辽宁省9种兰科植物根内与根际土壤中真菌群落结构的差异

兰科植物的生存及生长高度依赖其根中的共生真菌,其中的菌根真菌更是对兰科植物的种子萌发与后续生长有着非常重要的作用,研究兰科植物根中的真菌,尤其是菌根真菌,对兰科植物的保护有重要作用。该研究利用第二代测序技术,对中国辽宁省境内的9种属于极小种群的兰科植物的根、根际土和根围土中的真菌群落和菌根真菌组成进行了研究。结果显示,兰科植物根中的真菌群落和根际土、根围土中的真菌群落具有显著差异。兰科植物根中的总操作分类单元(OTU)数目远小于根际土和根围土中的总OTU数目。同时,兰科植物根中菌根真菌的种类和丰度与根际土、根围土中菌根真菌的种类与丰度没有明显联系。FunGuild分析结果显示,丛枝菌根真菌在根际土与根围土中的丰度非常高,但在兰科植物的根中却数量极少。这些结果表明,兰科植物根中的真菌群落与土壤中的真菌群落在一定程度上是相互独立的。     

黑老虎内生真菌及根际土壤真菌的群落结构与生态功能分析

为探讨黑老虎(Kadsura coccinea)根际土壤和组织内生真菌菌群的组成及其生态功能,该研究采用ITS高通量测序技术对成熟黑老虎(根、茎、叶)内生真菌及根际土壤真菌群落结构、多样性和生态功能进行了分析。结果表明：(1)从12个样品中共获得2 241个可操作分类单元(OTU),涉及10门、41纲、95目、212科、367属,内生真菌(根、茎、叶)和根际土壤真菌OTU数分别为386、536、258、1 435个,其中共有的OTU为18个。在门水平上,黑老虎内生真菌及根际土壤真菌优势群落均为子囊菌门和担子菌门,其中子囊菌门在叶和茎中占比分别高达96.99%和95.37%;在属水平上,黑老虎根际土壤真菌中腐生真菌被孢霉属占比较高(为13.5%),叶和茎等生长旺盛的组织中子囊菌门未分类属和痂囊腔菌属占比较高。(2)α多样性分析结果显示,黑老虎根际土壤真菌群落的丰度和多样性明显高于内生真菌,茎中内生真菌丰度显著高于根和叶,而根、茎和叶组织间内生真菌多样性差异不显著;PCoA分析结果显示,叶和茎的真菌群落结构相似性更高。(3)利用FUNGuild数据库进行的功能预测分析结果显示,黑老虎根际土...     

寒区高粱各组织及根际土壤真菌群落结构

为了解高粱有益真菌资源情况,本研究采用ITS高通量测序对寒区成熟期高粱不同组织及根际土的真菌群落结构进行了分析.结果 显示,15个样品共得到238个OTU,其中88个共有OTU.高粱各组织及根际土的真菌优势群落均为子囊菌门和担子菌门.PCoA结果显示,高粱不同组织的真菌群落结构有差异,根与根际土的真菌群落结构相似性更高...     

蜘蛛香内生真菌及其根际土壤真菌群落多样性

【背景】药用植物蜘蛛香(Valeriana jatamansi Jones)有着悠久的用药历史,应用广泛,然而关于蜘蛛香内生真菌及其根际土壤真菌群落多样性方面的研究尚未见报道。【目的】探究蜘蛛香不同组织部位内生真菌及根际土壤真菌多样性及结构类群,为蜘蛛香真菌资源的开发与利用奠定基础。【方法】基于真菌rRNA基因ITS1区,应用Illumina Miseq PE250高通量测序技术测定蜘蛛香根、茎、叶内生真菌和根际土壤真菌,并结合生物信息学分析蜘蛛香内生真菌和根际土壤真菌群落结构。【结果】蜘蛛香根、茎、叶、根际土壤4个样品共获得1 776 731条有效序列,7 399个OTU,分属于17门65纲146目331科767属1 269种;这4个样品中,真菌丰富度排序为根际土壤>茎>根>叶,多样性为根际土壤>茎>叶>根。这4个样品共有的OTU为192个,特有的OTU排列呈现根际土壤>茎>根>叶。在门水平上,根、茎、叶内生真菌和根际土壤真菌群落的优势菌均为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota);在属水平上,汉纳氏菌属(Hannaella)为叶和茎中的优势菌属,小不整球壳属(Plectosphaerella)为根中的优势属,根际土壤中未分类的真菌(unclassified_fungi)占比较高。真菌网络关系显示,每个属在平均丰度上存在一个甚至多个与其存在关联的属,大多数属间存在正相关关系。【结论】蜘蛛香中存在较为丰富的真菌资源,且不同组织器官内生真菌和根际土壤真菌群落组成存在明显差异。本研究探讨了药用植物蜘蛛香内生真菌和根际土壤真菌的生物信息,为蜘蛛香的资源保护及真菌资源的开发利用提供了理论依据。     

新疆3种甘草根际土壤丛枝菌根真菌群落的多样性分析

为探究新疆地区药用甘草根际土壤丛枝菌根真菌的群落结构受宿主植物种类、土壤深度和土壤理化性质的影响,该实验采集了新疆地区乌拉尔甘草、胀果甘草、光果甘草根际0～20 cm、20～40 cm、40～60 cm 3个土层的土壤样品,基于Illumina Miseq高通量测序平台测定AM真菌群落结构和多样性,结合土壤理化性质,分...     

大花杓兰根内与根际土壤真菌群落组成分析

目的：探究大花杓兰根内与根际土壤内生真菌的组成与相关性,为其种群恢复和资源可持续利用提供理论依据。方法：采用高通量测序技术对大花杓兰根内与根际土壤真菌的核基因ITS2片段进行扩增测序。结果：除极个别样本外,在OTU、属、科、目、纲和门等分类级别,大花杓兰根部内生真菌数量与根际土壤真菌数量差异较大,所有根际土壤样本内生真菌数量均大于根样本。不同样本间无共有OTUs和属。Alpha多样性结果显示,根际土壤的真菌群落丰富度大于根样本,但多样性差异不明显。在科水平上,根与根际土壤无共有优势菌。PCoA主成分分析和UPGMA聚类分析结果显示,根样本与根际土壤样本在组成上存在差异。在真菌的特异性组成方面,Rozellomycota真菌在根样本和根际土壤样本中相对丰度接近,分布较为均匀,Malassezia真菌只在植物根样本中检测到,为植物根样本的特有真菌,蜡壳耳属（Sebacina）只在根际土壤中检测到,为根际土壤的特有属。结论：大花杓兰根与其根际土壤真菌群落组成存在差异性,根际土壤真菌的丰富度大于根样本,二者真菌群落相关性小,无共有优势菌科。     

广西喀斯特地区毛唇芋兰根内与根际土壤真菌群落组成分析

为探索兰科(Orchidaceae)植物毛唇芋兰(Nervilia fordii)根内和根际土壤真菌群落多样性,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析了大新(DX)和龙州(LZ)两个样地(简称两地)毛唇芋兰根内和根际土壤的真菌组成。结果表明：(1)两地的毛唇芋兰根内和根际土壤真菌多样性很丰富,根际土壤真菌多样性均高于根内,主根的真菌多样性高于走茎。(2)通过测序共获得有效序列118 040条,207个可操作分类单元(OTUs)涉及8门19纲42目86科123属。(3)担子菌门(Basidiomycota)真菌是两地毛唇芋兰根内真菌的共同优势菌群,涉及胶膜菌科(Tulasnellaceae)、Trimorphomycetaceae、角担菌科(Ceratobasidiaceae)、马拉色菌科(Malasseziaceae)和小皮伞科(Marasmiaceae)等,其中优势科和优势属分别是胶膜菌科(75%)和瘤菌根菌属(Epulorhiza)(56%),而土壤中的优势菌属则是镰刀菌属(Fusarium)。综上认为,毛唇芋兰根内与根际土壤中的优势菌群既差异显著也存在一些共同...     

黑胫病感染对烟草茎秆及根际土壤真菌群落结构的影响

烟草黑胫病是由寄生疫霉烟草变种引起的一种对烟草生产造成巨大经济损失的土传病害。本文以健康烟株与感染黑胫病烟株茎秆和根际土壤为研究对象,通过PCR技术扩增样本中真菌转录间隔区的ITS1区域,采用Illumina Miseq高通量测序技术对扩增片段进行测序,旨在了解黑胫病感染对于烟草茎秆和根际土壤真菌群落结构与多样性的影响。本研究20个测序样品,共获得755 599条高质量序列片段,最短序列为200bp,最长序列为356bp,平均序列长度248bp。结果表明,健康烟株和发病烟株根际土壤的优势真菌为子囊菌门Ascomycota、接合菌门Zygomycota和担子菌门Basidiomycota,所有茎秆样品的优势真菌为子囊菌门、担子菌门。健康烟株与感染黑胫病烟株根际土壤样品相对丰度大于1%的属有镰刀菌属Fusarium、被孢霉属Mortierella、隐球菌属Cryptococcus、链格孢属Alternaria和赤霉菌属Gibberella等,其中,健康烟株根际土壤优势属为镰刀菌属（39.35%）和被孢霉属（14.19%）,发病烟株根际土壤镰刀菌属和被孢霉属相对丰度分别为40.26%和20.77%;健康茎秆样品优势属为隐球菌属（31.12%）、链格孢属（18.28%）、镰刀菌属（15.67%）和红酵母属Rhodotorula（13.34%）;病健交界茎秆样品优势属为镰刀菌属（41.36%）、隐球菌属（28.15%）和链格孢属（22.32%）;发病茎秆优势属为隐球菌属（62.14%）和链格孢属（27.75%）。烟株感染黑胫病后,其根际土壤与茎秆样品真菌优势属种类与健康烟株无明显变化,但属水平的相对丰度变化显著。发病烟株茎秆与根际土壤样品真菌群落Sobs、Chao1、Shannon指数较健康烟株降低,Simpson指数上升,表明烟株发病后根际土壤真菌与茎秆内生真菌群落丰富度与多样性降低。该结果对于研究烟草黑胫病发生的微生态机制及其生物防治具有一定的理论指导意义。     

兰科植物菌根真菌的研究进展

兰科（Orehidaceae）是仅次于菊科（Composltae）的一个兴盛、复杂的植物类群,广布于全球,多数种是著名的药用植物和珍贵花卉。兰科植物具有三大特点：第一、其花形状奇特,色彩艳丽,芳香宜人,授粉机制独特而复杂;第二、种子细小,仅具未分化的原胚;第三、在生活史中,与真菌共生形成内生苗根。因而,长期以来受到人们的普遍喜爱,带来了较高的商业利益,科学家,园艺工作者也从各个角度对兰科植物作了大量的研究。本文从兰科菌根的共生物之———菌根真菌的角度对有关其分类及与植物之间的专一性的研究状况进行了分析讨论,旨在为从…     

基于高通量测序的杨树人工林根际土壤真菌群落结构

研究不同根序细根根际土壤微生物群落组成结构对深入了解根系-微生物互作关系具有重要意义.本研究采用Illumina MiSeq测序平台,对杨树人工林非根际土壤和不同根序细根根际土壤的真菌群落结构进行分析.物种注释结果显示: 杨树1～2级根(R1)、3级根(R2)和4～5级(R3)根际及非根际土壤(NR)中分别包含128、124、130和101个真菌属,表明杨树根际存在对真菌群落构建的选择性机制.不同根序根际土壤中相对丰度>1%的真菌属有7个,木霉属在1～2级根根际土壤中丰度较高,毛孢子菌属和曲霉属分别是3级根和4～5级根根际土壤中丰度最高的真菌属.α多样性指数表明: 根际土壤真菌的多样性在不同根序间存在显著差异,低级根显著高于高级根(P<0.05).β多样性指数表明: 真菌群落随着序级的升高差异性不断上升,相似性不断降低.不同根序细根根际真菌群落的趋异化组成和结构与细根功能具有密切关系.     

广东湛江湾可培养丝状真菌分布状况的初步调查

通过一次航行对广东湛江湾19个站位的表层和底层海水进行采样。经过对样品的分离纯化,共获得253株丝状真菌菌株。通过测序获得了121个rDNA-ITS序列,并已提交给GenBank。经统计分析发现,湛江湾表层和底层海水真菌数量总体上表现为由湾内向湾口逐渐减少的水平分布格局;湛江湾表层丝状真菌的数量略多于底层,在海水表层和底层中真菌种类和数量的分布规律相似。根据形态特征及rDNA-ITS的Blast同源性分析,这些菌株分属于18个属和32个分类单元,其中包括7个海洋真菌新记录属。结果表明,湛江湾丝状真菌多样性Shannon指数达2.75,物种优势度变化范围为30.90%–0.02%。枝孢属Cladosporium的优势度最高,为湛江湾优势种群,其次是青霉属Penicillium、侧齿霉属Engyodontium、曲霉属Aspergillus、枝顶孢属Acremonium等。湛江湾表层和底层海水真菌群落的Jaccard相似系数为0.42。     

大白口蘑分离菌株的DNA鉴定

以松口蘑Tricholoma matsutake子实体为外类群,对大白口蘑T.giganteum野生子实体及其组织分离菌丝进行ITS序列测序,通过DNAStar软件进行比较分析。结果表明大白口蘑ITS序列长度为589bp,松口蘑ITS序列长度为601bp,ITS1和ITS2呈现不同程度的种间多态性;ITS序列测定证实了大白口蘑野生子实体及其组织分离菌丝的同质性,并且ITS区序列在大白口蘑种内不同菌株间的变异程度很小,表明使用通用引物ITS4和ITS5,通过PCR扩增测序即可用于大白口蘑的种质鉴定。     

大白口蘑分离菌株的DNA鉴定

以松口蘑Tricholoma matsutake子实体为外类群,对大白口蘑T. giganteum 野生子实体及其组织分离菌丝进行ITS序列测序,通过DNAStar软件进行比较分析。结果表明大白口蘑ITS序列长度为589bp,松口蘑ITS序列长度为601bp,ITS1和ITS2呈现不同程度的种间多态性;ITS序列测定证实了大白口蘑野生子实体及其组织分离菌丝的同质性,并且ITS区序列在大白口蘑种内不同菌株间的变异程度很小,表明使用通用引物ITS4和ITS5,通过PCR扩增测序即可用于大白口蘑的种质鉴定。     

Removal of Viable Airborne Fungi from Indoor Environments by Benzalkonium Chloride-Based Aerosol Disinfectants

Fungi are ubiquitous in indoor environments, and some taxa can cause clinical symptoms in humans. Thus, from the viewpoint of public health, methods to reduce indoor airborne fungi are needed. The goal of this study was to examine the efficacies of benzalkonium chloride (BAC)–based aerosol disinfectants to remove airborne viable fungi from indoor environments. The laboratory- and field-based experiments were conducted to compare airborne culturable fungal concentrations before and after the disinfectant aerosol applications. The laboratory-based experiments showed the greater efficacies by the BAC-based disinfectant aerosol than by pure-water control aerosol (p <.05, t-test). In the field study using the BAC-based disinfectant aerosols, on average a 58% reduction of total airborne culturable fungal concentrations were observed. Additionally, the significant reduction was found for a group of airborne yeasts or yeast-like organisms (p <.05, Wilcoxon signed rank test). The BAC-based aerosol disinfectants are effective when used to reduce the numbers of airborne culturable fungi, in particular yeasts or yeast-like organisms, from indoor environments.     

蓼属头状蓼组rDNA-ITS的序列扩增及分析

以贵州境内蓼属头状蓼组6种(含1变种)植物为材料,对其rDNA的内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增,得到6种植物的ITS序列,分别为:赤胫散2个居群(Polygonum runcinatum var.sinense,GenBank登录号FJ606887、FJ648802),平卧蓼(P.strindbergii,GenBank登录号FJ648803 ),尼泊尔蓼(P.nepalense,GenBank登录号FJ648804),羽叶蓼(P.runcinatum,GenBank登录号FJ648805),火炭母(P.chinense,GenBank登录号FJ648806)和头花蓼(P.capitatum,GenBank登录号FJ648807).其中赤胫散与平卧蓼的ITS序列为首次报道.序列分析结果表明,蓼属头状蓼组6种植物ITS序列总长度为661～666 bp,ITS1区序列长度为243～246 bp,5.8 S rDNA区序列长度165 bp,ITS2区序列长度253～258 bp,6种植物的差异主要集中在ITS1和ITS2区.聚类分析显示,6种头状蓼组植物具有共同起源,结果支持赤胫散从羽叶蓼变种上升为独立物种.