可以相互区分开来。为了进一步利用AFLP分子标记,将重要抗病种质材料“P1296341”的AFLP特异带转化成了生产上可以直接利用的SCAR标记。     

转化生长因子-β族信号的转导

ＴＧＦ－β族细胞因子通过各自信号转导产生多种生物学效应,其基本过程是：信号沿ＴＧＦ－β族配体→受体→ＳＭＡＤ蛋白→转录因子→ＤＮＡ表达的次序较导,在ＴＧＦ－β族各因子刺激各自具有蛋白激酶活性的两型膜受体时,各因子先结合Ⅱ型受体,结合配体的Ⅱ型受体再激活Ⅰ型受体。活化的Ⅰ型受体磷酸化通路特异性ＳＭＡＤ,后者与公用性ＳＭＡＤ结合后从胞浆移至核内,核内ＳＭＡＤ通过与转录因子结合和直接与ＤＮＡ结合调节基因     

转化生长因子-β族信号的转导

TGF-β族细胞因子通过各自信号转导产生多种生物学效应,其基本过程是：信号沿TGF-β族配体→受体→SMAD蛋白→转录因子→DNA表达的次序转导.在TGF-β族各因子刺激各自具有蛋白激酶活性的两型膜受体时,各因子先结合Ⅱ型受体,结合配体的Ⅱ型受体再激活Ⅰ型受体.活化的I型受体磷酸化通路特异性SMAD,后者与公用性SMAD结合后从胞浆移至核内,核内SMAD通过与转录因子结合和直接与DNA结合调节基因的表达.     

倍性分析和AFLP标记相结合鉴定金柑新种质

采用倍性分析和AFLP标记相结合,对滑皮金桔和变异单株金柑Ⅱ进行遗传鉴定分析。结果表明:滑皮金桔是2倍体,金柑Ⅱ是4倍体;选用12对AFLP引物组合,就8份金柑资源进行遗传多样性分析及分类研究,共获得清晰可见的标记341,其中多态性标记95,占27.8%,供试材料相似系数在0.867~0.985之间,能将8个品种区分开,滑皮金桔与普通金柑相似性系数为96.8%,金柑Ⅱ与普通金柑相似性系数为95.8%,滑皮金桔与金柑Ⅱ相似性系数为95.7%。表明滑皮金桔和金柑Ⅱ是不同于普通金柑的变异新种质,可以直接作为品种资源加以利用。     

Whole-Genome Methylation Sequencing of Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea) Liver Under Hypoxia and Acidification Stress

Marine Biotechnology - Large yellow croaker (Larimichthys crocea) is an important aquaculture species in China. This study analysed whole-genome methylation differences in liver tissues of young...     

Genome-Wide Association and Expression Analysis Revealed the Candidate Variants and Molecular Underpinnings of Cold-Stress Response in Large Yellow Croaker

Marine Biotechnology - Large yellow croaker (Larimichthys crocea) is one of the most economically important fish in China. Recently, global climate change has caused more and more intense and...     

Disruption of mstn Gene by CRISPR/Cas9 in Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea)

Marine Biotechnology - The large yellow croaker (Larimichthys crocea) plays an economically vital role in the marine aquaculture in China. Suffering from infection of bacteria and protozoon, effect...     

大黄鱼ATG10基因的分子特征及其在抗病毒免疫中的功能

为了研究自噬相关基因ATG10(Autophagy related gene 10)在鱼类免疫应答中的功能, 研究克隆了大黄鱼(Larimichthys crocea)ATG10基因(LcATG10)的cDNA序列, 其开放阅读框全长747个核苷酸, 编码248个氨基酸的蛋白, 包含1个Autophagy_act_C结构域。系统进化分析显示, LcATG10和其他硬骨鱼类ATG10聚成一支, 与金头鲷和石斑鱼ATG10亲缘关系最近。LcATG10在所检测的正常大黄鱼各组织中都有表达。在病毒类似物poly (I:C)刺激后, 大黄鱼脾脏和头肾组织中LcATG10的表达水平显著上调, 分别在12h和6h达到峰值(9.4和5.9倍)。LcATG10在大黄鱼头肾细胞系(LYCK)、原代巨噬细胞、淋巴细胞和粒细胞中也均有表达, 在原代粒细胞中的表达量相对较高; 在poly (I:C)刺激后, 大黄鱼原代头肾粒细胞和LYCK细胞中LcATG10的表达水平显著上调。过表达LcATG10的鲤上皮瘤(Epithelioma papulosum cyprinid, EPC)细胞受鲤春病毒血症病毒(Spring viremia of carp virus, SVCV)感染48h后, 细胞病变效应(Cytopathic effects, CPEs)明显低于对照组; 细胞培养上清中SVCV病毒滴度为103.55 TCID₅₀/mL, 显著少于对照组; SVCV标志基因SVCV- G、SVCV-M和SVCV- P的表达水平也显著低于对照组, 分别是对照组的0.022、0.015和0.022倍。这些研究结果表明LcATG10在大黄鱼抗病毒免疫应答中发挥作用, 为深入研究自噬在大黄鱼抗病毒免疫中的分子机制奠定了基础。     

Tissue-Specific Analysis of Alternative Splicing Events and Differential Isoform Expression in Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea) After Cryptocaryon irritans Infection

Marine Biotechnology - The large yellow croaker (Larimichthys crocea) is one of the most important mariculture fish in China. Recently, cryptocaryonosis caused by Cryptocryon irritans infection has...     

浙江南部近海小黄鱼资源分布及其与环境因子的关系

根据2015—2016年浙江南部近海4个航次的底拖网资源调查数据,利用广义可加模型分析了调查期内小黄鱼资源的分布特征及其与环境因子的关系.结果表明:浙江南部近海的小黄鱼资源主要集中在鱼山渔场,夏季为小黄鱼资源的高产期,站点平均资源密度达到500.74 kg·h^-1·km^-2.不同季节影响小黄鱼资源密度及其分布的环境因子各不相同.其中,环境因子对秋季小黄鱼资源密度的影响效果并不显著.春季,小黄鱼主要分布于水深较浅的高盐水域;夏季,水温和盐度均与小黄鱼资源密度呈负相关关系,小黄鱼主要分布于中温高盐的鱼山海域;冬季,水温与资源密度呈正相关,小黄鱼栖息于水温适宜的外侧站点水域.总体上,小黄鱼资源的分布特征符合其洄游习性,但个别环境因子与资源密度的关系难以解释,仍需进一步研究.研究结果有助于了解浙江南部近海小黄鱼群体的生活习性,以及对小黄鱼资源的养护和管理.     

基于集成模型的小黄鱼越冬群体适宜生境及其环境影响因素

小黄鱼是中韩渔业共同利用鱼种,其跨界洄游习性限制了对越冬场范围的调查和评估,导致对越冬群体适宜栖息地分布缺乏了解。本研究基于越冬期我国自然海域的物种分布点位数据和5个环境数据,运用8个物种分布模型(SDM)分析了小黄鱼越冬场分布范围,采用5折交叉验证,利用受试者工作特征曲线下面积(AUC)评价模型预测性能,并通过加权集成方法构建综合生境模型预测越冬场核心分布位置。结果表明: 出现/未出现数据模型预测准确度普遍高于仅出现模型;在出现/未出现数据模型中,机器学习方法预测准确度高于经典回归模型,支持向量模型(SVM)准确度最高(AUC=0.85),广义线性模型(GLM)准确度最低(AUC=0.73)。集成模型AUC较单一独立模型的准确度有所提升,表明集成模型能有效降低单一独立模型所带来的不确定性,提高模型预测准确度。变量重要性分析结果显示,盐度和温度是决定小黄鱼越冬场地理分布的重要因素,适宜分布区集中在黄海南部外海、东海北部外海和浙江省沿岸海域,而黄海南部沿岸海域和东海中南部外海为不适宜越冬区。研究结果为预测小黄鱼潜在越冬场提供了理论基础,可支撑越冬场渔业资源的空间规划和可持续利用。     

浙江南部近海小黄鱼生长和性成熟特征的异质性

鱼类生长和性成熟是渔业资源生物学研究的基础内容。为分析小黄鱼的生物学特征,本文以2015年11月—2018年11月浙江南部近海13个渔业资源季度调查航次获得的4920尾小黄鱼样品为研究对象,使用线性混合效应模型(LMEM),研究了小黄鱼生长和性成熟特征的异质性。结果表明: 小黄鱼体长范围为13～215 mm,优势体长组为110～154 mm,体重范围为0.5～182.2 g,优势体重组为20～55 g。体长和体重关系方面,加入季节、性别和年份随机效应的LMEM模型AIC值和RMSE值最小,拟合效果最好,季节对小黄鱼体长和体重关系的影响最显著。小黄鱼体长(L)和体重(W)关系为W=4.22×10^-5L^2.79,在体长大于160 mm后,小黄鱼体重增长率春季、夏季最快,冬季次之,秋季最慢,2015年体重增长率最快,其次为2017和2018年,2016年最慢,雄性体重增长率快于雌性。小黄鱼样品中,性腺成熟度为Ⅱ期的未性成熟小黄鱼比重最高,占50.4%,达到性成熟的仅占19.6%。加入季节、年份随机效应的LMEM模型对于小黄鱼体长和性成熟概率关系的拟合效果最好,AIC值和RMSE值最小。模型结果表明: 季节对小黄鱼性成熟概率和体长关系的影响最显著,50%的性成熟体长(L_50%)值在冬季最小(124.6 mm),其他季节差异不明显,冬季性成熟速度最快。本研究表明,线性混合效应模型能较好地反映小黄鱼的生物学异质性,小黄鱼生长和性成熟具有显著的季节变化,在进行渔业资源评估和管理时应予以充分考虑。     

浙江沿岸春秋季小黄鱼生长异质性

为更精准地掌握浙江沿岸春秋季小黄鱼生长动态,本文利用2014—2019年春季(4月)和秋季(11月)在浙江沿岸海域底拖网调查资料,通过构建一个广义线性模型(GLM)和9个线性混合效应模型(LMEM)来研究小黄鱼生长的异质性。结果表明:小黄鱼平均体长为124.12 mm(15～210 mm),优势组为110～140 mm;平均体重为33.28 g(0.04～156.2 g),优势组为30～50 g。根据AIC最小准则,同时具有季节和水域对生长参数a、b随机效应的LMEM模型最优,且交叉验证的结果也表明此模型的预测效果最佳。在最优模型中,生长参数a的固定值为0.61×10^-4,加入季节和水域随机效应后a值为0.32×10^-4～1.91×10^-4,b的固定值为2.73,加入季节和水域随机效应后b值范围为2.49～2.86,表明小黄鱼为负异速生长,季节和水域对小黄鱼体长与体重关系有显著影响。从季节上来看,春季小黄鱼生长速度快于秋季,从水域分布来看,离岸距离越短的水域小黄鱼生长速度越快。     

Microsatellite–Centromere Mapping in Large Yellow Croaker (<Emphasis Type="Italic">Pseudosciaena crocea</Emphasis>) Using Gynogenetic Diploid Families

The large yellow croaker (Pseudosciaena crocea) is an economically important marine fish in China. Inheritance of 22 heterozygous microsatellite loci was examined in normal crossed diploid families and meio-gynogenetic families in P. crocea. Two gynogenetic families were produced via inhibition of the second polar body in eggs fertilized with UV-irradiated sperm. The ratio of gynogenesis was proven to be 100% and 96.9% in the two families, respectively. Of the 22 examined loci, 4 showed a segregation distortion in both control and gynogenetic families. Microsatellite–centromere (M–C) map distances were examined using 18 loci with normal Mendelian segregation. Estimated recombination rates ranged between 0 and 1.0 under the assumption of complete interference. High recombinant frequencies between heterozygous markers and the centromere were found in large yellow croaker, as in other teleosts. The average recombination frequency was 0.586. Ten loci showed high M–C recombination with frequency greater than 0.67. M–C distances provide useful information for gene mapping in large yellow croaker.