用于库-库筛选体系的抗原表达载体的构建

选择感染性噬菌体(SIP)技术是研究蛋白质相互作用的良好手段,体内SIP技术在理论上适于库-库筛选,而双载体共包装聚合噬菌体方式是一条有效途径.为构建适合库-库筛选的抗原表达载体,选用TG10载体作为基本载体进行改造,首先克隆噬菌体M13基因间隔区的序列插入TG10中得到质粒pTMI,克隆基因Ⅲ的N1N2区序列,并在其3′端加上一段G4T柔性多肽,将NIN2插入到pTMI载体中Lac启动子的下游得到pTMIN,化学合成Ptrc启动子序列替换pTMIN中的Lac启动子及部分功能基因序列,构建成抗原表达载体pTTMIN,化学合成c-myc的十肽表位插入到G4S后进行融合表达,采用ELISA和SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳检测抗原的表达,结果显示抗原得到了融合表达.用抗体呈现载体对pTTMIN性能进行鉴定,结果表明抗原表达载体可以与抗体呈现载体高效的共包装.综合以上结果说明抗原表达载体构建成功,可望用于库-库筛选体系.     

人源噬菌体抗体库的构建及抗VEGF抗体的初步筛选分析

应用噬菌体表面呈递技术构建人抗体组合文库 .筛选获得了结合血管内皮细胞生长因子( VEGF)的人噬菌体 Fab抗体 ,并对所获抗体的多样性进行了进一步分析 .从不同人群外周血淋巴细胞提取总 RNA,经反转录后采用家族特异性免疫球蛋白可变区基因引物与免疫球蛋白信肽序列引物 ,通过改变 PCR条件或半套式扩增分别获得全部亚型的轻、重链抗体 Fab段 ,并重组到噬粒载体 p Comb3H中 ,经电转化大肠杆菌 XL- 1 Blue,构建了 1 .5× 1 0 8完整组合抗体库 .利用 VEGF12 1对该库经过 4轮固相筛选后 ,获得 1 2个可与 VEGF特异结合的阳性克隆 .酶谱分析表明了所获抗体克隆的多样性 .为通过基因工程改造 ,进一步获得可用于临床的人源 VEGF抗体奠定了基础 .     

超大容量人源性抗体库的构建

构建大容量抗体库是获得高亲和力抗体的重要基础和保障,如何构建大容量抗体库一直是被关注的热点。本对比分析了天然库、半合成库及全合成库基因多样性的特点,指出获得多样的功能性抗体基因是建库的关键。构建大容量抗体库要从提高连接和转化效率、利用体内重组系统提高抗体基因组合多样性以及提高包装和呈现的效率等多个环节进行条件优化,提高库容量和多样性。     

人源抗体筛选和表达载体的构建

目的:构建一个可供抗体CDR(决定簇互补区)进行自由替换、筛选、表达的通用载体,并对其生物学功能进行鉴定.方法:在已构建好的具有Fc段的完全人源抗狂犬病病毒抗体表达栽体基础上,利用PCR介导的定点突变技术,引入2个可供CDR3区进行自由替换的限制性酶切位点,构建出通用表达载体.体外合成人源、鼠源抗乳腺癌Her2抗体的CDR3区,克隆至已构建的通用载体,在毕赤酵母中诱导表达.应用ELISA和Western Blotting技术对亲本抗体和新抗体进行生物学及免疫学分析.结果:PCR、Western Blotting等试验表明具有Her2抗原结合活性的人源和鼠源突变型抗体获得成功表达,通过对表达产物的免疫学及功能学检测证明所表达出的抗体具有抗原中和活性,而且鼠源抗体的活性要稍高于人源抗体.结论:成功构建了可用于功能性抗体筛选和表达的通用载体,对抗体的体外亲和力成熟及抗体的人源化有重要意义.     

鼠源性人乳腺癌单链抗体库的构建与乳腺癌相关抗体的筛选

目的:获得乳腺癌的噬菌体呈现型单链抗体(scFv)库,筛选与乳腺癌细胞特异结合的抗体,为乳腺癌的诊断和治疗奠定基础。方法:用乳腺癌细胞系MCF-7、T47D、MDA-MB-435免疫BALB/c小鼠,取脾脏提取总RNA,用RT-PCR分别扩增抗体重、轻链可变区(VH和VL)基因,经Linker连接形成scFv基因片段。将scFv基因片段与噬菌粒载体pCANTAB5E的连接产物转化大肠杆菌TG1。用辅助噬菌体M13KO7进行超感染,获得重组噬菌体抗体。选用乳腺癌细胞系MCF-7和人正常肝细胞系HL02做正负差异的筛选细胞,通过5轮筛选,随机挑取克隆,经phage-ELISA筛选特异性结合MCF-7细胞的scFv。结果:构建了1个库容为1.3×106的单链抗体库。筛选到2株与MCF-7细胞有较高结合活性的噬菌体-单链抗体scFv-873和scFv-874。数据库搜索表明这2株单链抗体基因是与以往抗体序列不同的新基因。用Westernblot检测了这2株单链抗体在琥珀密码子非抑制型菌株TOP10中的表达情况。结论:筛选到2个与乳腺癌细胞结合特异性较好的单链抗体,为乳腺癌的诊断和治疗研究奠定了基础。     

人源天然ScFv噬菌体抗体库的构建及鉴定

噬菌体抗体库技术是获得治疗性抗体的一条重要途径。以20份健康人外周血为样本,通过提取淋巴细胞、逆转录－PCR（RT PCR）、抗体可变区基因的扩增、重叠PCR获得单链抗体（ScFv）基因,将ScFv克隆入噬粒载体,通过近300次的电转化获得了库容量为1.3×109的全人源天然ScFv噬菌体抗体库。通过随机挑克隆测序和用5种不同抗原筛选对抗体库进行了初步验证。随机测序表明抗体库具有较好的多样性,用5种不同抗原对其进行筛选,均获得了特异性噬菌体抗体的不同富集,表明成功构建了一个多样性良好的人源天然ScFv噬菌体抗体库。     

噬菌体展示抗体库筛选技术研究进展

噬菌体展示技术已成为制备高亲和力抗体的强有力的工具。而噬菌体抗体库的筛选是在获得高亲和力抗体过程中很关键的一个环节。总结了针对不同复杂程度的抗原所须采用的不同筛选方法,并简单介绍了高通量筛选的优势。     

microRNA分子表达与调控研究的最新进展

microRNA(miRNA)是一类分子长度为19~24nt的微小RNA,通常在转录后水平调控靶基因的降解或抑制翻译。miRNA分子在进化上高度保守,已经发现越来越多的miRNA分子参与真核生物的生长发育、生理活性、细胞增殖、组织分化、细胞凋亡、复杂疾病调控等功能。通过介绍miRNA的起源、合成、修饰、细胞表达特点,以及对真核细胞调控等的最新进展与研究方法,阐述miRNA在基因表达调节中的重要地位及应用前景。     

抗HBsAg人源单链可变区抗体的筛选与可溶性抗体的表达

采用噬菌体表达展示技术,以从乙型肝炎病毒（HBV）表达抗原（HBsAg）阳性血汪有超速离心纯化的HBsAg为固相抗原,从噬菌体单链可变区半合成抗体库中经过5轮“吸附－洗脱－扩增”筛选过程,获得特异性较强的HBsAg人源单链可变区抗体（ScFv）克隆并提取质粒,经SfiⅠ/NotⅠ酶切鉴定后,亚克隆到pCANTAB5E表达载体中,转化大肠杆菌XL1－Blue。经IPTG诱导后,表达的可溶性HBsAg特异性ScFv以50％硫酸胺沉淀,经SDS－PAGE电泳表明,XL1－Blue中表达的HBsAg可溶性ScFv的分子量约28kD。免疫活性检测结果表明,该单链抗体具有较强的抗原结合性和特异性。HBsAg人源单链抗体的筛选和表达成功,为今后HBsAg人源抗体的研究和应用奠定了基础。     

计算识别microRNA及其靶基因

小RNA的发现为基因调控系统研究提供了新的方向。在多数物种中已经发现了大量的小RNA。这一领域已经成为了近来研究的热点,在研究起始阶段,计算学方法已经成为实验研究中不可或缺的工具,许多发现是由生物学实验与计算学方法共同合作来完成的。在这篇综述中,我们总结了前人关于小RNA及其靶基因识别的理论知识。最后,讨论了关于预测小RNA及其靶基因的计算学方法和相关软件。     

Mi-DISCOVERER: A bioinformatics tool for the detection of mi-RNA in human genome

MicroRNAs (miRNAs) are 22 nucleotides non-coding RNAs that play pivotal regulatory roles in diverse organisms including the humans and are difficult to be identified due to lack of either sequence features or robust algorithms to efficiently identify. Therefore, we made a tool that is Mi-Discoverer for the detection of miRNAs in human genome. The tools used for the development of software are Microsoft Office Access 2003, the JDK version 1.6.0, BioJava version 1.0, and the NetBeans IDE version 6.0. All already made miRNAs softwares were web based; so the advantage of our project was to make a desktop facility to the user for sequence alignment search with already identified miRNAs of human genome present in the database. The user can also insert and update the newly discovered human miRNA in the database. Mi-Discoverer, a bioinformatics tool successfully identifies human miRNAs based on multiple sequence alignment searches. It's a non redundant database containing a large collection of publicly available human miRNAs.     

miRNAs在糖尿病及其并发症中的作用

糖尿病是当今众多慢性疾病中的一种,多重复杂的因素包括遗传和生理的改变导致1型和2型糖尿病的发生。然而,关于糖尿病的发病机制尚不明确。新近研究发现,微小RNA(miRNAs)与糖尿病及其并发症的发生有密切联系。本文概述近年关于miRNAs与糖尿病及其并发症的研究进展,为理解糖尿病及其并发症的病理机制提供了新的观点,并可能为寻找治疗糖尿病的新方法提供研究方向。     

应用生物信息学寻找山羊新的microRNA分子及其实验验证

摘要: microRNA(miRNA)是一类长约22个碱基的非编码RNA分子, 在转录后水平调节基因的表达及其在细胞的增殖、分化、凋亡等过程中起着重要的调控作用。根据miRNA分子具有一定的保守性, 文章将人、小鼠、牛、猪和狗5种哺乳动物已知的miRNA分子与NCBI公布的与山羊具有极高同源性的绵羊基因组序列对比, 获得11条miRNA候选分子, 然后通过逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)验证, 发现在山羊脑组织中这11条分子均有表达, 肝脏组织中有5条分子表达, 初步确定为山羊新的miRNA分子, 为寻找山羊miRNA提供了新的 思路。     

植物逆境miRNA研究进展

包括生物和非生物在内的多种逆境胁迫是植物正常生长和作物产量提高的重要限制性因素。植物在长期的进化过程中, 通过诱导表达某些抵御或防卫途径的关键基因来实现对胁迫的响应。研究表明, 逆境胁迫不仅会诱导植物蛋白质编码基因的表达, 也会诱导一些非蛋白质编码基因的表达, 这类非蛋白质编码基因的表达产物在植物的生长、发育和应对逆境胁迫等过程中起到重要的调控作用。miRNA(小分子RNA)就是这类非蛋白质编码基因产物中的重要类群, 研究发现, 多种逆境均会诱导miRNA的产生, 其作用是通过引导目的基因mRNA的降解和阻止翻译过程来调控靶基因, 最终通过形态或生理上的变化达到对逆境的适应。文章主要对植物逆境胁迫下miRNA的研究, 特别是逆境胁迫诱导miRNA的产生、靶基因调控以及miRNA在植物适应逆境胁迫过程中的作用进行了综述, 同时, 文章还对在逆境胁迫下植物miRNA的研究方法进行了初步的探讨。     

miR-15a靶基因的预测及生物信息学分析

目的:对目前研究较为广泛的miR-15a的靶基因进行预测及相关生物信息学分析,以期为miR-15a靶基因的实验验证提供数据支持,并为深入研究miR-15a的调控机制及生物学功能奠定基础和提供理论指导。方法:选择TargetScan5.1与PicTar两种计算方法预测miR-15a的靶基因的交集作为分析的基因集合,分别进行GO注释描述、GO富集分析和生物通路富集分析。结果与结论:预测靶基因集合分别富集在转录调控、蛋白质修饰、细胞周期等生物学过程和蛋白激酶活性等分子功能上(P0.01);经典miR-15a预测靶基因集合显著富集于KEGG通路数据库中的Wnt信号通路、细胞周期和p53信号通路等5个信号转导通路及前列腺癌、慢性髓细胞性白血病、黑素瘤等7个疾病通路中(P0.05)。     

miRNA功能的研究进展

综述了miRNA功能的最新研究进展。miRNA是一类长度约20~24nt的非编码调控单链小分子RNA,其功能和作用是近年来分子生物学界关注的重点。这些微小的RNA控制着包括细胞增殖、凋亡、器官发生、发育、造血以及肿瘤发生等若干途径。最近研究发现,miRNA可能同时具有肿瘤抑制因子和源癌基因的功能,并且可能在癌症的诊断和治疗中发挥重要的作用。miRNA可以通过影响或者调控细胞增殖、分化过程中的信使RNA和关键蛋白质等参与细胞的发育。此外,miRNA对多种植物激素的调控作用对于植物体的发育也具有重要意义。     

与肿瘤相关的MicroRNA研究进展

MicroRNA（smiRNAs）是一类进化上保守的单链非编码小分子RNA,它作为基因表达调控因子在转录后水平调节基因表达。最近研究发现,miRNA能够控制细胞生长、凋亡及分化;miRNA的表达与癌症相关,并在肿瘤的形成过程中发挥着重要的作用。因此,miRNA的研究对于揭示基因表达的调控机理、人类疾病防治及生物进化探索具有重要意义。