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相似文献
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1.
摘要:目的 了解2015年大连市急性胃肠炎病例中诺如病毒的感染情况,及时掌握诺如病毒的流行趋势,提高防控能力。方法 对2015年大连市10家哨点医院采集的1 247份标本进行诺如病毒荧光定量RT-PCR检测。结果 诺如病毒核酸检测总阳性率为1.92%,其中GⅡ型 性率1.60%,GⅠ型阳性率0.32%。结论 大连市首次在急性胃肠炎病例中监测到GⅠ型诺如病毒,2015年大连市急性胃肠炎病例中诺如病毒感染以GⅡ型为主。  相似文献   

2.
Yan JY  Lu YY  Xu CP  Yu Z  Gong LM  Chen Y  Zhang YJ 《病毒学报》2011,27(5):462-468
2002~2004年浙江省发生了无菌性脑膜炎暴发疫情,为了及时查明病因,分析病原的分子特征并进行病原溯源,我们采集患者脑脊液和粪便样本271份,用RD和Hep-2细胞同时分离病毒,对分离株VP1和VP4/VP2基因测序,进行同源性与进化分析。结果从271份样本中分离到埃柯病毒30型(E30)78株;对31株分离株VP1区核苷酸(nt)序列测定,其长度均为876nt,推导编码292个氨基酸(aa)。浙江E30株与原型株Bastianni在VP1区的nt和aa同源性分别为84.7%~86.3%和92.1%~94.2%;浙江E30株之间nt和aa的同源性分别为87.1%~99.4%和96.2%~100%。在VP1基因进化树上浙江E30株分别位于G和H基因亚型分支上,与浙江E30G亚型株亲缘关系最近的国内外毒株分别为2003年江苏、山东株和1999年乌克兰株;与浙江E30H亚型株亲缘关系最近的毒株为2008年韩国株。VP4/VP2区同源性与进化分析结果与VP1相似。结果表明2002~2004年浙江省无菌性脑膜炎暴发疫情由E30G和H二类不同基因亚型流行株引起;H基因亚型株推测为新的E30变异株,首先分离于2002年浙江省。  相似文献   

3.
为了解新乡地区2011年肠道病毒71型(EV71)VP1基因特征及手足口病流行特点,采用荧光RT-PCR对临床诊断的粪便标本进行总肠道病毒(EV)、柯萨奇病毒A16(CA16)和EV71检测;选取10例EV71阳性标本进行VPl序列扩增并测序,所得序列进行同源性分析和构建系统发生树;对2011年新乡市手足口病疫情监测数据进行分析。结果显示,重症标本的EV71阳性率(73%)显著高于CA16阳性率(19%)(P<0.01);10株新乡EV71分离株的核苷酸及氨基酸差异分别为2.8%和0.9%,属于C4亚型的C4a簇;9株VP1区第170位氨基酸为A,1株为V;与近缘的C4a型代表株相比,新乡优势株的氨基酸变异一般发生在VP1第292位氨基酸(T→A);2011年新乡市共上报手足口临床诊断病例1118例,92%的发病年龄在3岁以下,发病高峰分别出现在4和12月份,提示一定要加强手足口病预防控制,寒冷天气尤其不能忽视。  相似文献   

4.
目的了解大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒的基因特征。方法采用荧光定量RT-PCR对2016年大连市食源性疾病监测哨点医院采集的1 900份粪便标本进行诺如病毒核酸检测,用逆转录PCR对阳性毒株的ORF1-ORF2连接区扩增并测序,分析其基因亚型和同源性。结果 1 900份标本中,检出诺如病毒核酸阳性25份,阳性率1.32%,其中GⅠ型阳性3份,GⅡ型阳性19份,GⅠ型和GⅡ型均阳性3份。26株病毒基因序列比对,发现3株为GⅠ.3,2株为GⅠ.6,9株为GⅡ.17,5株为GⅡ.4,2株为GⅡ.2,GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15各1株。结论大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒呈基因多样性,2016年流行优势株为GⅡ.17。GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15在大连地区首次检出。  相似文献   

5.
了解2010年深圳地区诺如病毒的基因型别及分子流行病学特点。 用诺如病毒特异性引物(GI-SKF/GI-SKR、COG2F/G2-SKR),通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收纯化并测序,用Clustal W和MEGA4.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析。 85份阳性标本中有79株诺如GⅡ型和6株诺如GⅠ型,其中55株为GⅡ/4(2006b)型,16株为GⅡ/4(2008variant)型,2株为GⅡ/1型,4株为GⅡ/5型,2株为GⅡ/11型,1株为GI/4型,2株为GI/5型,3株为GI/6型。 2010年深圳地区诺如病毒的主要型别是GI和GⅡ,并且以GⅡ/4型为主,流行优势株为GⅡ/4(2006b)。  相似文献   

6.
[背景]诺如病毒(Norovirus,NoV)是引发全球人类急性胃肠炎的主要食源性致病原,具有广泛的遗传多样性,其中GⅡ.17型是亚洲地区的优势流行株,危害最为严重。研究表明,通过基因工程技术制备的诺如病毒样颗粒(virus-like particle,VLP)具有良好的免疫保护作用,是目前NoV疫苗研发的主要思路。[目的]利用大肠杆菌(Escherichia coli)原核表达系统制备GⅡ.17型诺如病毒的VLP,为GⅡ.17型NoV疫苗的研发奠定基础。[方法]合成GⅡ.17型NoV衣壳蛋白VP1的基因并克隆入pET28a-MsyB原核表达质粒中,将重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3)中进行表达,通过烟草蚀纹病毒(tobacco etch virus,TEV)蛋白酶去除融合标签,利用His-Tag镍柱纯化获得天然VP1蛋白,利用SDS-PAGE、Western Blot和透射电镜对纯化后的VP1蛋白反应原性及其形成的结构进行初步鉴定。[结果]MsyB-VP1融合蛋白能够以可溶形式大量表达,其最适表达条件为:IPTG浓度0.8 mmol/L,37℃诱导8 h;TEV蛋白酶酶切后的VP...  相似文献   

7.
A组轮状病毒是引起成人和婴幼儿急性腹泻的主要病原。了解轮状病毒流行株的型别,对主要中和抗原VP7的编码基因进行遗传变异分析,可为当地轮状病毒疫苗的应用和开发提供指导。我们对2012年10月至2013年12月南京地区908例腹泻门诊患者的粪便标本进行轮状病毒检测,采用RT-PCR方法对随机抽取的50份阳性标本进行G分型,并对其中19份G9型轮状病毒的VP7基因序列测序分析。结果发现轮状病毒阳性率11.34%(103/908),其中以G9型为主,占78.0%(39/50),其次是G2、G1和G3型。对G9型轮状病毒VP7基因核苷酸序列进行分析,显示主要分为G9-VI亚型和G9-III亚型,以G9-VI亚型为主,且属于中国和日本G9型轮状病毒亚簇,部分毒株在A、B、C、F四个中和抗原表位中有变异,这可能有助于G9型轮状病毒的流行,值得引起注意。  相似文献   

8.
建立一种可同时检测诺如病毒GⅠ和GⅡ型的双重荧光定量一步法RT-PCR方法。应用针对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的特异性引物以及Taqman探针,优化反应体系及条件,建立双重荧光定量一步法RT-PCR方法。对该方法的灵敏度、特异性、重复性进行评估,并对粪便标本进行检测,以传统RT-PCR方法作为参考评价此方法。结果表明,该方法特异性强,与肠道腺病毒、轮状病毒、星状病毒均无交叉反应,对GⅠ和GⅡ型诺如病毒核酸的最低检出限分别可达103拷贝/μL,具有很好的重复性。对100份粪便标本进行检测,诺如病毒的阳性率为31%,其中GⅠ型为3%,GⅡ型为28%,而传统RT-PCR法的检出率为22%。本文建立的双重荧光定量一步RT-PCR法能同时对GI和GII型诺如病毒进行快速检测,其灵敏度高、特异性好,可应用于胃肠炎病人中检测诺如病毒。  相似文献   

9.
诺如病毒(Norovirus,NoV)是人类非菌性急性肠胃炎的主要病原,GⅠ和GⅡ基因群在人类中流行较广,但对GⅠ群少有研究。为分析西安市2018年一株GⅠ型诺如病毒CHN/Xian/18N239的全基因组基因特征,本研究对某幼儿园急性肠胃炎病例肛拭子检出的一株GⅠ型诺如病毒,使用下一代测序方法对其全基因组测序,用Blastn比对和诺如病毒在线定型工具分析CHN/Xian/18N239的基因型,用MEGA-X对其进化分析,用Bioedit对其同源性、氨基酸变异和熵值进行计算,并用SWⅠSS-MODEL和PyMOL2.3.2预测和可视化三维结构。CHN/Xian/18N239株全长7684 nt,开放阅读框(ORF)1~3分别长5316 nt(84~5399 nt)、1635 nt(5383~7017 nt)和648 nt(7017~7664nt),ORF1和ORF2的重叠区长17 nt。Blastn比对显示其与GⅠ.3[P13]型2019年中国台湾株(MN922738)核苷酸同源性最高(98.91%)。系统进化分析表明其为GⅠ.3[P13]型,与韩国2017-2018年、中国台湾2018-2019年流行株核苷酸同源性为98.7%~99.3%。与参考序列U04469比,变异位点共75个,主要在P2区,其中在人外周血抗原结合位点Ⅱ有1个,且在A-Loop、T-loop、U-loop和S-loop区的三维结构改变较大。VP2区熵值为0的位点最少,VP1区易突变位点最多。应加强对本地区诺如病毒分子型别监测,提高防控能力。  相似文献   

10.
为查明引起2010年浙江省急性出血性结膜炎(AHC)暴发疫情的病因,并对病原进行分子溯源。本研究采用荧光RT-PCR方法直接从患者眼拭子样本中检测肠道病毒(EV)和柯萨奇病毒A24变异株(CA24v)核酸;用Hep-2细胞分离病毒,对阳性分离物提取病毒核酸后进行VP1全基因和3C蛋白酶区(3C)扩增和测序,同源性与进化分析。结果13份眼拭子样本中EV和CA24v核酸均阳性8份,分离到CA24v6株。选取4株病毒测序,获得VP1全长均为915个核苷酸(nt),3C区全长495nt,VP1和3C区均没有nt插入和缺失。2010年浙江4株CA24v分离株之间在3C区和VP1区核苷酸和氨基酸(aa)高度同源,2010年浙江CA24v分离株与原型株EH24/70在3C区的nt和aa同源性分别为85.2%~85.8%和96.2%~96.7%,与2002~2008年浙江、云南和广东CA24v株的同源性分别为93.4%~96.2%和96.7%~99.3%;浙江2010年CA24v株在3C区进化树的GⅣ基因亚型C4分枝上(GⅣ-C4),在VP1基因进化树的人类肠道病毒C组(EV-C)CA24v分枝上。研究表明引起2010年浙江省急性出血性结膜炎暴发流行的病原为CA24v,GⅣ基因亚型,与引起2002~2008年浙江AHC流行的CA24v株(GⅣ)具有密切的亲缘关系,推测CA24v病毒自2002年以来一直在本地低强度循环,2010年又导致了浙江AHC的暴发。  相似文献   

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