生命与健康大数据中心资源

生命与健康多组学数据是生命科学研究和生物医学技术发展的重要基础。然而,我国缺乏生物数据管理和共享平台,不但无法满足国内日益增长的生物医学及相关学科领域的研究发展需求,而且严重制约我国生物大数据整合共享与转化利用。鉴于此,中国科学院北京基因组研究所于2016年初成立生命与健康大数据中心(BIG Data Center,BIGD),围绕国家人口健康和重要战略生物资源,建立生物大数据管理平台和多组学数据资源体系。本文重点介绍BIGD的生命与健康大数据资源系统,主要包括组学原始数据归档库、基因组数据库、基因组变异数据库、基因表达数据库、甲基化数据库、生物信息工具库和生命科学维基知识库,提供生物大数据汇交、整合与共享服务,为促进我国生命科学数据管理、推动国家生物信息中心建设奠定重要基础。     

欢迎订阅2015年《作物学报》

《作物学报》是中国科学技术协会主管、中国作物学会和中国农业科学院作物科学研究所共同主办、科学出版社出版的有关作物科学的学术期刊。主要刊载农作物遗传育种、耕作栽培、生理生化、种质资源以及与作物生产有关的生物技术、生物数学等学科具基础理论或实践应用性的原始研究论文、专题评述和研究简报等。办刊宗旨是报道本领域最新研究动态和成果,为繁荣我国作物科学研究、促进国内外学术交流、加速中国农业现代化建设服务。     

中国菌物名录数据库在大型真菌红色名录编制中的作用

长期以来, 分类学的研究成果主要以平面的方式发表在各种纸质文献资料中。近年来, 随着计算机和人工智能等新兴技术的发展和应用, 平面资料信息的数字化成为一种趋势, 世界各国都非常重视本国生物资源信息的收集汇总, 构建了多种数据库, 为科学研究、政府决策、资源保护、合理利用和科学传播提供了重要的信息基础。本研究探索并建立从菌物学平面资料信息构建数据库的流程和方法, 并在中国菌物名录数据库和Index Fungorum所收集数据的基础上进行数据挖掘和分析。通过软件操作和程序设计, 在数据库中提取相关信息, 辅助完成了《中国生物多样性红色名录——大型真菌卷》的编制工作, 同时梳理和规范了菌物拉丁和汉语学名, 为菌物分类研究和资源评估与保护提供基础。     

从专刊论文管窥我国食用菌科学研究动态

1978年以来,我国食用菌产业科学技术研究成果斐然,近年来基础研究和应用基础研究在各个领域迅速展开,科学研究为食用菌产业发展提供了有力的技术支撑。本期《菌物学报》"食用菌专刊"共刊登了27篇论文,其中综述1篇,研究论文26篇。尽管这些论文尚不能代表我国食用菌科学研究的最高水平,但基本上反映了我国食用菌科学研究的最新动态。论文主要以香菇、侧耳类、金针菇、羊肚菌类、草菇等为研究材料,研究课题主要集中在食用菌组学分析、营养及生物活性物质和重要性状遗传等方面。总体而言,我国食用菌基础研究和应用基础研究相对滞后,它亟需学术界凝聚共识,鼎力支持以国家自然科学基金为代表的基础研究项目,提高我国食用菌基础研究水平。     

多组学技术及其在生命科学研究中应用概述

随着新一代测序技术、高分辨质谱技术、多组学整合分析方法及数据库的发展,组学技术正从传统的单一组学向多组学技术发展。以多组学驱动的系统生物学研究将带来生命科学研究的新范式。本文简要概述了基因组学、表观基因组学、转录组学,蛋白质组学及代谢组学的进展,重点介绍多组学技术平台的组成和功能,多组学技术的应用现状及在合成生物学及生物医学等领域的应用前景。     

肿瘤生物信息学数据库

恶性肿瘤已经成为严重危害人类健康的主要疾病之一。近年来,高通量检测技术迅速发展,成为肿瘤研究的重要手段之一,使得与肿瘤相关的组学数据迅速积累。这些数据对于研究肿瘤的发生发展机制具有重要意义。对海量生物学数据的管理和挖掘已经成为癌症研究的基础与重要方向。主要介绍人类肿瘤研究中经常用到的生物信息学数据库,包括综合性数据库、基因组、转录组、蛋白组、表观遗传组数据库等。在总结国内外肿瘤数据库发展现状的基础上,讨论了目前数据库开发存在的问题,旨为现有的研究提供帮助。     

组学技术及其在食品科学中应用的研究进展

后基因组时代的主要研究任务即是组学(转录组学、蛋白质组学及代谢组学)研究,其发展迅速,有望成为解决生命科学领域诸如食品品质与安全等科学问题的有力工具.组学研究为食品科学相关研究提供了新的思路和技术,在食品加工、贮藏、营养素检测、食品安全以及食品鉴伪等领域中已有广泛的应用.综述转录组学、蛋白质组学及代谢组学研究的核心技术,以及组学技术在食品科学研究中的研究进展,并对其应用前景进行展望.     

CNGBdb：国家基因库生命大数据平台

国家基因库生命大数据平台(China National GeneBank DataBase, CNGBdb)是一个致力于生命科学多组学数据归档和开放共享的数据库平台,是深圳国家基因库的核心功能"三库两平台"中生物信息数据库的对外服务平台,拥有深圳国家基因库丰富的样本资源、数据资源、合作项目资源和强大的数据计算和分析能力等优势。生命科学研究已经进入到了一个以高通量多组学数据为基础的大数据时代,迫切需要加强国际合作和信息共享。随着中国经济的发展和在生命科学研究领域的研究项目投入力度的加大,需要建立相关的生命大数据归档和共享的平台,来促进我国生命科学研究项目中生成的基因组学数据的系统管理、开放共享与合理利用。目前,CNGBdb主要提供生命科学研究相关的数据归档、知识搜索、数据管理、数据计算和数据服务等服务。其归档和共享的数据类型,主要包括项目、样本、实验、测序、组装、变异、序列等。截止2020年5月22号,CNGBdb已接受了全球生命科学科研工作者提交的研究项目达2176个,归档的基因组学数据量超过2221TB。未来,CNGBdb将继续推动生命科学研究多组学数据的开放共享和产业应用,完善基因组学数据的归档和共享功能,提升其服务生命科学数据开放共享的能力。CNGBdb的网址是:https://db.cngb.org/。     

农业生物信息数据库发展现状及应用

农业生物信息数据库是农业科学研究者的基础工具,利用数据库中的大量信息,便于进行农业生物的改良与保护。本文介绍了农业生物信息数据库的发展状况及其应用,并讨论了目前农业生物信息数据库存在的问题。     

植物代谢组学数据分析和数据库

植物代谢组学是近年发展起来的进行植物生物学研究的新兴学科,目前的难点和热点是数据分析和信息挖掘。现针对植物代谢组学数据分析和信息挖掘过程中涉及的几个主要方面进行了概述,内容包括数据特点、分析流程、软件和数据库。系统地介绍了植物代谢组数据分析预处理、常用统计分析原理和适用条件、数据分析中的注意事项、常用软件和数据库的优缺点,最后探讨了植物代谢组数据分析的问题和新发展动态。