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1.
香港斗鱼(Macropodus hongkongensis)是一种斗鱼科(Belontiidae)斗鱼属(Macropodus)的淡水鱼,记录于香港、广东等地,分布稀少。本研究通过线粒体COI、Cytb16S rRNA基因对海南万泉河水系发现的疑似香港斗鱼进行分子鉴定和亲缘关系分析。基于3种基因的比对鉴定显示,该斗鱼和香港斗鱼广东鹤山种群的亲缘关系最近,海南万泉河水系发现的斗鱼为香港斗鱼海南种群。本文中几种斗鱼的种间遗传距离在0.136~0.238,大于香港斗鱼海南种群种内遗传距离(0.000~0.006(COI))的10倍,与10倍理论一致,满足物种的有效鉴定。香港斗鱼不同地理种群之间遗传差异明显,海南种群和广东鹤山种群之间的种内遗传距离为0.036。NJ进化树也显示,香港斗鱼海南种群和香港斗鱼广东种群聚为一支,接着与红鳍斗鱼(M.erythropteru)聚为一支,再与叉尾斗鱼(M.opercularis)聚为一支,最后与圆尾斗鱼(M.chinensis)聚为一支。本文为海南岛香港斗鱼种群的首次研究报道,有关结果将为我国香港斗鱼的演化和保护研究提供重要参考。  相似文献   

2.
鄱阳湖及洞庭湖红鳍原鲌的群体分化研究   总被引:3,自引:0,他引:3  
结合形态和线粒体Cyt b数据,研究了鄱阳湖及洞庭湖定居性鱼类红鳍原鲌的6个地理群体(湖口群体、星子群体、都昌群体、鄱阳群体、余干群体和洞庭湖群体)共186尾样本的群体分化情况。形态分析结果显示地理群体间形态差异较小。遗传分析结果中,群体间遗传分化指数(Fst)为–0.00567—0.33429,显示群体间存在较大遗传差异,而单倍型分布和分子变异分析(AMOVA)也得到相似的结果。根据群体遗传距离构建的系统树,6个群体分为两大支:洞庭湖群体与其他群体距离最远,单独聚为一支;星子、都昌、鄱阳和余干4群体聚成另一支,而湖口群体处于两支的过渡位置。因此,群体间已产生显著遗传分化,且主要体现在洞庭湖和鄱阳湖各群体间。综合上述分析结果及红鳍原鲌的生活习性认为,鄱阳湖及洞庭湖红鳍原鲌群体间的遗传分化是红鳍原鲌定居性的生活习性导致不同地理群体间长期的群体隔离、缺乏基因交流的结果。  相似文献   

3.
叉尾斗鱼(Macropodus opercularis)隶属于鲈形目(Perciformes),斗鱼科(Belontiidae),斗鱼属(Macropodus),是一种小型淡水鱼。我国斗鱼属鱼类有三种,一种是分布于江南及以北地区的圆尾斗鱼;一种是广泛分布于广东、广西、海南、福建、台湾等我国南方地区的叉尾斗鱼;还有一种则是分布于华南地区的香港斗鱼。叉尾斗鱼的雄鱼具有较强观赏性,饲养状态良好并处于兴奋状态的斗鱼,体色艳丽,鳍形优美,因此被西方国家誉为"天堂鱼"。当前,经济的发展与科技的进步使全球观赏渔业得  相似文献   

4.
为了揭示中国岩羊不同地理种群的遗传差异,探讨岩羊亚种分化的分子机制,采用中国岩羊不同地理种群的细胞色素b(Cyt b)基因的全序列,分析了碱基变异情况、遗传距离以及核苷酸序列差异。用最大似然法和贝叶斯法构建分子系统树并对获得的拓扑结构进行分析。结果发现,西藏亚种与四川亚种Cyt b基因平均序列差异为4.2%(±0.007),处于偶蹄目亚种的序列差异范围内,支持了目前对岩羊西藏亚种的分类地位。四川亚种内部各地理种群之间的遗传距离(0.033±0.0 111)与它们分别到西藏种群的遗传距离(0.042±0.007)差异不显著(t=1.824,P=0.084),说明四川亚种内部各地理种群间已经发生较显著的遗传分化。其中,四川、甘肃和青海种群亲缘关系较近,并与四川亚种内部的其它种群已产生了显著的遗传分化。因此认为四川亚种内部各地理种群的种下分化需要深入研究。  相似文献   

5.
叉尾斗鱼种群遗传变异与亲缘地理   总被引:1,自引:0,他引:1  
通过分析采自珠江、鉴江、漠阳江、赣江、韩江、黄冈河、九龙江和闽江8个流域23个采样点121尾叉尾斗鱼mtDNA控制区3'端和临近序列共400bp,研究其种群遗传变异和亲缘地理格局。所分析序列只有13个变异位点,共有11个单倍型,碱基序列总的单倍型多样性为0.576,核苷酸多样性为0.00818,均较低。珠江流域存在群体内独有单倍型,有两个广布单倍型H1和H2,分别占所有样品的19%和62%。最小进化网络图显示单倍型没有明显的亲缘地理格局,呈星状发散,H1和H2处于中心。AMOVA分析显示变异主要来自地理区内群体间,歧点分布和中性检测显示叉尾斗鱼并未经历种群扩张。结果表明叉尾斗鱼种群遗传多样性很低且存在地理差异;各流域个体呈混杂分布格局,现有群体可能在珠江流域有东西两个起源;推测种群最近经历严重瓶颈效应。  相似文献   

6.
基于Cyt b基因序列分析的松毛虫种群遗传结构研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
张学卫  高宝嘉  周国娜 《生态学报》2011,31(6):1727-1734
为了揭示松毛虫种群的遗传结构,采用DNA序列测定的方法测定了松毛虫不同种群的线粒体细胞色素b (Cyt b)基因的部分序列,并利用分子生物学软件分析其核苷酸组成、转换和颠换、氨基酸组成、遗传距离及亲缘关系。结果显示:在获得的Cyt b 基因387bp的序列中碱基A,T,C,G平均含量分别为40.1%、33.5%、9.5%、16.9%,A+T含量明显高于G+C含量表现出强烈的A、T偏向性,密码子第3位点的A+T含量高达86.5%,这种偏向性在种群间无明显差异。碱基替换主要发生在密码子第三位,转换大于颠换,且种群内替换高于种群间。该序列片段中共有39个核甘酸位点发生变异,遗传距离为0.000-0.100,显示出较小的遗传变异。蛋白质氨基酸由除谷氨酸以外的19种氨基酸组成。聚类分析结果表明马尾松毛虫和油松毛虫亚种遗传距离较近,种群间的遗传分化与生态环境有关。  相似文献   

7.
通过对线粒体16S rRNA基因、D-loop区和Cyt b基因部分片段测定,探讨我国鲤鱼C.carpio野生群体和云南大头鲤C.pellegrini的遗传变异和亲缘关系.数据和并后用于分析的序列共1 492 bp,变异位点221个,含简约信息位点217个,其中新疆群体用于分析的序列长度为1 478 bp.以云南大头鲤为外群,推测鲤鱼群体问的系统发育关系和分化时间,MP法和NJ法得到相似的系统树,新疆群体与其他群体的差异较大,遗传距离较远,单独聚为一支,其他群体间相似性较高聚在一起,新疆群体与其他群体间的分化时间约为2.42×106~2.45×106年前.  相似文献   

8.
应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术及细胞色素b(Cytb)基因序列,分析了长江口及其南部邻近地区大弹涂鱼(Boleophthalmus pecinirostris)群体遗传结构及种群历史,结果显示这一区域大弹涂鱼群体的遗传多样性水平很高。(1)RAPD分析结果:从100个10碱基随机引物中筛选出30个多态性引物,对长江口九段沙湿地、浙江舟山定海、福建霞浦群体各20个体进行RAPD分析,3个群体分别获得236、270、274条带,共301个有效位点。3群体多态位点比例(P)、Nei基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别在93.02%—96.35%、0.3890—0.4219、0.5618—0.6044。分子方差分析(AMOVA)表明,大弹涂鱼群体间存在显著的遗传分化(Fst= 0.03004-0.03254,P<0.05),但仅3.2%的遗传变异来自群体间。(2)Cytb基因序列分析结果:从采自九段沙、定海、霞浦及浙江慈溪的42尾大弹涂鱼样本中,共获得33个Cytb基因单倍型(序列长1 141 bp)。4群体的平均单倍型多样性(h)、核甘酸多样性(π)分别为0.9814、0.0048。4群体间的遗传分化指数Fst为0.00043—0.07814,仅1.93%的变异来自群体间(AMOVA分析),而基因交流值却达14.50—30.79,群体间K2-P遗传距离为0.0040—0.0056,从而显示大弹涂鱼群体间没有发生明显的地理分化。以Cyt b基因序列构建的NJ树揭示4个群体的个体组成2个谱系,但这2个谱系与地理分布并不相关。中性检验、错配分析和网络亲缘关系分析皆表明大弹涂鱼群体有过种群扩张,扩张时间约在更新世末期的0.057—0.023百万年前。  相似文献   

9.
广东地区宽鳍(鱼巤)种群遗传变异和亲缘地理   总被引:1,自引:0,他引:1  
通过分析88尾采自广东境内9条水系的宽鳍(鱼巤)(Zaccop,platypus)线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cyt b)基因全序列,初步研究其种群遗传变异和地理格局,所测定的Cyt b基因全序列长1140 bp,其中变异位点98个,简约信息位点75个.共检测到33个单倍型,除鉴江种群只有1个单倍型外,其余8条水系均有多个单倍型.北江、流溪河、鉴江、北流河和罗定江等5个种群有共亭单倍型Hap11,罗定江和北流河之间共享了单倍型Hap4,东江与流溪河共享Hap6,而韩江和榕江共享单倍型Hap29.种群单倍型多样性的平均值(h)为0.908,核苷酸多样性的平均值(π)为0.01961,表现出较高的遗传多样性.系统发育分析(NJ树)显示,宽鳍(鱼巤)种群33个单倍型可分为2个分支,其中来自珠江水系(北江、东江、流溪河、罗定江和北流河)和广东西部独立人海水系(鉴江和漠阳江)的宽鳍(鱼巤)种群聚为一支(分支A),广东东部独立入海水系(韩江和榕江)种群聚为另外一支(分支B).2分支间的遗传距离和碱基差异率均较高(0.0517-0.0549,5.35%-_6.49%),明显大于分支A内(O.0012-0.0099,0.26%-2.11%)和分支B内的值(0.0027,1.58%),但远小于宽鳍(鱼巤)与外类群间的遗传距离和碱基差异率(0.0945-0.1912,8.77%-17.11%).这表明分支A与B之间已有明显的遗传分化,但分化程度来达到物种级水平,韩江和榕汀的种群相对独立,推测可能与莲花山脉的阻隔有关.根据单倍型网络图推测,流溪河可能是广东中西部地区宽鳍(鱼巤)的扩散中心,分别向珠江水系的西江、北江和东江扩散,再向鉴江和漠阳江扩散:另外由扩散中心经东江到榕汀再向韩江扩散.分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占38.50%,种群内的遗传变异占66.24%.中性检验和歧点分布分析皆表明广东境内9条水系的宽鳍(鱼巤)在整个种群上保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张.  相似文献   

10.
扩增并测定了小蔗螟线粒体细胞色素b(Cyt b)基因,其序列全长1146 bp,利用分子生物学软件分析了包括小蔗螟在内的4目(鳞翅目、双翅目、鞘翅目、缨尾目)共19条Cyt b基因序列.分析结果显示:鳞翅目昆虫AT含量明显低于其它昆虫,其中小蔗螟AT含量为75.1%;AT含量与A或T碱基使用的偏倚没有明显的相关性;碱基替换主要发生在密码子第三位,并且颠换率远大于转换率;密码子使用频率与基因碱基组成AT偏倚有相关性;相比于核苷酸数据,氨基酸所显示的遗传距离更为准确;使用Cyt b基因构建的系统进化树支持昆虫的单源进化学说.  相似文献   

11.
从细胞色素b基因全序列探讨大额牛的分子系统发生   总被引:10,自引:0,他引:10       下载免费PDF全文
大额牛是一种半野生半家养的珍稀牛种, 有关其起源和系统地位一直存在争议。通过PCR扩增、测序等步骤共获得了11头大额牛细胞色素b(Cyt b)基因全序列(1 140 bp)。应用分析软件, 对大额牛11条Cyt b序列进行了分析, 并结合GenBank中牛属动物6个近缘种的同源序列, 以亚洲水牛(Bubalus bubalis)为外群, 分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了牛属动物分子系统发育树。序列分析结果表明, 11条大额牛Cyt b序列1 140位点中, 共发现95个变异位点(占分析位点总数的8.33 %), 定义了6种单倍型, 表明大额牛群体的Cyt b基因遗传多态性比较丰富。构建的NJ和MP分子系统树均显示, 大额牛研究群体明显分为3支, 第1支与普通牛(Bos taurus)相聚, 第2支与瘤牛(Bos indicus)相聚, 第3支与印度野牛(Bos gaurus)相聚。系统发育分析表明, 大额牛很可能是印度野牛的家养型或驯化种, 我国大额牛群体可能曾受到其他牛种血缘的入侵。  相似文献   

12.
几种鳄分子系统发生的探讨   总被引:4,自引:0,他引:4  
朱伟铨  王义权  吴孝兵  周开亚 《遗传》2001,23(5):435-438
百年来关于扬子鳄的分类学位置存在着很多争议,本测得扬子鳄、暹罗鳄和湾鳄的mtDNA ND4和Cytb基因,并从GenBank中获得密西西比鳄和海龟的DN4基因和Cytb基因相应片段。用Clustal X1.8进行对位排列,以海龟为外群构建分子进化系统树。结果显示,在鳄类动物中,扬子鳄与密西西比鳄的亲缘关系最近,两ND4基因序列碱基差异的20.68%,而Cytb基因序列碱基差异为14.43%,但扬子鳄与密西西相比与鳄的分类问题仍将有待进一步探讨。  相似文献   

13.
12S rRNA和Cyt b基因序列测定在獐乳制品鉴定中的应用   总被引:2,自引:0,他引:2  
采用改良的蛋白酶K消化和酚/氯仿抽提的方法从脂肪含量很高的动物乳制品及胃组织中提取出基因组总DNA,利用特异引物扩增了线粒体12S rRNA基因和Cyt b基因的部分片段,测定了12S rRNA和Cyt b基因的PCR扩增产物序列,使用BLAST搜索软件将其序列与GenBank中的同源序列进行比对,并利用DNAMAN分析软件分析序列同源性。结果表明3件检材均来源于獐Hydropotes inermis。本研究所用方法在野生动物乳制品鉴定中具有较高的应用价值。  相似文献   

14.
2019年7月于海南岛儋州市石花水洞网捕到1只蝙蝠,形态特征、头骨特征及线粒体Cyt b基因序列鉴定证实其为长舌果蝠(Eonycteris spelaea),该物种为海南岛蝙蝠分布新记录种。其主要鉴别特征为:中等体型,前臂长69.6 mm;第二指无爪;有一短尾,尾长12.9 mm,明显突出于股膜之后;肛腺发达;头骨较大,头骨和吻部相对较长,颅全长35.2 mm,吻长11.4 mm。本文报道了海南岛长舌果蝠的外部形态、头骨特征以及基于Cyt b基因序列的系统发育树结果,并与该物种已报道的数据进行了比较。  相似文献   

15.
基于线粒体DNA序列探讨斑头鱼分类地位   总被引:4,自引:0,他引:4  
测定了斑头鱼Agrammus agrammus和大泷六线鱼Hexagrammos otakii的线粒体COⅠ、Cyt b和16S rRNA基因的部分序列,结合从GenBank中获得的六线鱼属3种的同源序列,以单鳍多线鱼Pleurogrammus monopterygius为外群,运用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和贝叶斯法(BI)构建了分子系统树。同时联合了3个基因片段序列,运用贝叶斯联合模型综合探讨了六线鱼类的系统发育关系。结果显示:除16S rRNA基因外,其余2个基因片段以及联合模型所构建的系统树拓扑结构完全一致,即斑头鱼与大泷六线鱼亲缘关系最近,应归为六线鱼属,拉丁学名应为Hexagrammos agrammus。Cyt b基因片段序列分析结果显示,斑头鱼和大泷六线鱼分歧时间约为175万年。结合形态学研究资料,支持将斑头鱼归为六线鱼属的观点,斑头鱼和大泷六线鱼亲缘关系最近,属于六线鱼科中分化较晚的种类。  相似文献   

16.
对六种灵猫科物种线粒体12 S rRNA基因及其中四种的Cytb基因部分序列进行了测定,并从Gen-Bank获得斑林狸(Prionodon pardicolor)、熊狸(Arctictis binturong)的Cytb基因同源序列。两基因整合序列比对后长755 bp,12 S rRNA基因序列中有70个变异位点,31个简约信息位点,在Cytb基因序列中,共有120个位点呈现变异,60个简约信息位点,Cytb基因的碱基变异百分比高于12 S rRNA基因的碱基变异百分比。使用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)重建的分子系统树显示:斑林狸从灵猫亚科中分离出来,支持灵猫亚科的多系起源,而且斑林狸可能是中国起源最早且最特化的灵猫科动物。另外,同属于灵猫亚科的大灵猫(Viverra zibe-tha)、小灵猫(Viverricula indica)聚为一支,同属于棕榈狸亚科的果子狸(Viverricula indica)、熊狸聚为姐妹群,这些与传统形态学分类观点一致。  相似文献   

17.
Non-coding copies of fragments of the mitochondrial genome translocated to the nucleus or pseudogenes are being found with increasing frequency in a diversity of organisms. As part of a study to evaluate the utility of a range of mitochondrial gene regions for population genetic and systematic studies of the Australian freshwater crayfish, Cherax destructor (the yabby), we report the first detection of Cytochrome b (Cyt b) pseudogenes in crustaceans. We amplified and sequenced fragments of the mitochondrial Cyt b gene from 14 individuals of C. destructor using polymerase chain reaction (PCR) with primers designed from conserved regions of Penaeus monodon and Drosophila melanogaster mitochondrial genomes. The phylogenetic tree produced from the amplified fragments using these primers showed a very different topology to the trees obtained from sequences from three other mitochondrial genes, suggesting one or more nuclear pseudogenes have been amplified. Supporting this conclusion, two highly divergent sequences were isolated from each of two single individuals, and a 2 base pair (bp) deletion in one sequence was observed. There was no evidence to support inadvertent amplification of parasite DNA or contamination of samples from other sources. These results add to other recent observations of pseudogenes suggesting the frequent transfer of mitochondrial DNA (mtDNA) genes to the nucleus and reinforces the necessity of great care in interpreting PCR-generated Cyt b sequences used in population or evolutionary studies in freshwater crayfish and crustaceans more generally.  相似文献   

18.
大多数脊椎动物的线粒体基因组(约16—18kb)的组成是相对较稳定的,但在不同类群中,线粒体基因组在基因结构和基因排列方式等方面均显示了极大的多样性,这种多样性可能反映了真核细胞不同的进化路线(Saccone et al.,1999)。就目前的研究而言,线粒体基因组是惟一一个能够从基因组水平上来分析动物系统发生的分子标记,可以从线粒体基因组序列信息、基因组成及基因排列方式等进行多方位的分子进化研究,因而线粒体基因组全序列将成为动物分子系统发生最有力的证据(Saccone et al.,1999)。  相似文献   

19.
研究利用细胞色素b(Cyt b)基因分析了采自于伊洛河的48个马口鱼(Opsariichthys bidens)个体间的遗传距离, 并构建其系统发育关系。分析结果显示, 48个个体聚为两个支持率为100%的分支, 分支间没有共享单倍型。每个分支的样本覆盖了所有的采样点, 分支内个体间的平均遗传距离为0.2%, 而分支间的遗传距离为3.1%。微卫星分析结果显示, 99.88%的遗传差异来自于种群内个体间, 种群间的差异只占了0.12%, 两个分支种群并没有发生显著的遗传分化(Fst=0.0012, P=1)。以δ13C和δ15N构建了两个分支的生态位, 结果显示, 伊洛河马口鱼的两个分支的营养生态位没有发生分离。基于线粒体Cyt b基因的遗传分歧, 伊洛河马口鱼的两个分支可能代表不同的物种。但它们在种群遗传结构上并没有发生显著的种群分化, 个体间亲缘关系树与系统发育树的分歧暗示种群间不存在生殖隔离, 营养生态位也没有分离。研究结果并不符合隐存种的解释, 伊洛河马口鱼两个分支间线粒体DNA的遗传差异可能源自于祖先种群或者种间杂交。  相似文献   

20.
通过对云南省昆明市禄劝地区30只中缅树鼩(Tupaia belangeri)细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因全序列(1 140 bp)的遗传分析,对禄劝地区中缅树鼩;Cyt b基因特征进行初步探讨.结果表明,禄劝地区中缅树鼩Cyt b基因包含32个核苷酸变异位点,占全序列的2.81%,其转换/颠换为10.4.基于Cyt b基因的遗传距离构建的分子系统树显示,本实验研究的中缅树鼩是一个独立的分类单位而非普通树鼩(T.glis)的亚种;同时显示攀鼩目(Scandentia)与皮翼目(Dermoptera)亲缘关系较近.  相似文献   

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