用RAPD和ISSR检测的橡胶树野生种质和栽培品种的遗传多样性

用19个RAPD引物和12个ISSR引物对14份野牛橡胶树种质和我国的37份栽培品种进行了遗传多样性分析。RAPD引物共产生132条带,多态性带占88．6％,相似系数变化范围在0．432—0．947。ISSR引物其产生101条带,多态性带占87．1％,相似系数为0．505—0．941。平均基因杂合度分析表明野生种质比栽培品种具有较高的遗传多样性。根据UPGMA法对51份材料进行聚类分析,结果表明,ISSR分析中所有材料可分为2类：第一类为野生种质,第二类为栽培品种：而RAPD分析中野牛种质和栽培品种不能被分为明显的两人类。虽然ISSR和RAPD的聚类分析结果存在差异,但对两种方法进行的相关分析表明,他们之间仍存在极显著相关性,相关系数为0．574。品种PR107、热研217等一些栽培品种可以通过特异带在51份供试材料中被区分开。这些结果可以对橡胶树的育种上作起到一定的指导作用,同时RAPD和ISSR技术也是进行橡胶树品种鉴定和遗传多样性研究的有效手段。     

桃种质资源亲缘关系的研究进展

种质资源是现代育种和生物技术研究的物质基础。桃种质资源亲缘关系的研究将为探讨桃的起源、进化、分类、育种和资源利用提供科学依据。本文从形态学、细胞学、孢粉学、生物化学及DNA分子标记等几个方面综述了桃种质资源亲缘关系的研究进展,探讨了桃种质资源亲缘关系的研究现状、前景及尚需解决的问题,并就进一步开展桃种质资源亲缘关系的研究进行了分析,提出桃种质野生种、近缘野生种厦不同栽培品种群间的分子系统学关系是今后研究的重点。     

80份甘蔗种质RAMP标记遗传多样性分析

采用RAMP分子标记技术对80份甘蔗种质(32份祖亲种、48份栽培品种或品系)的遗传基础进行了分析。从30对引物组合中筛选出4对多态性较强引物,构建了甘蔗80份种质的RAMP指纹图谱,这四对引物组合共扩增出84条带,其多态性为91.7%。80份种质的遗传相似系数变化范围在0.433～0.988,平均0.710。聚类分析表明,随着相似系数结合线的不同,可分别将参试的甘蔗种质从属间(甘蔗属与斑茅种)、野生种(割手密种、大茎野生种、印度种、中国种)与栽培种(热带种)间、栽培种与杂交栽培品种(或品系)间区别开来。各祖亲种与杂交栽培品种(或品系)的遗传相似性由大到小依次为热带种>印度种和中国种>大茎野生种＞云南割手密种＞其它割手密种＞斑茅。另外,本试验首次利用RAMP标记,获得了部分热带种、野生种及斑茅种特异片段,并发现这些特异片段能不同程度地在具有其血缘的栽培种中得到传递。     

卡瓦胡椒及胡椒的RAPD聚类分析

目的：通过RAPD分析搞清楚卡瓦胡椒与胡椒及胡椒属其它近缘野生种的亲缘关系。方法和结果：采用随机引物80条进行筛选,用从80条随机引物中入选的20条引物,对卡瓦胡椒和胡椒属共计28份材料进行RAPD扩增,均能产生清晰的扩增谱带。重复1—2次,结果稳定可靠。20个引物共扩增出170个条带,其中多态性条带有20条,占总扩增条带数的12％。RAPD分析结果显示在相似系数0．36处对28份种质可划分为6个类型,其中卡瓦胡椒被单独聚为一类,说明卡瓦胡椒与胡椒及其它近缘野生种的亲缘关系有一定的距离。     

甘蔗属不同种及优良甘蔗栽培品种的SSR标记遗传多样性分析

应用21对SSR引物与毛细管电泳技术,分析了52个甘蔗属品种的遗传多样性。共检测出327个SSR标记,平均每对引物检测15.6个。选择141个共显性标记构建SSR标记指纹图谱数据库,利用DNAMAN软件与UPGMA统计方法分析参试材料遗传多样性。DNAMAN软件同源分析显示,新台糖16号与台优1号之间的同源性最高(87%),品种之间最小的同源性为55%;利用UPGMA统计方法可把参试材料分成4个遗传相似性较高的类群。结果表明,SSR标记与毛细管技术的结合,可构建甘蔗种质资源SSR标记指纹图谱、分析甘蔗种质资源遗传多样性。聚类分析显示参试甘蔗材料的遗传基础相近,为了提高甘蔗选育种效率,应拓宽甘蔗选育种亲本的遗传基础,提高杂交栽培品种的抗虫、抗病等特性。     

菜豆种质资源RAPD多样性的研究Ⅱ

本研究收集了我国 43个栽培品种 ,国际热带农业中心 1 3个半野生品种 ,波兰 4个矮生品种共 60个菜豆品种资源 ,将其分成三大类型 ,即蔓生种 35个 ,矮生种 1 2个 ,半野生种 1 3个 ,从RAPD标记上进行了研究 ,探明种内及各种群间的遗传相似度、遗传距离 ,绘制聚类分析图。综合RAPD标记聚类图 ,表明 :蔓生种群分为五大类 ;矮生种群分为二大类 ;半野生种群分为二大类。我国是菜豆的主要育种、栽培地区 ,收集国内外菜豆种质资源 ,开展DNA水平的分子标记将有助于了解菜豆种内、各种群间的遗传基础 ,确定各资源材料间的亲缘关系 ,为我国菜豆种质资源的保存及培育优良品种工作提供一定的理论依据     

叶子花种质资源遗传多样性及亲缘关系的RAPD和ISSR分析

利用RAPD和ISSR标记对48份叶子花种质进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果显示:(1)筛选出具有多态性的RAPD引物7条、ISSR引物11条,RAPD引物共扩增97条多态性条带,ISSR引物共扩增140条多态性带,多态性百分率均达100%。(2)根据两种标记的扩增结果,用UPGMA法对48份叶子花种质的聚类分析显示,48份供试材料间具有较丰富的遗传多样性,其品种间遗传相似系数RAPD为0.318 8～0.955 6,ISSR为0.349 5～0.900 0;两种分子标记均能清楚地将48份种质材料区分开来,对种质类群的划分结果基本一致,仅有些许差异。(3)聚类分析结果显示,48份种质可分为两大种系:1)B.glabra种系,其品种大多以其种内来源为主;2)涵盖了B.spectabilis、B.peruviana、B.×buttiana和B.×spectoglabra等4个种的种系,种质构成较为复杂。(4)两种标记聚类结果呈显著相关关系,相关系数为0.752 3。研究表明,对一些形态上无法细分的叶子花种质(类群),RAPD和ISSR分子标记是可靠的鉴别方法。     

中国食用向日葵种质资源遗传变异的RAPD及AFLP分析

本研究采用RAPD和AFLP方法对23个中国不同地区的食用向日葵（Helianthus annuus L.)骨干品种进行了遗传变异分析,同时对两种标记系统进行了比较。26个RAPD引物产生了总计192条DNA条带,大小分布 于0.26kb-1.98kb之间,其中165条（86．12％）具有多态性,每条引物产生DNA条带的平均数为7．38。8对AFLP引物组合共产生了576条带,分布于100bp-500bp之间,其中的341条具有多态性,多态百分率为76．00％,每对引物组合产生DNA条带的平均数为72。RAPD方法检测的每位点有效等位基因数（1．76）大于AFLP（1．65）,AFLP标记位点的平均多态性信息量（PIC）（0．38）低于RAPD标记位点PIC（0．41）,但AFLP标记具有很高的多态性检测效率（Ai=38．52）。用RAPD标记分析23个食用向日葵材料的亲缘关系,Nei氏相似性系数分布在47．84％－82．06％,平均相似性系数为0．6495,而采用AFLP的Nei氏相似性系数分布在54．15％－83．52％,平均相似性系数为0．6884。RAPD数据的标准差为0．13,而AFLP数据的标准差为0．08。因此,采用RAPD和AFLP方法分析食用向日葵遗传变异,RAPD标记具有较低相似性系数和较高方差而AFLP则相反。源于两种不同标记的遗传相似矩阵的相关系数为0．51,说明采用RAPD和AFLP系统分析食用向日葵遗传变异得到的结果有一定的相关性,无论采用RAPD还是AFLP标记进行聚类分析,都将23个不同基因型的食用向日葵材料分成了三个类群。     

利用RAPD标记研究几种淡水腹足类的亲缘关系

以软体动物腹足纲、中腹足目的光滑狭口螺、长角涵螺、纹沼螺、赤豆螺、大沼螺几个形态分类的近缘种及梨形环棱螺(对照)作为研究对象,用随机扩增多态DNA技术对上述动物进行了20个引物的扩增,共获得117条扩增谱带,单个引物扩增的RAPD标记在3-12个之间,片段长度在30—3000bp之间。试验结果显示：淡水螺类的RAPD标记具有明显的多态性,而且种间的扩增标记及差异程度可以反映出物种间系统演化过程的亲缘关系。通过数值聚类制图后得到：长角涵螺、纹沼螺、大沼螺、赤豆螺之间的亲缘关系较近,而光滑狭口螺、梨形环棱螺与上述4个种的亲缘关系较远,其结果与新修订的淡水中腹足目科级分类方案相当吻合。     

分子标记技术在大黄属植物种质资源研究中的应用

介绍了几种常用分子标记RAPD、AFLP、SSR、ISSR和SRAP的原理和特点,着重论述了分子标记在大黄属植物遗传多样性、亲缘关系和种质鉴定等方面的应用,分析了大黄种质资源研究中存在的问题和提出了今后研究工作的重点。     

柚类种质资源RAPD标记研究的引物筛选

利用 10 0个 10碱基随机引物 ,对柚类 4个品种酸柚、沙田柚、文旦柚和泰国柚进行了RAPD标记的引物筛选研究 ,结果为无扩增产物的引物 18个 ,在 1、 2、 3个和所有 4个样品中有扩增产物的引物数分别为 2 0、 13、 2 5和 2 4个 ;读取了 12个在所有 4个样品中都有扩增产物的引物的 RAPD带 ,计算了样品间 RAPD多态性位点的百分率为 60 .6% ;计算了样品间的相似系数和遗传距离 ,并对遗传距离进行了 UPGMA聚类分析 ,论证了利用所筛选出的引物对柚类进行 RAPD标记研究的可行性和可靠性     

两个不同地区东方田鼠杂交子代RAPD标记分析

目的研究不同地区东方田鼠杂交后产下的子代的遗传特性.方法筛选4条10bp随机引物对宁夏和洞庭湖地区东方田鼠杂交子代的基因组进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,并对不同地区亲代以及子代相互之间的基因组DNA进行相似性分析.结果①所有东方田鼠均有相同的扩增片段出现;②两个不同地区的亲代分别有特异性片般;③亲代的DNA带型均能在子代中找到;④同一胎次东方田鼠之间基因共享度大约在72%～96%之间.结论RAPD分析能在一定程度上反映出东方田鼠种的特性以及亚种的特异性,而且同一胎次之间基因共享度较高.     

Molecular Differentiation of Sexually Incompatible Strains of Agaricus bitorquis Using RAPD and AFLP Markers

Twenty RAPD primers amplified 216 DNA fragments in nine germplasm strains and two newly developed hybrids of Agaricus bitorquis, out of which 98.61% were polymorphic. Six AFLP primer-combinations generated a total of 271 AFLP fragments in nine germplasm strains and six newly developed hybrids, out of which 91.14% were polymorphic. Dendrograms based on UPGMA algorithm and SAHN clustering clearly showed two major phylogenetic groups with both the DNA markers in the germplasm and the hybrids clustered with their parental groups. Genetic similarity between the two groups was 6.52% with RAPD and 18.13% with AFLP markers. Ten most informative primers were identified for initial screening of uncharacterized germplasm using RAPD analysis. Further, AFLP revealed a great power of detection of genetic diversity and validated its usefulness for guiding breeding programmes. The findings are of immediate value to breeders to explore hybridization between genetically diverse parents within the sexually compatible groups. Present study is the first report on the exploitation of AFLP markers in button mushroom for molecular characterization and mushroom breeding.     

DNA fingerprinting of jute germplasm by RAPD

The genotype characteristic of cultivars was investigated, along with varieties of both of the jute species, Corchorus olitorius and Corchorus capsularis, in the germplasm collection at the Bangladesh Jute Research Institute (BJRI). DNA fingerprinting was generated for 9 different varieties and 12 accessions of jute cultivars by using random amplified polymorphic DNA (RAPD). A total of 29 arbitrary oligonucleotide primers were screened. Seven primers gave polymorphism within the varieties, and 6 primers detected polymorphism within the accessions that were tested. A dendrogram was engendered from these data, and this gave a distinct clustering of the cultivated species of jute. Therefore, we generated RAPD markers, which are species-specific. These primers can distinguish between C. olitorius and C. capsularis. From the dendrogram that we generated between the various members of these two species, we found the existing genetic classification that agrees with our molecular marking data. A different dendrogram showed that jute accessions could be clustered into three groups. These data will be invaluable in the conservation and utilization of the genetic pool in the germplasm collection.     

Detection of Polymorphic DNA and Taxonomic Relationships Among 10 Wild Perennial Soybean Species Using Specific and Arbitrary Nucleotide Primers

Polymorphic DNA in complex genomes of agronomic crops can be detected using specific nucleotide and arbitrary primers and the polymerase chain reaction (PCR). Nineteen accessions representing 10 species of the wild perennial soybean were evaluated using 4 sets of specific primers and 3 sets of random amplified polymorphic DNAs (RAPD) primers. The potential of the RAPD assays was further increased by combining two primers in a single PCR. The fragments generated by the two assays discriminated 10 wild species by banding profiles. The size of the amplified DNA fragments ranged from 100 to 2100 base pairs. The resolved PCR products yielded highly characteristic and homogeneous DNA fingerprints. The fingerprints were useful not only for investigating genetic variability but also for further characterizing the wild soybean species by detecting inter- and intra-specific polymorphisms, constructing dendrograms defining the phylogenetic relationships among these species, and identifying molecular markers for the construction of genetic linkage maps. Furthermore, unique markers distinguishing particular species were also identified. Thus, it is expected that PCR will have great relevance for taxonomic studies. This revised version was published online in July 2006 with corrections to the Cover Date.     

红莲型杂交稻(红莲2号)及其骨干亲本的RAPD分析与鉴定

利用RAPD技术,从248个随机寡核苷酸引物（10－mer）中筛出18个引物对红莲型杂交稻组合红莲2号及其亲本（T－07A、T－07B、YD6－05）,另6个红莲型胞质不育系的骨干恢复和汕优63及其亲本共14份水稻材料进行分析。共检测到173个多态性标记。聚类分析结果表明：不育系与保持系间因核背景相似,遗传差异很小;杂种（F1）的基因型更倾向于恢复系;恢复系与保持系间遗传距离的相对较大,但各恢复系之间的遗传距离较小。利用这些标记能有效地地区交组合中不育系,保持系、恢复系和杂种（F1）。     

Genetic variation in monoploids of diploid potatoes and detection of clone-specific random amplified polymorphic DNA markers

Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers have been used to study the genetic variation among androgenetic monoploids of diploid Solanum species. Cluster analysis of pairwise genetic distances was used to construct a genetic relationship among anther donor and anther-derived potato plants. The clustering based on Rogers' distances resembled classifications based on parental origins and hybrid combinations. Six of the 32 RAPD primers used resulted in the selective amplification of DNA fragments which were polymorphic between the two S. phureja parental clones, 1.22 and A95. It should be possible to construct a genetic linkage map, without making crosses, using monoploids derived from a single heterozygous diploid clone and RAPD markers.     

29份云南甘蔗创新种质的SSR遗传多样性分析和指纹图谱构建

该研究以16份甘蔗骨干亲本为参照,对29份云南甘蔗创新种质进行SSR指纹图谱构建和遗传多样性分析,以明确创新种质与16份亲本间的遗传基础和多样性水平。结果表明:6对引物共扩增出104条带,其中101条为多态性条带,多态性条带比例为97.25%;45份材料的遗传相似性系数为0.235 3~0.891 3,平均值为0.563 3;其中16份甘蔗骨干亲本的遗传相似性系数为0.301 6~0.755 6,甘蔗创新种质与甘蔗骨干亲本的特异条带比例为14∶1,涵盖了割手密、大茎野生种、斑茅和滇蔗茅等基因源。根据骨干亲本间的相似性系数范围,在相似性系数为0.43处,可将种质分为6大类群,亲缘关系相对较远,适宜作为种质间的杂交利用。通过引物区分效率分析,6对引物扩增的多态信息量为0.967 9~0.975 8,其中MSSCIR21引物区分效率最高,利用MSSCIR21和SMC1047HA引物组合构建了云南甘蔗创新种质标准指纹图谱,在相似性系数为0.85处即可区分所有种质,图谱的鉴别准确率为100%,每份资源都有唯一的指纹图谱,可将29份创新种质和16份骨干亲本区分鉴别出来。该研究能够为后续杂交利用、种质鉴定和知识产权保护提供依据。     

利用RAPD和ISSR分子标记分析怀地黄种质遗传多样性

用RAPD与ISSR技术对怀地黄的8个品种和2个脱毒品系进行了种质遗传多样性分析。分别从80条RAPD引物和44条ISSR引物中筛选出适合怀地黄种质分析的17条RAPD引物和10条ISSR引物,用于RAPD和ISSR分析。17条RAPD引物共扩增出177条带, 多态性位点数为109; 多态性位点比率为61.58%;平均多样性指数(I)为0.3135;每个位点的有效等位基因数（Ne）是1.3641; 10条ISSR引物共扩增出110条带. 多态性位点数为79; 多态性位点比率为71.58%;平均多样性指数(I)为0.3577;每个位点的有效等位基因数（Ne）是1.4037。 基于扩增条带数据库建立了各自的Jaccard遗传相关系数矩阵,构建了相似的分子树状图,将10个供试材料分为2类:一类群含组培85.5、大田85.5、组培9302、大田9302、金状元和金白6个材料;另一类群含北京1号、大红袍、地黄9104和野生地黄4个材料。两种分子标记的分析结果呈极显著正相关(r＝0.649)。结果表明,RAPD与ISSR标记适合于怀地黄种质遗传多样性分析,ISSR标记技术是一种多态性和重复性优于RAPD技术的实用技术。