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相似文献
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1.
根据已知的Sulfolobus属的分子伴侣基因,设计简并引物,用PCR的方法从腾冲嗜酸两面菌(Acidianus tengchongensis)基因组DNA中分别克隆到了分子伴侣α亚基和β亚基的约500bp的基因片段。以它们为探针进行Southern杂交,确定了合适的限制性内切酶。以确定的限制性内切酶消化的基因组DNA环化物为模板,进行反向PCR反应,引物的延伸方向由已知序列出发沿环化分子向未知区域进行,扩增产物经测序表明为α亚基和β亚基基因。根据所得序列分别设计两对引物进行PCR,测序结果表明得到了α亚基和β亚基的完整基因。  相似文献   

2.
化能自养菌中的氢酶在深海热液区生态系统的物质和能量转化中具有重要作用。以Caminibacter profundus为研究对象,通过设计PCR引物,克隆编码膜结合的类型I NiFe-氢酶大亚基基因序列hynL并进行生物信息学分析;研究hynL相对表达、甲基紫晶(MV)还原氢酶活性以及菌株生长对H2浓度变化的响应特点。结果表明,从C.profundus克隆获得864 bp的hynL基因片段,其编码的氨基端序列与Lebetimonas acidiphila的相似性为99%,与热液区化能自养的Epsilonproteobacteria D类群的类型I NiFe氢酶大亚基属同一分支。hynL相对表达量和MV还原的氢酶活性分别于12 h和24 h达到最高,此时菌体处于指数生长期;hynL相对表达量和MV还原的氢酶活性和菌株生长的最适H2浓度均为60%。提示C.profundus通过调控hynL的表达,响应环境中H2浓度的变化,以影响菌株能量代谢的催化过程和生长繁殖。  相似文献   

3.
根据已知的Sulfolobus属的分子伴侣基因,设计简并引物,用PCR的方法从腾冲嗜酸两面菌(Acidianus tengchongensis)基因组DNA中分别克隆到了分子伴侣α亚基和β亚基的约500bp的基因片段。以它们为探针进行Southern杂交,确定了合适的限制性内切酶。以确定的限制性内切酶消化的基因组DNA环化物为模板,进行反向PCR反应,引物的延伸方向由已知序列出发沿环化分子向未知区域进行,扩增产物经测序表明为α亚基和β亚基基因。根据所得序列分别设计两对引物进行PCR,测序结果  相似文献   

4.
猴副流感病毒SV5 PCR检测方法的建立与初步应用   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的建立检测SV5的PCR方法并加以初步应用。方法根据GenBank中报道的SV5序列,针对其中的SH基因设计引物进行PCR反应,扩增产物进行测序并用BLAST软件进行同源性比对,同时利用限制性内切酶的酶切反应以证实此PCR反应的特异性。在此基础上设计巢式PCR提高此方法的灵敏度。利用此方法对20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本进行检测。结果利用设计的引物扩增出的序列测序结果证实与报道的SV5SH基因相对位置的序列一致。AccⅢ限制性内切酶可对PCR产物进行特异性酶切。巢式PCR比一次PCR的敏感度有所提高。用此方法检测的20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本结果为阴性。结论初步建立了检测SV5病毒的PCR方法,排除实验室用20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本SV5的污染。  相似文献   

5.
叶用芥菜细胞质雄性不育相关基因orf 220的分子特性   总被引:10,自引:0,他引:10  
采用榨菜细胞质雄性系为不育源,通过变种间杂交和回交的方法,转育叶用芥菜细胞质雄性不育种质。根据Brassica nap型细胞质雄性不育相关基因off222设计兼并引物,利用特异引物PCR方法,分别在不育源、F1、BC2以及BC3世代中扩增出一条600~700bp大小的特异条带,而在叶用芥菜保持系中无此条带,具细胞质基因遗传特性。进一步序列分析表明,此特异条带大小为663bp,具有起始密码子和终止密码子,编码220个氨基酸,定名为off220。同时,off220推导的氨基酸序列存在两个跨膜区,氨基端与Oenothera berteriana中的COXⅢ(线粒体细胞色素氧化酶复合体亚基)、萝卜中的ATP8(线粒体ATP酶复合体亚基)以及向日葵中的ORFB(ATP酶复合体α亚基相关)蛋白氨基端高度同源。RT-PCR方法分析表明,off220基因的表达为组成性表达,无器官特异性。  相似文献   

6.
[目的]建立检测SV5的PCR方法并加以初步应用。[方法]根据Genbank中报道的SV5序列,针对其中的SH基因设计引物进行PCR反应,扩增产物进行测序并用BLAST软件进行同源性比对,同时利用限制性内切酶的酶切反应以证实此PCR反应的特异性。在此基础上设计巢式PCR提高此方法的灵敏度。利用此方法对20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本进行检测。[结果]利用设计的引物扩增出的序列测序结果证实与报道的SV5SH基因相对位置的序列一致。AccIII限制性内切酶可对PCR产物进行特异性酶切。巢式PCR比一次PCR的敏感度有所提高。用此方法检测的20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本结果为阴性。[结论]本文首次初步建立了检测SV5病毒的PCR方法,排除实验室用20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本SV5的污染。  相似文献   

7.
CO1在侧耳属物种快速鉴定中的应用   总被引:1,自引:0,他引:1  
以侧耳属Pleurotus15个种的15个菌株为材料,根据GenBank上侧耳属细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因(cytochrome c oxidase subunit 1 gene,CO1)序列信息,设计引物CO332F、CO332R,进行第一轮PCR扩增,结果显示所有菌株都能得到单一条带,根据条带大小,15个菌株可分为...  相似文献   

8.
应用RD-PCR技术制备HIV基因芯片探针   总被引:14,自引:2,他引:12  
利用限制性显示 (RD PCR)技术快速分离HIV 1基因片段制备DNA芯片探针 .以Sau3AⅠ酶切HIV基因 ,得到许多大小适合芯片的限制性酶切片段 .然后在片段两端接上接头 ,根据酶切位点、接头的序列设计通用引物 .在该通用引物的 3′端分别延伸一个碱基后 ,通过引物间的两两组合 ,将PCR反应分成 10个亚组 .纯化各组PCR产物 ,克隆到T载体上 .阳性克隆经鉴定、扩大培养后提取质粒 .以质粒为模板扩增靶片段并进行序列分析 .每个亚型得到了十几个 10 0~ 10 0 0bp的HIV基因片段 .研究表明 ,RD PCR技术是一种有效的快速制备基因芯片探针的方法  相似文献   

9.
猪Pit-1基因第三内含子序列的克隆测序   总被引:2,自引:0,他引:2  
根据不同物种间同一基因核苷酸序列的保守性及相似性的特点 ,在人和鼠的Pit 1基因第三外显子上设计上游引物 ,而将下游引物设计在猪Pit 1基因第四外显子上。利用聚合酶链式反应 (PCR)技术 ,扩增出猪Pit 1基因第三内含子序列 ,并经由酶切及序列同源性比对确认该序列即为猪Pit 1基因第三内含子序列。此序列的确定为下一步进行遗传变异分析的研究奠定了基础  相似文献   

10.
人整合素β3亚基真核表达载体的构建及表达   总被引:1,自引:0,他引:1  
构建人整合素β3亚基全读码框(ORF)基因真核表达载体,为探讨整合素β3作为汉坦病毒(Hantavirus,HV)受体的特异性奠定基础.根据已公布的序列设计引物,用PCR方法从原核质粒中扩增出人整合素分子β3亚基ORF基因,应用TA克隆将其插入pcDNA3.1/V5-His-TOPO载体中,采用酶切和PCR鉴定,选取初筛正向插入的阳性克隆进行测序,序列分析表明与公布的人整合素β3亚基ORF核苷酸序列基本一致,并通过脂质体介导转染至CHO细胞中进行瞬时表达,经间接免疫荧光法检测证实pcDNA3.1-β3能在宿主细胞中高效表达.  相似文献   

11.
Degenerate primers were designed from the conserved zone of hydA structural gene encoding for catalytic subunit of [Fe]-hydrogenase of different hydrogen producing bacteria. A 750 bp of PCR product was amplified by using the above-mentioned degenerate primers and genomic DNA of Enterobacter cloacae IIT-BT 08 as template. The amplified PCR product was cloned and sequenced. The sequence showed the presence of an ORF of 450 bp with significant similarity (40%) with C-terminal end of the conserved zone (H-cluster) of [Fe]- hydrogenase. hydA ORF was then amplified and cloned in-frame with GST in pGEX4T-1 and overexpressed in a non-hydrogen producing Escherichia coli BL-21 to produce a GST-fusion protein of a calculated molecular mass of about 42.1 kDa. Recombinant protein was purified and specifically recognized by anti-GST monoclonal antibody through Western blot. Southern hybridization confirmed the presence of this gene in E. cloacae IIT-BT 08 genome. In vitro hydrogenase assay with the overexpressed hydrogenase enzyme showed that it is catalytically active upon anaerobic adaptation. In vivo hydrogenase assay confirmed the presence of H2 gas in the gas mixture obtained from the batch culture of recombinant E. coli BL-21. A tentative molecular mechanism has been proposed about the transfer of electron from electron donor to H-cluster without the mediation of the F-cluster.  相似文献   

12.
PCR analysis of 16S-23S internal transcribed spacer (PCR ribotyping) and tRNA intergenic spacer (tDNA-PCR) were evaluated for their effectiveness in identification of clinical strains of Klebsiella pneumoniae and differentiation with related species. For this purpose both methods were applied to forty-three clinical isolates biochemically identified as K. pneumoniae subsp. pneumoniae isolated from patients clinical specimens attended at five hospitals in three Brazilian cities. References strains of K. pneumoniae subsp. pneumoniae, K. pneumoniae subsp. ozaenae, K. oxytoca, K. planticola and Enterobacter aerogenes were also analyzed. Both PCR methods showed specific patterns for each species. A conserved PCR ribotype pattern was observed for all clinical K. pneumoniae isolates, while differing from other related analyzed species. tDNA-PCR revealed five distinct patterns among the K. pneumoniae clinical isolates studied, demonstrating a predominant group with 90.6% of isolates presenting the same pattern of K. pneumoniae type strain. Both PCR-based methods were not able to differentiate K. pneumoniae subspecies. On the basis of the results obtained, both methods were efficient to differentiate the Klebsiella species analyzed, as well as E. aerogenes. Meanwhile tDNA-PCR revealed different tRNA arrangements in K. pneumoniae, suggesting intra-species heterogeneity of their genome organization, the polymorphism of the intergenic spacers between 16S and 23S rRNA genes appears to be highly conserved whithin K. pneumoniae clinical isolates, showing that PCR ribotyping can be an useful tool for identification of K. pneumoniae isolates.  相似文献   

13.
为了了解湖南长沙某医院临床分离的肺炎克雷伯菌中质粒介导AmpC β-内酰胺酶的产生情况及其基因型,收集了该医院2008年3月至2010年10月临床分离的多重耐药肺炎克雷伯菌104株,用头孢西丁纸片扩散法对这些菌株进行表型初筛,用多重PCR确定ampC耐药基因型;结果发现其中有19株对头孢西丁纸片不敏感,疑为产AmpC酶菌株;再经多重PCR扩增,有12株菌分别在约400 bp(11株)和约350 bp(1株)出现了阳性条带,特异性PCR证明此12株菌分别携带了DHA型(11株)和ACC型(1株)ampC耐药基因;产质粒介导AmpC酶肺炎克雷伯菌的分离率为11.5%(12/104)。该医院产质粒介导AmpC酶肺炎克雷伯菌的分离率较高,应对其检测与监测给予足够重视,以指导临床合理选用抗菌药物。  相似文献   

14.
目的研究血流感染产ESBLs肺炎克雷伯菌的毒力基因和基因分型特点。方法采用PCR检测菌株中高毒力因子、荚膜血清型以及ST分型;采用微量肉汤稀释法对菌株进行药敏试验;采用加克拉维酸的复合药(头孢他啶/克拉维酸或头孢噻肟/克拉维酸)与单药(头孢噻肟或头孢他啶)的药敏纸片组合进行肺炎克雷伯菌产ESBLs的表型确证试验。结果 128株血流感染肺炎克雷伯菌中,有23株产ESBLs(产ESBLs组),占17.97%(23/128);105株不产ESBLs(非产ESBLs组),占82.03%(105/125)。本地区血流感染肺炎克雷伯菌主要流行ST型别为ST23、ST65、ST37和ST29,其中ST23、ST29、ST65为非产ESBLs的优势ST型别菌株,而在产ESBLs菌株中无优势型别。两组菌在高黏液表型、荚膜血清型和毒力基因分布上差异均无统计学意义(P0.05)。产EBSLs组中发现8株高毒力产EBSLs肺炎克雷伯菌。结论临床诊疗中需在肺炎克雷伯菌耐药株中识别出高毒力肺炎克雷伯菌并给与及时的治疗,避免其并发症的发生。  相似文献   

15.
由于Klebsiella pneumoniae 1,3-丙二醇合成途径中,加强甘油脱水酶基因表达,导致因NADH供应不足使3-羟基丙醛累积,并对菌体生长及1,3-丙二醇合成造成负面影响。为改善Klebsiella pneumoniae 1,3-丙二醇合成途径,本文利用PCR技术从大肠杆菌(Escherichia coli)中扩增出以NADPH 为辅酶的1,3-丙二醇氧化还原酶同工酶编码基因yqhD,从克雷伯氏杆菌中扩增出2.66kb的甘油脱水酶基因(dhaB),构建了产1,3-丙二醇关键酶基因的串联载体pEtac-dhaB-tac-yqhD,并将其转入到野生克雷伯氏杆菌(Klebsiella pneumoniae)中,重组载体得到了表达。通过初步发酵,重组后的克雷伯氏杆菌产量比原始菌高20%左右,副产物中乙酸和丁二醇分别下降30%左右。  相似文献   

16.
The aim of this study was standardization of PCR for the detection of gene encoding the P1 protein, 16S rRNA and elongation factor Tu of M. pneumoniae. A total of 13 strains of M. pneumoniae, 28 strains of other mycoplasmas and 14 strains of different bacteria causing respiratory tract infections were tested. In all of tested M. pneumoniae strains the presence of the sought genes was confirmed. The specificity of DNA was confirmed by the restriction endonuclease analysis with enzymes Hind III, Alu I and Hha I. With none of primers specific for the M. pneumoniae genes amplification of DNA from other bacteria was noted. The PCR method with the selected primers allowed to detect from 10(2) to 10(4) cfu M. pneumoniae/ml suspended in broth. The obtained results indicate that the PCR method can be used for detection of M. pneumoniae genes. A very good sensitivity and specificity predestine++ PCR as a potential quick diagnostic method for identification of M. pneumoniae in clinical specimens.  相似文献   

17.
目的 了解临床分离肺炎克雷伯菌中qnr基因和Ⅰ类整合子基因的分布及其耐药特征.方法 采用PCR法对45株耐环丙沙星肺炎克雷伯菌进行qnrA、qnrB、qnrS基因筛查并测序,用PCR法检测qnr阳性菌株Ⅰ类整合子基因,并采用SPSS 13.0和Whonet 5.4软件分析药敏结果及比较.结果 45株肺炎克雷伯菌中,24株(51.1%)细菌检出qnrS基因,未检出qnrA和qnrB基因.20株qnr阳性菌株同时携带Ⅰ类整合子基因.qnr阳性菌株Ⅰ类整合子基因携带率显著高于阴性菌株,qnr阳性菌株对阿米卡星、妥布霉素、亚胺培南、哌拉西林/他唑巴坦及头孢哌酮舒巴坦的敏感性较高.结论 肺炎克雷伯菌对氟喹诺酮类抗菌药物耐药主要由qnrS引起,qnr阳性株同时携带Ⅰ类整合子,导致呈现多重耐药性,加强临床耐药监测对控制多重耐药传播有着重要的意义.  相似文献   

18.
目的了解3种氟喹诺酮类(FQS)体外诱导肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,Kpn)耐药性的差异,研究肺炎克雷伯菌DNA旋转酶A亚单位(GyrA)和拓扑异构酶ⅣC亚基(ParC)的变异与其耐喹诺酮类药物的关系。方法采用环丙沙星(CW)、左氧氟沙星(LEX)和加替沙星(GAT)对从临床分离8株Kpn进行体外分步诱导,采用琼脂平板二倍稀释法测定CIP、LVF及GAT对Kpn诱导前、后的最低抑菌浓度(MIC),并对诱导成功的17株Kpn的GyrA的基因(gyrA)和ParC的基因(parC)进行PCR扩增,选取其中8株KpnDNA测序并进行序列分析比较。结果8株耐FQS菌株都存在GyrA变异,同FQS耐药性相关的变异有Ser83(TCC)→Phe(TTC)、Ile(ATC)和Tyr(TAC),Asp87(GAC)→Ala(GCC)、ma(GCC)和Glu(GAA),5株Kpn同时存在ParC的变异:丝氨酸Ser80(AGC)→Ile(ATC)。结论本研究体外实验证实了Kpn可在长期低剂量的接触抗菌药物后形成耐药菌株。在高度耐FQS的Kpn中同时存在GyrA和ParC变异。  相似文献   

19.
The amino acid sequences of haemoglobin-like proteins from the bacteria Alcaligenes eutrophus , Bacillus subtilis , Erwinia chrysanthemi , Escherichia coli , Vibrio parahaemolyticus , Vitreoscilla sp. and the yeast Saccharomyces cerevisiae were studied. Phylogenies based on distance and parsimony analysis showed that the eubacterial group can be easily distinguished from the other haemoglobin-like proteins. The construction of a consensus bacterial flavohaemoglobin based on the alignment of six bacterial and one yeast globins allowed the design of consensus primers to search for haemoglobin-like genes in other bacteria. PCR products of the expected size were found in Campylobacter jejuni , Salmonella typhimurium , Listeria monocytogenes , Rhizobium leguminosarum , Klebsiella pneumoniae , Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus .  相似文献   

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