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1.
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莲品种DNA指纹图谱的构建
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《生物多样性》,2016年第1期
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为了克服单纯依据形态特性鉴定品种的局限性,我们开展了莲品种DNA指纹图谱构建研究,旨在对其品种的快速准确鉴定及专利权保护等起一定作用。本研究以圆明园保存的72个莲品种为实验材料,用来自不同地点的1,409份野生莲(Nelumbo nucifera)和58份美洲黄莲(N.lutea)群体样本作遗传背景参照。从104对核微卫星引物(n SSR)中筛选出15对,从17对叶绿体微卫星(cp SSR)引物中筛选出2对,共17对引物作为72个莲品种DNA指纹鉴定的条码。15对n SSR引物共检测到94个等位基因(平均6.27个),其中11个属于美洲黄莲,65个属于野生莲,18个不能区分;多态信息含量(PIC)介于0.3899–0.8023之间(平均0.5748)。2对cp SSR引物共检测到13个单倍型,其中9个属于野生莲,4个属于美洲黄莲。全部17对引物标记结果显示,共有19个品种含有美洲黄莲遗传组分,其中8个母系来源于美洲黄莲;有36个品种(涉及12对引物)具有至少1个特有基因型;最少8对引物组合可完全区分开68个品种。有2组共4个品种组内全部17对引物均不能区分。本研究通过核心引物组合法使68个莲品种获得特异性DNA指纹。推荐13对n SSR和2对cp SSR共15对引物作为莲品种鉴定的核心条码,并建议将形态特征与DNA指纹相结合作为莲品种的鉴定标准。
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2.
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32个柿主栽品种SSR图谱构建及遗传变异分析 被引次数：1
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艾呈祥 秦志华 陶吉寒 王长君《西北植物学报》,2011年第31卷第11期
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以32份柿主栽品种为试验材料,利用SSR标记技术构建其指纹图谱并进行遗传多样性分析。从78对候选引物中筛选出20对多态性高、稳定性好的引物作为核心引物,构建柿主栽品种SSR指纹图谱。结果显示:(1)20对引物在32份材料中共扩增出183条多态性条带,每对引物扩增出3～20条不等,平均每对引物扩增出9.15条,多态性比率为81.3%。各个位点的杂合度在0.410 3～0.914 3之间,平均为0.702 7。(2)8对引物在12个品种上具有特征带型,采用5对引物进行组合鉴定即可将32个柿品种完全区分开。(3)依据SSR带型特征,对每对引物生成的不同带型直接编号,简化柿SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA指纹图谱,结果表明,核心引物组合法比特征谱带法更适用于构建中国柿主栽品种DNA指纹图谱。(4)根据系统聚类分析将32个柿主栽品种分为两大类,品种间的亲缘关系与地理来源具有一定的相关性。
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3.
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基于EST-SSR标记的南方型黑杨主栽无性系鉴定及亲缘关系分析
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袁佳秋 田野 洑香香《植物研究》,2019年第5期
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以南方型黑杨引进后主栽区重点推广栽植的12个无性系为研究对象,利用EST-SSR分子标记进行多态性分析,并建立无性系鉴定的指纹图谱,为优良黑杨无性系的推广提供依据。用EST-trimmer对NCBI数据库中的EST序列进行分析、MISA软件找出SSR位点后运用primer 3在线设计获得的30对EST-SSR引物,对12个黑杨无性系进行PCR扩增。经过筛选获得18对多态性引物,对12个黑杨无性系进行扩增获得88个等位基因,多态率为70. 5%,平均观察等位基因数为2. 146 3,平均Shannon’s多样性指数为0. 592 7。通过5对引物组合(EU147、EU43、EU11、EU164和EU81)可以将12个黑杨无性系进行区分,并在此基础上构建指纹图谱。亲缘关系分析发现无性系间的遗传相似系数为0. 602 0～0. 904 0,平均值为0. 769 1;无性系间的遗传距离较近,与其均来源于美洲黑杨和欧美杨的相似遗传背景有关。总之,EST-SSR标记可以对南方型黑杨主栽无性系进行有效鉴定。
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4.
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四川核桃良种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析
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周于波 朱 鹏 龚 伟 王景燕 闫思宇 吴开志《西北植物学报》,2018年第38卷第7期
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为构建四川核桃良种指纹图谱,分析遗传多样性,增强品种间的区分能力,该研究利用SSR标记技术,对四川29个核桃良种进行遗传多样性和聚类分析。结果表明:(1)11对SSR引物共检测到121个基因型和80个等位基因,平均每个位点7.273个等位基因和11个基因型。(2)11个位点的平均有效等位基因数为3.644,平均观察杂合度为0.645,平均期望杂合度为0.718,平均香农信息指数为1.518,平均多态信息含量为0.680。(3)采用引物组合法利用引物wga001、wga032和zmz02构建了29个核桃品种的指纹图谱。(4)聚类分析结果表明,29个核桃品种按照品种类型优先聚类,四川本地核桃品种聚类关系与地理来源没有明显的相关性。研究认为,选用的11个SSR标记能够较好地运用于四川核桃品种的遗传多样性研究(PIC0.5);29个四川核桃品种间亲缘关系较近,遗传基础相对较窄。
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5.
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中国鸭茅主栽品种DNA指纹图谱构建 被引次数：1
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蒋林峰 张新全 黄琳凯 马啸 罗登 张宗瑜 蒙芬《植物遗传资源学报》,2014年第15卷第3期
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利用SSR标记和SCoT标记构建了我国主栽的21个鸭茅品种的DNA指纹图谱。从180对SSR引物和80个SCoT引物中,筛选出多态性高、谱带清晰的SSR引物和SCoT引物各24个。24对SSR引物在供试材料中共检测到186个条带,其中多态性条带为175个,品种特异条带6个,平均多态性比率94.03%,多态性信息量均值0.845,Shannon指数变幅0.4479~0.6549,基因多样性指数变幅0.2946~0.4633,可鉴别的品种数2~21个;利用24个SCoT引物在供试材料中共检测到321个条带,其中多态性条带为249个,品种特异条带6个,平均多态性比率76.33%,多态性信息量均值0.907,Shannon指数变幅0.2588~0.6329,基因多样性指数变幅0.1695~0.4451,可鉴别的品种数1~21个;5对SSR引物和5个SCoT引物在10个品种上具有唯一特征谱带,最终综合各项指标筛选出5个引物(A01E14、A01K14、B03E14、D02K13和SCoT23)上的37个条带用于鸭茅品种DNA指纹图谱构建,数据库中每个品种均具有唯一DNA指纹编码,构建的DNA指纹数据可用于鸭茅品种真伪鉴定,为品种权保护提供了科学依据。
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6.
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SSR标记在辣椒DUS测试中的应用研究
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《植物遗传资源学报》,2019年第2期
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为了评价SSR分子标记在辣椒(Capsicum annuum L.)品种特异性、一致性、稳定性(DUS)测试中的应用潜力,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和毛细管电泳技术,对辣椒SSR引物进行筛选,采用入选的30对核心引物,构建130份不同来源品种的指纹图谱。30对引物共检测到等位基因163个,每对引物等位基因变幅为2～15,平均等位基因数为5.43,多态信息量(PIC)的变异范围为0.17～0.76,平均为0.43。聚类分析表明,该套引物可以将所有参试品种区分开来,遗传基础相近的品种优先聚在一起。130个品种的遗传距离为0.01～0.91。有20对品种遗传距离小于0.10,其中3对品种有1个位点的差异,采用差异位点数判断品种特异性更适合目前辣椒品种现状。采用10对引物对品种0313963-4进行了一致性检测,综合一致性比率R值为96.5%,低于DUS测试中对表型性状一致性的要求。因此SSR标记直接用于辣椒DUS判定还需进一步研究,但是可用于近似品种筛选。
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7.
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中国主栽香菇品种SSR指纹图谱的构建
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张金霞《植物遗传资源学报》,2012年第13卷第6期
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以商业栽培的25个香菇(Lentinula edodes)品种为材料,应用SSR分子标记技术进行区别性分析。本研究使用14对引物,引物的多态性为100%,每对引物产生的等位基因数为2～9个,平均5.0个,基因型数为2～12个,平均6.3个。预期杂合度为0.1151～0.8131,平均预期杂合度为0.6126;PIC值为0.1064～0.7736,平均PIC值为0.5541。25个品种中,除申香10号和申香12号不能区分外,对其他23个品种清晰鉴别,为构建香菇栽培品种的SSR分子指纹图谱提供了依据和方法。本方法获得的数据可以成为重复性良好、实验室间可比对的香菇栽培品种标准指纹图谱,在品种特异性鉴定中不再需要已有所有品种做参照,较RAPD、ISSR、SRAP等鉴定方法工作量大大减少。
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8.
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基于SSR标记分析大豆疫霉根腐病抗源的遗传多样性
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《植物遗传资源学报》,2020年第2期
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丰富的遗传多样性可为大豆育种提供宽阔的遗传基础,本研究基于35对SSR标记,对60份东北地区大豆疫霉根腐病抗性品种进行了遗传多样性分析,共检测到189个等位基因,平均每个位点等位变异数5.4个,多态性信息含量指数(PIC)为0.1550～0.8195,平均为0.6636;遗传相似系数的变异范围为0.31～0.74。利用5对高多态性SSR引物构建了60份抗性材料的指纹图谱,这5对SSR引物构建的指纹图谱可以将60份疫霉根腐病抗性材料逐一区分开。采用NTSYS2.10基于遗传距离的聚类分析,将60份抗性材料分为7个类群,其中78.33%的抗性品种(系)的遗传相似系数在0.45～0.74间,表明遗传差异相对较窄,品种间遗传多样性水平较低。聚类分析与群体遗传结构分析结果有部分重合,均反映出不同地区的抗性材料间存在一定的渗透和交流。
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9.
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中国30个陆地棉主栽品种的SSR指纹图谱
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李成奇 李慧平 赵海红 董 娜 王清连 艾尼江《西北植物学报》,2014年第34卷第11期
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利用SSR分子标记技术,对中国不同生态棉区曾经或正在种植的主要来源于岱字棉、斯字棉、福字棉、乌干达棉的30个陆地棉主栽品种进行了DNA指纹分析。从1 803对SSR引物中筛选到重复性好、多态性丰富的20对核心引物。这些引物分属棉花15条染色体,共检测到116个等位基因,平均每对引物5.8个;PIC值范围为0.384~0.900,平均为0.716;MI值范围为1.152~9.000,平均为4.374。30个品种中有4个品种具有各自的特异引物,可将其与其它26个品种区分开,其它26个品种可利用至少2对引物组合进行区分。为更方便、准确地鉴定各品种,构建了30个品种20对核心引物的十进制数字指纹代码。该研究为陆地棉的品种鉴定和纯度检测、新品种权益保护以及标准DNA指纹库构建提供了重要依据。
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10.
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利用SSR标记构建枸杞品种分子身份证
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《生物技术通报》,2018年第9期
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以16个枸杞品种为材料,利用SSR标记构建枸杞分子身份证,为枸杞品种鉴定和保护提供参考。从600对SSR引物中筛选出多态性高、稳定性好、均匀分布在枸杞12条染色体上的24对引物,对16个枸杞品种进行扩增,共检测到等位基因155个,每对引物检测到等位基因数在3-10,平均为6.5个;共检测到基因型208个,每对引物检测到基因型在3-14个,平均为8.7个;多态信息含量(PIC)变幅在0.461-0.848,平均为0.682;Shannon’s信息指数变幅在0.939-2.055,平均为1.487。基于最少引物鉴定最多种质的原则,筛选出等位基因数、基因型数和PIC值均大于平均值,且Shannon’s信息指数 1.7引物,最终确定出引物LBSSR0052和LBSSR0423组合可区分全部供试品种。根据这两对引物对所有品种扩增获得等位基因按照由小到大排序,然后将每个品种在这两个SSR位点的赋值依次组合,构建16个枸杞品种的分子身份证。结果表明SSR标记技术可以作为枸杞品种鉴定和分子身份证构建的有效技术手段。
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11.
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无籽西瓜品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析
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赵胜杰 朱红菊 路绪强 何楠 刘文革《植物遗传资源学报》,2013年第14卷第6期
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利用SSR标记构建了27份中国无籽西瓜主栽品种的DNA指纹并进行了遗传多样性分析。24对多态性引物共扩增出66种基因型，基因型数2-5个不等，平均2.75个。平均多态性信息量(PIC)为0.37，变化范围为 0.19～0.66。有4个品种具有特征谱带。27个品种遗传相似系数变化范围为 0.7045～1.0，平均0.8683。组合24对引物，除无法区分‘郑抗无籽1号’与‘雪峰花皮无籽’，其余品种均能一一区分开。采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.83处,可将27个品种分为3大类。
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12.
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新疆枸杞种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
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查美琴 赵玉玲 李疆 朱瑜 罗淑萍 胡月《植物遗传资源学报》,2016年第17卷第6期
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利用SCoT分子标记对新疆枸杞种质资源进行遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建,为杂交育种和种质鉴定提供理论依据.结果显示:9条SCoT引物扩增出条带256条,其中219条为多态性条带,多态性比率达85.62％,多态性信息含量(PIC)值变化范围在0.77 ～0.91之间,平均值为0.85,观测等位基因数(Ⅳa)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)的平均值分别为1.8562、1.4350、0.2611、0.3989,聚类分析表明,遗传相似系数变化范围在0.5938 ～0.8398之间,在遗传相似系数为0.66和0.71处,可将30份材料分别分为2大类和4个亚类,主坐标分析结果和聚类结果基本一致,同时利用5条多态性SCoT引物构建了30份材料的DNA指纹图谱.新疆枸杞种质资源遗传多样性水平较高,且SCoT分子标记适于新疆枸杞种质资源遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建,该研究结果为新疆枸杞种质资源评价、鉴定和新品种选育奠定了基础.
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13.
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天麻种质资源的SSR指纹图谱研究
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周天华 丁家玺 徐 皓 陈 琛《西北植物学报》,2018年第38卷第5期
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天麻(Gastrodia elata Bl.)为中国珍稀濒危传统药用植物,其不同种质之间形态特征差异微小,而药用成分差异较大,种质资源混乱。为了构建天麻种质资源的DNA指纹图谱,该研究应用SSR分子标记技术对天麻的3种变型(乌天麻、红天麻和绿天麻)、12个种群,共计120个样本进行了群体遗传分析。研究结果表明:(1)7对SSR引物均能对天麻样本成功进行PCR扩增且多态性丰富,每对引物的等位基因数(N_a)在5~7之间,平均为6.43;引物多态信息含量(PIC)范围为0.626 2~0.823 5,平均为0.759 5。(2)群体遗传分析结果表明,天麻在物种水平上和变型水平上均有较高的遗传多样性(物种水平:A=6.428 6,H=0.789 0,I=1.682 9;变型水平:A=2.666 6,H=0.523 9,I=0.812 3)。(3)分子方差分析结果显示,种群间和变型间均存在强烈的遗传分化(F_(st)=0.558 6,F_(ct)=0.381 8)。(4)种群聚类分析结果显示,相同变型的天麻种群首先聚在一起,3种变型能被完全分开,SSR指纹图谱在变型水平上鉴定效率良好;从120个样本中共检测出有112种基因型,Simpson指数(D)为0.99 8,说明SSR指纹图谱对天麻样本在个体水平上也有着良好的鉴定效率。该研究结果揭示了天麻的遗传背景,并建立了天麻的SSR指纹鉴定图谱,为其种质资源的保护、选育及药材鉴定奠定了科学依据与技术支撑。
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14.
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浙江赤霉病抗性不同的大麦地方品种遗传多样性分析
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贾巧君 朱靖环 汪军妹 杨建明《植物遗传资源学报》,2013年第14卷第3期
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采用SSR标记方法研究了43份对大麦赤霉病有不同抗性的浙江地方品种的遗传多样性。结果显示29对SSR引物在上述品种中共检测到87个等位基因，每对引物等位基因数在2~9之间，平均为3个；平均多态性信息含量（PIC）为0.3509，平均Shannon指数(I)为0.6951，平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.4268。品种间的遗传相似系数变幅为0.082~0.986，平均值为0.467。聚类分析将参试品种分为4大类。浙江省地方品种遗传多样性较高，二棱品种的遗传变异明显高于六棱品种；抗和中抗赤霉病品种的遗传变异也较大。聚类结果与品种来源无任何关系；主成分分析结果与聚类分析结果基本一致。
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15.
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番木瓜主栽品种SCoT指纹图谱构建及遗传变异分析
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杨祥燕 蔡元保 黄秋伟 陈 涛 覃剑峰 彭靖茹《西北植物学报》,2013年第33卷第9期
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利用SCoT标记对中国22个番木瓜主要栽培品种进行遗传多样性分析和指纹图谱构建,为番木瓜品种资源的鉴定和杂交亲本的选配提供技术参考。结果显示:(1)SCoT标记有效等位基因数(Ne)平均为1.47,Nei’s基因多样性指数(H)平均为0.26,Shannon’s信息指数(I)平均为0.39,表明SCoT标记具有较高的多态性检测效率。(2)聚类分析和主坐标分析结果表明,大部分番木瓜品种间的遗传相似系数为0.79~0.90,品种间遗传多样性水平较低;在相似性系数为0.75时可将所有品种分为3个组群。(3)6个SCoT引物可以将22个番木瓜品种完全区分开,每个品种都各有独特的指纹图谱,置信概率达到99.976%。
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16.
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广东省猴耳环遗传多样性研究
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闫晶晶 王雪鑫 范春节 陈祖旭 李梅 黄世能《热带亚热带植物学报》,2021年第29卷第5期
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为了解猴耳环(Archidendron clypearia)种质资源的遗传多样性,以广东省12个野生猴耳环群体的146份种质资源为材料,采用SSR分子标记技术对其遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,21对SSR引物共检测到249个等位基因,平均每对SSR引物检测的等位基因数(Na)为11.857,有效等位基因数(Ne)为3.500,期望杂合度(He)为0.718,多态信息含量(PIC)为0.676;12个群体中博罗群体的Shannon多样性指数(I=0.528)和有效等位基因数(Ne=0.716)均最大,是遗传多样性最丰富的群体;群体间的遗传分化系数为0.071,AMOVA分析表明,猴耳环的遗传变异主要在群体内(97%),群体内的遗传分化大于群体间。聚类分析表明,遗传系数在0.16时,可将12个群体分为6大类,与主坐标分析的结果大致相同。这为发掘、利用与保护猴耳环群体种质资源,开展猴耳环优良品种的遗传育种提供重要的理论依据。
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17.
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16 个蝴蝶兰品种 EST-SSR 遗传多样性分析
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张水明 陈程 陈芳芳 汪天《植物遗传资源学报》,2013年第14卷第3期
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利用 NCBI 上提供的8 188 条蝴蝶兰 EST 序列开发 EST-SSR 引物，用来分析市场上较常见的 16 个蝴蝶兰栽培品种的遗传多样性。结果成功开发出了 9 对多态性引物，这 9 对引物在 16 个蝴蝶兰品种上共检测出 45 个等位基因，每对引物可检测等位基因2 ~ 12 个，平均为 5 个；SSR 引物多态性信息量 (PIC) 变化范围为 0.527 ~ 0.981，平均为 0.755；16 个蝴蝶兰品种间的遗传相似系数在 0.550 ~ 0.875 之间，平均值为 0.728，表明供试品种间的亲缘关系较近。UPGMA 聚类分析结果表明，在遗传相似系数为 0.73 处可将 16 个蝴蝶兰品种分为四大类，第Ⅰ类包括满天红、巨宝红玫瑰等 10 个品种，第Ⅱ类包括夕阳红、富乐夕阳、昌新皇后和新原美人 4 个品种，第Ⅲ类包括萨拉黄金 1 个品种，第Ⅳ类包括台湾阿妈 1 个品种，聚类结果与花色特征比较一致。该研究结果对蝴蝶兰品种选育有一定参考价值。
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18.
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中国35个苦荞审定品种EST-SSR指纹图谱构建与遗传多样性分析
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黎瑞源 石桃雄 陈其皎 潘凡 陈庆富《植物科学学报》,2017年第35卷第2期
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核心引物对种质资源遗传多样性分析、品种鉴定、指纹图谱构建等研究具有重要价值。本研究以35个苦荞（Fagopyrum tataricum（L.） Gaertn）审定品种为材料，从91对苦荞EST-SSR引物中筛选出50对多态性引物。综合考虑引物多态性信息量（PIC）大小、鉴别力（DP），筛选出等位变异位点数在2~4，PIC值在0.60~0.78之间的6对引物（SSR9007、SSR6873、SSR7642、SSR2234、SSR6789、SSR68216）构建了供试品种的分子指纹图谱。遗传多样性聚类分析结果表明，供试品种的相似系数为0.50~0.99。当遗传相似系数为0.60时，可将供试品种分为4大类群，其中54.3%的供试品种被聚为一类，表明苦荞审定品种遗传组成差异较小，遗传基础狭窄。聚类结果表明各类群间没有明显的地域分布趋势，但能较好的反映供试品种间的亲缘关系。
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19.
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皂荚种质资源SCoT遗传多样性分析及指纹图谱的构建
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张安世 骆 扬 范定臣 张中海《广西植物》,2017年第37卷第11期
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采用SCoT标记分析了18个皂荚种质的遗传多样性,并采用UPGMA法对18个皂荚种质进行了聚类分析。在此基础上,通过筛选出的多态性条带构建了18个皂荚种质的SCoT指纹图谱。扩增结果表明:从51个SCoT引物中筛选了15个引物进行PCR扩增,共扩增出226条带,其中多态性条带216条,多态性比率为96.61%。各引物多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)的平均值分别为0.875 9、1.964 9、1.440 1、0.272 6、0.426 1。18个皂荚种质的遗传相似系数在0.491 4~0.938 1之间,表明供试材料之间具有较丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.60处可将18个皂荚种质分为3组,其中野皂荚单独为一组,山皂荚和皂荚-T聚为一组,其它皂荚材料聚为一组。利用3个引物扩增的8个多态性位点构建了18份皂荚种质资源的DNA指纹图谱,可以将其区分并精准鉴定。该研究结果为皂荚种质的鉴定和新品种选育提供了一定的理论依据。
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20.
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小麦DUS测试已知品种DNA指纹数据库构建及其应用
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《植物遗传资源学报》,2019年第4期
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为解决DUS测试中特异性测试近似品种筛选难的问题,本研究基于2256份DUS测试小麦已知品种构建DNA指纹数据库。首先利用81对SSR引物对96份小麦品种进行遗传相似度分析。结果表明,81对SSR引物扩增出84个位点,共检测到731个等位变异,每个位点的等位变异数在3～18之间,多态性信息指数(PIC)变化范围为0.29～0.89。选取42个SSR标记构建了2256份小麦品种DNA指纹数据库,共获得148493个数据,除引物barc14、xgwm341之外,其他引物数据缺失率在5%以内。对176份小麦品种进行DNA指纹数据采集和特异性测试,结果表明不具有特异性的申请品种与其最近似品种的遗传相似度都在90%以上;本研究基于42对SSR荧光标记引物构建了我国小麦DUS测试已知品种的DNA指纹数据库,确定近似品种筛选的遗传相似度阈值为80%,建议将与申请品种遗传相似度高于80%的已知品种作为近似品种进行田间种植和特异性评价。
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