我国登革3型病毒广西80-2株基因组全序列分析

对我国登革 3型病毒 80 2株基因组进行全序列测定 ,为了解其基因组结构与功能的关系提供依据 .根据登革 3型病毒H87株的序列设计并合成引物 ,应用RT PCR和RACE法 ,对 80 2株基因组RNA进行扩增、克隆测序后获得我国登革 3型病毒广西株基因组序列 .该株病毒基因组全长10 696nt ,不含poly(A)尾 ,4种碱基数分别为A :3 4 3 7,C :2 2 15,G :2 773 ,U :2 2 71.包含一个读码框架 ,自 95至 10 2 67位 ,共 10 170个碱基 ,编码 3 3 90个氨基酸 ,5′和 3′非编码区长度分别为 94nt和4 3 2nt.与H 87株比较 ,核苷酸和氨基酸序列同源性均在 99%以上 ,有 2 8个碱基发生改变 ,其中 2 6个碱基突变发生在读码框架内 ,碱基转换 18个 ,颠换 10个 ;碱基突变引起 14个氨基酸的改变 .80 2株与H87株病毒的基因组全序列同源性高 ,变异度小 .     

云南省登革3型病毒全基因组序列特征研究

为阐明云南省2013年和2016年登革3型病毒(DENV-3)流行株的全基因组分子进化特征及流行病学特点。采用C6/36细胞培养法从登革热患者血清中分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-3的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和氨基酸同源性及系统进化分析。结果从云南省本地登革热患者血清中分离到10株DENV-3,其中西双版纳州2013年5株(简称版纳分离株),德宏州瑞丽市2016年5株(简称瑞丽分离株)。经RT-PCR和序列测定,获得这10株DENV-3的全基因组序列(10 707nt),其开放读码框(95~10 265)编码3 389个氨基酸。基于全基因组或各种结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化分析表明,版纳分离株均为基因II型(genotype-II),瑞丽分离株均为基因I型(genotype-I),并各自高度聚集为同一进化群并与东南亚流行株具有较近亲缘关系。版纳分离株间和瑞丽分离株间的全基因组核苷酸(氨基酸)同源性分别为99.75%~99.91%(99.40%~99.91%)和99.21%~99.68%(98.78%~99.57%),并与DENV-3原型株(H87)的核苷酸(氨基酸)同源性分别为94.21%~94.34%(97.88%~98.14%)和93.81%~93.98%(97.12%~97.67%)。与H87株比较,本次云南分离株结构蛋白和非结构蛋白分别存在26和63个氨基酸位点的改变。本研究证实,云南省西双版纳州2013年流行的DENV-3为基因II型,瑞丽市2016年流行的DENV-3为基因I型,它们的传播来源分别为老挝和缅甸北部边境地区。本次云南DENV-3分离株与H87株间存在明显差异,但决定病毒抗原性和毒力的关键位点未见明显变化。     

我国两株登革2型病毒基因组的全序列分析

本研究对我国两株登革2型病毒D2-43株、D2-04株的基因组进行了全序列测定,在此基础上对这两株引起不同临床症状及鼠神经毒力的登革病毒的基因组序列进行了比较分析,结果表明D2 43株与D2-04株基因组全长约为10 723nt,核苷酸序列的同源性为95.1%,氨基酸序列的同源性为97 6%,不存在特别的高变区.这两株序列中共有83个核苷酸的变化导致了氨基酸的变化,其中21个差异氨基酸可引起所在位点电荷或极性的变化,位于登革病毒粒子表面的E糖蛋白第126位氨基酸由Glu(D2-04株)→Lys(D2-43株)的变化对其抗原性有影响,可能引起了病毒对鼠神经毒力的改变.对结构糖蛋白E基因的聚类分析表明D2-43株与新几内亚株、台湾87株及菲律宾83株亲缘关系较近,D2-04株与牙买加株及巴西90年分离株的亲缘关系较近,表明我国存在不同起源的登革2型病毒感染.     

我国两株登革2型病毒基因组的全序列分析

本研究对我国两株登革２型病毒Ｄ２－４３株、Ｄ２－０４株的基因组进　行　了全序列测定,在此基础上对这两株引起不同临床症状及鼠神经毒力的登革病毒的基因组序　列进行了比较分析,结果表明Ｄ２－４３株与Ｄ２－０４株基因组全长约为１０　７２３ｎｔ,核苷酸序列的同源性为９５．１％,氨基酸序列的同源性为９７．６％,　不存在特别的高变区。这两株序列中共有８３个核苷酸的变化导致了氨基酸的变化,其中２１个　差异氨基酸可引起所在位点电荷或极性的变化,位于登革病毒粒子表面的Ｅ糖蛋白第１２６位氨　基酸由Ｇｌｕ　（Ｄ２－０４株）→Ｌｙｓ（Ｄ２－４３株）的变化对其抗原性有影响,可能引起了病毒对鼠神　经　毒力的改变。对结构糖蛋白Ｅ基因的聚类分析表明Ｄ２－４３株与新几内亚株、台湾８７株及菲律　宾　８３株亲缘关系较近,Ｄ２－０４株与牙买加株及巴西９０年分离株的亲缘关系较近,表明我国存　在不同起源的登革２型病毒感染。     

我国两株登革2型病毒5′和3′端非编码区序列测定及二级结构分析

为测定我国两株临床症状、乳鼠神经毒力不同的登革 2型病毒流行株 5′和 3′端非编码区序列 (untranslated region,UTR) ,分析二级结构差异与毒力变化的关系 ,分别从 D2 - 0 4、D2 - 44株感染的 C6/ 36细胞及鼠脑中提取总 RNA.以该 RNA为模板 ,利用 RACE法 ,分别扩增了 D2 - 0 4、D2 -44株的 5′和 3′末端 c DNA片段 .将其分别与 p GEM- T载体连接得到重组质粒 ,测定上述 c DNA插入片段的序列 .用 RNAdraw软件预测 D2 - 0 4、D2 - 44株 5′和 3′端非编码区的二级结构 .D2 - 0 4、D2 -44株 5′端和 3′端非编码区分别有 96和 454个核苷酸 .其中 5′非编码区 59位 C(D2 - 0 4 )→T(D2 -44 ) ,使 D2 - 44二级结构稳定性下降 ;3′端非编码区有 1 5个核苷酸不同 ,其中 T(355)→ A,T(32 6)→ G引起了所在位置二级结构自由能变化 ,且分别位于两个保守序列区 (conserved sequence,CS)CS1、CS2 A.这些位点变化可能与毒力有关 .     

我国两株登革2型病毒5′和3′端非编码区序列测定及二级结构分析

 为测定我国两株临床症状、乳鼠神经毒力不同的登革 2型病毒流行株 5′和 3′端非编码区序列 (untranslated region,UTR) ,分析二级结构差异与毒力变化的关系 ,分别从 D2 - 0 4、D2 - 44株感染的 C6/ 36细胞及鼠脑中提取总 RNA.以该 RNA为模板 ,利用 RACE法 ,分别扩增了 D2 - 0 4、D2 -44株的 5′和 3′末端 c DNA片段 .将其分别与 p GEM- T载体连接得到重组质粒 ,测定上述 c DNA插入片段的序列 .用 RNAdraw软件预测 D2 - 0 4、D2 - 44株 5′和 3′端非编码区的二级结构 .D2 - 0 4、D2 -44株 5′端和 3′端非编码区分别有 96和 454个核苷酸 .其中 5′非编码区 59位 C(D2 - 0 4 )→T(D2 -44 ) ,使 D2 - 44二级结构稳定性下降 ;3′端非编码区有 1 5个核苷酸不同 ,其中 T(355)→ A,T(32 6)→ G引起了所在位置二级结构自由能变化 ,且分别位于两个保守序列区 (conserved sequence,CS)CS1、CS2 A.这些位点变化可能与毒力有关 .     

用标记分析法对我国海南地区登革2型病毒株的抗原表位分析

用标记分析(signature analvsis)法了解我国海南地区3年(1985—1987)来流行的登革2型(DEN-2)病毒株的抗原性变化。用3种单克隆抗体(McAb),包括黄病毒属特异、亚属特异和登革2型型特异,分析了8个DEN-2病毒流行株,并与标准株新几内亚B林进行比较．通过统计分析和微机处理,发现8株中有5株与株准株类似,有3株显示出明显差异。株记分析法为病毒抗原性分析提供了一个高度敏感的方法,并可用于监测一个地区病毒株群的变化及新株的引人。     

麻疹病毒L4株基因组全序列的测定

将麻疹病毒L4株毒种接种于CEC细胞,传代培养及鉴定合格后,用Trizol法提取总RNA,进行分段RT-PCR扩增,并将PCR产物精制后测序分析。结果表明,成功测出麻疹病毒L4株15894 nt全基因组序列,为了解其基因组结构与生物功能的关系及研究开发麻疹病毒新型疫苗而奠定基础。     

1株梅花鹿源狂犬病街毒株全基因组测序与分析

对1株梅花鹿源性狂犬病街毒株(DRV)进行全基因组克隆,对全长cDNA进行测序分析.RT-PCR扩增克隆覆盖全基因组9个重叠基因片段,基因组3'和5'末端采取3,-RACE和5'-RACE方法,9个重叠基因片段序列拼接得到DRV全基因组cDNA序列,共11 863个核苷酸.DRV毒株全基因组构成与其他狂犬病毒基因组构成相似,由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,在核蛋白和糖蛋白的重要抗原位点有个别氨基酸发生变异,对已完成全基因组测序的几个基因1型毒株分别进行了N、P、M、G、L基因核苷酸及氨基酸的同源性比较.与其他具有代表性的毒株进行N基因序列比较建立的系统进化树表明,DRV毒株属于基因1型,与中国人用疫苗株3aG同源性最高为94%,与分类位置未确定的北高加索毒株(WCBV)的同源性最低为71%.本研究结果可为狂犬病毒各项分子生物学研究提供理论参考.     

Complete genome of a dengue virus serotype 4 strain from Amazonas, Brazil

Dengue virus (DENV) infections represent a significant concern for public health worldwide, being considered as the most prevalent arthropod-borne virus regarding the number of reported cases. In this study, we report the complete genome sequencing of a DENV serotype 4 isolate, genotype II, obtained in the city of Manaus, directly from the serum sample, applying Ion Torrent sequencing technology. The use of a massive sequencing technology allowed the detection of two variable sites, one in the coding region for the viral envelope protein and the other in the nonstructural 1 coding region within viral populations.     

猪传染性胃肠炎病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

采用ST细胞培养,免疫荧光、理化试验、中和试验、电镜观察等方法,从四川疑似猪腹泻病料中分离到1株猪传染性胃肠炎病毒,命名为SC-Y.分离株在ST细胞上盲传至第8代时可出现稳定的细胞病变,病毒滴度TCID50为10-3.664/0.05m1,中和指数为52.应用长链RT-PCR技术成功地扩增出了覆盖SC-Y株全长基因组的5个片段,通过BioEdit软件对测序结果进行拼接,确认SC-Y株基因组全长28 590bp,包括7个开放阅读框,基因组5非编码区长315nt,3'端非编码区长277nt.TGEV基因组系统进化树显示,SC-Y株与美国Purdue株可能来源于共同的祖先.